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零星日军部队仍在沿途伏击美军，还有一些美军士兵被敌人狙击手打倒。推进纵队常常停下来卧倒，坐在暴露的吉普车里的人会下车在路旁的灌木丛里寻找掩护，坦克—步兵合成分队则被派往前方去消灭敌人或将其击退。大大小小的河流也拖慢了行军纵队的速度。许多桥梁被炸毁了，即便偶尔还能见到一座桥，美军也不得不派出排爆专家仔细检查，确认没有布设爆炸物。当小股日军向路过的美军车队射击时，美军会以猛烈的火力打回去——步枪、机枪和轻型火炮，常常直接在车上开火。《生活》杂志通讯员卡尔·迈登斯在报道中写道：“我们车队里每个人都用手中所有的武器向敌人火力全开，把他们消灭掉。我们一边向道路两侧开火，一边继续推进。”[14]在许多地方，进攻纵队会驶离高速公路主路，在土路上前进，或者在牧场中开辟出一条新的道路。侦察兵们会为重型车辆寻找能够涉渡的“渡口”，长长的吉普车、卡车和拖车车队会从这里穿过，混浊的河水会没过它们的车轴，有时甚至会漫到引擎盖上。渡过安加特河时，水太深，大部分轮式车辆无法通过。美军采取“列车”方式解决了问题：用能够渡河的坦克充当“火车头”，后面拖着一长串卡车和吉普车从河里开过去。不过这些车辆过河后得停放一个小时，在太阳下晒干发动机。
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穿过村庄时，美军受到了大群菲律宾本地人热烈的欢迎。光着脚丫子的小孩子们跟在吉普车和卡车的旁边跑，兴高采烈地挥着双手。大人们则把帽子举过头顶，高兴地挥舞着。房屋和公共建筑顶上都升起了美国国旗。菲律宾游击队则打着美国和菲律宾的旗帜列队受阅。比尔·邓恩回忆道，在小城巴利瓦格，第1骑兵师遇到了数以千计的菲律宾人，“他们挤满了街道，呼喊，歌唱，在我们的纵队旁跳舞，对仍然存在的危险视而不见，直到道路上水泄不通为止。在城中心，我们的吉普车被彻底围住了，不得不停了下来。我们刚停，女人和小孩们就向我们抛来鲜花，还挤过来和我们握手。队伍里每一辆车都是如此”。[15]民众向美军送来了水果、鱼、鸡蛋和烤山药。两位菲律宾年轻人爬上了教堂的尖顶，用石头敲响了那里的大钟。马奇将军的“飞行纵队”完全动弹不得了，直到当地警察和部队设法让民众离开了街道，美军才得以继续前进。
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考虑到城内近100万人口的卫生和饮水问题，美军指挥官采取措施，控制了马尼拉的供水系统。第14军受命夺取城市北郊那些重要的水库、水坝和高架水渠——诺瓦里切斯水坝、马里基纳水坝、巴拉拉的滤水设备，以及圣胡安水库。美军指挥官同样打算夺取主要的电力设施，包括帕西格河中普罗维瑟岛上的蒸汽发电厂。
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2月3日，第1骑兵师抵达了图拉汗河北岸的诺瓦里切斯。一个先头中队赶在日军爆破之前抵达了河上的主要桥梁并跨了过去。在激烈的交火中，一名海军上尉兼排爆专家冲到桥下切断了导火索。这一英勇举动挽救了桥梁，为美军赢得了至少一天的时间。渡过河流之后，这个师遇到的抵抗便十分轻微了。当天下午稍晚时候，骑兵们在与3号高速公路交会的路口与第37师会师。2月4日，两个师并肩扑向马尼拉市界。
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美军三个营开过去包围了圣托马斯大学，这座被围墙围起来的校园现在已经成了关押着大约4 000名西方平民的集中营，被称为“巴丹天使”而广为人知的美国陆军的护士们也在其中。一辆谢尔曼坦克撞开了校园大门，一个步兵营随即冲了进去。日军林俊雄中佐手下的守卫们并不打算和美军死战。打了几枪之后，林中佐发出信号，表示愿意释放大部分在押人员。于是超过3 000名面容憔悴却兴高采烈的西方平民开始从学校大门走出来。但林还是命令剩余221名俘虏集中到校园中央的一座大楼里，他要把这些人当作人质，来交换自己人的生存。由于担心日军屠杀囚犯，美军指挥官同意停火并进行谈判。林同意释放囚犯，作为交换，美军要保证他的人安全到达日军防线。于是太平洋战争中仅见的一幕出现了：林带着他的看守们直接在数千名虎视眈眈的美军注视之下走出大楼，从大学正门逃离。那些刚刚解放的平民俘虏向这些列队行进的日本人恶语相加。“三五成群的男男女女一边大声挖苦他们，一边跟着他们穿过营房——女人们的声音尤其刺耳——直到日本人走出校园，大门砰的一声关上为止。”[16]但是协议还是得到了遵守。双方都没有开枪，林的人获准向南走去，他们将去那里和日本地面部队主力会合。离开时，所有日军官兵都向美军敬礼或鞠躬。[17]
