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赵鼎既然辞职，秦桧就独自专权，决计讲和。朝中贤士，因意见不合，一个接一个地辞去职务。在这个时候，中书舍人吕本中、礼部侍郎张九成都不附和讲和，秦桧告诉他们悠闲自得，委曲赞成，张九成说：“没有冤枉自己而指正别人的人。”秦桧深深地痛恨他。殿中侍御史张戒上书请求挽留赵鼎，又陈述十三件事来议论讲和不对，触犯了秦桧。王庶尤其与秦桧不合，从淮西到枢密院任职，始终说议和不行，上书达七次，并且对秦桧说：“忘记东都想要保存赵氏的时候，怎么忘了金国这个敌人呢？”秦桧正挟金人自重，尤其痛恨王庶，所以贬黜他。
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枢密院编修官胡铨上书，希望杀秦桧和王伦谢天下百姓。于是上下骚乱。秦桧假装解救，终于用器械押送胡铨，将他贬到昭州。陈刚中用书信祝贺胡铨（幸免于死），秦桧大怒，捉拿陈刚中到吏部，把他降职到赣州安远县任知县。赣州有十二个县，安远县接近岭南，地方很差，瘴气很大，谚语说：“龙南、安远，一去不返。”意思说必死无疑。陈刚中果然死在那里。不久把胡铨的事告诫中外。随即校书郎许忻、枢密院编修官赵雍同一天上书，还效法胡铨的意思，极力排斥议和。赵雍又想确定南方和北方兄弟之国的名分，因此秦桧没能治他的罪。曾开见到秦桧，说当今应该讨论生死存亡，不应该讨论安危。秦桧很惊愕，于是贬黜他。司勋员外郎朱松、馆职胡珵、张扩、凌景夏、常明、范如圭同上一疏说：“金人用‘和’一字左右我们十二年，用它颠覆了我们的王室，用它放松我们对边境的防备，用它消耗了我们的国力，用它懈怠缓和了我们对他们不共戴天的仇恨，用它绝望我国一心思念汉族的子民之心，用它作为下诏晓谕江南的名义，要挟陛下对他们俯首称臣。从公卿大夫至六军和万民百姓，没有不挽袖挥掌表示愤怒的，怎么会听从陛下作北面仇敌的臣子呢！天下将会有人仗大义，责问宰相罪行。”过了几天，代理吏部尚书张焘，吏部侍郎晏敦复、魏、户部侍郎李弥逊、梁汝嘉、给事中楼炤、中书舍人苏符、工部侍郎萧振、起居舍人薛徽言一同入宫上奏，极力说委屈自己的礼节不对。新近作礼部侍郎的尹焞单独上书，并且送信严厉责问秦桧，秦桧开始恼怒，于是尹焞一再推辞任命，不到职。奉礼郎冯时行被召对策，说和议不可以相信，以致引用汉高祖分羹的事作为比喻。皇帝说：“我不忍心听。”皱着眉毛站了起来。于是，秦桧贬冯时行为万州知州，不久又处他罪。中书舍人勾龙如渊高声对秦桧说：“邪说横起，怎么不选择台官攻击、驱逐他们。”于是，秦桧奏请把如渊作为御史中丞，（如渊上台后）第一个弹劾胡铨。
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金国使者张通古、萧哲用以诏谕江南为名义，（来到南宋），秦桧害怕时论责怪自己，便与萧哲等商议，改江南为宋，改诏谕为国信。京、淮宣抚处置使韩世忠总共四次上书，极力劝谏，其中有“金人把（大宋）看作刘豫对待”的话，并且说兵势严重的地方，愿意自己担当，没有被许可。萧哲等到达泗州，要挟所经过的州县用臣下（迎接主上）的礼节迎接他们，到达临安的那一天，想要皇帝对待他们像客人一样，韩世忠更加愤怒，再次上书说：“金国用诏谕为名义，暗地里想使陛下归顺他们，这是主上被辱，臣子为之去死的时候，愿意誓死力战来决定胜败。如果不成功，委曲听从他们不晚。”也没有被允许。萧哲等已经进入国境，接待陪同的使者范同两次跪拜，询问金主的起居，军民见到的，往往都流泪。经过平江，驻守的臣子向子諲不下拜，请求退休。萧哲等到淮安，说首先归还河南的土地，并且册封皇上作为皇帝，慢慢地商议其他事。
