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（摄于台南赤楼）
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图6.3 普罗民遮城棱堡残迹
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“郭怀一事件”发生后，荷兰人在普罗民遮街北方建造普罗民遮城。城建好之后，在城堡东方分别兴建台湾街（今台南延平街一带）与普罗民遮街（今台南民权路）。这座城堡不像热兰遮城一样属于坚固的建筑，只是针对武装薄弱的农民而兴建，属城壁较薄的城楼，对防御火炮并不特别有效，但花费相对较低。因此郑成功率军入侵时，轻易地攻下此城。后来郑成功改为东都明京，设承天府衙门，一般称为赤楼。
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图6.4 郑成功登台路线
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郑成功决定先攻下普罗民遮城，取得城中谷仓，以稳定军心。城里的荷兰人缺乏火药和饮水，第五天就投降了。住在台江周边、与荷兰人最亲近、深受教化的先住民，也没有抵抗，反而纷纷投降，郑成功的部队完全占了上风。
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荷兰人为避免热兰遮城的粮食也被郑成功军队掠夺，下令大员市镇的人集中到热兰遮城堡，放火烧了市区。郑、荷双方爆发战斗，大员市镇内来不及烧毁的金银及生活用品都被郑军占有。
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揆一坚守热兰遮城，郑成功要荷兰牧师亨布鲁克前往劝降15，揆一仍拒绝投降，郑成功于是发动攻击，却失利了。他分析此时海上吹西南季风，荷兰人无法向巴达维亚求救，不可能有援兵来到，决定继续围城，以免耗损兵力。
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但围城需要更多军粮，郑成功就分派军队到各地开垦，主要种植好收成的番薯；但因开垦侵犯到先住民的生活领域，造成彼此的冲突。如此困窘和缺粮的情形，与何斌形容台湾“五谷丰饶”的落差极大，让郑成功对何斌极为不满。
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擅长航行的荷兰人出乎郑成功的意料之外，即使在风向不利的状况下，求援船还是想办法抵达巴达维亚，荷兰东印度公司立即派快艇去追6月出发到台湾接任长官的科连克，快艇尚未赶到，科连克已在台江入口被郑成功的战船拦阻，遂扬帆开往日本。这时，巴达维亚的救援船队抵达台湾，由于海上气象恶劣，拖延了一些时间才将700名士兵送入热兰遮城。
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郑成功看见荷兰救援船队抵达，怒火中烧，取得台湾完全不像何斌形容的易如反掌，于是下令褫夺何斌的官爵，将他丢到小草寮，并下令如果有人敢去探望，将处以死罪。
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郑成功其实大可不必发那么大的脾气，救援军才700人，又不熟悉台湾的情况，根本不是他的对手，况且救援舰队司令卡乌（Jacob Gauw）与台湾的荷兰官员不合，本来荷军要与清军联手夹击郑成功，但卡乌竟在与清军会面的当头，带着700名援军掉头返航巴达维亚。这下子，守在热兰遮城的人还能有什么指望？
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双方僵持了近9个月，已到年底，热兰遮城里虔诚祈祷的荷兰人，没得到上帝的救赎；反而是郑成功仿佛得到神助，有位荷兰士兵前来投靠，给了郑成功关键的军事机密：只要占领地势高于热兰遮城的乌特勒支堡16，就可攻破荷军防线。于是郑成功在乌特勒支堡山丘附近建了三座炮台，架设28门大炮。荷兰人发觉后，竟连驱赶的军队都凑不齐，只能任由郑成功建炮台，束手无策地等着被攻城了！
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来年1月25日，郑成功军队从乌特勒支堡北、东、南三面发动炮轰，一天之内发出2 500发炮弹，几乎将乌特勒支堡夷为平地。荷兰守军被迫弃守撤退，离开时还留下最后的陷阱，数小时后引爆炸药，炸死50多名郑军士兵，碉堡全毁。这是最惨烈、最关键的一次战役（图6.5）。
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图6.5 郑、荷交战图
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接着，郑成功顺势将阵地往前移，准备从高点炮轰热兰遮城，热兰遮城内的荷兰人士气至此彻底瓦解，决定交出城堡，并派出代表与郑成功谈判。2月1日郑、荷签订和约，16天后，荷兰人带着家眷、财产，分乘8艘大船离开台湾，结束了对台湾38年的统治。
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当初荷兰人是因经济目的留在台湾的，郑成功的经济封锁战略，使荷兰在台湾的经济利益严重损害。等到郑成功进攻台湾时，巴达维亚仅派出了无太大帮助的援救军队，显然已认为台湾不再有经济价值。可见，经济封锁的战略成功，是郑成功赶走荷兰人的关键。
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附注
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1.欧洲在亚洲的殖民者对汉人移民多抱着疑虑态度，例如菲律宾马尼拉在西班牙人的统治下，曾发生多次华人大屠杀事件。
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2.翁佳音教授指出，当年郑芝龙、郑成功父子及福建、广东沿海地方武官的认知中，台湾与菲律宾同属中国大陆沿海武职官员征收洋饷（船只领出海执照时缴纳的税银）的区域，税收按船只大小抽4至20两。郑家对台湾的收税权，声称是1643年向厦门、金门官员李爷（Lya）购买的，当时明朝已灭亡，以郑芝龙的势力，税收自然归他所有，既有收税权，当然视台湾为他家所有。
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3.卫匡国神父1614年出生于意大利，1640年前往中国，1650年从福建启程，经澳门搭上葡萄牙船只，准备前往罗马，途中被荷兰东印度公司战舰拦截，送往巴达维亚。他提供了宝贵的数据，巴达维亚让他随1653年的归国舰队一起返航，还给他100银元赏金。
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4.根据荷兰东印度公司报告：1654年11月3日至1655年9月16日，从各地抵达长崎贸易的中国商船共57艘，几乎全属于郑成功的船队。