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第一步是组织采矿活动，让源源不断的贵金属流入西班牙本土。贵金属能买到一切东西，取悦当局者。美洲黄金分布广、储量小，多数以河床块金形式出现。但白银矿藏丰富。最大的白银矿位于安第斯山上的波托西，于1545年进入常规运营。此后不久，墨西哥中部银矿也得到开发。但秘鲁仍是最大的贵金属产地。西班牙人把欧洲最好的采矿技术应用于新世界。回报相当可观。年复一年，巨量贵金属运回欧洲。
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安全运送白银回西班牙是一个难题。欧洲各国海盗不择手段，攻击满载财宝而归的西班牙船。护航制度由此设立。从秘鲁开采到的白银先是船运到巴拿马，放在驴背上驮过巴拿马地峡，经船运武装护航至加勒比群岛，再穿过1492年哥伦布首次经过的佛罗里达海峡回到西班牙。
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矿业开采收入远超官员薪水。这意味着，只要能妥善组织贵金属流向，就有可能根据标准官僚制实施行政管理。探险早期设置的土地授予权被取消，西班牙新世界土地在秘鲁总督和新西班牙总督间分割。前者建都于利马，后者定都墨西哥城。总督即代国王，由西班牙国王任命，在新世界代表王室权威。一群高官组成的委员会协助总督开展工作，但所有重要事务必须经过一个特别委员会批准。该委员会设在西班牙国内，专司印度群岛事务。各行省比照总督职权设置办法，设立分委会，行使地方权力。每一城镇也设置委员会，由王室指定官员主持政务。
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由此，西班牙征服者后代的恣意妄为得到有效控制。在涉及土地及其他财产所有权问题上，法律诉讼取代了赤裸裸地使用武力。原来最混乱无度、不守规矩的卡斯蒂利亚王国变成了最精密组织的治理单位。这种惊人的转变不仅是采矿工程师和律师努力的结果，也是天主教教会的工作成果。
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传教的推力
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西班牙国王习惯和教会开展密切合作。在从穆斯林手中收复西班牙失地的漫长过程中，收回的新土地在王权与教权的共同努力下变成卡斯蒂利亚王国的一部分。王权和教权在西班牙差不多是一回事。1478年，费尔南多和伊丽莎白建立特别宗教法庭制度，即西班牙宗教法庭。目的是搜捕异端，并以自称是基督徒但仍然秘密忠于原信仰的犹太教徒和穆斯林为重点怀疑对象。1482年，教皇同意卡斯蒂利亚和阿拉贡君主全权任免各自王国内的教会高级职位。
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这些新权力对王室极具重要管理意义，尤其是宗教法庭。该法庭是卡斯蒂利亚和阿拉贡王国内唯一一个自主运转、统一管理的机构。法庭有权逮捕任一嫌疑人，可经年累月实施关押，拷问其宗教观点“正确性”。这种方法的确揭露了不少假称基督徒的犹太教徒和穆斯林。但同样的方法也用在对王室管理有不同意见的人身上。即便找不到异端邪说，批评国王的人也会无限期消失在公众视线下。对此有疑问的人可能引火烧身。费尔南多和伊丽莎白通过逮捕异己很快化解了反对势力，为两个王国紧密协作铺平了道路。
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最古老的美洲大教堂 这是位于多米尼加共和国的圣多明各大教堂西门。教堂内安放有克里斯多弗·哥伦布墓。不过，哥伦布的尸骨究竟在何处还存有争议。这座大教堂建于1540年。当时，圣多明各仍是西班牙在新世界的主要活动中心。因为印第安建筑工人没有石料建筑传统，所以完全采用欧化建筑风格。其规模气势展现了教会在西班牙殖民统治中的重要地位。该教堂所在的中心广场毗邻总督官邸。而官邸房屋原属哥伦布旧宅。这一地势上的巧妙安排表明，神职人员一半是世俗管理者的竞争对手，一半是辅助人员。双方共同效劳于西班牙国王，管理海外新子民。
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新世界的教会
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得知哥伦布发现新大陆后，西班牙君主首先要做的是，确保对印度群岛教会实施全面控制。1493年，教皇对此表示认同，并给予西班牙王室在所有海外领地上委任主教及其他教会领导的权力。但在1569年以前，新世界并没有设置宗教法庭。可能是当时还没有这方面的必要。
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西班牙征服者每次出发时，都有牧师和修士跟船前往。西班牙教会认为，数百万灵魂等待拯救，因此下大气力，把传教士派往西班牙统治的每一寸土地。这些传教士关心印第安人间的宗教战争，成为土著人利益的特别发言人，其中以巴托洛梅·德拉斯·卡萨斯最为著名。卡萨斯（1474年—1566年）初为神父，后升为主教，于1502年到达伊斯帕尼奥拉岛。看到印第安人遭奴役后，坚定捍卫印第安人权利。卡萨斯的呼吁和抗争没有白费。1542年，美洲法典公布，将印第安人划分为西班牙王室的合法受供养人、受保护人，禁止奴役、虐待印第安人。当然，法律归法律，西班牙地主总能根据具体情况，找到别的办法控制印第安劳动力。
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在采取系统性措施、使印第安人改信基督教方面，卡萨斯也是先行者。他希望在不动用武力的情况下，通过耐心劝说，让印第安人经自由选择变成基督徒。但印第安人有自己的想法。如果真的让他们自由选择的话，他们会遁入森林。因此，后期的传教活动采用了武力加劝说相结合的方式。修士和士兵把印第安人赶到一处，邀请他们接受基督教教义。在这种情况下，很少有印第安人会拒绝信教。
