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（7）掌办商上事务之人，不得兼任达赖喇嘛正副师傅及甘丹赤巴之职。
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（8）甘丹赤巴必须从年久苦修、深通经典喇嘛中保充。
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（9）掌办事务者手下之重要喇嘛只能管理掌办者本寺的事务，不准丝毫干预商上公事，不准补商上之官缺，在商上当差者，不准在掌办者院中任职。
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（10）掌办者不得役使商上乌拉，经营私务，不得命商上番目代办其个人布施。
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（11）掌办者的印信交存其本寺，［印匣］钥匙则由该寺总堪布佩带，遇有文书，会同用；商上办事仲译不准移住掌办者私寺之内。
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（12）掌办者不得将商上的田地、人民擅给寺院及送与亲友。
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（13）达赖喇嘛所赏给世家及百姓田地，不准典卖或赠送于掌办寺院。
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（14）商上仔仲喇嘛必须任职三年后，方能补用七品官。
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（15）商上仔仲缺出，只准从商上属寺拉木结扎仓寺中挑取喇嘛补放，不准从外寺挑选。
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（16）重新规定僧俗官员等第名额。
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（17）订立僧官缺出、调补升补的次序，不准将闲散仔仲喇嘛超级升调委署。
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（18）订立俗官缺出、升补调补的次序，不准越级挑用。
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（19）订立商上中译（即秘书）、大医生、小医生、罗藏哇（即翻译）之升调界限。以上16到19条之僧俗各缺，凡六品以上及有关地方之七品营官升调，均应呈驻藏大臣会同拣放。
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（20）规定商上厨房供差人及管门第巴之选用。
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（21）僧俗营官各应归还本缺，不准侵占。
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（22）明定各寺堪布拣补额数及资格。
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（23）明定三大寺格斯贵的缺额及资格。
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（24）规定甘丹赤巴之资格及递升次第。
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（25）修建寺院不准有碍民地民房，喇嘛不准干预公事。
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（26）重申民众争讼成例，限定罚赎额数，禁止私议抄没。
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（27）摄政、官员及其族戚及跟役等不准擅用乌拉。
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（28）藏兵应挑补足数，以重操防，对来藏贸易之外番，不许增添税额。[124]
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二十八条章程修订和补充了《西藏通制》、《理藩院则例》以及《钦定藏内善后章程二十九条》等原有规章未载、未备或不符形势的条款。如补充了关于寺院僧职的新章程，更加充实了前藏僧俗官员的职别品级的规定，订正了一些僧俗官员升转次序的办法，进一步完善了清朝中央政府统治和治理西藏地方的法令法规，系继《钦定藏内善后章程二十九条》之后又一部治理西藏的较为全面的法令文件。
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从这二十八条来看，琦善的主要目的已经达到：一方面他要振作以往驻藏大臣的积弱之势，因此章程重申驻藏大臣的地位应与达赖喇嘛、班禅平等，明确规定凡商上内六品以上僧俗官员和重要地方的七品僧俗官员的升调，都要呈报驻藏大臣会同达赖喇嘛任命，再次强调西藏涉外事宜由驻藏大臣掌握，从而进一步申明和加强了驻藏大臣代表中央政府管辖西藏地方的权力和地位；另一方面他试图削弱并限制代办的权力，章程规定担任代办的资格及其权力范围，保护达赖喇嘛家族的权益，规定三大寺住持及甘丹寺赤巴的资历等等，从而限制和杜绝了摄政结纳、贪营的机会，避免种种弊端的滋生与流传。
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但琦善的《裁禁商上积弊章程》同样存在一些问题，其中最核心的有两点：
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