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秦桧到这个时候想要皇上行委屈自己的礼节，皇帝说：“我继承守住太祖、太宗建立的大业，怎么可以接受金人的封册。”碰上三衙帅杨沂中、解潜、韩世良一起见秦桧说：“军民慌乱你怎么办？”退下来后，又告诉台谏。于是勾龙如渊、李谊多次见秦桧，商议国书的事，如渊说得到文书交给宫中，那么礼节不行，事情也可定下来。给事中楼癤也拿“居丧三年不说话”的事告诉秦桧，于是确定秦桧行使冢宰接受文书的方案。皇帝也深深地指责王伦，王伦告诉金国使者，金国使者也因害怕而听从了。皇帝命令秦桧到宾馆中面见萧哲等，接受他们的册封文书。金国使者想要百官准备礼节，秦桧让省吏穿着朝服引导跟从，把文书交到宫中。先一天，诏令说金国使者来，准备全部割让河南、陕西原来的地方，又答应归还皇帝灵柩及母亲、兄长和亲族，起初没有需要和索求。因为参知政事李光一向负众望，便让他在和议的文书上签字，以压制非议。又把皇帝的亲笔信赏赐给三大将。
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九年，金人归还河南、陕西原来的地方，让王伦负责枢密院事，充当迎接灵柩、奉还两宫、交割地界的使者，蓝公佐为副使。判大宗正事士、兵部侍郎张焘朝拜八座皇陵。皇帝对宰执说：“河南新近收复，应该命令驻守大臣专门安抚遗民，劝督农桑，各地就地解决粮食，凭借当地的人防守，不能调东南的钱财，空虚内地来应付外地。”皇帝虽然听从秦桧主和而实际上怀疑金人奸诈，从来没有放松防备。
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当时张浚在永州，迅速赶回朝廷面奏，极力陈说应该以石晋、刘豫为戒，又写信给孙近，认为“秦国称帝的祸害，发生虽迟却很大。”徐俯防守上饶，连南夫统帅广东，岳飞宣抚淮西，都借庆贺而寓意讽谏。徐俯说：“祸福互相发生，情伪多端。”连南夫说：“不信也相信，是这样难道这样？即使虞舜时的十二州，都归附王化；然而商于地方的六百里，应当想到你被欺骗！”岳飞说：“挽救暂时的危急而解倒悬，还可以；想要长期考虑而独尊中国，难道是这样吗？”其他像秘书省正字汪应辰、樊光远、澧州推官韩紃、临安府司户参军毛叔庆，都说金人不可测摸；迪功郎张行成献《询荛书》二十篇，大意是说自古讲和，没有最终不变的，条文具有的都是预备的办法。秦桧全部加以贬黜责备，韩紃被贬到循州。
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七月，兀术杀死领三省事宗磐及左副元帅挞懒，拘留王伦到中山府。大概兀术认为归还土地是他们二人的主张，将会有其他阴谋。王伦曾经秘密告诉朝廷，秦桧不加防备，只催促王伦赶快回去。当时韩世忠有乘机全面袭击金人的请求，秦桧说《春秋》上说过遇丧时不讨伐该国，与皇帝的意思相符合，于是停止。
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十年，金人果然破坏盟约，分兵四路入侵。兀术进到东京，葛王襃夺取南京，李成攻取西京，撒离喝靠近永兴军。河南各路相继沦陷。皇帝开始很奇怪，下诏列举兀术罪状。御史中丞王次翁上奏说：“以前国家大政，起初并没有主持朝议的。事情有小小的变化，就更换任用别的人做宰相，后来的人不一定贤能，而排斥贬黜不同意见的人，混乱几个月不能安定，希望陛下以此作为深刻教训。”皇帝深感他说得对。秦桧力排众议，始终把和议作为自己的职责，而王次翁说没有主持朝议的，专门是针对秦桧的地位。因此秦桧的相位又安定了，在位总共十八年，公论不能动摇他。
