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第二天，孙文亲自约见吴景濂，婉转地说：“你还不是我党党员，不能修改我党的党书。等你入党后，我一定设法采纳你的意见，把入党书改正。”但吴景濂的脑筋转不过来，也许他觉得，如果我的意见是对的，为什么不能马上改呢？如果是错的，为什么以后又要设法改呢？所以他坚持要先修改入党书，然后再入党，否则一入了党，就等于承认服从孙文，再无发言余地了。两人谈不拢，吴景濂入党一事，便搁下来了。
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11月25日，孙文、林森率部分国会议员，离开上海，乘船南返。吴景濂深知很难说服孙文，但要他管束议员又做不到。他不希望出现正面冲突的结果，干脆以养病为由，暂缓赴粤。大部分议员也都在上海观望。
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三天后，孙文一行人抵达广州。当琶洲宝塔在烟水迷茫中渐渐显现时，孙文异常兴奋。青山不改，绿水长流，没有什么能够挡得住他坚定向前的步伐。
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军政府设在原督军署，背靠观音山，前面是一条清澈的小溪流过，左右的鱼塘泛着粼粼波光。这里春天藻荇交横，倒也有几分田园风光，但如今正值深秋，山上山下，一片肃杀。伍廷芳兼外交部长，暂住在军府内；唐绍仪兼财政部长，以亚洲酒店为行邸。孙文自兼内政部长，陈炯明任陆军部长，唐继尧任交通部长，徐廉任司法部长，李烈任参谋部长，马君武任秘书厅厅长。这时，集中在广州的国会议员，仅220余人。
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对孙文和国会的南下，陈炯明的内心非常矛盾。这时湖南已宣布自治，不卷入南北之争，正在热热闹闹地筹备制定自己的省宪法。邻家办喜事，陈炯明也希望在广东推行自治，运用他在漳州的经验，为联省自治树立一个典范，实现粤、桂、湘、滇、黔、川、浙、赣、闽及东三省的12省联省自治政府，不用兵而达致真正的统一。在他的蓝图中，广东自治将分三步走，第一步实行地方自治，第二步制定省宪，第三步建设广东为模范省，收风移天下之效。
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陈炯明急不可待地干起来了。11月23日，广东基督教拒赌会联合各界，举行声势浩大的广东人民请愿禁赌大巡行。陈炯明亲自接见请愿群众，宣布从12月1日开始，全面禁绝广东赌博。是日，全省赌馆果然全部关闭。12月6日，陈炯明重申禁烟令，凡私吸私售鸦片，一律施以重罚。
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1920年10月，广州军政府委任陈炯明为广东省长兼粤军总司令。他希望效仿湖南，在广东推行自治。在他的蓝图中，广东自治将分三步走，第一步实行地方自治，第二步制定省宪，第三步建设广东为模范省，收风移天下之效。对孙文和国会的南下，陈炯明的内心非常矛盾。
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陈炯明在广州设立现代化市政府，任命孙科为广州市长。继广州成立市政厅之后，海口、高州、北海、江门、惠阳、汕尾等地的市政厅（局）也先后成立。各地拆城墙、修道路、筑公园，推行市政建设，进行得如火如荼。
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政府还规定，所有医生（不论中西医）均须注册，方能执业。所有机动车、人力车、汽船、民船，亦须注册。市民生死婚嫁，都要实行登记注册。酒肆旅馆戏院和公共娱乐场，要执行政府颁布的卫生规则；卫生局每天派人打扫街道，疏通改造市内排水管和沟渠，举办卫生知识展览，印制了许多宣传食物卫生的小册子，逐家逐户派发。
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短暂的和平时期，给了陈炯明一个尽展抱负的机会。然而，军政府毕竟是存在的，需要孙文回到广东恢复军政府，然后以合法方式结束它，让历史可以顺利翻过这一页。如果孙文能如此，陈炯明对他南下无比欢迎，但如果继续实行武力统一政策，以广东为大本营，又建立全国政府，选举总统，激起新一轮的南北战争，则非陈炯明所愿意。北京《晨报》说：“府院方面迭接驻粤各委员来电报告，陈炯明态度极不明。”事实上，他态度不明，是因为拿不准孙文和国会到底是什么意图。
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当时广东许多民间团体，都希望过几年太平日子，并不欢迎军政府和国会回来。这令陈炯明更加举棋不定。11月16日，孙文与唐继尧、伍廷芳联名通电，支持成立联省政府，主张“推广平民教育，振兴农工事业，整理地方财政，发展道路交通，裁撤无用军队，实行地方自治”。但这个“联省政府”的设计，马上招来章太炎的猛烈批评，他指出联省自治应分三步走，第一步是各省自治，第二步是联省自治，第三步才是成立联省政府，岂有未自治就成立联省政府的。所谓联省政府，恰成自治的障碍。
