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挟着胜利的余威，意气风发的施琅在台湾停留期间，亲自到南北实地考察，郑氏降将刘国轩提供了不少有关台湾的情报与意见，让他对这块征服的土地有了更清楚的规划。
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朝廷未派官员治理台湾期间，施琅成了名正言顺的接收者。据说康熙皇帝赐跑马四日所经之地皆归其所有，所占土地共55庄（约7 500甲），即今北港溪以南，南至高雄市前镇区篱仔内，包含今嘉义县新港乡、台南市北门区、高雄县市等，不过如此广大的范围，应该不是跑马四日所得。为了有效管理55庄土地，乃设施公租馆10处，置管事分掌收租，运送至泉州，交与靖海侯世袭业主。直至日占时期，大部分被收归官有。
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施琅知道明郑归降后，朝廷势必开放海禁，如此一来就无法独揽台湾海上贸易的利益7，要独揽台湾的海上贸易，就需要掌控与台湾关系密切的英国和荷兰。
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早在郑克塽决定投降时，台湾的英国商馆人员因与郑家的关系，担心被连累，就先去澎湖见过施琅。施琅到台湾后，向英国人威胁、索贿，并要他们写信给康熙皇帝声称自己是难民，交换条件是将来可能有机会在中国重建商馆 8。
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至于荷兰方面，施琅一到台湾，先找到当年被郑成功留置、监禁、待在台湾长达24年的荷兰俘虏，将他们遣送回国9。
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其中有位俘虏名为斯哈芬布鲁克（Alexander van’s Gravenbroek），闽南语非常流利，和施琅相谈甚欢。施琅为了自身的商贸利益，打算借由荷兰人之力，驱使康熙皇帝尽早决定将台湾纳入版图，于是请斯哈芬布鲁克转告并探询巴达维亚官员的意愿，并特别交代转达：希望荷兰东印度公司以祝贺康熙皇帝征服台湾、感谢送回俘虏为由，尽快向清政府朝贡，以便安排贸易事宜。施琅还要斯哈芬布鲁克假冒巴达维亚官员，写信向康熙皇帝致意。
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施琅想让英国和荷兰认为自己权力很大，因而依赖他，就可以扮演类似当年李旦10、郑芝龙11及郑成功12那样掌控台湾经贸的角色；再者，他也想借外国人觊觎台湾，特别是荷兰想重新占领台湾来威胁清政府，让康熙以为不留下台湾是非常危险的。施琅在台湾占有了土地，掌握了外商，因此康熙皇帝是否留下台湾，对他的利益非常具有关键性。
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踌躇满志的施琅班师回到厦门后，立刻将计划告诉福建总督姚启圣，并请姚启圣将他携回代表英国与荷兰的两封信，转交给康熙皇帝。
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姚启圣与施琅都是强烈主张“留台”的人，也是康熙皇帝不信任的福建官员，早在1681年，康熙曾派两名钦差前来调查姚启圣是否挪用公款13，后来顾虑到他正紧锣密鼓地筹备攻台事宜，于是收手不再施压。
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对于台湾问题，姚启圣曾连上七八次奏折，陈述将台湾纳入版图才能根除海上祸患，有助地方和沿海治安。而且台湾有数十万人口，岁收足够因应朝廷支出，不会带来太大财政负担；并提出平定台湾之后，福建及沿海各省应采取的善后措施。
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但姚启圣因看到康熙皇帝高度肯定施琅的平台大功，心里很不是滋味，上了一份奏章声称自己对平定台湾也有贡献，包括举荐施琅出任福建水师提督、筹措粮饷、确保留台的后勤供应等；又故意以退为进地说自己功劳无法和施琅相比，请皇上把要赐给他的封赏一并加给施琅。
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康熙皇帝回复批评姚启圣行事虚妄，借着台湾刚降附而沽名钓誉，不但取消了封赏，并以他从没到过台湾为由，不采纳他的意见14。
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或许因为这些心结，姚启圣不同意施琅蒙蔽朝廷的计划，拒绝转达两封假冒的书信。但姚启圣不久后就过世了，施琅成为处理台湾善后人员中最有力量的发言者，预谋中的计划更可以顺利推展了。
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当时福建官员如侍郎苏拜、福建巡抚金认为台湾太荒僻，主张放弃。施琅担忧这些人的意见会影响朝廷做出放弃台湾的决议，就自行上奏《恭陈台湾弃留疏》，同时附上台湾地图，强调台湾的地理位置攸关中国东南沿海江苏、浙江、福建、广东四省的安宁。
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施琅指出台湾数量庞大的居民，若全部迁渡回中国大陆，技术上有困难；如果不守住台湾，以台湾的富庶、经济潜力等各项优越条件，一旦汉人再有机会在台湾立足，或者让台湾落入荷兰人、日本人手中，甚至让郑氏残留海外的军事势力回头盘踞，一定又变成乱源；更借口荷兰人等可能随时引发事端，促使朝廷驻兵台湾。
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施琅还说留守澎湖必先守住台湾，才能巩固沿海的海防。台湾既关系着四省的安危，即使需要依赖内地的物资，也不可以放弃；况且只要将内地多余的兵员移到台湾驻守，再沿用郑成功的治理方法，让士兵开垦荒地，就能节省兵粮的负担。
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康熙皇帝将这份奏书提交讨论，大臣们都没到过台湾，大部分都接受施琅的留台意见。康熙皇帝又裁示议题关系太大，需要提交国议，要求大学士与贝勒、大臣、九卿、督抚等再进行讨论。最后，康熙皇帝终于同意派兵镇守台湾，但要求福建官员们复议后续经营办法。
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台湾的弃留问题为何需要多次考虑与讨论？因康熙皇帝原本只想铲除郑氏势力，郑克塽投降后，心头大患除去，自觉安稳了；再者，除了台湾之外，还有俄罗斯问题要解决；加上三藩之乱后，社会动荡不安急需复原。如果将台湾收入版图，就要设置官署、驻防兵员等，处处都需要经费，将造成国家财政窘困。根本的原因是清政府无力管理海岛台湾，又对处心积虑要收服台湾的施琅极不放心。
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那究竟是谁说服康熙皇帝留下台湾？
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康熙皇帝曾多次向元老重臣李光地15咨询台湾问题。李光地是福建人，比康熙大12岁；曾与郑经交手数次，并举荐施琅负责征台，对台湾一地颇有了解。康熙皇帝曾形容他“朕知之最真”、“知朕亦无过光地者”。
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李光地知道康熙皇帝是要消灭郑氏，不是要占领台湾，于是附和他的心意，先以“弃台”响应，接着才逐步引导康熙思考弃台的弊端，李光地的说服技巧终于使康熙决定在台湾设郡县。对于施琅“请以万人永戍台湾”的提议，为免造成拥兵自重、形成割据的局面，他则建议改为三年轮调一次的班兵制度（图11.4）。
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图11.4 三年一换的班兵制度
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康熙皇帝为了防制施琅据台为王而采用李光地建议三年一换的班兵制度。班兵大多来自犷悍、有械斗之风的福建，加上清政府种种不合理的措施，台湾移民社会的莠民亦多，双方积怨难容，稍触即发。小则私斗、奸暴、潜载违禁货物，大则械斗、纠众逞凶，不仅无法守卫台湾，更成为台湾治安上的毒瘤。（台湾“中央研究院”台湾史研究所翁佳音教授提供）
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真正影响康熙皇帝决定留台的关键人物应该是李光地，而不是施琅 16。