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义熙九年二月乙丑这天，武帝从江陵返回。起初，诸葛长人贪婪、荒淫、骄傲、蛮横，武帝时常优待宽容他。刘毅被杀以后，诸葛长人对自己的亲信说：“往年将彭越剁成肉浆，今年又屠杀韩信，灾祸就要降临了。”将要策划作乱。武帝让他如期到京，他常滞留不进。公卿以下的朝臣，连日来在新亭等候迎接武帝，诸葛长人也立即出迎。不久武帝乘坐轻舟秘密到京，已回到东府。诸葛长人到达府门前，武帝让人引他来前，屏人闲谈，凡平生没有说完的话，这次全说给他听，诸葛长人很高兴。武帝已密令左右丁旿从布幔后面出来，在座位上撕拉他，死在胡床旁边。把尸体交付廷尉，又杀了他的弟弟诸葛黎人。丁旿骁勇有力，当时人说：“不要跋扈，当心交给丁旿。”
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先前，山湖川泽都被豪强侵夺，百姓要打柴采药钓鱼，都要缴纳税金，从此禁止收税。当时人居地和籍贯很不统一，武帝上表定下制度，依据现在的居住地断定户籍，只徐、兖、青三州人居住在晋陵的，不在土断的范围内。诸流寓的侨郡县，多加以并省。
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晋朝廷以武帝领镇西将军、豫州刺史。武帝坚决辞让太傅、杨州牧以及班剑，奉还黄钺。
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七月，朱龄石平定蜀地，斩谯纵，头颅传送建邺。
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九月，晋帝因武帝平齐地、定卢循的功勋，封武帝次子刘义真为桂阳县公；并重申以前诏命，授予武帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹、班剑等仪仗队二十人。将吏百官敦促奉劝，方接受羽葆、鼓吹、班剑等仪仗，其余坚决推辞。
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义熙十年，息民简役，修筑东府城，建筑府署第舍。
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武帝因荆州刺史司马休之是晋宗室重臣，又得江、汉地区民心，怀疑他有异志；而司马休之的儿子谯王司马文思在京城，招聚轻率任侠之士，武帝将他拘执起来，送给司马休之，让司马休之自己为他安排去处。司马休之上表请求废黜司马文思，并给武帝写书信表达谢罪的意思。
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义熙十一年正月，武帝收捕司马休之的儿子司马文宝，侄子司马文祖，都赐自杀，然后率兵西讨。晋朝廷又假给黄钺，命武帝领荆州牧。以中军将军刘道怜监留府事。司马休之上表自我陈述，并宣示武帝罪状。司马休之府录事参军韩延之有幹用才能，武帝未到江陵，暗中送书信招他。韩延之回信说：“承蒙亲自率领兵马，远踏西偏，全境的士族庶民，没有不惶恐惊骇的。辱送书疏，知因谯王以前的事，深为叹息。平西将军司马休之治国忠贞，诚心待人，因为明公有匡复的功勋，为家国所蒙赖，推德送诚，每件事都询问仰仗。谯王过去因为小事被弹劾，还自行上表辞退爵位，何况如有大的罪过而会沉默吗？来信说：“处心积虑期待人物，自然有其由来。’如今攻伐别人的君主，给别人惠利来引诱，真可以说是“处心积虑期待人物’了。刘藩死在阊阖门，诸葛长人毙命于左右之手，甜言蜜语欺诳方伯，然后用轻兵袭击他，于是使席上没有诚心之士，朝门外没有自信的诸侯，而自以为得计，实在可耻啊。我虽然鄙陋下劣，也曾经从君子那里听到道义，像平西将军这样最高尚的道德，难道可以没有为他献出生命的臣属吗？假如上天助长丧乱，九流都浑浊起来，我当与臧洪同游于九泉之下。不再多说。”武帝看书信叹息，并出示给将佐看，说：“侍奉人就应当这样。”
