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康熙皇帝在湄洲岛建天妃庙，妈祖再被升级，封为“护国庇民妙灵昭应仁慈天后”，是清政府第二次对妈祖表达尊崇。施琅顺着旨意，率领征台将领捐出薪俸，将宁靖王府改为大天妃宫5，大天妃宫改建完成后，康熙皇帝赐“辉煌海”匾额（图10.8）。
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图10.8 辉煌海与神昭海表匾
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（上）1684年，施琅率征台将领捐出薪俸，将宁靖王府改为大天妃宫。康熙皇帝御赐“辉煌海”匾额。（下）1726年，雍正皇帝亲自书写“神昭海表”匾式，在湄州、台湾、厦门三地天后宫重制悬挂。
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施琅在庙中所立的“平台纪功碑”（图10.9）则完全没有提到妈祖的功劳，可见他捐俸建庙不是为了彰显妈祖，而是因霸占宁靖王府“一元子园”作为宅第，怕被朝廷调查，于是将宁靖王府中奉祀大明正朔的一殿改奉祀妈祖；并将右侧宁靖王办事厅改奉观音，作为旁殿；左侧宗人府（掌管皇族事务的官署）改为民居，并对外宣称宁靖王府已改建为大天妃宫。虽然如此，清朝统治台湾后，大天妃宫还是第一座官建妈祖庙，规模居各妈祖庙之首，自然成为台湾妈祖信仰的中心。
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图10.9 台南大天后宫的平台纪功碑
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碑文中完全没有提到妈祖的功劳，可见施琅捐俸建庙不是为了彰显妈祖。
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台湾的妈祖信仰在施琅过世后停滞了一段时间；24年后，翰林海宝、徐葆光奉命出使琉球回来，以妈祖默默助佑有功，将妈祖列入朝廷的春秋祀典。1720年，大天妃宫改名为大天后宫，成为台湾奉祀妈祖的首庙，此后妈祖逐渐取代玄天上帝，成为台湾人信仰的主流。
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来年，台湾发生第一起抗清民变——朱一贵事件6，率兵来台平乱的福建水师提督是施琅第六个儿子施世骠，他年少时曾随父亲攻打澎湖，非常了解如何运用妈祖信仰作为心战武器，于是也造出妈祖显灵保佑清军的事迹，例如：大军所到之处，干枯的井水涌出甘泉，台湾七鲲沿海中有淡水可喝等，内容和施琅所奏差不多，可见是旧技重施。
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朱一贵事件平定同年，施世骠病逝于台湾，次年康熙皇帝逝世。5年后，施世骠的副手、继任福建水师提督的蓝廷珍，上奏妈祖庇佑攻台清军的神迹。奏折送到北京后，雍正皇帝亲自书写“神昭海表”匾式（图10.8），在湄州、台湾、厦门三地天后宫重制悬挂。
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因朱一贵事件，清朝廷在台湾增设彰化县7，施琅侄儿兵马司副指挥施世榜买下彰化先住民土地，并修筑八堡圳，取浊水溪水灌溉鹿港及彰化地区的农田；又从家乡晋江招徕大量移民开垦，迅速将鹿港变成施家控制的港口。
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之后台湾人民爆发抗清事件时，鹿港居民都站在支持清政府的立场；而妈祖庙更是支持清朝统治的象征，于是施家在鹿港海口捐献土地，兴建今鹿港中山路的天后宫（旧祖宫）（图10.10），作为居民信仰中心。
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图10.10 鹿港旧祖宫（大天后宫）
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妈祖庙是支持清朝廷统治的象征，施家捐献土地兴建鹿港天后宫，作为居民信仰中心。
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1786年，台湾发生最大规模的民变——林爽文事件8，清政府派陕甘总督福康安率军来台协助镇乱，从施家所控制的鹿港登岸，历时两年平定变乱。有人指出“只攻下彰化县城，却没拿下鹿港”是林爽文失败的关键因素。
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事件平定后，福康安在彰化县鹿港镇埔头街建“新祖宫”（图10.11），并扩建台南市西区长乐街“海安宫”为官建妈祖庙，亲自撰写两座妈祖庙建造碑文，强调因妈祖相助，十万清军才能在一天内顺着海潮抵达台湾，而且清军一到，反乱势力立刻瓦解了。据《平台纪事本末》记载，大批清军抵达时，鹿港居民都到海口迎接，并设香案祭拜，简直像迎接妈祖大军。处处都是告诫大众：妈祖再三帮助清政府平定台湾乱事，台湾人民也应顺从清朝的统治。
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图10.11 鹿港新祖宫
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福康安平定林爽文事件后，在彰化县鹿港镇埔头街建新祖宫。
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妈祖信仰从此获得清政府鼎力扶持，如日中天快速发展；加上清政府在台湾设立番屯制度9，台湾西岸平原及丘陵地渐渐不再被先住民侵扰，福建和广东移民大量涌入，各地纷纷建立妈祖庙，建了妈祖庙的地方，即代表着清朝政权掌控所在。
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林爽文事件后76年，彰化地区又发生为期三年的戴潮春之乱，大甲城岌岌可危，传说镇澜宫10的乩童被妈祖附身指示：“今夜大难。”并当众对着上空画了一符咒，声称已压住灾难。果然，夜里四更，贼徒从南门进入并引燃火药爆炸，天空忽然降下大雨浇熄火势，妈祖显灵化解大灾难，使得大甲民众士气振奋，更心向清政府了。