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六月，秦桧上书说：“德行没有固定的老师，主张为善就是老师。我不久前见挞懒有割地讲和的提议，所以赞成陛下收取河南原来的疆土。现在兀术杀死其叔父挞懒，蓝公佐回国，和议已发生变化，所以赞成陛下制定吊民伐罪大计。希望到长江上游晓谕各路统帅，合力攻讨。”最终不施行（这个打算）。闰六月，贬黜赵鼎到兴化军，因为王次翁秉承秦桧旨意，说他图谋再度任相。弹劾的人不休止，赵鼎不久逃到潮州。
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当时张浚攻克亳州，王胜攻克海州，岳飞攻克郾城，几乎俘虏兀术。张浚在长宁打了胜仗，韩世忠中在泇口镇获胜，各个将领所到之处都告捷，而秦桧极力主张收兵。九月，诏令岳飞回临安，杨沂中回镇江，刘光世回池州，刘锜回太平。岳飞的军队听到诏书，旗帜车辙一下就乱了，岳飞惊呆得口张开不能合上。于是淮宁、蔡、郑又为金人所拥有。在明堂加恩，封秦桧为莘国公，十一年，兀术再次进攻，夺取寿春，攻入庐州，将领邵隆、王德、关师古等连战获胜。杨沂中在拓皋作战，又打败金兵。秦桧忽然晓谕杨沂中和张浚立即班师。韩世忠听说，停留在濠州不前进；刘锜听说，放弃寿春返回。从此不再出兵。
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四月，秦桧想要全部收回将领们的兵权，给事中范同献策，秦桧采纳了他的策略。秘密奏请召回三位大将论功行赏，韩世忠、张浚并列为枢密使，岳飞为枢密副使，把宣抚司军隶属枢密院。六月，秦桧官拜左仆射、同中书门下平章事兼枢密使，进封庆国公。《徽宗实录》修成，晋升为少保，加封冀国公。早些时候，莫将、韩恕出使金国，拘留在涿州。到这个时候，兀术有求和之意，放纵他们回来。秦桧又上奏请求派遣刘光远、曹勋出使金国，又把魏良臣作为通问使。不久，魏良臣带着金国的使者萧毅一起到来，商议以淮水为界，要求割让唐、邓二州。不久派遣何铸报答回访，答应了他们的要求。
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十月，发起岳飞案。秦桧唆使谏官万俟卨讨论岳飞的罪行，张浚又诬诌岳飞的旧将张宪谋反，于是岳飞以及儿子岳云都被押送到大理寺，命令御史中丞何铸、大理卿周三畏审讯他们。十一月，贬黜李光到藤州，范同被罢去参知政事。范同虽然附和讲和，因为自己上奏事情，秦桧忌恨他。十二月，杀害岳飞。秦桧因为岳飞一再说和议失策，并且曾经上奏请求制订立国根本，都与秦桧的意见不同，一定要杀害他。何铸、周三畏开始审讯，岳飞很久都不认罪，万俟卨到御史台，案子就上报了。诬蔑岳飞曾自己说：“自己与太祖都是三十岁执持符节”是指斥皇帝，接受诏书，不救援淮西等罪行，赐死于监狱中。儿子岳云以及张宪在都市杀头。天下的人都认为是冤枉，听到的人没有不流泪的。岳飞的死，张浚在中间出了力，情况在《岳飞传》。
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十二年，胡铨再次安置到新州居住。八月，宋徽宗以及显宗、懿节皇后的灵柩到达临安。太后回到慈宁宫。九月，加秦桧为太师，进封为魏国公。十月，进封秦、魏两国公。秦桧因为封两国，与蔡京、童贯相同，请求改封他的母亲为秦、魏国夫人。他的儿子秦熺参加进士考试，馆客何溥到南省，都被定为第一名。秦熺本来是王的庶子，秦桧的妻子是王的妹妹，没有儿子，王的妻子矫贵而且妒忌，秦桧在金国时，出继熺作秦桧的后代。秦桧回来，家人让熺相见，秦桧很高兴。秦桧主张和议再次成功，更加追究以前不同意自己的人。早些时候，赵鼎被贬到潮州，王庶被贬到道州，胡铨再次被贬到新州。到这个时候，（秦桧下令他们）都遇上赦免时也永远不再推荐提拔。曾开、李弥逊一起降职。张浚本来帮助和议，在职位上一年多没有离职的意思，秦桧暗示江邈议论他，将他罢免。
