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但围城需要更多军粮，郑成功就分派军队到各地开垦，主要种植好收成的番薯；但因开垦侵犯到先住民的生活领域，造成彼此的冲突。如此困窘和缺粮的情形，与何斌形容台湾“五谷丰饶”的落差极大，让郑成功对何斌极为不满。
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擅长航行的荷兰人出乎郑成功的意料之外，即使在风向不利的状况下，求援船还是想办法抵达巴达维亚，荷兰东印度公司立即派快艇去追6月出发到台湾接任长官的科连克，快艇尚未赶到，科连克已在台江入口被郑成功的战船拦阻，遂扬帆开往日本。这时，巴达维亚的救援船队抵达台湾，由于海上气象恶劣，拖延了一些时间才将700名士兵送入热兰遮城。
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郑成功看见荷兰救援船队抵达，怒火中烧，取得台湾完全不像何斌形容的易如反掌，于是下令褫夺何斌的官爵，将他丢到小草寮，并下令如果有人敢去探望，将处以死罪。
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郑成功其实大可不必发那么大的脾气，救援军才700人，又不熟悉台湾的情况，根本不是他的对手，况且救援舰队司令卡乌（Jacob Gauw）与台湾的荷兰官员不合，本来荷军要与清军联手夹击郑成功，但卡乌竟在与清军会面的当头，带着700名援军掉头返航巴达维亚。这下子，守在热兰遮城的人还能有什么指望？
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双方僵持了近9个月，已到年底，热兰遮城里虔诚祈祷的荷兰人，没得到上帝的救赎；反而是郑成功仿佛得到神助，有位荷兰士兵前来投靠，给了郑成功关键的军事机密：只要占领地势高于热兰遮城的乌特勒支堡16，就可攻破荷军防线。于是郑成功在乌特勒支堡山丘附近建了三座炮台，架设28门大炮。荷兰人发觉后，竟连驱赶的军队都凑不齐，只能任由郑成功建炮台，束手无策地等着被攻城了！
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来年1月25日，郑成功军队从乌特勒支堡北、东、南三面发动炮轰，一天之内发出2 500发炮弹，几乎将乌特勒支堡夷为平地。荷兰守军被迫弃守撤退，离开时还留下最后的陷阱，数小时后引爆炸药，炸死50多名郑军士兵，碉堡全毁。这是最惨烈、最关键的一次战役（图6.5）。
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图6.5 郑、荷交战图
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接着，郑成功顺势将阵地往前移，准备从高点炮轰热兰遮城，热兰遮城内的荷兰人士气至此彻底瓦解，决定交出城堡，并派出代表与郑成功谈判。2月1日郑、荷签订和约，16天后，荷兰人带着家眷、财产，分乘8艘大船离开台湾，结束了对台湾38年的统治。
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当初荷兰人是因经济目的留在台湾的，郑成功的经济封锁战略，使荷兰在台湾的经济利益严重损害。等到郑成功进攻台湾时，巴达维亚仅派出了无太大帮助的援救军队，显然已认为台湾不再有经济价值。可见，经济封锁的战略成功，是郑成功赶走荷兰人的关键。
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附注
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1.欧洲在亚洲的殖民者对汉人移民多抱着疑虑态度，例如菲律宾马尼拉在西班牙人的统治下，曾发生多次华人大屠杀事件。
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2.翁佳音教授指出，当年郑芝龙、郑成功父子及福建、广东沿海地方武官的认知中，台湾与菲律宾同属中国大陆沿海武职官员征收洋饷（船只领出海执照时缴纳的税银）的区域，税收按船只大小抽4至20两。郑家对台湾的收税权，声称是1643年向厦门、金门官员李爷（Lya）购买的，当时明朝已灭亡，以郑芝龙的势力，税收自然归他所有，既有收税权，当然视台湾为他家所有。
