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出入日本海只有三条通道：位于九州岛和朝鲜之间的对马海峡，本州岛和北海道岛之间的津轻海峡，以及北海道和库页岛之间的拉彼鲁兹海峡（又称为宗谷海峡）。这三处水道都可能成为致命的咽喉要地。所有水道都布设了水雷，有岸炮把守，并且有反潜巡逻艇和巡逻机密集巡逻。闯入这里很危险，逃出更难——一旦日本人发现日本海中有敌人潜艇，他们在几个出口处的反潜措施就会加倍。对这一问题进行研究之后，洛克伍德和莫顿一致认为拉彼鲁兹海峡是进出日本海的最好选择。
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1943年8月14日，“刺鲅号”开进了拉彼鲁兹海峡。它趁着夜色以大约18节航速从水面开了进去。日本雷达发现了它，一座灯塔向它打出了身份识别信号，但它无法应答，因为不知道口令。但是还没等日本人做出反应，它就溜了过去，如同鬼影一般消失在了日本海上。
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和预期的一样，这片海域中满是高价值船只，莫顿兴奋地准备再一次大展拳脚。但是它的鱼雷坑了它。在8月15日到22日之间的一个星期里，“刺鲅号”找到并攻击了12艘货轮，却经常碰到哑弹、航线过深、提前爆炸以及偏航失踪的问题。莫顿于是决定尽快返回珍珠港，要求上级重视此问题。在这次半途而废的短暂巡逻的报告中，莫顿引用了历史上一句著名的海军口号，这是由美国内战时的海军将领戴维·法拉格特喊出来的：“该死的鱼雷！”放在此处，讽刺意味不言而喻。
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8月28日，得到洛克伍德返回基地的许可之后，“刺鲅号”浮上水面，向一艘日本舢板的前方开火令其停航。但日本船没有停，于是“刺鲅号”用甲板炮把它打成了碎片。6名日本渔民投降，被带上艇当了俘虏。这些人都得到了干净的干衣服和一杯白兰地，这让他们看上去像是松了一口气。他们被关押在后部鱼雷舱里，睡在甲板上的垫子上。“刺鲅号”艇员和这些俘虏的关系还不错，甚至可以说很友好。俘虏们给艇员们展示了自己的厨艺，还自告奋勇承担了日常清扫工作。[27]
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回到珍珠港，“刺鲅号”迅速进行了物资补充。莫顿想要立刻重返日本海，洛克伍德同意了。另一艘潜艇“锯鳐号”将与它同行。“刺鲅号”此次装上了新型Mk18鱼雷。9月10日，两艘潜艇开向了大海。
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当天早晨，在太平洋潜艇司令部的一次有记录的新闻简报会上，莫顿花了不少时间，大方地接受了采访。在通讯稿中，他乐观而无拘无束的性格跃然纸上。上午11时50分，他结束了采访，解释说自己的艇下午1点就要出发了。莫顿向记者们保证，下一次战斗巡逻结束后，自己将会再次坐下来接受采访——“等他回来后，”记者在通讯稿末尾写道，“我们就会听到更多关于‘刺鲅号’的冒险故事了。”[28]
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然而，马什·莫顿再也没有回到珍珠港，“刺鲅号”后来的故事也不会再有人知道了。它的第七次战斗出航成了最后一次，如潜艇兵们所言，它将要“永远巡航”。
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借助日方资料和专业人员的估测，我们可以重现“刺鲅号”最后一次战斗巡逻的部分情况。当天下午，它和“锯鳐号”结伴离开了珍珠港。两天后，它开进中途岛加满燃油，随后继续航行7天，回到了拉彼鲁兹海峡。“刺鲅号”再一次趁夜（可能还是在水面上）通过了这里，“锯鳐号”两天后也随之进入。莫顿说过，他想要前往日本海南部海盆猎杀船只，也就是在下关海峡的西部入口，濑户内海的西大门附近。10月5日，东京的日本同盟通讯社报道，一艘“汽船”当天被美国潜艇击沉，544人遇难。而这一水域里只有一艘美军潜艇，那就是“刺鲅号”。同盟社没有说明这艘船是军用还是民用，也没有说清死掉的这些人是军人还是平民。战后发现的记录显示，被击沉的是8 000吨级的客轮“昆仑丸”，它已被日本陆军征用为运兵船。它的沉没促使日本人取消了日本和朝鲜之间的夜间航渡。
