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对于地方行政区划和管理制度，十三世达赖喇嘛也进行了改革与调整。还在西藏各大地区设置了“基巧”组织，常设性的地级基巧公署有昌都基巧、山南基巧、日喀则基宗、黑河基巧、江孜基宗、卓木基巧；临时性的地级总管府有：类乌齐总管、波密总管、那曲总管等，加强了对各地基层组织及专门事务的管理和控制，也为现代西藏的地方行政建制奠定了基础。
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表3-1 噶厦辖区
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续表
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与此同时，十三世达赖喇嘛还整顿吏治、完善制度，让一批理解、支持改革的人来参与政治，以保障改革的顺利推行。
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他选派贵族青年到英国、印度学习近代科学文化知识，学成回藏后，委以要职，使他们成为推行新政改革的积极力量；他破除“噶伦”等重要官职由少数大贵族世袭的制度，规定只要是对政府做出过特殊贡献又有才能的人，即使是中小贵族或者贫民也可以晋升为噶伦。比如，他的随身侍从达桑占堆本为平民出身，但因护卫达赖喇嘛返藏有功，被破例晋封为札萨，任藏军总司令，随后又被委任为噶伦。这就是西藏近代史上著名的擦绒·达桑占堆，他是一个改革论者和西方社会制度的崇拜者，是亲英派的代表，“他把自己的孩子送进了大吉岭的学校上学，一些官员，虽然为数很少，也以他为榜样”。[3]十三世达赖于“新政之初”即挑选贵族子弟到英国留学，但大贵族都出于种种考虑而一概婉言谢绝，他再从中等贵族的子弟中挑选。被选中的有强俄巴·仁增多吉、门仲·齐洛贵木桑、吉普·旺堆罗布、果卡尔瓦·索朗木贡布四位少年。1913年，由西藏地方政府孜本龙夏·多吉次杰带领，经加尔各答坐轮船前往伦敦。强俄巴·仁增多吉等四位贵族少年到伦敦后，由于不懂英语和现代自然科学，一切课程均从小学读起，既学英语，又学数理化课程，经多年补习后才进入诺裴里大学，该校条件很好，可与牛津大学和剑桥大学齐名，到该校学习的人，多是印度王室、英国贵族和大资本家的子弟。进入专业课程时，门仲·齐洛贵木桑学习矿业，吉普·旺堆罗布学习邮电，果卡尔瓦·索朗木贡布学习军事，强俄巴·仁增多吉学习电力。强俄巴·仁增多吉学习专业的同时，还悄悄地学习制造枪支弹药。[4]这是十三世达赖喇嘛在西藏地方推行“新政”后，有组织的外派“留学生”。所派贵族子弟从英国学成归来后，分别委任负责筹办各项新兴事业，故“留学风气在第十三世达赖在世时曾盛行一时”[5]。
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此外，十三世达赖喇嘛还多次颁布命令，大力整顿吏治，如藏历水猴年十二月上旬吉日（1933年1月），达赖喇嘛“向各寺庙和宗谿发布之训令”指出：“以三大寺为首的各不同教派之僧众”，“宗谿的宗本、谿堆为首的诸头人”，“宗谿长老、头人”，“对百姓要不偏不倚，依法征派差税，不准徇私或随心所欲，巧立名目增派新差税，危害人民”，“不能随便行施上述处罚”，“不许援引以往陋规搁置不问，马虎了事”，“要自己重视自己的职守”，对私设公堂拷打犯人至死的，还要上报西藏地方政府进行处理；“宗谿长老、头人不得借口从中贪污、欺压百姓，应加强管理和巡查”，等等。[6]可见，十三世达赖喇嘛严禁僧俗官员曲解西藏地方政府的命令，独断专行，敲诈摊派，以减轻百姓负担。这一切措施，都表明了他对整顿吏治的重视。
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这些政治方面的改革措施，让十三世达赖喇嘛加强了自己在西藏地方政府中执掌大权的地位。
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（二）经济上：改革经济制度，创办近代实业
