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卢生说始皇曰：“臣等求芝奇药仙者常弗遇，类物有害之者。方中，人主时为微行以辟恶鬼，恶鬼辟，真人至。人主所居而人臣知之，则害于神。真人者，入水不濡【濡：沾湿。】，入火不爇ruò【爇：烧。】，陵云气，与天地久长。今上治天下，未能恬倓。愿上所居宫毋令人知，然后不死之药殆可得也。”于是始皇曰：“吾慕真人，自谓‘真人’，不称‘朕’。”乃令咸阳之旁二百里内宫观二百七十复道甬道相连，帷帐、钟鼓、美人充之，各案署不移徙。行所幸，有言其处者，罪死。始皇帝幸梁山宫，从山上见丞相车骑众，弗善也。中人【中人：阉宦。】或告丞相，丞相后损车骑。始皇怒曰：“此中人泄吾语。”案问莫服。当是时，诏捕诸时在旁者，皆杀之。自是后莫知行之所在。听事，群臣受决事，悉于咸阳宫。
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卢生劝始皇说：“我们寻找灵药和仙人总是找不到，可能有什么东西妨碍了这件事。仙方上说，人主经常微服出巡可以躲避恶鬼，恶鬼避开了，真人就出现了。人主所居住的地方被人臣知道了，就会妨碍神仙到来。真人，进入水中不会沾湿衣服，进入火中不会烧伤身体，能够腾云驾雾，寿命与天地一样长久。现在皇帝治理天下，还不能做到清静无为。希望皇帝所居住的宫室不要让其他人知道，然后长生不死的灵药大概就能够得到了。”于是始皇说：“我很羡慕那些真人，以后我就自称‘真人’，不再自称‘朕’了。”于是他下令将咸阳附近二百里以内的二百七十座宫殿都用复道和甬道连接起来，用帷帐、钟鼓、美人充实其中，各自按照登记的位置居处，不得擅自移动。皇帝所到之处，如果有人向外说出地点，就会论罪处死。始皇帝亲临梁山宫，从山上看见丞相的随行车马众多，认为不好。有宦者告知丞相，以后丞相出门就减少了车马的数量。始皇生气地说：“一定是宦者泄露了我说过的话。”他下令追查，却没有人认罪。在这个时候，始皇下诏将当时在他身旁的人拘捕起来，全都杀掉。从此以后就没有人知道皇帝的行踪了。始皇处理事务，群臣领受命令，都在咸阳宫中进行。
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侯生、卢生相与谋曰：“始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。专任狱吏，狱吏得亲幸。博士虽七十人，特备员弗用。丞相诸大臣皆受成事，倚辨【辨：通“办”，办理，办事。】于上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠。上不闻过而日骄，下慑伏谩欺以取容。秦法，不得兼方，不验辄死。然候星气者至三百人，皆良士，畏忌讳谀，不敢端言其过。天下之事无小大皆决于上，上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。贪于权势至如此，未可为求仙药。”于是乃亡去。始皇闻亡，乃大怒曰：“吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练【练：同“炼”，熔炼。】以求奇药。今闻韩众去不报，徐巿fú等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。”于是使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳，使天下知之，以惩后。益发谪徙边。始皇长子扶苏谏曰：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”始皇怒，使扶苏北监蒙恬tián于上郡。