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十三年，庆贺瑞雪，庆贺瑞雪从秦桧开始。庆贺日食不见，从此以后日食大多不记载。彗星经常见到，候补官员康倬上书说彗星不值得畏惧，秦桧很高兴，特地把他改为京师官秩。楚州上报说盐城县海水清澈，秦桧请求庆贺，皇帝不允许。虔州知州薛弼说木中间有字说“天下太平年”，诏令交给史馆。从此修饰之词充满文章，用来粉饰治国的措施，象乡饮酒礼、耕种籍田之类一个接一个施行，为了在余杭苟且偷安打算，从此不再出巡长江上游，而祥瑞的消息一天天听到。
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洪皓从金国回来，名节只有他显著，他传达金国酋长室睰的话，（回来后）被安置在翰林院，不到一个月就被驱逐出去。室睰这个人，是粘罕的亲信。以前，粘罕率兵到淮河，秦桧曾经为此草拟檄文，被室睰所见到，所以派遣洪皓回国探听传递消息。秦桧料想士大夫没有人知道，听了洪皓的话，深感遗憾，于是命令李文会议论（洪皓被逐）一事。胡舜陟因为非议、讥笑朝政被关进监狱而死，张九成因为鼓动浮言被贬，牵累到僧宗杲被迫到外地居住，都是因为言语触犯了秦桧。张邵也因为与秦桧说了金人有归还宋钦宗以及各个王、后妃的意思，而犯法被判罪，指到外祠。十四年，贬黜黄龟年，因为他以前曾经议论过秦桧。福建、浙江发洪水，右武大夫白锷有“变理乖谬”的话，被发配到永安军。太学生张伯麟曾经在墙壁上题字说：“夫差，你忘了越王杀你父吗”，被施以杖刑，发配到吉阳军。原来的将领解潜罢官闲居，辛永宗负责总领外郡军事，也因不附和议和而获罪，解潜逃窜到南安死了，辛永宗被安置到肇庆死了。赵鼎、李光都再次逃窜渡海。洪皓的罪行由于白锷延誉，李光因为在藤州倡议讽刺秦桧，被驻守大臣告发。
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早些时候，商议建国公出宫，吏部尚书吴表臣、礼部尚书苏符等七人议论礼仪与秦桧不合，因此吴表臣等以议论不详细、心藏奸计和依附赵鼎（的罪名）被罢免。刚开始，秦桧对皇上说：“赵鼎想立皇太子，是把陛下看成最终没有儿子，应该等有亲儿子才拥立。于是唆使御史中丞詹大方说赵鼎邪谋密计，深不可测，与范冲等人都怀有异意，以便达到不可妄想的福气。范冲曾经做资善翊善官，所以詹大方诬陷他。后来监察御史王镃说皇帝没有后代，应该祠奉媒神（以求有后代），于是下诏在圜丘的东面筑坛（祠奉媒神），都是秦桧的意思。
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台州曾惇在献给秦桧的诗中称他为“圣相”。凡是投送进献给他的人用皋、夔、稷、契（来称颂他），他不满足，一定要说“元圣”。秦桧请求禁止修撰野史。又任命儿子秦熺用秘书监负责国史，进献建炎元年到绍兴十二年的《日历》五百九十卷。秦熺因为太后从北边返回，自己歌颂秦桧的功德共二千余字，让著作郎王扬英、周执羔献给皇上，都被晋升（官职）。自从秦桧再次任相，凡是以前被罢相以来诏书章疏中稍微涉及秦桧的，全部更改焚烧弃之，日历、时政纪亡失已经很多，后来记录的都是出自秦熺笔下，不再有公论是非了。冬天十月，右正言何若指责程颐、张载留下来的书是专门偏颇狭隘的言论，极力加以禁绝，没有人敢说不对。
