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图11.1 康熙皇帝画像
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施琅这次出征是家族总动员——军队中有他的四个儿子1、其他亲属，以及福建晋江浔海（今福建晋江县衙口村）的施氏族人；是施琅30岁投降清朝直到62岁半生努力的志业，也是家族发展的重要契机。
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施琅对台湾有私人利益的盘算，但只有征剿的军事权力，对台湾的善后处理没有说话余地，只好通过一次次上奏，企图说服康熙皇帝，争取并维护对自己最有利的状态。
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施琅攻下澎湖，随即发布《晓谕澎湖安民示》，笼络民心（图11.2）。至于台湾问题，虽然康熙皇帝迟迟不给明确指示，他仍逐步进行。
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图11.2 澎湖施公祠
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施琅颁布《晓谕澎湖安民示》，蠲免澎湖居民三年徭役、差役，这策略颇为成功，施琅在澎湖至今仍颇受尊敬。此祠是1684年施琅受封为靖海将军侯所盖的生祠，原称施将军庙。1843年重建，改称施公祠。原址在今澎湖医院附近，1914年日本统治时期，为盖医院征地，才迁至马公市中央里。
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7月底，郑克塽派人向施琅请降2，提出希望继续留在台湾，被施琅否决，同时要求将台湾人民及土地都纳入大清版图。9月初，郑克塽只能按照施琅的要求办理，派刘国轩胞弟刘国昌等人将修正后的降书送到澎湖。
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施琅收到降书后，随即对台湾军民发表《安抚输诚示》3，并派遣侍卫吴启爵等人出发前往台湾，宣布指示，并监督郑军官兵剃发的情形。
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但直到这时，康熙皇帝对施琅是否有能力拿下台湾，还抱持着怀疑态度；因此只派人到福建料理军队粮饷事务，没有派出商议台湾善后事宜的大臣。
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9月14日施琅上奏《台湾就抚疏》，向康熙皇帝报告台湾投降的进度，且预告准备亲自前往台湾受降。对于台湾的后续问题，包括人民是否继续留在台湾、或者迁回大陆后身家财产及土地能否保留等，希望康熙能迅速做出决定，以免造成人心浮动。
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17日，施琅让郑克塽缴上延平王印，完成了投降就抚程序。两天后，施琅又上奏《赉剿册印疏》，请求康熙皇帝迅速派遣户部与兵部官员前来处置台湾官兵的户口等，以便他能班师回大陆，并请到过台湾的官员吴启爵等回去后，将看到的情形向朝廷报告。
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郑克塽7月底的请降书，康熙皇帝直到9月17日才收到，他将“是否接受郑克塽等人投降”提交国议（议政王大臣会议）4讨论后下令：郑克塽率领所属部众迁回大陆，就接受投降。可见到此为止，施琅对台湾的处置都走在康熙皇帝的命令之前。
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10月3日，施琅以清政府最高行政与军事负责人身份，由澎湖抵达台湾鹿耳门。两天后，正逢中秋节，举行了受降仪式。10月8日，施琅收到由姚启圣所转来准许郑氏归降的谕旨，在赤楼宣读，确立了清政府对台湾的统治权。这天，郑克塽等人正式剃发。
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为了避免引起台湾人民的抗拒，施琅以仁义之师姿态，除了对郑家展现了不杀的恩情5，又分发米粮给归降的官兵；更发布《谕台湾安民生示》、《严禁犒师示》等告示6来安定人心。
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康熙皇帝于10月5日将施琅一连串请示台湾善后处理的奏书提交国议，会议结论是等郑克塽率领部众回到大陆，先由地方层级的福建总督、巡抚与提督等进行讨论，再向朝廷提出意见，作为“台湾弃留”决策的参考。
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施琅10月9日再上奏《舟师抵台湾疏》，报告来台的过程，称赞台湾“土地肥饶，出产五谷，沃野千里，人民土番杂处，甚为稠密”，请康熙皇帝决定台湾弃留。他还强调为稳定现状，台湾应保持对外贸易。
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施琅又到郑成功墓（图11.3）前磕头跪拜，说：“忠孝不能两全。”虽然郑芝龙曾提携施琅父亲和施琅，对他们父子有恩；但因郑成功处死了施琅的父亲和哥哥，施琅背负着家仇之恨，为灭郑行动找到了合理解释，而一切布局都显示他是有备而来。
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图11.3 郑成功墓址
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郑成功墓址位于台南市永康区盐洲里国圣街与正南六街交口处。文献所载，郑成功葬于今台南市武定里洲仔尾，郑经亦葬于墓旁，1700年，清政府将郑成功父子归葬故乡福建泉州府南安县，原墓址渐毁以致荒废，至今无法确认位置，1980年台南县政府立“郑成功墓址纪念碑”。
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10月中下旬，施琅派船将郑室宗族、朱姓子孙、文武官员及家眷陆续载回厦门，由福建总督姚启圣处理安置事宜。郑克塽等既然被遣送回大陆了，“台湾弃留”问题就浮上了台面。按国议的结论，姚启圣、福建巡抚金与施琅都有权参与台湾善后讨论。
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