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海军军械局对此的反应慢到令人愤慨，也令问题雪上加霜，正是军械局设计和制造了Mk14鱼雷。这种武器在战前根本就没有好好测试过，当然其中也有一部分经费不足的原因。设在罗得岛州纽波特的海军鱼雷站里，某些有分量的军官和工程师看起来是把所有关于这种武器的抱怨视作针对自己个人的了，他们坚持认为所有的故障都要归因于操作不当，以及珍珠港和潜艇自身对鱼雷维护不佳。面对如此答复，潜艇官兵们付出了更多的努力，在巡逻时更加“宝贝”这些武器，只在最佳状况下发射。许多潜艇甚至开始关闭鱼雷管保护盖，直到发射前片刻才打开保护盖把鱼雷装进去，这样鱼雷就不会过早暴露在含盐的海水中。
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但是故障依旧。故障的原因很多，而且一个原因可能会掩盖其他原因，这就令它们更难以被找到和纠正。许多故障都和“磁性”起爆器相关，这一装置的作用是通过探测目标船的磁场来引爆鱼雷战斗部。这项技术在当时十分先进，是战前美国最高机密武器计划的产物之一。其设计目的是应对当时在大部分重型战舰上常见的舰体“突出部”。（“突出部”是在舰体水线上下凸出来的双层船壳，当传统鱼雷在其表面爆炸时，它就可以保护内层船壳。）它的思路是让鱼雷冲到舰船下方，直接在龙骨下爆炸。这样爆炸的力量就会直接向上打击敌船无防护的底部，对目标的损害将会严重得多。但是这种磁性引信在战斗中常常失效，这就导致哑弹或者提前爆炸的比例很高。最终人们发现，设计人员忽略了世界不同区域磁场的变化，这一技术还需要根据经纬度进行微调才能使用。
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人们还发现，Mk14鱼雷的实际航行深度会比设置深度深10英尺或11英尺。这个问题不难纠正，却直到1942年6月才最终被发现，此时已经开战6个月，超过800枚这样的鱼雷在战斗中被发射了出去。不仅如此，尽管抱怨不断，但这个问题却不是由军械局发现的——是洛克伍德本人亲自发现的，当时他是西澳大利亚潜艇部队司令，他在乔治王湾里进行了一系列测试。结果显示，这种武器航行时平均比设置深度深11英尺。起初军械局坚称洛克伍德的测试未经授权，结果不准确。直到两个月后，金上将在军械局的“屁股下烧了一把火”，他们才（根据在纽波特进行的测试）承认Mk14鱼雷确实航行偏深，其机械装置在战前测试不足。
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然而，第三个问题却被其他缺陷遮蔽了超过一年。Mk14鱼雷的触发引信，也就是磁性引信的传统版本，其撞针过于脆弱，常常在撞击时破碎，无法引爆战斗部。这个问题直到1943年洛克伍德命令拆除大部分潜艇上鱼雷的磁性引信才被发现。当时很快就有报告称鱼雷以理想的90°角直接撞上目标船的船体，结果却弹开了，没有爆炸。最惨痛的一次是在1943年7月24日，当时丹·达斯皮特艇长指挥的潜艇“黑鲹鱼号”在帕劳群岛西部攻击了一艘日本货轮。“黑鲹鱼号”在近距离几近完美的条件下连续发射了11枚鱼雷。达斯皮特通过潜望镜观察战果，谁知这些鱼雷竟然一枚接一枚地命中敌船，随后沉没不见。其中一枚鱼雷从船体上弹开，像鱼儿咬了钩一般跃出海面，接着又像鱼儿脱了钩一样掉进水里消失了。此时艇上只剩下了一枚鱼雷，达斯皮特放弃了击沉目标的努力，他要把这最后一枚鱼雷带回珍珠港仔细检查。
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洛克伍德一年前在澳大利亚做测试时就干了军械局的活儿，现在他故技重演，在珍珠港做了一系列测试。触发引信故障的原因很快就找到了，这个问题很容易解决，把撞针换成更坚固的铝合金材质就行了。“此事最终打垮了鱼雷官僚们，”当时在潜艇部队担任军官的爱德华·比奇说，“他们现在终于愿意承认，在实验室里多消耗几枚鱼雷，比在更重要的实战中浪费掉它们要好得多。”[23]