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侯生、卢生一起商量说：“始皇这个人，生性刚毅残暴，自以为是，以诸侯的身份起兵，兼并天下，事情都称心如意，认为古往今来没有人能比得上他。他只重用断案的官吏，断案的官吏都受到宠幸。虽然博士有七十人，却只是充数的官员而不受重用。丞相和众大臣都是接受制定好的命令，按照他的意志做事情。皇帝喜欢用刑罚杀戮来树立威严，天下的官员都害怕犯罪而想要保住俸禄，没有人敢竭尽忠诚。皇帝听不到自己的过错而日益骄横，群臣害怕威刑而欺骗皇帝来求得安身。秦朝的法律规定，不准兼用两种方术，方术不能应验就处以死刑。然而占候星象云气的有三百多人，都是好人，他们害怕禁忌而委婉地奉承皇帝，不敢直言他的过错。天下的事情无论大小都由皇帝决断，皇帝甚至用称量奏书的重量，从早到晚都有奏书呈上，其间不可以呈上，不批阅完毕就不休息。他贪恋权势到了这种地步，我们不能为他寻找仙药。”于是他们就逃走了。始皇听说方士逃走了，生气地说：“我以前收集天下的书籍，将没有用处的都销毁了。我又招揽了很多文学方术之士，想要实现天下太平的局面，方士想要炼制灵丹妙药。现在听说韩众等人逃跑不回来复命，徐巿等人耗费巨资，最后也没能找到仙药，每天只有一些小人为谋取私利向我奏报。我对卢生等人待遇优厚，现在他们却诽谤我，来加重我的不仁。那些在咸阳的儒生们，我将派人去审问，也许有人在用妖言迷惑黔首。”于是始皇派御史审问儒生们，儒生们相互指责检举，始皇就亲自挑选出触犯禁令的儒生四百六十多人，将他们全部在咸阳坑杀，让天下人都知道这件事，以此惩戒后人。始皇又征发更多的人去戍守边境。始皇的长子扶苏劝谏说：“天下刚刚平定，远方的黔首还没有安定，儒生们都是歌颂和效法孔子的人，当今圣上却用严酷的刑罚来惩治他们，我担心天下人心中不安。希望皇帝明察。”始皇很生气，派扶苏到北方的上郡去做蒙恬的监军。
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三十六年，荧惑【荧惑：火星。】守心【心：二十八宿中东方七宿之一。】。有坠星下东郡，至地为石，黔首或刻其石曰“始皇帝死而地分”。始皇闻之，遣御史逐问，莫服，尽取石旁居人诛之，因燔销其石。始皇不乐，使博士为《仙真人诗》，及行所游天下，传令乐人【乐人：善歌舞的艺人。】歌弦之。秋，使者从关东夜过华阴平舒道，有人持璧遮使者曰：“为吾遗滈池君。”因言曰：“今年祖龙【祖龙：暗指秦始皇。】死。”使者问其故，因忽不见，置其璧去。使者奉璧具以闻。始皇默然良久，曰：“山鬼固不过知一岁事也。”退言曰：“祖龙者，人之先也。”使御府视璧，乃二十八年行渡江所沉璧也。于是始皇卜之，卦得游徙吉。迁北河、榆yú中三万家，拜爵一级。
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三十六年（前211年），荧惑星接近心宿。有一颗星在东郡陨落，到地面上变成一块石头，黔首中有人在石头上刻“始皇帝死而地分”的文字。始皇听说后，派御史前去审问，没有人认罪，就把居住在石头附近的居民都抓起来处死，用火销熔这块石头。始皇不高兴，让博士创作《仙真人诗》，记述他出行巡游天下的事件，传令乐工谱曲演唱。秋季，一位使者从关东来，在夜晚经过华阴平舒，有人拿着玉璧拦住使者说：“替我把它送给滈池君。”他趁机说：“今年祖龙死。”使者问他其中的缘故，这个人忽然不见了，只留下他的玉璧。使者捧着玉璧上奏朝廷。始皇沉默了很长时间，说：“山鬼只不过知道一年的事情。”他退朝后说：“祖龙，是人们的首领。”始皇派御府来看玉璧，竟然是二十八年出行渡江时落入水中的那一块。于是始皇命人占卜，卦象显示出游迁徙就会吉利。于是他命令迁徙北河、榆中三万户百姓，赏赐爵位一级。
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三十七年十月癸丑，始皇出游。左丞相斯从，右丞相去疾守。少子胡亥爱慕请从，上许之。十一月，行至云梦，望祀虞舜于九疑山。浮江下，观籍柯，渡海渚。过丹阳，至钱唐。临浙江，水波恶，乃西百二十里从狭中渡。上会稽，祭大禹，望于南海，而立石刻颂秦德。其文曰：
