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明治十九年（1886）3月18日，成立了陆海军联合参谋本部，规定参谋本部的本部长由皇族人士出任，下设两名次长，陆海军各一个名额，其下又设有陆军部和海军部。以期参谋总部成为一个统合陆海军的中央军令机关。3月22日，海军军事部废止。但是，由于陆海军的矛盾，这个联合参谋本部最终在明治二十二年（1889）2月解散。到甲午战争爆发前的明治二十六年（1893），设立了独立的海军军令部。[57]该部门下辖四个部：第一部（作战）、第二部（军备）、第三部（情报）、第四部（通信），平时主管日本海军的作战与用兵计划，战时为各舰队的直属长官，并确定作战目标。海军省则成为专管海军政策、军备、人事、教育等事务的军政机关。
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至此正式形成了陆军省为日本陆军最高军政机构，海军省为日本海军最高军政机构；参谋本部为日本陆军最高军令机构，海军军令部为日本海军最高军令机构的格局。在当时这是一个非常先进的结构。尽管后来出现了军部政治的毒瘤，但其原因绝非源自参谋机构本身，而是源自日本宪法的先天缺陷——天皇直接统帅陆海军，从而造成军事系统和文治系统的平行结构。有无独立的军令机构，军部政治都会形成。如果说这中间有值得检讨的问题，即在于因为陆海军间的军种矛盾而未能形成陆海军一元化的军令机构，是日本军事制度的一大不足，严重限制了日本陆海军联合作战的能力，日本也意识到这一点，通过设立战时大本营的方式进行弥补。在明治二十六年的5月19日，制定了“大本营条例”，以大本营作为战时统一指挥陆海军作战的一元化军令机构。[58]无论如何，作为一个后发国家，日本能够在短短二十余年内形成完备的军政、军令机构，已算是杰出的成绩。
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2. 舰队建设
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如果说师团是日本陆军的基本战略单位，舰队就是日本海军的基本战略单位。如何完善舰队的编制、部署和指挥管理，是后发国家发展海军的重大课题。
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经过长期摸索，日本海军在明治十七年（1884）10月1日颁布“舰队编制例”、“舰队职员条例”，规定“舰队”由三艘以上的“军舰”组成。[59]这里的“军舰”亦有特殊定义，特指可以单舰为最小战斗单位遂行任务的军用舰船。[60]根据实际情况需要，将两支以上的舰队编组行动时，称为“联合舰队”。虽然日本要到10年后甲午战争爆发时才第一次正式编成联合舰队，但编制上的准备则显然在此时就已经完成了。
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明治二十二年（1889）7月24日，制定了“舰队条例”，明确了舰队直隶天皇，军政管理归海军大臣负责的责任关系。7月24日，原常备小舰队更名为常备舰队，下辖浪速、高千穗、扶桑、高雄、葛城、大和等六艘军舰。甲午战争爆发前夕的明治二十七年（1894）7月13日又组建了警备舰队，6天后改称西海舰队，具备了组建联合舰队的基础。
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3. 现代兵役制度
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明治六年（1873）1月10日，日本推行征兵制。海军因为装备有限，尚不需要大规模的人力支持，但对兵员素质要求较高，故海军仍采取志愿兵制，直到明治二十年（1887），由于舰船和后勤系统都大幅度增加，这才开始实行征兵制。[61]至甲午战争前夕，日本海军的人员构成如下表：
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甲午战争开战时的日本海军人员表[62]
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4. 基地建设与镇守府制度
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对海军而言，基地的重要性不亚于舰队。基地不仅是舰队的母港，而且是连接作战系统与后勤系统和协调海上行动与沿海防御的重要据点。单个基地的发展已属不易，站在战略全局的立场协调不同基地的选点，进而整合陆上系统和海上系统，形成海军的综合战力，更可以说是一个比建设、维护舰队还要困难的事情。
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明治四年（1871），日本兵部省内设立了海军提督府，对海军的岸上设施和机构进行管理。但由于当时日本海军的规模非常小，所以尚未设立专职军港。直到明治七年（1874），才决定在太平洋沿岸和日本海沿岸各经营一个军港。最初的原则是让基地尽量接近固有造船厂和维修中心，所以选中了大津村和鹿儿岛，分别设立第一提督府和第二提督府。[63]但是，同年的侵略台湾事件，展示了长崎便于海外远征的位置优势。明治八年（1875）10月28日，海军省又转而决定分别以横滨和长崎为基地，将提督府辖区划分为东海区和西海区。[64]
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但是，当时的长崎和横滨都是幕府时期就被迫向列强开放的通商口岸。外国军舰和商船往来不息，列强水兵甚至常常上岸进行射击训练，一如其在上海租界的行为。对此，同样为不平等条约所困扰的日本政府非常无奈，数次修约努力又都归于失败，这就为相关港口的管理带来巨大困难。日本高层被迫承认，长崎和横滨在相当一段时期内都不是合适的海军基地。于是，在明治九年（1876）5月29日，川村纯义海军大辅提出另选地址，在日本东西南北四方各设一个镇守府，每个镇守府配备一支舰队，以期达到“镇定四海”的作用。但当时日本既没有这么多军舰，也没有发展四个镇守府的力量。所以，8月31日，太政大臣传达了废除东部、西部指挥官，另设立东海、西海两个镇守府的通告。9月1日，制定了海军镇守府章程。9月14日，东海镇守府率先开设，原提督府则废除。明治十五年（1882）10月12日，为东海镇守府配备了11艘军舰组成的中舰队。明治十七年（1884）12月15日，东海镇守府迁往横须贺，改称横须贺镇守府，并开始制定新的镇守府条例。
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明治十九年（1886）4月22日，“镇守府官制”规定，镇守府司令长官下辖参谋部、军医部、主计部、造船部、兵器部、建筑部、军法会议、监狱、军港司令部、预备舰部、水雷部、航海部、军政会议（重要事项的审议机关）。[65]此外，还颁布了《海军条例》，效法法国，将全国海域划分为五个海军区，每个区设立一个镇守府，配备一支舰队，以形成五海军区、五镇守府、五舰队格局：
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这个方案一经提出，便被抨击为食洋不化。事实上虽然进行了五个海军区的划分，却从未落实五个镇守府的方案。吴港镇守府与佐世保镇守府要到明治二十二年（1889）7月1日才开设，舞鹤镇守府到明治三十四年（1901）才开始办公，室兰镇守府则始终未开设。等于长期只开设了横须贺一个镇守府。相应的，兵力、资源也高度向该区集中。
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明治二十二年（1889）5月28日，废止“镇守府官制”，新制定了“镇守府条例”，规定镇守府负责所辖海军区的防御，所属舰艇的统率、补给、出动准备，兵员的征募、训练，施政的管理、监督。日本海军人员的兵籍亦隶属于镇守府。由此可见，镇守府兼有如下多重职能：
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（1）舰队母港
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（2）舰船制造、维系基地
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（3）海防要塞
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（4）海军官兵的征募、训练、管理中心
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镇守府司令长官在军政方面接受海军大臣的指示，作战计划方面则接受海军军令部总长的指示。镇守府司令长官的幕僚人员和组织包括：军港司令官、造船部长、兵器部长、会计部长、建筑部长、镇守府卫生会议议长、镇守府会计监督部长、镇守府军法会议。[66]
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同年7月1日，吴港镇守府、佐世保镇守府同时开设。
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