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1943年9月，太平洋潜艇部队被告知Mk14鱼雷最终“修好了”，累计统计数字也显示，在随后几个月里鱼雷的实战表现越来越好。然而，关于鱼雷失灵的报告却直到战争结束都没消失过。最恐怖的失灵现象是“环航”，一旦鱼雷的舵面被卡住，它就会全副武装掉过头来向发射自己的潜艇扑过去。有几艘美军潜艇就体验了这种可怕的故障，靠深潜或者在水面上剧烈机动才擦着边躲过一劫。明确知道的就有两艘潜艇这样被自己的鱼雷摧毁，这是因为艇员中有人幸存下来说出了真相。可以想见，还有其他潜艇也同样由此被击沉，只是无人幸存而已，对此，后人只能猜测。
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西屋公司的下一代Mk18电动鱼雷恰好在此时的1943年秋季进入部队，这种鱼雷不会拖出易被发现的气泡或废气尾流。这一新型武器也被送到纽波特的海军鱼雷站进行试验和测试——然而一名潜艇部队军官却发现，“纽波特这伙人”不肯配合。设计并制造了Mk14鱼雷的纽波特鱼雷站的工程师们将西屋公司的这一新产品视作来抢饭碗的，十分仇视。戈特岛（纽波特港口中的一个小岛，是鱼雷站的所在地）被“非我发明综合征”[24]控制了。在纽波特监督这些试验的“黑鱿号”潜艇军官们对自己得到的对待备感失望。“说他们蓄意破坏可能太重了，”“黑鱿号”副艇长伊莱·赖克如是说，“但他们确实一点忙都不肯帮。”[25]赖克在珍珠港告诉洛克伍德的副手：“我觉得这些人根本没有战争意识。”[26]
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1943年5月21日，“刺鲅号”结束了第五次战斗巡逻后返回，此番它去到了高纬度上冰天雪地的日本千岛群岛。它击沉了3艘敌船，考虑到这次任务的实际情况，这个成绩还算不错——但是莫顿告诉洛克伍德，如果鱼雷都能正常工作的话，自己原本可以击沉6艘。“刺鲅号”此时已经急需大修，于是它奉命返回加利福尼亚州的马雷岛，也就是这艘艇18个月前诞生的地方。迪克·奥凯恩晋升了，现在他要去指挥自己的潜艇，一艘白鱼级潜艇，名为“刺尾鱼号”。这艘潜艇此时尚未建成，它也是在马雷岛建造的，只要从“刺鲅号”的泊位沿着河边走一小段路就到了。“刺尾鱼号”将于1943年8月下水，奥凯恩和骨干艇员们将监督它最后阶段的建造和舾装。与此同时，“刺鲅号”基本相当于重建了，当它在1943年7月启程开往珍珠港时，其外观已经完全变了样。莫顿带领着几位新的军官和大部分都是新人的艇员登上了“刺鲅号”。当它在7月21日驶入纳帕河时，艇长和自己的好友、老搭档副艇长挥手道别。这是二人的最后一面。
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莫顿这一次想要带领“刺鲅号”前往日本海，这片海域位于日本和亚洲大陆日占区之间，几乎完全被陆地包围。洛克伍德答应了自己这位明星艇长的请求。从某种意义上说，这意味着太平洋水下战争的“最后一程”；这是唯一一处美军潜艇尚未渗入的重要海域。这里满是往来于日本本土和亚洲大陆之间的船只。但由于地形封闭，日本人此前还没有在这里采取什么特别的反潜措施。如果说黄海是美国潜艇的“处女地”，那么日本海简直就是日本不容侵犯的圣地。
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出入日本海只有三条通道：位于九州岛和朝鲜之间的对马海峡，本州岛和北海道岛之间的津轻海峡，以及北海道和库页岛之间的拉彼鲁兹海峡（又称为宗谷海峡）。这三处水道都可能成为致命的咽喉要地。所有水道都布设了水雷，有岸炮把守，并且有反潜巡逻艇和巡逻机密集巡逻。闯入这里很危险，逃出更难——一旦日本人发现日本海中有敌人潜艇，他们在几个出口处的反潜措施就会加倍。对这一问题进行研究之后，洛克伍德和莫顿一致认为拉彼鲁兹海峡是进出日本海的最好选择。
