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掌控朝廷大政的鳌拜，不放弃武力攻台，命施琅统领水师征剿郑经；只是前后三次攻打台湾，都遇到台风无功而返。
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郑经退到台湾三年后，14岁的康熙皇帝开始亲政5，再度招抚郑经，提出只要剃发并归顺，就赐封爵位和给予优厚俸禄 6。面对施琅不断提出攻台的计划，康熙不仅未接受，甚至因此免去施琅福建水师提督的职务，调回到北京，拆散兵众、烧毁船舰。
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郑经对康熙的善意虽没有正面响应，也没有重启战端。他仍坚持不剃发，致力在台湾垦殖，将官和士兵生活渐渐安定，也不骚扰清政府，双方算是相安无事7，只发生过零星的叛逃事件。
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郑经来台9年，也是康熙亲政6年后，两岸关系又有了戏剧性变化……
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因郑经参加了降将耿精忠、尚可喜、吴三桂发动的三藩之乱，提醒了清政府，当内部发生变乱时，来自海上的威胁将会伺机而动。由于吴三桂对清朝的威胁仍然很大，为了避免腹背受敌，清朝积极招抚郑经，改成不需剃发，只要称臣纳贡；后来更提出优惠条件：“不必到北京请降，不剃发，不必称臣入贡，可以在台湾发展。”8但因郑经坚持要保有贸易据点海澄，双方谈判破裂。
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清政府再次实施“迁界令”，严禁郑军于大陆沿海征粮，面对此一粮政缺口，所幸郑经因应得宜9，未立即产生财务危机。
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清朝廷遂命令福建总督姚启圣加强招抚，提出跟随郑氏越久的人，投降后报酬越多；官员可以保证官职，士兵可自由选择要加入清军，或恢复平民身份等来吸引郑军。
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姚启圣在福建漳州开设修来馆，只要是从台湾来投降的人，就送华服和金钱。为了吸引更多人投降，公布投降者以及留在郑方部分文武官员的姓名与职位。
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这些招降策略果真奏效，三年间，投降者约有10万人以上。但随着投降的人增加，清政府财政负担越来越沉重，遂决定以武力彻底解决郑氏势力。
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1680年，郑经参加三藩之乱打败仗回台湾，来年台湾发生干旱，米粮歉收，对外贸易受阻，出现了财政危机10；加上郑经逝世后，长子郑克塽被杀（图8.1、8.2），当权执政的冯锡范拥立幼子郑克塽继位，统治者内部陷入权力斗争，削弱了危机处理的能力。
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图8.1 开元寺——郑克塽被杀的计谋处
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开元寺又名海会寺，位于台南市开元路。按翁佳音教授研究，最早应是荷兰时期的长官别庄；郑经参与三藩之役失败回台后，原址改建成北园别馆，奉养其母董氏。郑经病危时，交监国剑印给郑克塽，冯锡范等以郑克塽非郑经亲生子为由，前来要求董氏命郑克塽交出监国剑印，郑克塽拒绝交出，遂为冯锡范埋伏的蔡添所杀，死时年仅18岁。
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图8.2 祭祀郑克塽夫妻的监国祠
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台南延平郡王祠后殿监国祠，祭祀郑克塽及其夫人陈氏。郑克塽是郑经与其弟乳母昭娘不伦恋生下的孩子，甚得郑经喜爱，郑经参与三藩之役后期，立郑克塽为监国，但郑克塽始终被怀疑是否为郑家骨肉；加上为人刚毅果决、执法秉公，冯锡范及郑室宗亲都不喜欢他。他被杀之后，妻子陈氏虽怀有身孕仍坚持随死，因此有“夫死妇亦死，君亡明乃亡”的悼念词。
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这时康熙亲政已14年，权力逐渐稳定，清朝大臣对台湾有剿灭与招抚两派意见，康熙过去主张招抚，这次却支持剿灭，重新起用施琅出任福建水师提督。关键战役发生在1683年，施琅率领水师3万多人，战船300多艘；郑克塽派大将刘国轩率领2万多人，双方在澎湖展开激烈海战（图8.3），清军大胜，郑军一败涂地（图8.4）。胜败乃兵家常事，不足为怪，奇怪的是刘国轩是能战之人，却在关键战役中打了败仗，而且由坚决主战转为主张投降。
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图8.3 刘国轩备战处——澎湖风柜尾蛇头山
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此即荷兰人城堡旧址，1683年刘国轩在此和四角屿、牛心湾、娘妈宫（今马公）等地增修炮台，率军2万余人，战船200余艘，迎战施琅，首战虽胜，后却大败，见大势已去，退回台湾。
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图8.4 施琅出征澎湖路线图
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施琅认为要攻下整个台湾，必先攻下澎湖。1683年7月8日率军3万余人、战船300余艘，从铜山（今东山岛）出发，次日抵花屿、猫屿，停泊八罩岛（今望安岛）。10日进攻马公失败，退回八罩岛。16日兵分三路，西路派七子施世骅率船50艘，直捣牛心湾；东路派六子施世骠率船50艘，进攻四角屿；自己则亲率56艘居中主攻。交战时，风向对清军有利，加上招抚策略成功，因而大胜。
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