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5月27日午夜，哈尔西将军回来接替斯普鲁恩斯掌管了舰队。第二天，麦凯恩接替米彻尔指挥快速航母突击舰队。第5舰队改编为第3舰队，第58特混舰队也再次变成第38特混舰队。此时“新泽西号”正在改装，因此哈尔西和他的“阴谋诡计部”此次登上了其姊妹舰，战列舰“密苏里号”。
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指挥交接比计划提前了一个月。其从未被公开过的原因，乃是尼米兹和金希望他们的“首发阵容”斯普鲁恩斯、米彻尔和特纳能在接下来11月的“奥林匹克”九州岛登陆战中担任指挥。为了保持5个月一次的轮换频率，就有必要让哈尔西和麦凯恩提前回来。[58]
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此时，第38特混舰队仍要继续掩护冲绳外海的两栖舰队，其飞机也要在岛上执行近距离空中支援任务。陆地上正在激战，“神风”攻击的规模已经缩小，频率也降低了，但威胁仍不容忽视。经历了两个多月以来一天没停过的激烈战斗后，各个航母大队已是师老兵疲。其中一个大队，“泰德”谢尔曼将军的第38.3大队被派回莱特湾进行一段时间的休息和补充。阿瑟·拉福德的第38.4特混大队被派往北面，向九州的机场再次发动战斗机扫荡。“乔克”克拉克的第38.1大队（哈尔西的新旗舰就在这个大队的内层防卫圈中作战）则要空袭近处的冲绳岛，并为岛上提供战斗空中巡逻。
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6月1日，舰队南方的帕劳群岛附近海域显露出了台风正在生成的第一丝迹象。关岛的气象中心收集并汇总了来自舰船、潜艇和远程巡逻机的气象报告，跟踪着正在北上的“热带扰动”。这些报告很零散，常常互相矛盾，其汇总后的图景也很混乱。但是6月4日，中途岛战役3周年之际，传来了令人担心的报告：一场大号台风正径直扑向冲绳岛以东第3舰队的所在地。
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和往常一样，风暴的行进路线无法准确预测，但没人会忘记前一年12月的那场灾难。于是飞机被召回航母，降到机库甲板，用双股和三股钢缆固定起来。驱逐舰则匆匆加满了油。和幕僚及气象人员商议了之后，哈尔西选择令他的两支特混大队转向110°的东南偏东航向，预计这样可以令舰队远离风暴，同时和冲绳之间的距离也不会太远。但是随后的报告则说风暴的路线更加偏北，移动速度也比先前预想的更快。此时，气压计读数开始下降，天象也变得复杂。哈尔西命令舰队航向转向西北。他的想法是横越风暴前方，从其预计路线外围风力较弱的西半边通过。但是台风仿佛自己有了心眼，故意奔着第3舰队而来。那些6个月前就在舰队里的人觉察到了一种似曾相识的不祥之兆。
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克拉克的第38.1大队最惨。6月5日一早，他旗舰“大黄蜂号”上的雷达显示屏探测到了一个紧密的圆形“台风眼”正直奔自己而来，这是大威力台风的特有标志。[59]在巨浪中，“大黄蜂号”摇晃得如同驱逐舰一般，小些的舰艇则面临着被吞没的危险。凌晨4时20分，克拉克通过短距离步话机联系麦凯恩，请求允许向南转，这样他的舰船就能赶在台风到来之前逃走。麦凯恩把请示转给了哈尔西，因而延迟了20分钟答复。在这段时间里，克拉克命令所有舰船尽最大努力转舵迎向海浪。凌晨4时40分，当“大黄蜂号”的指挥舰桥收到麦凯恩的确认答复时，已经来不及了。克拉克的舰队已经被牢牢卷入了呼啸的狂风之中。
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当东方海平线上露出第一道紫色光芒时，一座“水山”撞上了“大黄蜂号”的舰首。“老天！”副舰长罗伊·L.约翰逊说，“那一定有十座房子那么高，当全部的冲击力落在飞行甲板上时，所有东西都被带走了。飞行甲板的边缘塌了，所有天线都不见了，全部的侧舷走廊和有些飞机掉进了海里。我们处境艰难。”[60]