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孙文离开上海前夕，《晨报》登了一条新闻说：广州参议院会议议决，请孙、伍、唐返粤改组军政府，催议员返省。会后议员见陈炯明，陈均表赞成。这些参议院议员，指的是那些留在广州的政学系议员。
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两天后，粤军总参议黄强接见记者，强烈否认陈炯明欢迎国会之说。他说：“至于大局问题，一听上海和会解决，报章所载竞公（陈炯明字竞存）发电欢迎军府国会，全非事实。”黄强继而痛骂政学系议员：“一班政学会议员，从前为岑老三保驾打消不信任案，现尚留粤，在广州大出风头，乱发电报，此等人民代表，真中国之羞。无以名之，名之曰：‘不要面孔。’种祸广东，全是这班东西！”
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当记者追问，陈炯明是否同意国会在广州重新集会时，黄强斩钉截铁地说：“我们未叫其在广东开会，只叫其在上海开会而已。”他还点了几个议员的名字，大骂一通，要求记者原文照发。但第二天黄强又打电话给记者，表示昨日谈话“深非事实”。很可能，他的谈话太过直率、激烈，为陈炯明所制止，不得不收回。
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陈炯明虽然有自己的政治路线图，但孙文凭着辉煌的个人历史、崇隆的人望和超人的意志力，陈炯明预先安排的“河道”，怎么可能限制得了他？他轻轻一挥手，就扫得无影无踪了。
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1921年元旦，孙文发表新年演说，把他自己仍然担任总裁的军政府，形容得一钱不值：“至以军政府机关而言，外人眼中视之，殆与前清时代之营务处等。此种机关，岂能代表中华民国而与北庭对抗乎？”他开门见山地提出自己的方针：“此次军政府回粤，其责任固在继续护法，但我观察现在大势，护法断断不能解决根本问题。吾人从今日起，不可不拿定方针，开一新纪元，巩固中华民国基础，削平叛乱。”其方针一言以蔽之：“即建设正式政府是也。”
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打了三年多的“护法”旗号，从此可以收起来了。1月6日，孙文对南北统一问题发表意见，他提出的统一条件是：“广州为护法省份，将来统一告成后，南北应有对等之兵力。而统率南北军权之最高机关，应设在广州。否则，余非达到以南方统一北方之目的不止。”这个条件如果是不容讨论的底线，那么，南北和谈的大门，其实已经关上了。
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国会现场：1911-1928 [:1706781257]
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非常大总统
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吴景濂曾经说他无权制裁议员，现在，军政府要“替天行道”了。孙文在上海时，已流露出要抛开国会，直接实行革命的念头，回广州后，一度拒绝与议员见面，经过议员竭力斡旋，答应开国会、选总统，孙文这才稍稍缓和，但坚持要制裁当初留在广州的政学系“附逆议员”。
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1921年1月12日，非常国会两院开联合会，由21人组成的审查委员会，开始审查议员附逆案。所谓“附逆”的标准为：一、曾通电破坏宪法会议者；二、一曾通电批评伍廷芳携款潜逃者；三、曾任岑春煊政府各职者；四、曾提案补选伪总裁者；五、曾领赴滇路费复回粤者。总而言之，凡支持岑春煊、陆荣廷军政府者，基本上都被列入“附逆”名单之中。
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经过七天的审查，在二百多名国会非常会议的议员中，“计通电坏宪者2人，诬伍者24人，任岑政府职者34人，僭议长秘书者7人，提补选总裁案者27人，另领赴滇费复回粤者数十人，不在内”。仅前五项，即达94人，他们的议员资格，将被剥夺。大部分反对派被扫地出门之后，孙文敦促吴景濂，尽早率在上海的议员到广东，为国会重开，成立正式政府做准备。
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眼看着局势一步一步朝着自己最不乐见的方向发展，陈炯明如急杵捣心。他并不是完全反对选举总统，只是反对违反《总统选举法》的“速选”。如果在实现了联省自治之后，有了良好的自治基础，成立联省政府，再行选举总统或执政，乃水到渠成之事，何必急于一时。
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1917年8月，因黎元洪解散国会，各议员相继南下，在广州开非常会议；至1918年8月，改为正式集会；1920年4月，因反对桂系，转迁蜀滇，复改为非常会议；1921年返粤开会，初时仍拟分两院办事，不及数日，又改为非常会议。如此翻云覆雨、侜张为幻，国会的尊严早已丧失殆尽。