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4. 基地建设与镇守府制度
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对海军而言，基地的重要性不亚于舰队。基地不仅是舰队的母港，而且是连接作战系统与后勤系统和协调海上行动与沿海防御的重要据点。单个基地的发展已属不易，站在战略全局的立场协调不同基地的选点，进而整合陆上系统和海上系统，形成海军的综合战力，更可以说是一个比建设、维护舰队还要困难的事情。
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明治四年（1871），日本兵部省内设立了海军提督府，对海军的岸上设施和机构进行管理。但由于当时日本海军的规模非常小，所以尚未设立专职军港。直到明治七年（1874），才决定在太平洋沿岸和日本海沿岸各经营一个军港。最初的原则是让基地尽量接近固有造船厂和维修中心，所以选中了大津村和鹿儿岛，分别设立第一提督府和第二提督府。[63]但是，同年的侵略台湾事件，展示了长崎便于海外远征的位置优势。明治八年（1875）10月28日，海军省又转而决定分别以横滨和长崎为基地，将提督府辖区划分为东海区和西海区。[64]
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但是，当时的长崎和横滨都是幕府时期就被迫向列强开放的通商口岸。外国军舰和商船往来不息，列强水兵甚至常常上岸进行射击训练，一如其在上海租界的行为。对此，同样为不平等条约所困扰的日本政府非常无奈，数次修约努力又都归于失败，这就为相关港口的管理带来巨大困难。日本高层被迫承认，长崎和横滨在相当一段时期内都不是合适的海军基地。于是，在明治九年（1876）5月29日，川村纯义海军大辅提出另选地址，在日本东西南北四方各设一个镇守府，每个镇守府配备一支舰队，以期达到“镇定四海”的作用。但当时日本既没有这么多军舰，也没有发展四个镇守府的力量。所以，8月31日，太政大臣传达了废除东部、西部指挥官，另设立东海、西海两个镇守府的通告。9月1日，制定了海军镇守府章程。9月14日，东海镇守府率先开设，原提督府则废除。明治十五年（1882）10月12日，为东海镇守府配备了11艘军舰组成的中舰队。明治十七年（1884）12月15日，东海镇守府迁往横须贺，改称横须贺镇守府，并开始制定新的镇守府条例。
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明治十九年（1886）4月22日，“镇守府官制”规定，镇守府司令长官下辖参谋部、军医部、主计部、造船部、兵器部、建筑部、军法会议、监狱、军港司令部、预备舰部、水雷部、航海部、军政会议（重要事项的审议机关）。[65]此外，还颁布了《海军条例》，效法法国，将全国海域划分为五个海军区，每个区设立一个镇守府，配备一支舰队，以形成五海军区、五镇守府、五舰队格局：
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这个方案一经提出，便被抨击为食洋不化。事实上虽然进行了五个海军区的划分，却从未落实五个镇守府的方案。吴港镇守府与佐世保镇守府要到明治二十二年（1889）7月1日才开设，舞鹤镇守府到明治三十四年（1901）才开始办公，室兰镇守府则始终未开设。等于长期只开设了横须贺一个镇守府。相应的，兵力、资源也高度向该区集中。
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明治二十二年（1889）5月28日，废止“镇守府官制”，新制定了“镇守府条例”，规定镇守府负责所辖海军区的防御，所属舰艇的统率、补给、出动准备，兵员的征募、训练，施政的管理、监督。日本海军人员的兵籍亦隶属于镇守府。由此可见，镇守府兼有如下多重职能：
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（1）舰队母港
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（2）舰船制造、维系基地
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（3）海防要塞
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（4）海军官兵的征募、训练、管理中心
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镇守府司令长官在军政方面接受海军大臣的指示，作战计划方面则接受海军军令部总长的指示。镇守府司令长官的幕僚人员和组织包括：军港司令官、造船部长、兵器部长、会计部长、建筑部长、镇守府卫生会议议长、镇守府会计监督部长、镇守府军法会议。[66]
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同年7月1日，吴港镇守府、佐世保镇守府同时开设。
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这就初步形成了五个海军区、三个镇守府，以太平洋沿岸为战略腹地，逐渐将战略重心转移到日本海沿岸的战略布局。镇守府制度和前述军政、军令系统及舰队建设结合在一起，为日本海军的长久发展奠定了坚实的基础。
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5. 海军教育
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早在幕府时代，日本就已经开始引进新式海军教育。但和晚清一样，这种教育高度注重军舰操练，内容非常狭隘。自明治维新后，这种局面迅速被打破。
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明治二年九月十八日（1869年10月22日），新政府在东京筑地原幕府军舰操练所的基础上，开设了海军操练所。[67]同年十一月二十四日，太政官在题为《兵部省前途之大纲》的报告书中明确了海军教育的重要性：“欲使皇国军队迅速统一起来，首先要有可充当教官的人材，否则就难以领导和指挥数千人。有了人材，就可开办学校，进行战术教育，建立海军之基础。”[68]
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明治三年一月十一日（1870年2月11日），海军操练所举行首届学员开学典礼。十一月四日（12月25日），海军操练所改称海军兵学寮，下设幼年学舍、壮年学舍和专业学舍三部分。其中幼年学舍招收15—19岁的学员，进行预科二年、本科三年的教育，预科授课内容包括：英学、汉学、数学（代数）、马术、武术、游泳。本科授课内容包括：英学、航海学、炮术、造船学、蒸汽轮机学、兵学、军律、化学大略、海上诸规则、医学。壮年学舍招收20—25岁的学员，进行为期三年的速成专业教育，授课内容包括：英学、数学、航海术（海上测量学·船具运用学）、炮术、蒸汽器械学、造船学、海上诸规则、海陆军律。以教导下士官为目的的专业学舍则未开设。[69]
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明治五年（1872）一月九日，明治天皇巡幸海军兵学寮，题词勉励，还旁听了粟津高明主讲的英国海军史，并观摩了相关专家解说的各类教学器械。[70]十月，设置了负责海军医务卫生的海军军医寮。[71]
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明治六年（1873）7月27日，英国海军战术名家英格里斯少校（Major Inglis）率领的34人教官团抵达日本，帮助海军兵学寮制定了规章制度，奠定了日本海军军官教育的基础，也奠定了日本海军战术研究的基础。[72]8月，开设海军医院学舍，是为海军军医学校之发端。10月，在海军兵学寮内增设了轮机专业，是为海军轮机学校之前身。[73]
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明治九年（1876）8月31日，海军兵学寮改称海军兵学校。明治十四年（1881）7月28日，海军兵学校附属轮机学校独立为海军轮机学校。[74]此后又逐步发展出海军军医教育系统，并在镇守府之下发展出完备的新兵训练体系。明治二十一年（1888）又设立了海军最高学府——海军大学校。[75]8月1日，海军兵学校校址从筑地迁至广岛县江田岛，[76]逐步发展为世界三大海军名校之一，并形成了直到今天仍被海上自卫队尊奉的江田岛精神。
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6. 演习训练
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和海军教育相表里的另一面是日本海军对演习的高度重视，这又包括两个方面，一个是海军自身的演习，一个是海陆军之间的联合演习。
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甲午战前，日本海军的演习规定已高度完善，海军自身的演习分为如下三大类：