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风情逐渐缓解之后，事情就很清楚了：整个特混大队都遭到了重击。没有舰船沉没，但是几乎每艘舰船都报告遭到重创，包括第38.1大队的全部4艘航母。“大黄蜂号”和“本宁顿号”的飞行甲板前部拐角折了下来，就像是书页上为了标记而折的角那样。重巡洋舰“匹兹堡号”大约100英尺的舰首从舰上被整个撕下。“匹兹堡号”的姊妹舰“巴尔的摩号”——正是这艘舰前一年把罗斯福送到了夏威夷——也遭到重击，但它仍然留在舰队里，后来在干船坞中进行了维修。飞机方面，总共有233架飞机掉出舷外，36架损坏到无法维修而被抛弃，另有23架受损严重。6人被卷入大海，另有4人受重伤。
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台风过后，哈尔西下令再次空袭九州。“大黄蜂号”已经不像是能放出飞机的样子了，但是克拉克决心试试。一架F4U“海盗”战斗机试图在缩短了的飞行甲板上滑跑起飞，结果一头栽进海里，带着飞行员沉了下去。这是因为折起来的飞行甲板导致了过大的紊流。舰员们点着喷灯，想要把飞行甲板的损坏部分尽可能切割掉，但是忙了一天一夜，施工队只切除了一小部分损坏的钢质结构。在克拉克的怂恿下——虽然他不是舰长——“大黄蜂号”设法从舰尾放出飞机。埃塞克斯级航母从来没试过这种引人注目的杂耍般的把戏。舰上的轮机开始倒转，军舰开始迎风“倒退”。工程人员为此把轮机开到了超负荷状态。但是在接下来的两天里，“大黄蜂号”成功用这种方法坚持收放飞机，从舰尾放出飞机，从受损的舰首回收飞机。
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6月10日，肯尼将军的陆军第5航空队做好了完全承担起冲绳防空工作的准备，第3舰队终于可以被解脱出来，撤回莱特湾去进行急需的维修、补给和休整了。舰队已经筋疲力尽，而台风带来的创伤又令其雪上加霜。旗舰“约克城号”在圣彼得罗湾下锚后，拉福德将军一头栽到床铺上，一连睡了几乎24个小时。[61]谢尔曼将军的第38.3特混大队已经在海上停留了79天，其中52天都在作战——这创造了美国海军的新纪录。[62]
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6个月内两次误入台风，哈尔西知道他的指挥权已经悬于一线。他没有浪费时间，立刻开始准备为自己辩护。他告诉尼米兹，天气预报烂透了。他们把关于风暴位置和路线的报告全都标绘在了地图上：“早先对风暴位置的估算覆盖了3.4万平方英里。而且预报还严重延迟。”[63]美国海军为此在“新墨西哥号”的军官餐厅里组织了一个调查庭。主席是约翰·胡佛将军，前一年12月那次台风后判定责任在哈尔西的调查庭主席也是这位目光锐利的老水手。特混大队指挥官克拉克和拉福德在做证时也提出了尖锐的批评。未来的参联会主席拉福德认为：“此番哈尔西将军要承担全部责任，这样的疏忽不可原谅。”他提出，哈尔西和麦凯恩两人在国内待了很久，刚刚回到舰队，他们过于骄傲，没有听取更有经验的下级的建议。拉福德知道天气预报不靠谱，但他认为即便只是靠基本的航海技术也应当让两位将军做出更好的选择：“我很难理解［哈尔西］为什么硬要让所有三支特混大队待在一起，独立行动的大队自己可以做得更好。只要别管我们，我的大队就能逃出风暴。”[64]
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调查庭建议“认真考虑”解除哈尔西和麦凯恩两位将军的指挥权，把他们打发到其他岗位上。最终裁决则交给了上级。金似乎确实认真考虑了解除两位将军指挥权的事，而且福莱斯特部长也说会支持他的决定。不过最后，他们决定留下哈尔西，但把麦凯恩召回华盛顿担任退伍军人管理局副局长。（后来还没等调离麦凯恩，战争就结束了，这位将军在到任新岗位之前就因突发心脏病而去世。）
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这一次，很可能是哈尔西的国民英雄身份拯救了他的指挥权。在1945年的整个夏季，他的照片和他喋喋不休的演讲都是美国媒体上的重头戏。在调查庭提交结论的当周，哈尔西奸笑的面孔就出现在了《时代》杂志的封面上，头像上方是他的标志性口号：“杀死日本鬼，杀死日本鬼，杀死更多的日本鬼。”[65]
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当美第10集团军在岛上追击日军时，持续的大雨和泥泞的道路拖了他们的后腿。即便是坦克和履带车辆也会陷入褐色的泥潭中，许多车辆都不得不被抛弃。补给问题最终还是解决了，部分依靠将补给物资直接送到美军控制的海滩，部分依靠空投。塞缪尔·海因斯飞了几十次空中补给，在他的翼下“是一个曾经和平的古代世界的废墟——小块的田地和石头老城墙，古树的虬枝下遍布小道，原来是房子的地方只剩下一堆石头，所有一切就在我的机翼下方，所有一切都清晰可见，即便在雨中也是如此”。[66]