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当天下午稍晚时候，麦克阿瑟将军来到了圣托马斯。大群心怀感激、泪流满面的人立刻围住了他。他们从四面八方向他涌来。他向认识的人打了招呼。有些小孩子在集中营里度过了三年，已经不记得战前的生活了。“有一个人抱住我，头靠在我的胸前失声大哭，”麦克阿瑟回忆道，“这是个终生难忘的美妙时刻——不是作为杀人者，而是作为救人者。”[18]俘虏们讲述的事情坚定了麦克阿瑟加快解放各集中营的决心。在过去的一个月里，分配给俘虏们的食物锐减，许多人已经濒临饿死。CBS无线电台的通讯员比尔·邓恩说，如果解救者30天后再到，“其结果可能就会是彻底的悲剧”。[19]
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当美军部队向马尼拉北部的建筑密集区推进时，城市上空腾起了滚滚浓烟。撤退的日军在城市北部的商贸区点燃了上百处大火。由于缺乏理想的引火工具，他们的点火方式就如同二流的纵火犯一般，用的是火药、火柴以及装在5加仑油桶里的汽油。整个城区被火焰吞没。城市西边海湾旁是住满居民的敦洛区，那里密集的灰泥房屋是木质结构，如同火毯一般一点就着。第14军在报告中写道：“烟尘浓密，燃烧的建筑向外散发着高温热浪，我们一步也前进不得。”[20]悲惨的难民们沿着主要道路向北走来，从相向而行的美军士兵身旁经过：年轻的妈妈怀抱着婴儿；整个家庭拖家带口，把财产堆放在马车上；小孩子沿路向美军士兵索要吃的和香烟。还有趁火打劫的人忙于从燃尽的废墟和被主人抛弃的房屋里劫掠一切有点价值的东西。
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格里斯伍德将军派出第5骑兵团第2中队前去夺取奎松桥，这是帕西格河上的最后一座桥梁，位于马尼拉市中心。然而在奎松大街和阿兹卡拉伽路的岔路口，古老的比利彼得监狱和远东大学的高大楼宇之间，美军陷入了猛烈的机枪和反坦克炮火力之下。突击中队被来自多个方向的致命交叉火力压制，这些火力来自大学建筑高层的窗户、街道南面的一处沙袋掩体，以及一处临时的街垒，这个街垒由四辆拴在一起的废弃卡车组成，由钉入路面的钢质栅栏保护。美军迅速撤了回去，准备带上援军再来。与此同时，第1骑兵师的其他部队沿着帕西格河北岸肃清了东面的街道和街区，占领了马拉干鄢宫。
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在敦洛区，前进的巡逻队看到了一幅平民遭屠杀的悲惨景象。医疗队的霍伯特·D.梅森发现一家香烟厂的地板上横卧着49具尸体，其中有许多是女性，还有只有两岁大的孩子。他们的双手都被反绑。许多人都是被刺刀或者武士刀杀死的。[21]在相邻的戴帕克贮木场，美军士兵找到了115具遇害平民的遗体。小孩甚至是婴儿都被砍了头。在一份提交给战争罪法官的呈堂证供中，戴维·V.宾克利少校描述了他看到的一个场面，似乎是一个妈妈试图保护她的两个孩子：“一位妇女面朝下，双臂各抱住一个孩子。她被军刀类型的武器砍杀。一个孩子被劈掉了一部分脑袋。”[22]
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当美军部队接近马尼拉时，那些伪装成普通马尼拉市民而在城区自由出没的菲律宾游击队员揭竿而起。他们伏击日军部队，破坏装备，炸毁卡车和铁路车厢，切断电话线，并把宝贵的情报递送给打过来的美军，包括日军碉堡、军械库和雷区的位置。游击队开始大胆地直接从马尼拉向麦克阿瑟的司令部电告情报，甚至常常用英文明语。日本人能截获这些无线电通信，却很少能找到他们的位置。在中国、马来亚和其他占领区，日军奉行“三光政策”，会将被怀疑支持游击队或敌军的整个村庄屠杀殆尽。在超过三年的时间里，菲律宾日军已经充分展示了他们对无辜民众的暴虐和残忍。现在，面对即将战败的耻辱，眼看着普通菲律宾人逐渐显露出兴奋的情绪，一系列前所未见的兽行便随之而起。
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在马尼拉北部的袋形区域里，零星而断断续续的交火仍在持续，机枪射击的嗒嗒声随处可闻。但是到了2月6日，事情就明朗了。日军只是在进行迟滞作战，以掩护他们渡河南撤。美军的步坦协同分队费了很大力气，逐个街区甚至逐屋肃清残敌。当天下午，美军再攻奎松桥，这次他们得到了坦克和重炮的支援。但是日军边打边撤退，过桥后将其引爆。这导致第1骑兵师停住了脚步。现在帕西格河上已经没有桥了，他们无法让卡车和坦克直接过河。推进不得不暂停，等候新的计划制订出来。
