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有数据记载，郑经仍在世时，刘国轩就已被姚启圣、施琅等人收买，因而改变立场。施琅给刘国轩的条件，据说是只要肯投降，一定封他为公侯，还与他结为亲家，保证拥有总兵原职。澎湖海战前，刘国轩即向康熙皇帝提出称臣进贡的方案，但遭到否决。
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此外，很多渗透台湾的方式早就在运作了。姚启圣派遣间谍到郑军中从事破坏活动，例如：联络施琅养子施世泽与其族兄施明良做内应；通过旧关系加紧与郑军人员搭线，希望他们里应外合；更在台湾纠联11个镇，给予重赏，让他们作为清军攻打台湾的内应；姚启圣相信台湾“上下离心，间谍易入”，会有好效果。
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施琅则派遣了心腹三四人到台湾、澎湖游说亲朋故友，要他们谋叛立功。那时台湾遭逢严重干旱，米价飙涨，施琅对来降的士兵，不但发给衣服和粮食，又医治伤兵。想回台湾的降兵一律放行，并免除三年税赋和差役，这样的优惠待遇让郑方的人觉得投降才有出路，台湾北路总督何祐即从淡水派人到澎湖向清政府输诚；施琅在台湾的地下工作人员，更是和郑军将士阵营频繁联络。军心涣散若此，澎湖一战不输也难。
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澎湖海战中，郑军194艘战船被击沉，澎湖守军1 400多人投降。澎湖失守，对台湾更是严重的危机，因郑家派去购买、载运米粮的洋船都必须停靠澎湖深水港湾卸货，再换船运回台湾。如此一来，米粮大多将落入清军之手，难以送达台湾。
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一心一意要投降的刘国轩向郑克塽分析：在缺粮状况下与清军对抗，将导致严重饥荒，有内乱之虞。既然大势已去，应该顺天意投降。当时，冯锡范主张要“分兵死守”台湾，有人主张攻打菲律宾作为新基业，都遭到刘国轩反对，他还派兵监视郑氏子孙，以免有人走脱。
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在刘国轩坚持下，郑克塽写了陈请表章，并写信给施琅表示“知过”，希望留在台湾，但施琅要求必须将台湾人民和土地都收入清朝版图，否则将誓师决战。
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郑克塽只好再写降表，缴上延平王印，献出台湾；但希望住在闽南，请求赐给田园和房子，也请清政府优待明室宗亲，让文武官员获得升迁拔擢，并宽免过去归附郑方的人员。清朝终于批准了郑克塽的请降要求，1683年10月，施琅的军队抵达台南鹿耳门，两天后正逢中秋节，举行受降仪式；再过三天，郑克塽和臣下部属在监视下剃发。
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随着额上的头发一撮撮被剃下，一个个秃了前额的降人、满地的落发，明朝汉人发式的最后据点被清朝终结（图8.5）。郑经十几年来不剃发的坚持、郑成功反清复明的愿望跟着沉入历史的河流，台湾从此进入清朝统治时代。
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图8.5 清朝发式
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汉族向来有“身体发肤受之父母，不可毁伤”的传统观念，但满族入关之后，严格要求剃发。当发式涉及民族尊严、政权认同，甚至生存权利时，二者孰重孰轻？
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施琅在台湾期间，亲自到南北实地考察，发现“台湾地势险恶，易守难攻”。因而向康熙皇帝报告：清政府能得到台湾，是因为刘国轩意志坚决且尽心、不顾个人生死所致。
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郑克塽投降之后，和刘国轩、冯锡范奉旨到北京，之后郑克塽住在北京，无法如愿留在闽南；跟着郑家到台湾的明朝宗室朱桓等则移到山东、河南；其余王室、主将、官员移到福建，明朝遗民与兵丁大多被移往内地，不许留在原地，以免有朝一日再起动乱。
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为了不让“反清复明”的民族意识在台湾继续蔓延，清朝廷统治初期刻意减少人口，台湾因此出现居民稀少的萧条景象，来年首度来台治理的官员季麒光、蒋御英等，不得不极力招揽大陆人来台开垦。
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300年前的明郑时期，以及1949年“国民政府”来台，两岸对峙的情况下，每当有人“起义来归”，便大手笔封赏，潜逃到对岸的人则被视为叛徒。没有经历过那个时代的年轻一辈，可能难以想象数十年前“保密防谍，人人有责”的风声鹤唳，对平民百姓而言，希望已成回忆的“两岸谍对谍”，不会重演！
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附注
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1.参见本书“07郑经和英国人”。
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2. 郑成功来台时，虽然荷兰人已经营了38年，但仅开发今台南地区，耕作技术仍然落后。
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3.1656年（顺治十三年）之前，清政府的招降政策是重南明而轻明郑，因此明郑降将多遭闲置；之后对来降郑成功部属的态度大幅转变：
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（1）能悔过投诚，带领船只、兵丁、家口来归的人，按照所带来的数目，分别破格升任。如果能将郑成功等人抓来，最大功劳者封予高爵，其次加职。
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（2）尽心安插郑成功统领地区来归附者，原有田产被占领者，经查询后返还；没有田产者，设法让他们有住的地方。
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（3）改善降将的待遇，出路安排逐步制度化。
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（4）从清朝投降到郑成功阵营的将领，也列为招降范围。
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4.海澄是“郑成功的储粮之所，为金、厦门户”。黄梧献海澄，使“城中所储粮粟25万”，以及“军器、衣甲、铳器”及“将领私积者”无数，尽入清军之手。
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5.1667年（康熙六年）7月，康熙皇帝14岁亲政，两年后，康熙和侍卫索额图召集满洲少年，组成宫廷卫队，天天演习摔跤。有一天趁着鳌拜奉召到内廷观看摔跤游戏，康熙命满洲少年擒扑鳌拜，并公布他的三十大罪，党羽遍布的四朝勋臣鳌拜终于被歼灭。