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三月，军队进驻江陵。起初，雍州刺史鲁宗之以力气自负，又好作乱，而且考虑不会为武帝所容，常散布预言吉凶的话：“鱼登日，辅帝室。”和司马休之结好。到这时，率领他的儿子竟陵太守鲁轨在江陵会合。武帝渡过长江，司马休之的士兵溃散，和鲁轨等逃奔襄阳，江陵平定。加领南蛮校尉。将要拜受南蛮校尉，遇到四废日，佐史郑鲜之等告白迁移拜受日子，武帝不许。下书开宽大之恩。
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四月，进军襄阳，司马休之等投奔姚兴。晋帝再申以前的诏令，授武帝太傅、扬州牧，佩剑穿履上殿，入朝不疾走，赞拜不称名，加前部羽葆、鼓吹，设置左右长史、司马、从事中郎四人，封爵第三子刘义隆为北彭城县公。八月甲子这天，武帝从江陵返回，奉还黄钺，坚决辞去太傅、州牧、前部羽葆、鼓吹，其余接受诏命。
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义熙十二年正月，晋帝诏令武帝依旧辟士，加领平北将军、兖州刺史，增加都督南秦州军事，总共二十二州。武帝认为平北府文武寡少，不适宜另设，于是罢除平北府，人员并入大府。三月，加武帝中外大都督。
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起初，武帝平定齐地，仍然有平定关中、洛阳的意图，遇到卢循侵逼京城，所以事情被搁置。待到荆、雍二州平定，就谋划对外经略。适逢姚兴死去，儿子姚泓刚立，兄弟之间互相残杀，关中地区纷扰混乱。四月乙丑这天，武帝上表攻伐关中、洛阳，于是戒严北讨，加领征西将军、司豫二州刺史。以世子为徐、兖二州刺史。武帝想用义名安抚远方的人，奉护琅邪王北伐。五月，庐江郡霍山崩塌，得到六个钟，献给天子。癸巳这天，加领北雍州刺史，前后部羽葆、鼓吹，增加班剑到四十人。八月丁巳，率领大军出发，以世子为中军将军，监太尉留府事，尚书右仆射刘穆之为左仆射，监领军、中军二府军司，进入东府居住，总摄内外。九月，武帝到达彭城，加领北徐州刺史。十月，诸军到达洛阳，包围金墉城，招降守军。派人修复西晋五帝陵墓，设置守卫。
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十二月壬申，晋帝加武帝位相国、总理庶政、扬州牧，封十郡地为宋公，备九锡的礼节，加玉玺丝带、远游冠、缘苍艾色绶带，位在诸侯王以上。策说：
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朕以寡德不明之身，仰继大基，夷羿乘着嫌隙，动摇颠覆王室，播越在南土，迁徙到九江。宗庙祭祀断绝祀飨，人和神失位，提携群凶，寄托性命于江边，我祖宗的英烈，全坠落在地，七百年的祚运，被剪除倾覆，如同要过大海，不知如何渡过。上天没有断绝晋朝，诞生培养了英贤的辅佐，重振已松弛的纲纪，再造境土疆域，兴亡国继绝世，使昏暗变为光明，元勋的最高尚的道德，实在为朕躬所依赖。
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如今将授给公典策，希恭敬地听朕的诏命：从前，桓玄肆行僭越，罪恶滔天灭亡华夏，拔除根本堵塞源头，颠覆六位，众官驯服听命，四方没有救济。公精忠遮蔽朝阳，气概超越虹霓，奋发威灵神武，全部歼灭群凶，光复皇城，奉祀歆享神祇。这是公的大节开始在勤劳王事上。授命约束众诸侯，溯流长途奔驰，前往讨伐峥嵘洲，在南郢献捷，元凶断颈，众恶全平，日月星重放光采，旧人得返回原位。这又是公的功劳啊！出任藩卫，入为辅佐，宏大保卫辅弼，财富殷盛，物尽其用，黎民繁殖；编户逐年增加，疆域日益扩大，导行德政严明刑法，四境整顿治理。