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与此同时，比利彼得监狱里的一千名盟军战俘被救了出来，其中许多人都是1942年在巴丹和科雷吉多尔被俘的军人。俘虏们走出这群建筑时，麦克阿瑟来了。“这群备受折磨的人骨瘦如柴，当我从他们的队伍旁缓缓走过时，周围的每个人开口都有气无力，声若游丝。他们说，‘你回来了’，‘你做到了’，或者是‘上帝保佑你’。我无言以对。‘我来得有些迟了，但我还是来了。’”[23]
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在南面，第11空降师夺取了尼科尔斯机场，正在向马尼拉南区挺进。马尼拉已经被来自南北两面的优势兵力包围，两个方向的进攻者都已经攻入了市界，仅仅遭遇了零星抵抗。第14军已经冲进了马尼拉，他们接到的命令是赶在盟军战俘和被囚平民为日军所害之前救出他们，同时夺取城市的供水系统。该军的两个师以相当不错的速度和效率完成了这两项任务。
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突然拿下了帕西格河以北的整个城区之后，格里斯伍德将军一时判断不清河对岸还有多少敌军，或者他们是否想要决一死战。在此情况未明之时，麦克阿瑟将军决定宣布胜利。仍然远在马尼拉以北的圣米格尔的麦克阿瑟司令部签发了一份声明，暗示马尼拉之战已进入收尾阶段：“我军正迅速肃清马尼拉之敌。我们的各路大军……已经进入城内并包围了日本守军。他们即将彻底毁灭。”[24]第二天，全世界所有的报纸都刊登了收复马尼拉的捷报。麦克阿瑟的幕僚们已经开始计划在市中心举行胜利阅兵了。然而实际上，未来还将有一个月的苦战等着他们。
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这一草率的声明令下属前线指挥官恼火不已。这已经不是麦克阿瑟的宣传工作第一次抢跑了。格里斯伍德在他的日记中记录了他的观点，他认为麦克阿瑟是个“媒体疯子”。艾克尔伯格稍微委婉一些，说这份声明“不妥”。这些人还面临着太平洋战争中规模最大、最激烈的巷战，他们不喜欢被告知自己仅仅是在“肃清残敌”。[25]
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马尼拉是一座对比感强烈的城市，融合了古老和现代，富裕与贫穷，壮美和破败，亚洲和欧洲。许多人认为这是亚洲最美丽的城市。这是一座大学城，拥有超过12座世俗大学和天主教大学。城内多座现代化医院提供了当时亚洲最好的医疗服务。日军入侵之前，这里曾是银行业中心和贸易中心，各大顶级跨国公司都在这里设立了主要办事处。这里有宽阔的街道，绿草如茵的公园，顶级的酒店，宏伟的公共建筑，宽敞的露天广场，还有许多尖顶的哥特式教堂。马尼拉带着西班牙式的风格，拥有马德里和塞维利亚式的优雅和壮美。
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第14军占领了帕西格河北岸那些高大的写字楼和居民楼，随即在高层和屋顶上建立了观察所。格里斯伍德的指挥所设在一座被部分焚毁的酒店8楼，向南一览无余。天际线上，浓烟不散，遮天蔽日。城市在燃烧，南面和北面都一样。大火在蔓延，炙烤着死去士兵和平民的尸体，空气中弥漫着人肉被烤焦的气味。夜晚，各色教堂的穹顶和尖顶被一丛丛火焰罩上了一层鬼魅般的古铜色亮光。日军的防御阵地把首都的几座主要政府建筑围在其中，包括立法会、财政部、农业部、市政厅、邮政总局、马尼拉警察局，以及城市供水区建筑。这些巨大的新古典派建筑用钢筋、砖石和混凝土建造，设计要求能够抵御大地震。日本人把它们改造成了堡垒，门窗都用沙袋堵上，火炮和迫击炮就架设在屋顶。
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通过望远镜观察了这些防御设施后，格里斯伍德将军得出结论，他的部队面临着漫长而残酷的战斗。和往常一样，日本人会血战到底，挽救城市难如登天。如果麦克阿瑟还想要不流血拿下城市，那纯属痴心妄想。“他没有意识到我所看到的事实，随着他们系统地破坏这座城市，每晚天空都被烧成红色，”格里斯伍德在2月7日的日记中写道，“他也不知道敌人的步枪、机枪、迫击炮和炮兵火力正越来越多，越来越猛烈。依我看，鬼子会死守帕西格河以南的部分马尼拉城区，直到全部战死。”[26]