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由于宗教的信仰，西藏各地有众多的神山、圣湖、灵地，都实行严格的封禁政策，严重限制了土地资源的开发利用。为推动西藏农业发展，鼓励人民开垦荒地，继光绪二十五年（1899年），十三世达赖颁布文告，鼓励开垦土地、发展农业生产之后，又在1913年《水牛年文告》中明确提出：“今后，凡在有共荒山野川开荒造地，种植杨柳蘖刺，谋求福利的勤劳门户，政府、贵族、寺院三方不得阻拦，并免征三年差税。三年过后，按土地面积和收获多寡，或征税、或租赁。在固定土地主人时，须官民双方共同认可。”[7]这一规定，从字面上看，大大鼓励了广大失地农民的生产积极性，在一定程度上促进了西藏农业生产的发展。但在实际执行中，按照西藏地方政府的法规，所有土地都要计入宗谿管理，该文告中所说的“在固定土地主人时，须官民双方共同认可”，指的是宗政府与谿卡农奴主双方的共同认可，而不是宗政府和差巴、堆穷的双方认可，当时，西藏的农奴不可能有人身自由和人权，即根本不配有任何属于自己的权利，包括租种和开荒的土地，都是三大领主的，这是西藏民间所谓“没有无主之地”的实际情况，以此按照“永系”制度缴纳税赋，[8]无论差巴、堆穷[9]都要按照人身依附的农奴主和土地所依附的庄园交税支差，农奴们即使是开垦了荒地也不可能有多少收益，而受益最大的是西藏谿卡的庄园主。西藏地方从清末到民国时期，几十年间新垦土地约200万亩（参阅本书上册第二章），这些新垦土地在征税之后，对于改善西藏地方政府的财政状况有着不小的补益，其中被称为“马岗”的土地，附着于其上的税赋和差役都是为藏军服务的。
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在税收制度上，为了扩大西藏地方政府的收入，十三世达赖喇嘛对西藏地方的税收制度进行改革和整顿。辛亥革命后，随着英印商品的大量进入和周边贸易的兴盛，西藏地区商品经济日益活跃，十三世达赖喇嘛为开辟财源于1914年开始征收盐税、皮革税和羊毛税等，按5%的税率收取。十三世达赖喇嘛还听从日本人多田等观的建议，在全藏征收人头税和牲畜税，僧人和寺院牲畜“因为优待”而交，“结果出乎意料地集中上来很多钱”。[10]1920年，为获取更多税收解决扩军的军费，成立了“巴希列空”（地粮调查局），对以下几类土地进行调查并征收粮食税：西藏的贵族世家、历代达赖家族、西藏地方政府官员及寺庙以各种不合法方式获取的土地。另外，任命噶伦、代本职位时划拨的庄园，虽占有庄园但尚未在西藏地方政府中任职的贵族。这一办法的实施，一般大的贵族所要缴纳的粮食达到四五千克，较小的贵族也不少于数百克。到十三世达赖喇嘛晚年时期，“征收的粮食已装满了西藏地方政府所有仓库”。[11]这实际上也与“新政”时期新垦了大量土地有关。
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民国时期，尤其是民国初年，南方各省多有组建本省银行的举措，并铸币发行，西藏地方政府也在民国初年整顿币制。在货币制度上，十三世达赖喇嘛下令组建银行，改革西藏币制。当时的西藏，各种货币都可以流通，既有内地的银圆，也有尼泊尔的尼币，其中，英国殖民主义者在印度铸造发行的一种“托剌”金币，在市场上更是流行，形成了多种货币交易的局面。为了整顿这种币制混乱的情况，英印金币成了十三世达赖喇嘛首先要驱逐的对象。为此，十三世达赖喇嘛于1918年委派亲信达桑占东在罗布林卡西侧筹建了罗堆（Norstod）金币厂，当年即批准仿照英属印度“托剌”金币的式样，铸造了“色章郭木”金币。原计划用“色章郭木”金币来取代市面上流通的“托剌”金币，并以此杜绝西藏财富的大量外流。西藏地方铸造的“色章郭木”金币重量和“托剌”金币一样，直径略大，为26.5毫米，厚1.4毫米，略薄于“托剌”金币，面值藏银二十两。按金币上的年代，分别有藏历纪年十五绕迥第五十二、五十三、五十四、五十五年，即1918年、1919年、1920年、1921年四版。到1921年，由于世界金价大幅上涨，每“托剌”黄金涨至藏银三十两，同时，发现英印商人在用货物大量套购金币，致使西藏黄金外流，如继续铸造便会亏本，因此，“色章郭木”金币实际只铸造了三年多，便于1921年停铸了。