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1943年8月14日，“刺鲅号”开进了拉彼鲁兹海峡。它趁着夜色以大约18节航速从水面开了进去。日本雷达发现了它，一座灯塔向它打出了身份识别信号，但它无法应答，因为不知道口令。但是还没等日本人做出反应，它就溜了过去，如同鬼影一般消失在了日本海上。
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和预期的一样，这片海域中满是高价值船只，莫顿兴奋地准备再一次大展拳脚。但是它的鱼雷坑了它。在8月15日到22日之间的一个星期里，“刺鲅号”找到并攻击了12艘货轮，却经常碰到哑弹、航线过深、提前爆炸以及偏航失踪的问题。莫顿于是决定尽快返回珍珠港，要求上级重视此问题。在这次半途而废的短暂巡逻的报告中，莫顿引用了历史上一句著名的海军口号，这是由美国内战时的海军将领戴维·法拉格特喊出来的：“该死的鱼雷！”放在此处，讽刺意味不言而喻。
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8月28日，得到洛克伍德返回基地的许可之后，“刺鲅号”浮上水面，向一艘日本舢板的前方开火令其停航。但日本船没有停，于是“刺鲅号”用甲板炮把它打成了碎片。6名日本渔民投降，被带上艇当了俘虏。这些人都得到了干净的干衣服和一杯白兰地，这让他们看上去像是松了一口气。他们被关押在后部鱼雷舱里，睡在甲板上的垫子上。“刺鲅号”艇员和这些俘虏的关系还不错，甚至可以说很友好。俘虏们给艇员们展示了自己的厨艺，还自告奋勇承担了日常清扫工作。[27]
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回到珍珠港，“刺鲅号”迅速进行了物资补充。莫顿想要立刻重返日本海，洛克伍德同意了。另一艘潜艇“锯鳐号”将与它同行。“刺鲅号”此次装上了新型Mk18鱼雷。9月10日，两艘潜艇开向了大海。
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当天早晨，在太平洋潜艇司令部的一次有记录的新闻简报会上，莫顿花了不少时间，大方地接受了采访。在通讯稿中，他乐观而无拘无束的性格跃然纸上。上午11时50分，他结束了采访，解释说自己的艇下午1点就要出发了。莫顿向记者们保证，下一次战斗巡逻结束后，自己将会再次坐下来接受采访——“等他回来后，”记者在通讯稿末尾写道，“我们就会听到更多关于‘刺鲅号’的冒险故事了。”[28]
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然而，马什·莫顿再也没有回到珍珠港，“刺鲅号”后来的故事也不会再有人知道了。它的第七次战斗出航成了最后一次，如潜艇兵们所言，它将要“永远巡航”。
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借助日方资料和专业人员的估测，我们可以重现“刺鲅号”最后一次战斗巡逻的部分情况。当天下午，它和“锯鳐号”结伴离开了珍珠港。两天后，它开进中途岛加满燃油，随后继续航行7天，回到了拉彼鲁兹海峡。“刺鲅号”再一次趁夜（可能还是在水面上）通过了这里，“锯鳐号”两天后也随之进入。莫顿说过，他想要前往日本海南部海盆猎杀船只，也就是在下关海峡的西部入口，濑户内海的西大门附近。10月5日，东京的日本同盟通讯社报道，一艘“汽船”当天被美国潜艇击沉，544人遇难。而这一水域里只有一艘美军潜艇，那就是“刺鲅号”。同盟社没有说明这艘船是军用还是民用，也没有说清死掉的这些人是军人还是平民。战后发现的记录显示，被击沉的是8 000吨级的客轮“昆仑丸”，它已被日本陆军征用为运兵船。它的沉没促使日本人取消了日本和朝鲜之间的夜间航渡。
