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至于甘州回鹘何时独立建国，学界则见仁见智，说法不一。有865年、870年以前、872年、884年以前、884～887年之间、890年、894年、895～900年之间及10世纪初等多种意见。出现这种现象的主要原因在于史书对甘州回鹘的立国时间没有明确记载，即使偶有提及，亦显得混乱不清，颇多抵牾。
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回鹘本为游牧民族，迁入河西者，虽先归吐蕃，继而又为归义军政权所属，但各部仍保有相对的独立性，并拥有自己的政权组织形式——族帐。洪皓在《松漠纪闻》中记载说：“回鹘自唐末浸微……甘、凉、瓜、沙旧皆有族帐……居四郡外地者，颇自为国，各有君长。”[34]这一记载反映了河西甘、凉、瓜、沙诸地的回鹘，都是独立的族帐，各族帐也都有相应的首领。
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据唐朝史料记载，早在乾符初年（874年），驻扎于甘州附近的回鹘即曾遣使入唐，“屡求册命”。唐政府遂派郗宗莒为使前往册立，只是在此期间，回鹘集团被吐谷浑、嗢末打散，不知何往，使册命活动未能遂愿。唐廷于是“诏宗莒以玉册、国信授灵盐节度使唐弘夫掌之，还京师”。[35]第二年，这支回鹘势力还至罗川，且遣使入贡于宋，获赐绢万匹。按，这里的“罗川”，应为“合罗川”，即今甘肃省西北部和内蒙古自治区西部的河流——额济纳河，又名弱水，为黑河的组成部分，在甘州城北之沙漠草原中。这些记载说明，张掖一带自9世纪中叶以来，一直有具有独立或半独立性质的回鹘集团存在。
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在写成于中和四年（884年）的S.389《肃州防戍都状》中，第一次出现了“回鹘王”一称，该文献首全尾残，文字如下：
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肃州防戍都状上：
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右当都两军军将及百姓并平善，提备一切仍旧。
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自十月卅日崔大夫到城家，军将索仁安等便将本州岛印与崔大夫。其大夫称授防御使，讫全不授。其副使索仁安今月六日往向东，随从将廿人，称于回鹘王边充使，将赤（）父马一匹、白鹰一联，上与回鹘王。二乃有妹一人，先嫁与凉州田特罗禄。其妹夫身死，取前件妹，兼取肃州旧人户十家五家。其肃州印，崔大夫称不将与凉州防御使，去不得。其索仁安临发之时，且称将去。发后，其印避崔大夫，衷私在汜建立边留下。
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又今月七日，甘州人杨略奴等五人充使到肃州。称：其甘州吐蕃三百，细小相兼五百余众，及退浑王拨乞狸等十一月一日并往，归入本国。其退浑王拨乞狸，妻则牵驮，夫则遮驱，眷属细小等廿已来随往，极甚苦切，余者百姓、奴、客并不听去。先送崔大夫回鹘九人，内七人便随后寻吐蕃踪亦（迹）往向南。二人牵栊嘉麟，报去甘州共回鹘和断事由。其回鹘王称：须得龙王弟及十五家只（质），便和为定。其龙王弟不听充只（质），若发遣我回鹘内入只（质），奈可（何）自死。缘弟不听，龙王更发使一件。其弟推患风疾，不堪充只（质）。更有迤次弟一人及儿二人。内堪者发遣一人及十五家只（质），得不得，取可汗处分。其使今即未回。
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其龙王衷私，发遣僧一人，于凉州嗢末首令（领）边充使。将文书称：我龙家共回鹘和定已后，恐被回鹘侵凌，甘州事须发遣嗢末三百家已来，同住甘州，似将牢古（固）。如若不来，我甘州便共回鹘为一家，讨你嗢末，莫道不报。
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其吐蕃入国去后，龙家三百众衙商量，城内绝无粮用者。拣得龙家丁壮及细小壹伯（佰）玖人，退浑、达票、拱榆、昔达票、阿吴等细小共柒拾贰人，旧通颊肆拾人，羌大小叁拾柒人，共计贰百伍拾柒（捌）人。今月九日并用肃州，且令逐粮居。（后残）[36]