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有时，一些印第安人会偷偷逃出传教现场。士兵再把他们追回来。但一般来说，印第安人愿意顺从修士和神父。在他们原有的宗教信仰中，祭司和巫师也要求完全服从。让这些简单纯朴的农民把忠诚和顺从之心从一个宗教转向另一个宗教并不难。尤其是，当地的宗教形式和政治组织不能有效抵御西班牙人时，宗教信仰的改变也就在所难免了。
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1540年左右，西班牙征服活动终止，传教成为西班牙人继续对土著人施加控制的手段。虽然找不到囤积的黄金，但传教士并没有停止脚步。而且，每次布道时，他们都要自行承担费用。为此，他们让印第安人参与劳动。这样一来，西班牙传教士不仅让印第安人改信天主教，还让他们学会了新的技艺。
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在西班牙人到来之前，印第安人就已经掌握了美洲粮食作物种植办法，所以对新式农耕不感兴趣。但新的金属工具——锄、斧子、铲子给美洲农业带来了巨大变化。在哥伦布登陆美洲前，印第安人从没见过牛、羊、马。如今，这些牲畜改变了墨西哥和南美部分地区的土地利用模式。传教士利用印第安人劳动力建造了宏伟的教堂，并教会印第安人制作手工艺品，满足教会仪式和族人日常生活之需。
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因此，传教活动很快实现了自收自支。实际上，后来，巴拉圭以及新世界其他地方的传教士让传教活动变得有利可图。他们利用印第安劳动力制作产品，出口到欧洲，换成钱财后，再用到新世界其他地方。但这是后来发生的事情了。大部分传教活动仅够维持自身运转。不过，这足以让西班牙传教士和士兵连队在自己设定的范围内实现快速连续拓展。
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在新世界西班牙版图的边缘区，传教体系发挥了重要作用。但在中央区以及白银开采区，这种传教模式分崩离析。印第安人不再制作手工艺品，而是去银矿劳动。因为，西班牙普通移民在新大陆发了财之后，不愿意再干力气活。他们赚钱的普遍手段是，借东西、借钱给印第安人。印第安人对借贷没有任何概念，而且一般偿还不起。根据法律规定，欠款人逾期不还，则应为债主工作。低廉的工资、宽松的借贷让印第安人处于永久性负债状态，对债主负有永久性义务。这种关系被称为“劳役偿债制”，仅在法律形式上与奴隶制有区别。
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通过这种方式，西班牙人强迫印第安人种田耕地、干家务活、采矿做工。而与此同时，不论是印第安人还是西班牙人，都处于教区牧师和主教的精神控制下，跟欧洲情况别无二致。在理论上，教会仍努力保护印第安人，政府官员仍支持传教活动。但实际上，法律上的漏洞让西班牙移民有机可乘，强迫印第安人在新殖民社会干各种苦活累活。就社会地位而言，西班牙人处在上层，印第安人位于底层，中间阶层是父亲为西班牙人、母亲为印第安人的混血儿。在非洲奴隶贸易地区，也产生了其他混血群体，有的是黑人和印第安人混血，有的是黑人和西班牙人混血。
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时间一长，这些中间阶层群体人数越来越多。这意味着，原有简单的西班牙—印第安人关系变得界限模糊。但教会和官僚机构一直高高在上。二者相辅相成，维持着新世界的社会秩序，不惜一切手段确保西班牙天主教移民的社会地位，对怀疑、反对教会的行为予以坚决镇压。其结果是，一个井然有序、庄严肃穆的社会在新世界诞生。这个社会靠闪耀的白银矿产和恢宏的教会仪式维持运转，受西班牙王室议会委任官员的精密控制。
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西班牙人在阿拉莫传教 这幅木版画作于18世纪，展现了西班牙边境传教活动中的社会结构。画面上，负责传教的神职人员从教堂里走出来，后面跟着一群人。这些人表情庄重肃穆。前景中，四个穿制服的士兵恭敬鞠躬。而背景中的印第安人反应不一。有的虔诚地跪在地上，有的站在一旁，瞪着眼睛看着。除了这三群人外，教堂一角还有一个人坐着，似乎对仪式完全不关心。从他穿着的欧洲服饰来看，他可能是当地的地主。这些人常与神职人员争夺印第安劳动力控制权。画家似乎有意刻画这样一个明显对宗教仪式不感兴趣的人物，以视觉形式展现弥漫在西班牙殖民社会中的紧张气氛。
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葡萄牙传教活动
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葡萄牙的传教活动有着不同的发展历史。从侧翼包抄伊斯兰曾经一度是恩里克王子的首要目标。瓦斯科·达·伽马最终绕过非洲发现新大陆后，这一使命仍未被遗忘。修士和牧师跟随葡萄牙探险者出海远航。他们不仅在海岸设立哨所，也建造教堂面向当地传教。麻烦在于，当地居民并不愿意接受传教士的布道。在印度和中国，基督教已耳熟能详，但印度教徒和儒家学者感觉基督教起不到什么作用。在他们眼中，只有无足轻重的局外人才会信仰基督教。这些人可能有坚船利炮，但肯定不懂得上帝和宇宙的奥妙所在。
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