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战后的分析显示，“刺鲅号”在接下来的一周里又摧毁了另3艘1 000吨以上的敌船。它们被击沉的地点在当天只有“刺鲅号”能够到达。
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“锯鳐号”在10月9日穿过拉彼鲁兹海峡离开了日本海，比“刺鲅号”的预定返回日期早了两天。它的艇长发现日军的反潜措施大大加强了；“锯鳐号”遭到了多艘巡逻艇和一架飞机的追杀。它下潜到200英尺深度，一连潜伏了数个小时，仅仅依靠回声测距来控制深度。日军投下了几枚炸弹和深水炸弹，但距离潜艇都很远。它在下潜状态下穿过了海峡，次日上午安全脱险。
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两天后的夜里，“刺鲅号”遭到了北海道岛北端岸炮的射击，可能为一枚近失弹所伤。它快速下潜，但还是没来得及躲过一架在附近盘旋的大凑航空队的水上飞机，这架飞机向“刺鲅号”所在位置投下了3枚深水炸弹。巡逻艇（可能就是追杀“锯鳐号”的同一批）随即涌进海峡，四处投掷深水炸弹。日军舰艇未能用声呐锁定“刺鲅号”的位置，但它们还是在这一区域停留了4个小时。拉彼鲁兹海峡中的这一片水域深度很浅，无法深潜。随后，一片长达3英里的巨大油污证明“刺鲅号”最终沉入了水面下213英尺的海底。2008年，人们才找到并辨认出了“刺鲅号”的残骸。
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美国人在战争结束之前一直对“刺鲅号”被摧毁时的情况一无所知。它可能是在拉彼鲁兹海峡中被深水炸弹炸毁的，但也可能是毁于事故、水雷，或者一枚出故障的鱼雷。1943年11月9日，太平洋潜艇司令部宣布这艘艇“超期未归，判定为损失”。这个消息在美军潜艇部队中引发了一阵哀伤。莫顿是潜艇部队中最受人崇拜的艇长，他的战友们一直想要仿效他勇猛的打法。他们这时候会不会把“刺鲅号”的损失视为一种警示，认为他实际上是太鲁莽了？这种可能性令人不安，却不能忽略。而且，大家都知道潜艇战是一件很危险的事，任何一艘艇任何时候都有可能损失掉，无论它采用了何种战术。从此，洛克伍德叫停了所有向日本海渗透的行动，这个方向上的进攻作战直到战争末期才恢复。
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随着统计数据经过战后的分析而不断增长和修订，莫顿和“刺鲅号”已然接近了美军潜艇部队排行榜的顶端。他战时的战绩是击沉敌船17艘，战后这一数字增长到20艘，更新的评估认为可能高达24艘。虽然在战争中半道而亡，而且饱受鱼雷故障的困扰（这一故障在他死后大大减轻），莫顿仍然能够位居击沉敌船数量排行榜的次席，以及单次战斗巡逻战绩排行榜的次席。或许莫顿的领导能力还带来一项更大的贡献，他原先的副艇长迪克·奥凯恩正是那个后来在两个排行榜上都超越了莫顿的人。
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1943年秋，美国人的潜艇运用思路发生了转变。此前，洛克伍德和澳大利亚的潜艇部队将领们让许多舰队潜艇在加罗林群岛的特鲁克环礁周围海域巡逻，这些都是日本海军最大的海外舰队锚地。它们能对敌人大规模的海军行动提供宝贵的目视侦察和预警，还能在敌舰进出环礁时抓住机会发动攻击。潜艇部队同样还被部署在所罗门群岛和南太平洋以支援哈尔西和麦克阿瑟在这一地区的进攻作战。此外和往常一样，潜艇们还被用于各种各样的特殊任务，比如侦察、捞救坠海飞行员，以及向菲律宾偷运代理人和情报。而在1943年10月到12月间，更多的潜艇开始被派去攻击西太平洋上的日本海运线，包括“刺鲅号”探索出来的海域：东海和黄海。到这个时候，美军潜艇每个月都能击沉超过10万吨日本船舶。
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