这又是公的功劳啊！鲜卑以兵多自负，暗中窃取三齐地区，依恃边远阻隔，频繁扰害边民，公检阅车马，进入遥远的疆土，战车四面临城，数万丈的城墙全都崩溃，拓广土地三千里，显声威于龙庭荒漠。这又是公的功劳啊！卢循妖恶凶狠，在五岭等待时机，侵略颠覆江、豫二州，弓矢射到王城，国家商议迁都的计划，百姓献徙居的方案，公乘车南回，正义之气见于神色，施展奇计，英明的谋划罕有，狡诈的贼寇挫败，丢弃旗帜连夜逃遁，使我的王畿服甸，将要丧失时得到拯救。这又是公的功劳啊！谯纵乘乱取利，寇窃西南一隅，王道教化被阻隔，三巴地区沦丧，公指派偏将，授给他良策，沿湍急的江流而上，使边界地区井井有条，僭越的竖子被杀，梁州、岷山百姓顺服。这又是公的功劳啊！司马休之和鲁宗之，拥兵甲内侵，驱使率领二州徒众，联合构乱，公挥袖星夜上言，研讨西上的方略，江津的军队，气势超过狂风雷电，回师汉川，被震慑的人众多，两个叛贼奔逃，荆、雍二州从疾苦中获得新生。这又是公的功劳啊！永嘉年间国力不强劲，四夷专擅华夏，五都倾覆荡毁，山陵隐微受辱，祖宗怀终身的愤恨，遗留的庶民有《匪风》的思想，公远可比阿衡纳隍的仁爱，近同情公子小白灭亡的耻辱，整旌陈师，愤怒大呼，分别命令众将，北上夺取司、兖二州，许、郑之地归顺，巩、洛再次清定，百年来的杂乱污秽，一下子扫除洗涤净尽。这又是公的功劳啊。
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公有安定宇内的功勋，再加上完美的德行。起初发迹，则奇谋冠绝古人，猛击强妖，则兵锋没有敌手，迅速安定东畿，大量容纳百姓。在混乱的时势下策划治理，教化融合在岁计中，拯扶危亡终止混乱，治道的根基非常稳固。削除烦苛之政，比较选择然后整齐划一，淳朴的风气美好的教化，塞满区间宇内。所以绝远的地域派人献珍宝，远方的夷族入贡献财礼。王法所宣布，九服之内都顺从。就是大禹教化的东侵西流，咎繇的勉行其德，怎能与此相比呢？
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朕听说先王的主宰社会，用有功勋的人，尊礼贤士，封爵授土，以宠显褒奖，予以尊崇的标志器物，以此让他们协力辅佐王室，永远增高藩屏。所以曲阜开启土地，于是包有徐地，面向大海，四境所至都有传闻。在周襄王时，也依赖匡扶的霸主，又授命晋文公，光荣地赐给完备的物品。公道德为前代英烈之冠，功高震惊古人，而不曾文饰非常的仪节，朕太糊涂不明了。今进位授予相国，以徐州的彭城、沛、兰陵、下邳、淮阳、山阳、广陵和兖州的高平、鲁、泰山等十郡，封公为宋公，赐给这黑土，用白茅包上，确定你的住处，以建立大社。往昔晋、郑开藩，入朝担任卿士，周公、召公职为保、傅，外出总管周南、召南地区，内外的重任，公实兼负着。今天诏命使持节、兼太尉、尚书左仆射晋宁县五等男爵袁湛授给相国印、绶带，宋公玉玺、丝带，使持节、兼司空、散骑常侍、尚书阳遂乡侯范泰授给宋公茅土，金虎符第一至第五左，竹使符第一至第十左。相国的职位无所不管，礼仪超过朝官排列的位次，守常的官名，应该随事改变。现以相国总理庶务，除去录尚书的官号；上送所假节、侍中的貂蝉、中外都督太傅太尉印和绶带、豫章公印和策；进扬州刺史为牧，依旧为领征西将军，司、豫、北徐、雍四州刺史。
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公的纲纪礼仪法度，是万国的榜样，行动耿介正直，没有改变之心，因此赐给公大路车、戒路车各一辆，黑色公马八匹；公抑制末业敦励根本，务农重积蓄，采白蒿实在殷勤，耕种收获丰富，因此赐给公绣龙的衣服和冠冕，再加上红色鞋子；公杜止邪恶引进正直，移风易俗，调节物品，像音乐一样和谐，因此赐给公三面悬挂的乐器，六列的舞女；公宣扬称美王化，引导弘扬善美的风气，华夏蛮夷踮起脚跟，远方的人都萃集于此，因此赐给公红漆门户的房子居住；公授予方正的人官职，任用贤能，搜罗失意不得仕进的人，以致深远的水泽淤地的人能离开原野，英俊之士充塞朝廷，因此赐给公从檐下的陛级登朝堂的待遇；公官居要职处在中枢，以道义率领群下，使寇仇不得为虐作恶，荡涤消除暴虐邪恶，因此赐给公勇士三百人；公明法慎刑，断案详审公允，违命犯纪的人，没有放纵的，因此赐给公斧、钺各一；公龙腾凤举，从咫尺之近到八极之远，囊括四海，在极大的范围击退敌军，因此赐给公朱红色的弓一张，朱红色的箭一百支，黑色的弓十张，黑色的箭一千支；公温良恭敬有孝顺的心思，祭祀最恭敬，忠诚严肃的心志，可以作四方的表率，因此赐给公郁金草合黍酿造的酒一尊，再加上玉石做的酒器。