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战后的分析显示，“刺鲅号”在接下来的一周里又摧毁了另3艘1 000吨以上的敌船。它们被击沉的地点在当天只有“刺鲅号”能够到达。
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“锯鳐号”在10月9日穿过拉彼鲁兹海峡离开了日本海，比“刺鲅号”的预定返回日期早了两天。它的艇长发现日军的反潜措施大大加强了；“锯鳐号”遭到了多艘巡逻艇和一架飞机的追杀。它下潜到200英尺深度，一连潜伏了数个小时，仅仅依靠回声测距来控制深度。日军投下了几枚炸弹和深水炸弹，但距离潜艇都很远。它在下潜状态下穿过了海峡，次日上午安全脱险。
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两天后的夜里，“刺鲅号”遭到了北海道岛北端岸炮的射击，可能为一枚近失弹所伤。它快速下潜，但还是没来得及躲过一架在附近盘旋的大凑航空队的水上飞机，这架飞机向“刺鲅号”所在位置投下了3枚深水炸弹。巡逻艇（可能就是追杀“锯鳐号”的同一批）随即涌进海峡，四处投掷深水炸弹。日军舰艇未能用声呐锁定“刺鲅号”的位置，但它们还是在这一区域停留了4个小时。拉彼鲁兹海峡中的这一片水域深度很浅，无法深潜。随后，一片长达3英里的巨大油污证明“刺鲅号”最终沉入了水面下213英尺的海底。2008年，人们才找到并辨认出了“刺鲅号”的残骸。
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美国人在战争结束之前一直对“刺鲅号”被摧毁时的情况一无所知。它可能是在拉彼鲁兹海峡中被深水炸弹炸毁的，但也可能是毁于事故、水雷，或者一枚出故障的鱼雷。1943年11月9日，太平洋潜艇司令部宣布这艘艇“超期未归，判定为损失”。这个消息在美军潜艇部队中引发了一阵哀伤。莫顿是潜艇部队中最受人崇拜的艇长，他的战友们一直想要仿效他勇猛的打法。他们这时候会不会把“刺鲅号”的损失视为一种警示，认为他实际上是太鲁莽了？这种可能性令人不安，却不能忽略。而且，大家都知道潜艇战是一件很危险的事，任何一艘艇任何时候都有可能损失掉，无论它采用了何种战术。从此，洛克伍德叫停了所有向日本海渗透的行动，这个方向上的进攻作战直到战争末期才恢复。
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随着统计数据经过战后的分析而不断增长和修订，莫顿和“刺鲅号”已然接近了美军潜艇部队排行榜的顶端。他战时的战绩是击沉敌船17艘，战后这一数字增长到20艘，更新的评估认为可能高达24艘。虽然在战争中半道而亡，而且饱受鱼雷故障的困扰（这一故障在他死后大大减轻），莫顿仍然能够位居击沉敌船数量排行榜的次席，以及单次战斗巡逻战绩排行榜的次席。或许莫顿的领导能力还带来一项更大的贡献，他原先的副艇长迪克·奥凯恩正是那个后来在两个排行榜上都超越了莫顿的人。
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1943年秋，美国人的潜艇运用思路发生了转变。此前，洛克伍德和澳大利亚的潜艇部队将领们让许多舰队潜艇在加罗林群岛的特鲁克环礁周围海域巡逻，这些都是日本海军最大的海外舰队锚地。它们能对敌人大规模的海军行动提供宝贵的目视侦察和预警，还能在敌舰进出环礁时抓住机会发动攻击。潜艇部队同样还被部署在所罗门群岛和南太平洋以支援哈尔西和麦克阿瑟在这一地区的进攻作战。此外和往常一样，潜艇们还被用于各种各样的特殊任务，比如侦察、捞救坠海飞行员，以及向菲律宾偷运代理人和情报。而在1943年10月到12月间，更多的潜艇开始被派去攻击西太平洋上的日本海运线，包括“刺鲅号”探索出来的海域：东海和黄海。到这个时候，美军潜艇每个月都能击沉超过10万吨日本船舶。
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拉尔夫·克里斯蒂将军的西澳大利亚司令部驻地在弗里曼特尔，他们投入了全部力量来寻找和击沉往来于婆罗洲和特鲁克之间的日本油轮。这条航线上的许多油轮都有双层船壳，很难被击沉，但它们又比军舰缓慢，更易于被击中。好在新的铝末混合炸药战斗部具有巨大的能量，而油轮也常常满载着相对容易挥发的未经提炼的原油，这就使它们很容易遭受毁灭性的二次爆炸和大火。在1943年的最后一个季度，从弗里曼特尔出发的美军潜艇将12艘油轮送下海底，这足以打断日本的补给线，并令东京开始严重担忧他们的舰队会由于缺油而无法行动。