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皇帝休烈，平一宇内，德惠脩长。三十有七年，亲巡天下，周览远方。遂登会稽，宣省【宣省：体察。】习俗，黔首斋庄【斋庄：虔诚庄重。】。群臣诵功，本原事迹，追首高明。秦圣临国，始定刑名，显陈旧章。初平法式，审别职任，以立恒常。六王专倍，贪戾傲勐，率众自强。暴虐恣行，负力而骄，数动甲兵。阴通间使，以事合从，行为辟方【辟方：放纵，胡作非为。辟，同“僻”。方，通“放”。】。内饰诈谋，外来侵边，遂起祸殃。义威诛之，殄tiǎn熄暴悖，乱贼灭亡。圣德广密，六合之中，被泽无疆。皇帝并宇，兼听万事，远近毕清。运理群物，考验事实，各载其名。贵贱并通，善否陈前，靡有隐情。饰省【饰省：粉饰过失。省，通“眚”，过失。】宣义，有子而嫁，倍死不贞。防隔内外，禁止淫泆，男女絜诚。夫为寄豭jiā【寄豭：借人用于配种的公猪，比喻与人通奸的男子。】，杀之无罪，男秉义程。妻为逃嫁，子不得母，咸化廉清。大治濯俗，天下承风，蒙被休经。皆遵度轨，和安敦勉，莫不顺令。黔首修絜，人乐同则，嘉保太平。后敬奉法，常治无极，舆舟不倾。从臣诵烈，请刻此石，光垂休铭【休铭：美好的铭文。】。
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三十七年（前210年）十月癸丑日，始皇出外巡游。左丞相李斯跟随，右丞相冯去疾留守。始皇的小儿子胡亥非常羡慕，请求随行，始皇答应了。十一月，始皇一行人走到云梦泽，朝九疑山方向遥祭虞舜。在长江上顺流而下，观览籍柯，渡过海渚。途经丹阳，来到钱唐。面向浙江，波涛汹涌，于是向西行进一百二十里，从狭窄的地方渡过。始皇登上会稽山，祭祀大禹，望祭南海，并且在山上立石碑赞颂秦朝的功德。碑文说：
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皇帝创建伟业，平定统一海内，仁德恩惠长久。在位三十七年，亲自巡视天下，遍览遥远之地。此时登上会稽，体察民间风俗，黔首虔诚庄重。群臣歌功颂德，回顾创业始末，追溯英明决策。秦国圣人治国，首创法令刑律，彰明旧有典章。初定制度规范，审核官吏职事，以此创建常法。六王独断专行，贪婪乖戾傲慢，率领民众图强。肆意暴虐行凶，骄纵自以为是，屡次挑起战乱。暗中派遣间谍，谋求合纵抗秦，做法邪僻放纵。对内虚伪狡诈，对外侵扰边境，终于引来灾难。皇帝兴起义兵，征伐平定暴虐，剿灭乱臣贼子。圣德宏大缜密，天下四海之内，蒙受无限恩泽。皇帝兼并天下，处理各项事务，远近井然有序。运筹治理万物，查验事情本质，各自确立名分。无论高低贵贱，不管善恶黑白，丝毫没有隐瞒。假意宣扬道义，生子改嫁他人，背叛亡夫不忠。内外隔离开来，禁止过度放纵，男女洁身自爱。丈夫与人通奸，杀他也不犯罪，男人遵守规范。妻子与人私奔，子不认她为母，风气正直清白。大治移风易俗，天下接受教化，得到良好治理。人人奉公守法，平和安定敦厚，无人不遵法令。黔首修身养性，乐于遵守法制，共同保有太平。后世遵纪守法，以此长治久安，车船不会倾覆。群臣赞颂伟业，请求刻石立碑，铭文永垂后世。
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还过吴，从江乘渡。并海上，北至琅邪。方士徐巿等入海求神药，数岁不得，费多，恐谴，乃诈曰：“蓬莱药可得，然常为大鲛【鲛：鲨鱼。】鱼所苦，故不得至，愿请善射与俱，见则以连弩射之。”始皇梦与海神战，如人状。问占梦，博士曰：“水神不可见，以大鱼蛟龙为候。今上祷祠备谨，而有此恶神，当除去，而善神可致。”乃令入海者赍jī捕巨鱼具，而自以连弩候大鱼出射之。自琅邪北至荣成山，弗见。至之罘，见巨鱼，射杀一鱼。遂并海西。
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始皇返回时途经吴县，乘船渡过长江。沿海岸而上，向北来到琅邪。方士徐巿等人到海中寻找神药，多年过去仍未找到，耗费大量财物，担心受到惩罚，就欺骗始皇说：“蓬莱的神药是可以找到的，然而我总被一条大鲨鱼所困扰，所以不能到达蓬莱，希望派一些擅长射箭的人与我同行，见到大鲨鱼就用连弩射它。”始皇在梦中与海神交战，海神长着人的相貌。始皇命人占卜此梦，博士说：“水神是看不到的，他以大鱼和蛟龙为征兆。现在陛下虔诚地祷告和祭祀，却梦见这样一个凶神，应当将其除掉，然后善神就能出现了。”于是始皇命令海上的人携带捕杀大鱼的器具，并且自己带上连弩等待大鱼出现时射它。从琅邪向北行进到荣成山，都没有遇见大鱼。到了之罘山，终于看见大鱼，射死了一条。于是始皇沿海岸西行。
