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不幸接踵而至。就在段祺瑞来到威海的第二年，其父段从文在赶到威海看望儿子后，在回家途中被盗贼所害（离家不过三十里地），盘缠掳掠一空，年仅39岁。噩耗传到威海后，段祺瑞请假奔丧而未获得批准。八个月后，段祺瑞的母亲因为哀痛过度，也不幸亡故。一年之内，父母双亡，段祺瑞这次才被批准回家奔丧。
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家庭的变故和养家糊口的重担，使得段祺瑞心事重重，愁眉不展。作为普通一兵，段祺瑞是看不到生活的希望的。不过，时来运转的是，李鸿章在1885年创立了天津武备学堂并拟从淮军中招收学员。段祺瑞听说这一消息后喜出望外，他决心要抓住这改变命运的绝好机会，于是立刻报名应征并考试中名列前茅，最终被选入炮兵科学习。
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天津武备学堂是中国近代历史上第一所陆军学堂，当时聘请了一些德国军事教官，所学习的军事课程和武器也都是来自德国。在两年的学习期间，段祺瑞学习了天文地理、格致军器、测绘算法、炮台营垒、行军布阵等新式课程，另外也兼修了经史子集等中国传统学问。1887年，段祺瑞以“最优等”的成绩从学堂毕业，成为首批学员中的佼佼者。
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毕业后的段祺瑞并没有直接下连队带兵，而是先派到旅顺监修炮台。1888年冬，李鸿章请求朝廷选派军事学员前往德国留学，段祺瑞再次被选中。1889年春，在督学荫昌的带领下（荫昌是满人，之前曾在德国学习军事），段祺瑞随同商德全等五个校友远赴德国深造。
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到德国后，段祺瑞等人进入柏林军事学校学习。在其他人已经学成回国后，段祺瑞被指派前往克虏伯兵工厂实习，以熟悉并学习世界最先进火炮的制造和使用技术。直到1890年底，25岁的段祺瑞才返回国内，在进入北洋军械局不久，又调入威海随营学堂充当教习。
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可惜的是，当时的清军对这些军校毕业生不甚重视，他们中的大多数人都是被委以教习之类的闲职，而没能进入军营中做带兵官。当时的军界风气，那些行伍出身的旧派军官大都看不起军校毕业生，他们认为这些娃娃兵没有实际作战经验，不能委以重任，即便段祺瑞这样留洋回来的优秀军官，也屡屡遭到这些旧军官的排挤。
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直到甲午战争，段祺瑞等人的机会才最终到来。由于湘淮旧军在战争中的拙劣表现，清廷决定按西式兵法编练一支新军，这就是后来袁世凯的“小站练兵”。由于军事人才极度匮乏，袁世凯随后请当时任天津武备学堂总办的荫昌推荐人才，而段祺瑞便成为其中的幸运儿。
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袁世凯的新建陆军是一支拥有步兵、骑兵、炮兵、工程兵等多兵种的新式部队，其中炮兵就有近两千人。段祺瑞加入新建陆军后被委任为炮队统带，并得到袁世凯的极大重视。当时段祺瑞带的这支炮队有速射炮、重炮等六十门，战马近五百匹，这也是中国近代历史上第一支正规化的炮兵部队，段祺瑞也可以说的中国第一任炮兵司令（火炮是近代战争之王！）。
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在跟随袁世凯编练新军的过程中，段祺瑞不但亲自带兵，而且还陆续担任随营学堂的教习或总办，由此形成的师生关系又派生出自己的势力，这对后来的军阀割据形势产生了重大影响，这是后话（冯国璋也是如此）。
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据称，袁世凯对直接掌握兵权的段祺瑞也不甚放心。最开始的时候，段祺瑞是北洋第三镇的统制，等到他把第三镇弄得像模像样的时候，袁世凯便将他改调第四镇担任统制，紧接着又调往第六镇。袁世凯最初的目的，是防止段祺瑞在某个部队中呆的时间过长，以至于培养自己的亲信，但将段祺瑞调来调去的结果却是让北洋六镇中的半数人马成了老段的部下。由此，段祺瑞成为在北洋军中仅次于袁世凯的第一人，也可以称得上是北洋军的副统帅了。
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随着袁世凯势力的不断扩大，段祺瑞、王士珍、冯国璋等人也是步步升迁，北洋系在清末政局中已经初现端倪。尽管袁世凯在1908年被摄政王载沣赶回老家，但段祺瑞等人仍旧手握重兵，并与袁世凯暗通来往，这也是袁世凯再度出山的最大本钱。