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十五年，秦熺被拜为翰林学士兼任侍读。四月，赏赐秦桧府第，命令教坊乐为前导迎入，赏赐给秦桧钱帛不等。六月，皇帝到秦桧家里，秦桧的妻子、子孙都得到恩惠。秦桧以前禁止私人修史，七月，又对皇帝说私人修史有害正道。当时司马伋被迫说《涑水记闻》不是他的曾祖司马光著的书，后来李光家也把李光所收藏的书万卷烧毁。十月，皇帝亲手写了“一德格天”的匾额挂在秦桧的楼阁。十六年正月，秦桧立家庙。三月，赏赐祭器，将相被赏赐祭器从秦桧开始。
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以前，皇帝因为彗星出现请求言论。张浚上书，说现在事情的形势好像在头、目、心腹之间长着大疽，不切除不止，希望谋划作准备。否则，过去把国家给敌人的人，反而会把罪过归给持正确意见的人。秦桧早已痛恨张浚，到这时大怒，于是没收张浚的节钺，把他贬到连州，不久又迁到永州。
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十七年，改封秦桧为益国公。五月，把洪皓的儿子贬到英州。八月，赵鼎死在吉阳军。这年夏天，先有赵鼎遇到大赦永远不能举荐提拔的旨令，又命令每月重申有效，赵鼎知道，不吃东西而死。自从赵鼎被贬，门人故吏都被罗织罪名，即使听说他的死讯而叹息的人也加给罪名。又流放吕颐浩的儿子吕摭到藤州。十二月，进士施锷献上《中兴颂》《行都赋》以及《绍兴雅》等十篇文章，宣布永远废止辩释疑惑、解剥纷难的文体。自从此颂以后，歌讼阿谀的人越来越多。因降瑞雪，在秦桧府第赏赐百官宴席。
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十八年，秦熺被授权负责枢密院事务，秦桧问胡宁说：“外边的议论如何？”胡宁说：“认为您做宰相，一定不会承袭蔡京的事迹。”五月，李显忠献上恢复的策略，降军职，作祠奉属官。六月，迪功郎王廷皀被安置到辰州，因为作诗送给胡铨的缘故。闰八月，福州说老百姓采集竹子上结的果实一万斛，救济饥荒。十一月，胡铨从新州迁贬到吉阳军，是因作颂指责（秦桧的）过失。
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十九年，皇帝命令画秦桧的像，自己作赞词。这一年，湖、广、江西、建康府都说降甘露，各郡都上奏说监狱空虚，（罪犯很少）。皇帝曾经对秦桧说：“从今以后，上奏监狱空虚者，应当命令监察机关验明证实。如果妄说，立即治罪，仍旧命令御史台考察。如果不惩戒，那么上报甘露瑞草之类。崇尚虚无荒诞，无所不至。”皇帝虽然器重秦桧，而不可被其蒙蔽、欺骗也像这样。十二月，禁止私自写野史，（如果有人私撰野史），准许别人告发。
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二十年正月，秦桧到朝廷去时，殿司小校施全行刺他，没有刺中，施全被斩首于市。从此秦桧每外出，都带五十个兵士，拿着长梃自卫。这个月，曹泳报告李光的儿子孟记简略地记录有李光所写的私史，李光本已被贬很久，又下诏永远不得推荐、提拔；孟坚安置到峡州；朝廷中被连累获罪的有八个人，都被降职贬秩；胡寅逃到新州。曹泳因此突然被重用。五月，秘书少监汤思退上书把秦桧保存赵氏的经过交给史馆。六月，秦熺被加官为少保。郑炜告发他的同乡、福建安抚司机宜吴元美作《夏二子传》，指责为佞人变乱善恶；家里有潜光亭、商隐堂，因为亭叫潜光，有心作李光的党羽，因为堂名商隐，没有侍奉姓秦的意思。所以秦桧尤其厌恶他。安置管制右迪功郎安诚、布衣汪大圭，杀有荫人惠俊、进义副尉刘允中，在径山僧清言的脸上刺字，都是因为诽谤秦桧。当时秦桧病愈，朝拜参见允许他坐肩舆，两个孙子扶着，仍旧免除跪拜。二十一年，朝散议郎王扬英上书推荐秦熺做宰相，秦桧奏请王扬英为泰州知州。