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该文献反映的是“甘州与回鹘和断事”，其中出现的最后日期为十一月九日。与之相连的为《中和四年（884年）十一月一日肃州防戍都营田康使君县丞张胜君等状》，编号为S. 2589，首残尾全，兹节录其文字如下：
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宋输略等七人从祁（邠）州出，于河州路过，到凉州，其同行回鹘使，并在祁（邠）州先准诠□君路上遭贼，落在党项□，祁（邠）州都度赎与祁（邠）州郎君二人及娘子家累军将尚住等廿人，输略等亲自见面并在祁（邠）州淮诠郎君拟末使发来，缘装束不办，发赴不得，其草贼黄巢被尚让共黄巢弟二人，煞却于西川进头。皇帝回驾，取今年十月七日的入长安，游奕使白永吉、押衙阴清儿等，十月十八日平善已达嘉麟，缘凉州闹乱，郑尚书共□□诤（争）位之次，不敢东行，宋盈润一行□□凉州未发，其甘州共回鹘和断未定，二百回鹘常在甘州左右捉道劫掠，甘州自胡进达去后，更无人来往，白永吉、宋盈润、阴清儿各有状一封，并同封角内，专差官健康清奴驰状通报，一一谨具如前，谨录状上。
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牒件状如前，谨牒。
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（中和四年十一月一日肃州防戍都营田康使君县承（丞）张胜君等状。[37]）
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二者反映的为同一事件，时间上也恰好可以相互衔接，应是肃州防戍都营田康使君、县丞张胜君等先后紧接着向归义军政府上呈的报告。[38]S. 2589时间靠前，即中和四年（884年）十一月一日，S.389稍后。其中出现的“回鹘王”，当即甘州回鹘集团的早期或第一任统治者，唯名号未知。
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也就是说，早在874年至884年之间，甘州回鹘政权的雏形已基本形成，但尚未进入甘州城。那么，回鹘是何时占领甘州的呢？史书与敦煌文献均未见明确记载。
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从S. 2589与S. 389两件《肃州防戍都状》看，中和四年（884年）十一月初，占据甘州的是龙家，但回鹘人不时“在甘州左右捉道劫掠”。于是，龙家与回鹘进行谈判，并讨价还价。至同年十一月九日，龙家和退浑、羌及其他部落，以“缺粮”为借口而决定放弃甘州，迁入肃州逐粮。甘州遂成为空城，回鹘唾手得之。
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在敦煌发现的吐蕃文写本中，P. T. 1082为《登里埃部可汗回文》，文曰：
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登里埃部可汗之复函回文……甘州官寨业已残破，无修缮官寨之工匠。去借后，发来工匠，十分高兴。官寨已开始维修，尚遗留小部分顶盖，经一再去函请求，也曾派来工匠。工匠来已一年……已下令发粮饷，尚论……由……派遣！画匠工作得不好。秋季七月中……打发来。[39]
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文书写成的年代于史无征，但内容反映的是回鹘占据甘州，以之为都而进行修复的情况。故学界称之为回鹘天睦可汗致沙州仆射张淮深书，写成年代经考证当为889年。[40]从中可以看出，由于甘州城墙官寨已破损，回鹘正在其废墟上建立宫殿，故而请求张淮深派遣建筑工匠，以至管理人员，并转告金匠监派有名的金匠来打造金器。
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甘州政权建立伊始，相当穷困，有求于归义军，地位自然应低于沙州。直到张承奉时代，甘州回鹘才在与归义军的角逐中逐步占据上风。S. 3905《天复元年辛酉岁（901）闰月十八日金光明寺造窟上梁文》载：“猃狁狼心犯塞，焚烧香阁摧残”，讲述的就是天复元年（901年）七月后，甘州回鹘进攻沙州并将金光明寺焚毁之事。此后，甘州回鹘又多次攻打沙州，并于911年围困敦煌，迫使张承奉签订城下之盟，承认回鹘可汗是父，而张承奉则屈尊为子。
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