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至平原津而病。始皇恶言死，群臣莫敢言死事。上病益甚，乃为玺书赐公子扶苏曰：“与丧会咸阳而葬。”书已封，在中车府令赵高行符玺事所，未授使者。七月丙寅，始皇崩于沙丘平台。丞相斯为上崩在外，恐诸公子及天下有变，乃秘之，不发丧。棺载辒凉车【辒凉车：可以供人躺下休息的车子，有帷帐。】中，故幸宦者参乘【参乘：陪乘的人。古代乘车，御者居中，尊者在左，参乘在右。】，所至上食。百官奏事如故，宦者辄从辒凉车中可其奏事。独子胡亥、赵高及所幸宦者五六人知上死。赵高故尝教胡亥书及狱律令法事，胡亥私幸之。高乃与公子胡亥、丞相斯阴谋破去始皇所封书赐公子扶苏者，而更诈为丞相斯受始皇遗诏沙丘，立子胡亥为太子。更为书赐公子扶苏、蒙恬，数以罪，其赐死。语具在《李斯传》中。行，遂从井陉抵九原。会暑，上辒车臭，乃诏从官令车载一石鲍鱼【鲍鱼：咸鱼。】，以乱其臭。
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始皇来到平原津就生病了。他厌恶说死，群臣没有敢提到死的事情。始皇的病情日益加重，于是就写了一封盖有御玺的书信赐给公子扶苏说：“回来护送我的灵柩回咸阳下葬。”书信已经封好，放在掌管符节印玺的中车府令赵高那里，没有交给使者。七月丙寅日，始皇在沙丘平台去世。丞相李斯认为皇帝在外地去世，担心众皇子和天下百姓会生出变故，就封锁了消息，不举办丧事。始皇的棺材用辒凉车运载，由原来受到宠幸的宦者在右侧陪乘，随时进献饮食。百官也照常奏报政事，宦者总是从辒凉车里批准他们所奏之事。始皇去世的事情只有公子胡亥、赵高和五六个亲近的宦者知道。赵高过去曾经教胡亥学习写字和刑狱法令之事，胡亥私下里与他很亲近。赵高就与公子胡亥、丞相李斯暗中商议毁掉始皇所封好的赐给公子扶苏的诏书，而谎称丞相李斯在沙丘接受始皇遗诏，立儿子胡亥为太子。他们又另写了诏书赐给公子扶苏、蒙恬，列举他们的罪状，命令他们自杀。这些事情在《李斯列传》中。众人继续前行，最终从井陉来到九原。当时正值暑天，始皇的辒凉车散发出腐臭的气味，李斯以诏书命令随行官员每车载一石咸鱼，用来混淆始皇尸体的气味。
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行从直道至咸阳，发丧。太子胡亥袭位，为二世皇帝。九月，葬始皇郦山。始皇初即位，穿治郦山。及并天下，天下徒送诣七十余万人，穿三泉，下铜【下铜：以铜汁灌地，防止渗水。】而致椁，宫观、百官、奇器、珍怪徙臧满之。令匠作机弩矢，有所穿近者辄射之。以水银为百川江河大海，机相灌输，上具天文，下具地理。以人鱼膏【人鱼膏：一说为娃娃鱼的油脂，一说为鲸鱼的油脂，由于年代久远，缺少可靠的记载，难以断定。】为烛，度不灭者久之。二世曰：“先帝后宫非有子者，出焉不宜。”皆令从死，死者甚众。葬既已下，或言工匠为机，臧皆知之，臧重即泄。大事毕，已臧，闭中羡yán，下外羡门【羡门：墓道之门。】，尽闭工匠臧者，无复出者。树草木以象山。
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秦始皇焚书坑儒，选自《帝鉴图说》。