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1944年，美军潜艇的吨位战战绩达到了巅峰。它们击沉商船（不含军舰）的吨位翻了一倍还不止，从1943年的120万吨增加到1944年的250万吨。[29]随着新型白鱼级潜艇服役，太平洋潜艇部队的规模从1943年2月的47艘增长到1944年6月时的超过100艘。于是，洛克伍德和他的团队开始试验狼群战术，将3到6艘艇交由一名指挥官指挥。这些潜艇装备了更好的声呐、雷达、光学和通信系统，配有更强大的甲板炮，鱼雷也最终达到了设计性能。Mk14鱼雷被新型Mk18鱼雷取代，这种鱼雷在纠正了一些缺陷后成了致命的武器。更年轻、更勇猛的新一代艇长学着马什·莫顿的样子，战斗巡航的大部分时间里都在水上航行。他们被派到更远的地方，前往亚洲大陆和日本沿海，在敌人最繁忙的航运线上大开杀戒。夜晚，他们会使用大为改进的SJ雷达，锁定猎物的位置、航速和航向，之后发动四台引擎，以常常接近20节的最大速度冲向攻击位置。珍珠港的密码破译部门破译了日本的航运密码，这样就能准确预判日本商船队的位置和航线。这一宝贵的绝密数据被用于选择巡逻位置，也常常通过远程无线电发送给已经出海的潜艇。
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1944年1月，迪克·奥凯恩和他的新型白鱼级潜艇“刺尾鱼号”完成了从马雷岛到珍珠港的处女航。在奥凯恩的指挥下，这艘致命的“刺尾鱼号”在9个月的战斗生涯中登上了美军潜艇部队击沉总吨位排行榜的榜首，甚至超越了莫顿在“刺鲅号”上创造的纪录。根据陆海军联合评估委员会（JANAC）战后得出的结论，它摧毁了24艘敌船。而它的艇长和艇员则坚持认为实际总击沉数更高，可能多达33艘。无论如何，“刺尾鱼号”在“沉默军种”二战单艇击沉总吨位排行榜上位列前三是毫无疑问的。
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奥凯恩本人看起来也想要为马什·莫顿之死和随同“刺鲅号”一同葬身拉彼鲁兹海峡的80条人命复仇。他作为“刺鲅号”副艇长进行的三次战斗巡逻已经让他成了这种事情的行家里手。和莫顿一样，奥凯恩也是夜间水面攻击的拥护者。他认为紧急下潜只是最后的手段，仅限于在紧急情况下使用。夜间在水面上作战可以为自己赋予更高的能见度，不仅能用SJ雷达，还能派遣视力发达的年轻水兵带着高倍率望远镜爬到潜望镜筒的顶上去。每次作战前，奥凯恩都会先把成功的概率算清楚，如果他觉得没问题，就会发动大胆、勇猛的进攻。“刺尾鱼号”一次又一次甩开日本驱逐舰，潜入敌人运输船队队形内，常常能用一轮齐射击沉多艘敌船。
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“刺尾鱼号”的第一次战斗巡逻是在加罗林群岛和马里亚纳群岛之间的水域，它在暴雨中花了两天时间追踪一支大型船队，击沉了三艘大船。两天后的夜里，它的雷达捕捉到了另一支向北航行的船队，在两天的猫和老鼠游戏中，“刺尾鱼号”又击沉了两个高价值目标，包括一艘大型海军油轮“越前丸”。在此次亮眼的战斗巡逻之后，“刺尾鱼号”在第5舰队航母首次空袭特鲁克（1944年2月17—18日的“冰雹”作战）时担任了救生潜艇，它在这次行动中救回了7名空勤人员，比参与此次行动的其他任何潜艇都要多，出了名。它的第三次和第四次巡逻是在东海——奥凯恩对这片水域很熟悉，他一年前就随“刺鲅号”在这里巡逻过——“刺尾鱼号”在这里简直就是一个单艇狼群。1944年6月24日夜，在距离长崎不远的地方，它伏击了一支由6艘大型货轮组成，有军舰护航的纵队，呈扇面齐射了6枚鱼雷。奥凯恩相信并宣称有两枚鱼雷找到了准头，击沉了两艘船。然而根据战后统计，这轮齐射击沉了4艘大型货轮，总吨位达1.6万吨。6雷齐射击沉4艘船，这就是二战中最致命的一次潜艇齐射了。1944年8月，“刺尾鱼号”再续辉煌，在日本本土主岛本州岛以南大胆地闯进船只最为密集的沿岸海域横冲直撞，又摧毁了至少两艘大型商船，总吨位11 500吨。