1913年，西藏地方政府在原查希造币厂旧址建立机器厂，在克什米尔技师的指导下制造枪支弹药，但产品质量太差，于1914年改为造币厂和印刷厂，铸造银币、铜币并印刷单色纸币，这是西藏纸币发行的开始，设计纸币并发行的打算，可能是想有利于西藏商品经济的发展。但西藏地方政府发行的纸币，一开始就是一种不完善的货币，它根本没有准备金制度，也没有物资作保证，而是地方政府根据需要，任意滥发，以此对劳动人民进行残暴的掠夺。[12]在十三世达赖喇嘛的“新政”中，藏币、藏钞最后成了西藏地方政府用以弥补财政赤字的法宝，成为变相掠夺西藏人民生产品的替代物。后来，西藏贵族和寺院从政府借出大量纸币后向人民强迫收购羊毛、皮张、药材、硼砂、食盐等土特产，运到印度去出售，又换回大量的外货，以高价派售给农牧民。实际的效果是，藏钞的滥发，加重了西藏地方的社会危机。在十三世达赖喇嘛“新政”时期，西藏地方还通行印度、尼泊尔等国的金属货币，但由于其铸造质量越来越差，在藏使用逐渐减少；在民间最受欢迎的是民国时期中央政府发行的银圆，因其质地好、成色足，成为买卖交易的硬通货。
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此外，民国时期的西藏地方政府，又先后建立了梅朵吉彩造币厂、罗堆金币厂、朵底造币厂等，并自1926年开始使用机器印刷套色纸币。1931年，将上述各造币厂并入查希电机厂，由西藏地方政府直接管理。[13]
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在“新政”中，十三世达赖喇嘛先后创办了一系列近代实业。1918年，在罗堆金币厂内附设了一个羊毛纺织厂，从印度进口一批毛纺织机，又在西藏本地仿制了一些，生产各色氆氇和毛毯，被称为“色章氆氇”享誉一时，但后来随着罗堆金币厂的停业而停产。1924年，开始在拉萨以北的夺底沟修建西藏第一座水力发电站，两年后125马力（91.875千瓦）的夺底发电站竣工发电，并在罗布林卡安装供电设备，点亮了“西藏的第一盏电灯”。随后，又向拉萨市内大小昭寺，及摄政、司伦、大贵族、大商家的家内供电，虽然也遭受一些保守人士的抵制，毕竟，古老的拉萨也开始接受了近代的科技文明。但后来因为山洪暴发冲毁电站，而经费短缺无法再建，最终停止运营。
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西藏的近代邮政始于晚清，[14]民国后西藏地方政府接办邮务，1912年5月26日（藏历水鼠年四月十九日）自办西藏地方邮政（札康），并陆续发行西藏地方使用的邮票（一说在1918年建立“札康”邮政局，发行地方邮票，这种说法经过考证不准确[15]）。在当年拉萨战事中，新设的邮局和支所被毁，到“新政时期”开始恢复，民国三年（1914年），为了适应邮政业务的发展，西藏地方邮局发行分别为4章噶和8章噶的大面值大票，随着地方局势稍事平顺，又陆续发行了各种面值的邮票。黄慕松1934年入藏时，见拉萨邮局“掌管拉萨到江达、拉萨到江孜、亚东的邮务。发行简单邮票，藏内挂号信资三钱，平信七分五厘，每年收入不过百秤（五千两），一过江孜则不能通邮，需要改贴印度邮票”。[16]
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十三世达赖喇嘛非常关注近代电报事业。1913年藏历七月，他派孜仲强巴年扎负责修建拉萨至工布段的电报事务。[17]1920年，又架设了拉萨到江孜的电线，与英国管理的江孜到印度段的电线接通，开通电话、电报业务，并在1925年成立“达尔康”（电报电话局）进行管理。
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（三）军事上：改革藏军体制，扩充藏军人数
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十三世达赖喇嘛非常重视藏军的改制与扩充。在藏军的组织建设上，他成立和健全了藏军司令部。1912年，设置“基巧钦波”（藏军总指挥），翌年又正式组建“马基康”（藏军司令部），将布达拉宫下面的“雪域”多吉林加以扩建，作为“马基康”所在地。并设“大马基”（正司令官）与“小马基”（副司令官）各1人，由札萨或噶伦担任。司令部统率全军，负责所有藏军的指挥、训练和管理。在经噶厦批准后，向各地驻军分发武器、弹药等装备。其下设有“扎康”（军械局）、“洛局康”（军训局）、“颇康”（军饷局）等机构，分办军中各项具体事务，藏军的组织建设逐渐完备。