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帕西格河并不是严格意义上的河流，而是连接内湖和马尼拉湾的一处平静河口。它的河床很深很宽，是城市中央的一个“裂口”，“河面”常常位于城市地面20英尺以下。先前有6座桥横跨帕西格河，但全被日本人毁掉了。第14军将不得不乘舟渡河。这是又一场两栖登陆，只不过是在亚洲一座大城市的市中心。
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山下将军已经从北方山区遥远的指挥部里发出命令，要求日军在将成堆的补给物资和弹药全部摧毁或搬走后撤出马尼拉。但是出于各种各样的原因，包括无线电通信不畅、时间紧张、多头指挥、军种竞争等等，这些指示并未得到执行。当地的交通状况严重恶化，导致能够搬到山区的物资少之又少。日军马尼拉守备司令岩渊三次海军少将于是提前启动了预案，摧毁所有可能资敌的设施，包括码头、仓库、工厂、储油罐和发电站。城市的港区凿沉了不少废船，以免美国船只靠泊。甲米地海军基地所有的建筑和设施都被烧毁或炸掉。2月3日的一份命令特别指出，破坏时要小心，如果可能的话要尽量保密，“这样这些举动就不会惊扰民众，或者被敌人用作反宣传的口实”。[27]此后，日军的各种报道都将爆炸和大火归咎于美军的飞机和炮火，抑或是菲律宾游击队。
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司令部设在马尼拉东面山区蒙塔尔万的横山静雄中将是山下的下属。但是他要求自己的手下坚守马尼拉：“他们必须拿起武器，为从瓜达尔卡纳尔以来战死的无数战友报仇，而且必须拦住万恶的敌人向北推进的计划……我们必须相信神力，直至最后一刻。”[28]山下可能都不知道横山会下达与自己的意图完全相悖的命令，还有迹象显示他甚至根本不知道菲律宾首都还留有日军。但是当菲律宾伪总统何塞·P.劳雷尔请求山下像1941年麦克阿瑟那样宣布马尼拉为“不设防城市”时，山下拒绝了。他的理由是这会有损于日本军队的“武德”。[29]
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至于海军的岩渊将军，他看起来压根就没想过要离开马尼拉，而无论命令如何。他曾是“雾岛号”战列舰舰长，两年多前这艘战列舰在瓜岛海战中被击沉时正是在他的指挥下。他有些僚友觉得他在那场战斗后活下来是一件令人不齿的事情，这或许就能解释这位海军将领为什么会决意率部死守，直至被敌人淹没了。若能在马尼拉之战中“玉碎”，便可洗雪他的耻辱，或者向美国人索回代价，或者二者兼有。他手下的马尼拉海军守备队拥有四个大队的海军基地部队，四个暂编步兵大队，以及一批杂七杂八的陆海军部队，总共有大约1.6万作战人员。岩渊似乎是以还有设施需要摧毁为理由逗留在马尼拉市内，等到美国人来了，那就想撤退都撤不掉了。逗留期间，他监督了帕西格河南岸老城区中心坚固支撑点的建设。街道上布设了路障和钢质拒马，废墟下方的路面上埋设了地雷和诡雷。河南岸用砖石构建的古城令人畏惧，这里又被称为“王城”，日军在此密密麻麻地建造了地道、碉堡和炮兵阵地。日军将会逐个街区、逐个建筑甚至逐个房间地死守此地；不会有撤离，不会有投降，也不打算生还。
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第一支渡过帕西格河的美军巡逻队遭遇了日军从古城巨大石墙背后打来的密集的迫击炮和轻武器火力。因此格里斯伍德决定让他的第14军进行侧翼机动，在更靠东的地方渡河。2月7日拂晓，第148步兵团的两个营在马拉干鄢宫和圣米格尔啤酒公司之间的地段渡过帕西格河。他们发动正面进攻，占领了日军坚固设防的南岸护坡。击退了日军的凶猛反击之后，美军在河南岸站稳了脚跟。随着更多部队渡河，他们开始迅速扩大地盘。第1骑兵师的部队紧随其后。他们计划向南进攻，打到原本安静祥和的潘达肯和帕科居民区，然后向西攻打“王城”。
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与此同时，第129步兵团一部进攻了帕西格河中间的普罗维瑟岛，这里是马尼拉最大发电厂的所在地。一支日本守军已经将厂区改造成了堡垒。接下来便是3天血战，双方在电厂昏暗的内部展开了逐屋争夺。285名美军在战斗中伤亡，其中包括35人战死，10人失踪。电厂的汽轮机在战斗中被彻底毁坏，这样马尼拉的大部分城区在接下来的几个星期里都不会有电了。