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清政府再次实施“迁界令”，严禁郑军于大陆沿海征粮，面对此一粮政缺口，所幸郑经因应得宜9，未立即产生财务危机。
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清朝廷遂命令福建总督姚启圣加强招抚，提出跟随郑氏越久的人，投降后报酬越多；官员可以保证官职，士兵可自由选择要加入清军，或恢复平民身份等来吸引郑军。
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姚启圣在福建漳州开设修来馆，只要是从台湾来投降的人，就送华服和金钱。为了吸引更多人投降，公布投降者以及留在郑方部分文武官员的姓名与职位。
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这些招降策略果真奏效，三年间，投降者约有10万人以上。但随着投降的人增加，清政府财政负担越来越沉重，遂决定以武力彻底解决郑氏势力。
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1680年，郑经参加三藩之乱打败仗回台湾，来年台湾发生干旱，米粮歉收，对外贸易受阻，出现了财政危机10；加上郑经逝世后，长子郑克塽被杀（图8.1、8.2），当权执政的冯锡范拥立幼子郑克塽继位，统治者内部陷入权力斗争，削弱了危机处理的能力。
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图8.1 开元寺——郑克塽被杀的计谋处
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开元寺又名海会寺，位于台南市开元路。按翁佳音教授研究，最早应是荷兰时期的长官别庄；郑经参与三藩之役失败回台后，原址改建成北园别馆，奉养其母董氏。郑经病危时，交监国剑印给郑克塽，冯锡范等以郑克塽非郑经亲生子为由，前来要求董氏命郑克塽交出监国剑印，郑克塽拒绝交出，遂为冯锡范埋伏的蔡添所杀，死时年仅18岁。
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图8.2 祭祀郑克塽夫妻的监国祠
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台南延平郡王祠后殿监国祠，祭祀郑克塽及其夫人陈氏。郑克塽是郑经与其弟乳母昭娘不伦恋生下的孩子，甚得郑经喜爱，郑经参与三藩之役后期，立郑克塽为监国，但郑克塽始终被怀疑是否为郑家骨肉；加上为人刚毅果决、执法秉公，冯锡范及郑室宗亲都不喜欢他。他被杀之后，妻子陈氏虽怀有身孕仍坚持随死，因此有“夫死妇亦死，君亡明乃亡”的悼念词。
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这时康熙亲政已14年，权力逐渐稳定，清朝大臣对台湾有剿灭与招抚两派意见，康熙过去主张招抚，这次却支持剿灭，重新起用施琅出任福建水师提督。关键战役发生在1683年，施琅率领水师3万多人，战船300多艘；郑克塽派大将刘国轩率领2万多人，双方在澎湖展开激烈海战（图8.3），清军大胜，郑军一败涂地（图8.4）。胜败乃兵家常事，不足为怪，奇怪的是刘国轩是能战之人，却在关键战役中打了败仗，而且由坚决主战转为主张投降。
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图8.3 刘国轩备战处——澎湖风柜尾蛇头山
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此即荷兰人城堡旧址，1683年刘国轩在此和四角屿、牛心湾、娘妈宫（今马公）等地增修炮台，率军2万余人，战船200余艘，迎战施琅，首战虽胜，后却大败，见大势已去，退回台湾。
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图8.4 施琅出征澎湖路线图
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施琅认为要攻下整个台湾，必先攻下澎湖。1683年7月8日率军3万余人、战船300余艘，从铜山（今东山岛）出发，次日抵花屿、猫屿，停泊八罩岛（今望安岛）。10日进攻马公失败，退回八罩岛。16日兵分三路，西路派七子施世骅率船50艘，直捣牛心湾；东路派六子施世骠率船50艘，进攻四角屿；自己则亲率56艘居中主攻。交战时，风向对清军有利，加上招抚策略成功，因而大胜。
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有数据记载，郑经仍在世时，刘国轩就已被姚启圣、施琅等人收买，因而改变立场。施琅给刘国轩的条件，据说是只要肯投降，一定封他为公侯，还与他结为亲家，保证拥有总兵原职。澎湖海战前，刘国轩即向康熙皇帝提出称臣进贡的方案，但遭到否决。
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此外，很多渗透台湾的方式早就在运作了。姚启圣派遣间谍到郑军中从事破坏活动，例如：联络施琅养子施世泽与其族兄施明良做内应；通过旧关系加紧与郑军人员搭线，希望他们里应外合；更在台湾纠联11个镇，给予重赏，让他们作为清军攻打台湾的内应；姚启圣相信台湾“上下离心，间谍易入”，会有好效果。
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施琅则派遣了心腹三四人到台湾、澎湖游说亲朋故友，要他们谋叛立功。那时台湾遭逢严重干旱，米价飙涨，施琅对来降的士兵，不但发给衣服和粮食，又医治伤兵。想回台湾的降兵一律放行，并免除三年税赋和差役，这样的优惠待遇让郑方的人觉得投降才有出路，台湾北路总督何祐即从淡水派人到澎湖向清政府输诚；施琅在台湾的地下工作人员，更是和郑军将士阵营频繁联络。军心涣散若此，澎湖一战不输也难。
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澎湖海战中，郑军194艘战船被击沉，澎湖守军1 400多人投降。澎湖失守，对台湾更是严重的危机，因郑家派去购买、载运米粮的洋船都必须停靠澎湖深水港湾卸货，再换船运回台湾。如此一来，米粮大多将落入清军之手，难以送达台湾。
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一心一意要投降的刘国轩向郑克塽分析：在缺粮状况下与清军对抗，将导致严重饥荒，有内乱之虞。既然大势已去，应该顺天意投降。当时，冯锡范主张要“分兵死守”台湾，有人主张攻打菲律宾作为新基业，都遭到刘国轩反对，他还派兵监视郑氏子孙，以免有人走脱。
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