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对于藏军的数量，十三世达赖喇嘛在清代3000名藏军编制的基础上进行扩编，原计划组建30个“代本”（团级编制）的兵力，并由藏文的30个字母来命名。但后来因为经费紧张，只成立了12个代本。兵源在以前每马岗地出一个兵役的基础上，每两马岗地增加一个兵役；对于政府、寺庙贵族所经营的土地，在每8岗地出一兵役的基础上，每12岗地增加1个兵役。同时，也提高了藏军的待遇，规定：“代本年俸36品（每品藏银50两）；马基60品；汝本以下则按月发给饷银、实物。以藏银4两5钱、青稞3克（注：1克约为28斤）、酥油及茶各3斤、盐1斤、碱一合作为一份饷。分发时，土兵得一份，定本得两份，甲本得三份，汝本得五份。统由噶厦拨交马基康颇康（军饷局）分发。”[18]
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在藏军的军事训练、武器装备上，十三世达赖喇嘛也进行了现代化的改革。
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为加强藏军素质，提高其战斗力，十三世达赖喇嘛一方面派贵族子弟和青年军官到英国、印度留学，考察军事，学习现代军事编制与武器使用方法；另一方面，又聘请英、印与俄、日军官，如日本军官矢岛保治郎、接受过沙俄军事训练的蒙古人丹巴坚赞等人入藏，于1916年，教练藏军，组建新式藏军。[19]噶厦召集这些英式、俄式、日式操练军，与原有清式操练的藏军一起，进行军事技能比赛，判定优劣，并最终确定新建藏军采用英式训练法。1915年，在江孜筹办了一所军事训练学校，由英军教官用新式战斗方法训练军队、培训军官，并于1921年派遣雪仲巴德门到江孜学习英军的军操。[20]1918年，又组建“仲扎马噶”（贵族军营），专门招收贵族子弟入伍，经英国教官系统培训后担任中下级军官。与此同时，一方面从驻藏川军和驻康防军中收缴大量清汉军的武器；另一方面，从俄国、英国、印度购买大量新式武器。藏军的武器装备也开始逐步更新为现代化的新式武器。达赖喇嘛还派遣藏族青年到英国、印度等地留学，进一步掌握军事知识。1914年，达赖喇嘛令噶厦孜本龙夏带队，选派四名贵族子弟仁岗、门冲、吉卜、岗卡到英国留学，其中最年长的岗卡专门学习军事，“历受军事训练，在约克邑第十联队中（10th Yorkshire）服务十月，在武力（Woolwich）之炮队中服务九月。于此期间，彼始悟战时能行严格军事训练。……岗卡首归西藏，在拉萨以现代方法助练新兵”。1915年12月，达赖派桑班丹曲旺、定恰·多吉坚赞、索南旺杰等贵族子弟和一些士兵前往印度去受训，学习火炮和机枪的使用方法及拆、装等技能；次年，又派索南贡觉等一批青年赴印度学习军事；1923年，达赖又派姜乐建公赴锡金，考察印度军事制度与现代武器的使用方法等，这些措施对提高军队素质作用甚大。
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通过对藏军军事体制、武器装备、训练技术方法的改良和青年军官的培养，古老的藏军面貌为之一变，开始走上了现代化、正规化的道路，作战能力也获得了极大提高，还在1917年的川藏冲突中一度战胜了驻川边军。
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十三世达赖喇嘛对藏军的改革及组建的新式藏军，将清朝时期组建的国防力量彻底改变为半殖民地半封建社会的地方军队，英印军队几乎控制和垄断了藏军的军事教育，其武器装备、训练方法等均仿照英国，甚至采用英国歌曲作为藏军军乐。英印势力通过帮助西藏地方训练藏军，提供武器，虽加快了藏军的近代化进程，但也加深了藏军对英印政府的依赖，仰人鼻息而缺乏自主性，从而使英印在一定程度上控制了藏军，进一步强化了西藏地方的半殖民地程度。由于大力扩充武装力量，进口现代武器，改变了辛亥革命之前西藏地方政府的主要开支在宗教方面的原有格局，使军费支出急剧膨胀，甚至到了难以维系的地步，又导致贵族及寺院集团与藏军之间的矛盾时有爆发。