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这一年，还有其他一些杰出的潜艇和艇长名留青史。其中的一位佼佼者是斯莱德·卡特尔，美国海军学院1935届的前橄榄球明星，他是个马什·莫顿式的敢冒险的大胆艇长。他进行了4次战绩彪炳的巡逻，其高峰是1944年6月在吕宋海峡的一番战斗，卡特尔的潜艇“海马号”击沉了总吨位达7.2万吨的19艘敌船。到战争结束时，他和马什·莫顿并列击沉数排行榜的第二名（第一名是奥凯恩）。萨姆·迪利作为“鲻鱼号”艇长进行了6次战斗巡逻，击沉了16艘日本船只，总吨位54 002吨。“鲻鱼号”对战争最著名的贡献发生在1944年6月，马里亚纳海战之前不久。它在苏禄海南部的塔威塔威锚地里追踪日本舰队主力，在3天时间里击沉了3艘驱逐舰。鲁本·威泰克是“松鲷号”艇长，小切斯特·尼米兹是他的三副；在菲律宾周围和南海的4次巡逻中，“松鲷号”击沉了总吨位60 846吨的15艘船。吉恩·弗拉基，“石首鱼号”艇长，在吕宋海峡和东海取得了少见的7次战斗巡逻记录，击沉了总吨位96 628吨的17艘船。“石首鱼号”在1945年7月有一次耀眼的表现，它运送一组突击队员在当时还是日占区的库页岛上登陆，炸毁了一列火车。这是太平洋战争中唯一一次此类作战，也是盟军在日本本土岛屿上的唯一一次地面作战。
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但是太平洋上的吨位战依赖的并不仅仅是美国潜艇部队的这些尖子选手。在这场“千刀杀一人”的战事中，每一小刀都有价值。大部分艇长和潜艇都在战绩榜的下方，但即便是那些名字大多已被遗忘的中等水平选手，也做出了自己的贡献。对日本来说，残余的那些宝贵油轮到底是被“刺鲅号”、“刺尾鱼号”或“海马号”这样的超级明星击沉，还是被默默无闻的诸如（此处随机选几个）“鳕鱼号”、“王鱼号”或“巴伯罗鱼号”这样的普通潜艇送下海底，并没有什么区别。1944年，处于战斗巡逻状态的美军潜艇数量翻了一番，从1943年6月时的平均24艘增加到1944年6月时的48艘。[30]在东京的帝国大本营里，有人说人们可以踩着美国潜艇的潜望镜从日本走到新加坡。最终发挥作用的，是他们所有努力所取得的总成果。
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1944年后期，美军潜艇每个月都能击沉超过25万吨日本商船。击沉吨位的高峰出现在1944年10月，当时全世界的目光都盯着麦克阿瑟的重返菲律宾之战和莱特湾大海战。这个月，海面下的掠食者们摧毁了328 843吨日本商船，其中包括103 903吨油轮。[31]此后，每月的击沉总吨位开始下降，但这仅仅是因为目标开始相对变少了。在最繁忙航运线上巡逻的美军潜艇发现海面上满是之前被击沉的船只留下的油污、碎片和残骸。许多艇长开始把更多注意力转向击沉中式帆船和装有甲板炮的拖网渔船。
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“刺尾鱼号”的最后一次巡逻始于1944年9月的最后一周，这次它来到了台湾海峡。这次巡逻恰逢哈尔西第3舰队的航空母舰空袭此地，以及莱特湾海战的开局。在两天的时间里，奥凯恩艇长追踪了向南航行的志摩舰队（它后来参加了苏里高海峡之战）。遭到志摩一艘巡洋舰上8英寸炮的轰击后，“刺尾鱼号”紧急下潜以保护自己。奥凯恩的目视侦察报告发到了珍珠港，随后又转发给了哈尔西和金凯德。10月23日，“刺尾鱼号”截击了一支向北航行的船队，船队有三艘油轮，两翼有两艘货轮，有驱逐舰严密护航。避开驱逐舰之后，奥凯恩指挥潜艇机动到了船队中间，准备发动近距离夜间鱼雷攻击，他只用了一轮近距离鱼雷齐射就击沉了全部三艘油轮。大爆炸一度照亮了“刺尾鱼号”，其余的货轮便直接转向潜艇，似乎想要撞击它。奥凯恩下令“紧急全速前进”，潜艇猛地向前一冲，横在了从两侧靠过来的两艘船的前方。两艘日本船却发现由于同时朝一个位置驶去，快要撞上了；它们真的撞上了，片刻之后，两艘船双双被“刺尾鱼号”尾部发射管的鱼雷齐射击中了。两次大爆炸炸毁了它们。“刺尾鱼号”甚至都用不着下潜。它在短短10分钟时间里摧毁了5个高价值目标，这是战争中最令人称奇的一击。
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