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众人经由直道回到咸阳，这才公布始皇的死讯。太子胡亥承袭帝位，成为二世皇帝。九月，在郦山安葬始皇。始皇刚即位时，就开凿郦山修建陵墓。等到他兼并天下，从全国征发七十多万刑徒，挖地至三重泉水的深度，用铜汁灌地为外棺，陵墓内部宫室、官署、奇珍、异宝充斥其中。始皇命令工匠制造机关弓弩，有人挖开陵墓接近墓室就会遭到射击。墓室里用水银做成江河湖海的样子，用机关使其相互灌注流通，上方有日月星辰，下方有山川景观。用人鱼的油脂做成蜡烛，估计可以点燃很长时间。二世说：“先帝后宫中没有儿子的嫔妃，放出宫外不合适。”他下令让她们都为始皇殉葬，死去的人非常多。下葬完毕，有人说工匠制造了机关，对里面所藏的珍宝很清楚，藏有珍宝的消息恐怕会泄漏出去。丧事办完以后，把珍宝封藏好，又把墓道的门关闭起来，把工匠和珍宝都关在里面，没有一个人逃出来。又在坟丘上种植草木，使其看上去像山丘一样。
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二世皇帝元年，年二十一。赵高为郎中令，任用事【任用事：掌握大权。】。二世下诏，增始皇寝庙牺牲及山川百祀之礼，令群臣议尊始皇庙。群臣皆顿首言曰：“古者天子七庙【七庙：指天子七代祖先之庙。始祖居中，其余按父子顺序分居两侧，左称昭，右称穆。传承数代以后，在位天子只保留与自己世代较近祖宗的庙，除始祖和个别功勋卓著的祖先外，与其世代相隔太远的庙就要毁弃，而将神主移至始祖庙中，始终保持七庙的数量。】，诸侯五，大夫三，虽万世世不轶毁。今始皇为极庙，四海之内皆献贡职，增牺牲，礼咸备，毋以加。先王庙或在西雍，或在咸阳。天子仪当独奉酌祠始皇庙。自襄公已下轶毁，所置凡七庙。群臣以礼进祠，以尊始皇庙为帝者祖庙。皇帝复自称‘朕’。”
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二世与赵高谋曰：“朕年少，初即位，黔首未集附。先帝巡行郡县，以示强，威服海内。今晏然【晏然：安定的样子。】不巡行，即见弱，毋以臣畜天下。”春，二世东行郡县，李斯从。到碣石，并海，南至会稽，而尽刻始皇所立刻石，石旁着大臣从者名，以章先帝成功盛德焉：
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皇帝曰：“金石刻尽始皇帝所为也。今袭号而金石刻辞不称始皇帝，其于久远也如后嗣为之者，不称成功盛德。”丞相臣斯、臣去疾、御史大夫臣德昧死言：“臣请具刻诏书刻石，因明白矣。臣昧死请。”制曰：“可。”
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遂至辽东而还。
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二世皇帝元年（前209年），胡亥二十一岁。赵高担任郎中令，受重用执掌政事。二世下诏书，增加始皇陵寝和宗庙用的牲畜数量，提高对名山大川的祭祀等级，让群臣议论尊崇始皇庙的方法。群臣都叩头进言说：“古时候天子有七座宗庙，诸侯有五座宗庙，大夫有三座宗庙，即使经过万世也不能毁坏。现在始皇庙是级别最高的庙，四海之内都进献贡物，增加祭祀用的牲畜，礼仪都很完备，不需要再增加了。先王庙有的在西雍，有的在咸阳。按照天子的礼仪，陛下应该亲自捧着酒杯去祭拜始皇庙。自襄公以下的宗庙都已毁掉，所设置的一共七座宗庙。群臣按照礼仪进献祭品，以此尊崇始皇庙为皇帝的祖庙。皇帝应该重新自称‘朕’。”
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二世和赵高商议说：“我年龄小，刚登上帝位，黔首还没有归顺。先帝巡视郡县，以此显示强大，用威势让海内民众臣服。现在天下安定而不出去巡游，就是显示弱小，无法让天下人臣服。”春季，二世向东巡视郡县，李斯随行。到达碣石后，沿海岸行进，向南到达会稽，并且在始皇所立的石碑上都刻了文字，石碑旁还刻有随行大臣的名字，来彰显先帝的丰功伟绩：
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皇帝说：“这些石碑都是始皇帝所立的。现在我继承了皇帝的称号，可是这些石碑所刻文字不称始皇帝，等到很久以后看起来就像是后来继位的人所立的，配不上始皇帝的丰功伟绩。”丞相臣李斯、臣冯去疾、御史大夫臣德冒死进言：“我们请求将诏书全部刻在石碑上，这样就清楚了。我们冒死提出这一请求。”制命说：“可以。”