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3.卫匡国神父1614年出生于意大利，1640年前往中国，1650年从福建启程，经澳门搭上葡萄牙船只，准备前往罗马，途中被荷兰东印度公司战舰拦截，送往巴达维亚。他提供了宝贵的数据，巴达维亚让他随1653年的归国舰队一起返航，还给他100银元赏金。
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4.根据荷兰东印度公司报告：1654年11月3日至1655年9月16日，从各地抵达长崎贸易的中国商船共57艘，几乎全属于郑成功的船队。
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5.1650年（清顺治七年）郑成功驻兵厦门，1655年设置思明州，1680年（康熙十九年）废除。
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6.大员市镇的汉商社群代表被称为“甲必沙”（Cabessa），是“头”之意，类似中国保甲制度的甲长或保正。甲必沙是由小区公推出最富有和声望最卓著的人，担负起征税与守护治安的责任。他们经营对中国大陆的贸易，和福建商人的联系密切，同时涉入荷兰人在台湾经营的事业，甚至进入荷兰东印度公司的市参议会。
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7.禁运后，汉人移回中国大陆的状况，按大陆学者杨彦杰的观点是：“移居台湾的汉民纷纷返回大陆”；按台湾学者郑惟中的观点则是：“听从郑成功布告回中国大陆的汉人只占居留台湾人口的一成”，可知居住在台湾的汉人（尤其是商人），并不全然都接受郑成功支配。
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8.何斌又名何廷斌，福建南安人。随郑芝龙到台湾时，荷兰人已占领了台南赤，何斌改信基督教，学习荷兰语，并被荷兰人聘为通事，也是荷兰人与郑成功联系的重要人物。他在赤附近种植水稻，也是征收稻作税、衡量税等的税收代表。
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9.究竟何斌在台湾征收了多少税，按郑成功的财政官员杨英的记录是“每年近万余两”。而何斌在台湾帮郑成功征税，一说是台湾长官揆一默许的；另一说是何斌私人与郑成功之间的通敌行为，而荷兰人应该早就知道郑成功把资本交给何斌收购军用物资。
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10.江日升《台湾外记》记载：何斌密令小通事郭平去探测鹿耳门水道，并绘制台湾地形图。这份地图的内容与形式已不可考，据《地图台湾导览手册》说明，应如1664年郑经时代的《明郑台湾军备图》，把台江内海一带画得非常清楚。
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11.何斌告诉郑成功：“台湾沃野数千里，实霸王之区，若得此地，可以雄其国；使人耕种，可以足其食。上至鸡笼、淡水，硝磺有焉。且横绝大海，肆通外国，置船兴贩，桅舵、铜铁不忧乏用。移诸镇兵士眷口其间，十年生聚，十年教养，而国可富、兵可强、进攻退守，真足与中国（大陆）抗衡也。”并说：“土番受红毛之苦，若天威一指，唾水可得。”
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12.安平古堡与赤楼的揆一像，翁佳音教授考证文献指出非为揆一，而是审讯并流放揆一的巴达维亚荷兰总督马特索科尔。现存史料中查无揆一的图像，因此出现以讹传讹的状况。
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13.命令将各地汉人移民迁移到赤地区，不许随意到海面活动，禁止到北港和更北的地方去捕鱼，所有汉人船只都要由荷兰东印度公司监管。公司船舰在海峡碰到中国帆船，可以逮捕船员审讯情报。自行前往台湾的中国大陆帆船不许返航，船员与乘客也不许与台湾的汉人接触。
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14.翁佳音教授指出过去研究者大致参考清代方志、舆图，认为禾寮港在今台南市西门路三段的三山国王庙或裕民街三老爷宫附近，即是由以前的德庆溪登陆赤楼北侧或东北侧，距离赤楼仅数百米；但若郑成功军队在此登陆，有被荷军炮击的危险，因此最可能的登陆位置应该是距离赤楼七八公里，旧名为“下寮港”或“蚵寮港”的今台南市永康区洲仔尾一带。