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在武昌起义后，身在前线督战的段祺瑞在袁世凯的授意下发出逼宫的通电，最终促成清帝退位。攫取了政权的袁世凯，当然也没有亏待立下大功的段祺瑞，在内阁成员屡屡更换的情况下，唯独段祺瑞的陆军总长职位巍然不动。民国初年的段祺瑞，对袁世凯也确实是忠心耿耿，言听计从，加上段祺瑞又续娶了袁世凯的义女，两人的关系可谓是十分融洽。
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直到后来，袁世凯突然萌生称帝野心，两人关系随之急转直下。段祺瑞因为领衔发出逼宫通电，无论如何也不能接受再出一个皇帝……哪怕是袁世凯也不行。
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你想啊，如果是共和体制，等袁世凯死了，段祺瑞也是有机会做总统的，但要是袁世凯搞“家天下”，那就一点机会都没有了；再说了，段祺瑞之前反对帝制，如今又拥护袁世凯称帝，自己算个什么东西？在多次苦谏议之后，段祺瑞见袁世凯已经无法回心转意，只好称病不出，两人关系就此闹僵。
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由于多年的恩遇和亲眷关系，段祺瑞并没有公开站出来反对袁世凯称帝，而只是自己躲起来生闷气。直到1916年护国战争爆发后，袁世凯陷入到众叛亲离的境地，只好再次把段祺瑞找出来帮忙。可惜的是，此时的老袁已经去日不多，在临终前，袁世凯将国事托付给段祺瑞，老段也就自命为北洋系的接班人了。
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由此，袁世凯闹了半天帝制，死后非但没有被追究责任，反而被待以“国葬”的大礼，这不能不说是段祺瑞的功劳。就算是袁世凯的长子袁克定，这位在闹帝制时与老段形同水火的“太子爷”，也多次向老段致谢并诚心诚意的说：“这事多亏了总理！”
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袁世凯的时代结束了，出任国务总理的段祺瑞也就此登上了权力的顶峰，接管了中央政府的全部军政大权。不过有一点，老段是不甚情愿的，那就是非北洋系的黎元洪还是依法接任了大总统。好在这位名义上的国家元首手中并无一兵一卒，他要想和老段及其盘根错节的北洋系相争，恐怕难度大了点。
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北洋往事：那些军阀那些人 [:1706799492]
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北洋往事：那些军阀那些人
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三一 “菩萨好拜，小鬼难缠”
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段祺瑞内阁成立后，中央政府算是周齐妥当了，但地方上还是外甥打灯笼……照舅（照旧），只不过由段内阁列一名单另加任命，以表示事实承认而已。
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当时的地方情况如下：奉天督军张作霖、吉林督军孟恩远、黑龙江督军毕桂芳、直隶督军朱家宝、山东督军张怀芝、河南督军赵倜、山西督军阎锡山、江苏督军冯国璋、安徽督军张勋、江西督军李纯、福建督军李厚基、浙江督军吕公望、湖北督军王占元、湖南督军陈宦、陕西督军陈树藩、四川督军蔡锷、广东督军陆荣廷、广西督军陈炳焜、云南督军唐继尧、贵州督军刘显世、甘肃督军张广建、新疆督军杨增新。
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要说起这二十二省，其实大都是北洋系的势力，黎总统虽说有南方数省遥尊为领袖，但他困守北京，终究是远水解不了近渴，难以仰仗实效。不过，黎元洪也有办法，那就是重开国会，这倒是一个不错的抓手，可以用来牵制老段的势力。
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1916年8月1日，阔别多年的第一届国会议员们齐聚京城，其中参议院138人，众议院318人，人数刚刚过半（第一届国会俗称“八百罗汉”，总人数应当在820人）。在被袁世凯解散后，这些国会议员们散落各地，这次得以重逢并再次召开国会，真是悲喜交集，心情十分复杂。国会开幕那天，黎元洪、段祺瑞等文武官员也都纷纷到场祝贺，当天会议的一个重要内容，便是黎元洪按照《大总统选举法》进行宣誓。在黎总统誓毕后，议员们忍不住一齐欢呼“民国万岁”、“总统万岁”，时光仿佛又回到了当年国会初开的盛况。