宋国设置丞相以下的官员，一概依照过去的礼仪。恭敬啊！恭敬地服从上面的诏令，很好的答受上天的美命，诚实地管理庶民邦土，敬施明德，以完成我高祖的美命！
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设置宋国侍中、黄门侍郎、尚书左丞，就随大使奉迎。
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枹俘获乞伏炽盘，派遣使者谒见武帝，请求效力讨伐姚泓，拜授他为平西将军、河南公。
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义熙十三年正月，武帝率领水军前往讨伐，留彭城公刘义隆镇守彭城。大军进驻陈留城，经过张良庙，下令维修栋梁屋檐，按时节供时物而祭。晋帝追赠武帝的祖父为太常，父亲为特进、左光禄大夫，辞让不受。二月，冠军将军檀道济等的军队进驻潼关。三月庚辰这天，武帝率领大军进入黄河。五月，武帝到达洛阳，拜谒晋五座皇陵。七月，到达陕县，龙骧将军王镇恶的水军从黄河进入渭水。八月，扶风太守沈田子在兰田大败姚泓的军队，王镇恶攻陷长安，活捉姚泓。起初，义熙九年，岁星、土星、火星、金星聚集在东井，至此关中地区平定。九月，武帝到达长安。长安附近丰收，国库充满，武帝先收取他的青铜祭器、浑天仪、土圭、记里鼓、指南车以及秦始皇的玉玺，送回京城；其余的珍宝珠玉，全部颁赐给将帅。迁姚氏宗族到江南，将姚泓押送到建康，在集市斩首。拜谒汉朝的长陵，在未央殿大宴文武。
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十月，晋帝下诏进宋公为宋王，增加十郡土地扩大宋国，加上以前共二十郡。武帝的相国、扬州牧、领征西将军、司豫北徐雍四州刺史等官职依旧保留。武帝打算在长安停留，治理赵、魏地区，十一月，前将军刘穆之死，于是班师南回。十二月庚子这天，从长安出发，委任桂阳公刘义真为雍州刺史，镇守长安，留心腹将佐辅助他。
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义熙十四年正月壬戌这天，武帝到达彭城，解除非常的戒备措施，脱下戎装。以辅国将军刘遵考为并州刺史，领河东太守，镇守蒲坂。武帝解除司州刺史，领徐、冀二州刺史，坚决辞让晋升为王爵。当时汉中郡成固县汉水岸边有像雷那样的奇异响声，不久岸塌，有铜钟十二只，从埋藏的泥土中发掘出来。巩县人宗曜在他的地里获得一株生长得特别茁壮的禾苗，一茎九穗，武帝献给晋帝，晋帝让武帝保存，武帝谦让，方罢。
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六月丁亥，接受相国宋公九锡的诏命，下令赦免国内死刑以下的罪犯。诏尊豫章太夫人为宋公太妃，世子为中军将军的副职，相国府的百官全依照晋朝廷的制度。又下诏宋国所封十郡以上的人士，全可除任为官员。
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在这以前，安西将军中兵参军沈田子杀死安西司马王镇恶，诸将又杀死安西将军长史王脩，关中大乱。十月，武帝派遣右将军朱龄石代替安西将军桂阳公刘义真为雍州刺史。刘义真返回途中，被赫被连勃勃追击，大败，仅自身幸免于难，诸将帅及朱龄石都遇害。