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南下的道路成了露天停尸房，到处可见死去的日本人和冲绳人。美军步兵要下手清理，把尸体拖到路边，好为卡车和坦克清出一条通路来。第6陆战师的托马斯·麦金尼回忆了他看到的情景，那些尸体显然是努力想要跟随撤退的军队向南爬的日军伤兵：“我们发现，我也不太清楚具体多少，数百人吧，伸着胳臂和腿，躺在那里，很明显他们曾经努力爬行。他们的残肢仍然打着绷带，却沾满了泥土和其他东西。他们就这么爬，很努力，他们决心要向前，却死在了路上。”[67]
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日军第三十二军将会在横跨喜屋武半岛的防线上建立最后的立足点，这是冲绳岛最南端，是由崎岖台地和珊瑚岩峭壁组成的伸向大海的一条“舌头”。日军的主要防线穿过与座岳和八重濑岳两座山岭。冲绳战场的这最后一角占地约11平方英里。
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日军从首里的撤退非常顺畅。美军发现日军动向时，已经来不及利用撤退的纵队暴露在外的机会来消灭他们了。尽管如此，第三十二军还是遭到了严重削弱，其向喜屋武的撤退顶多将最终的失败推迟两三个星期而已。6月4日，在汇总了来自各个师团和联队指挥官的报告之后，总部参谋们得出结论，全军残余的兵力大约为3万人，而两个星期前是4万人。日军在首里防线的后卫作战中失去了一些最精锐的老部队。残余规模最大的有组织部队是还有1.2万名官兵的第二十四师团。但是由于重武器、弹药和其他补给物资的损失，其战斗效能已经大幅下降。
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6月6日，四个美军师（两个陆军师，两个陆战师）沿着八重濑岳和与座岳悬崖向日军主要支撑点发动了试探性进攻。野战炮炸掉那些伸出地面的珊瑚岩，为第713装甲喷火营的喷火坦克清理通道，后者则将火焰喷进周围天然石灰岩洞的洞口。美军在地形稍好的防线东段取得了快速进展，在6月11日夜夺取了被称为“95高地”的一处地块。日军只做了零星抵抗，而且大部分没有组织，但是仍将会有许多美军在冲绳战役的最后阶段丢掉性命。随着美国陆军和陆战队封闭了敌人日渐缩小的袋形阵地外的包围圈，班规模的小股日军发动了夜间渗透攻击和万岁冲锋。山上的狙击手也要了许多人的命，而当美军在山间快速推进时，友军迫击炮和火炮造成的伤亡也与日俱增。最惨的是“老种子”第1陆战师，他们在6月11日到6月18日一周时间内伤亡了1 150人。
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美军在冲绳岛比在太平洋任何其他战场上都更努力地劝说敌人放下武器。劝降对象既包括日本军人，也包括冲绳平民。飞机在日军防线上投下了数十万份传单，其中仅6月12日一天就投下3万份。第10集团军的心理战部门出版了一份日语日报。吉普车、卡车和巡逻艇上都架设了大喇叭，由日裔“美二代”们拿着劝降信朗读播放。电池供电的袖珍收音机还被挂在降落伞上投了下去，这样日军在山洞里也可以听到美军的广播。和早前相比，这些传单和劝降信写得更好，更聪明，而且更贴合日本人特有的风俗和思维方式。所有这一切都集中在几个中心思想上：军事上的失败已不可避免，日本军政府腐败无能，日本人必须团结起来，拯救自己的国家，使之免于彻底的毁灭。[68]“投降”一词被格外小心地予以回避，改为邀请日本军人“起来反抗，加入志同道合的人们中间，这是走出绝望困境的最好方法”。他们告诉日军士兵，他打得很勇敢，但是现在他已经“竭尽所能，战争结束后还需要他”。[69]
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这样的劝降比此前太平洋战争中的任何时候都更有效。在战役最后阶段的喜屋武半岛战斗中，数千名日军士兵双手举过头顶走出了山洞。最令人惊讶的是，整个编制单位的日军在他们自己军官的有序指挥下举起了双手——这在传统日本观点看来匪夷所思。这样就形成了滚雪球之势——走进美军防线的日本人越多，想要效仿他们的人也就越多。许多勇敢的日裔“美二代”自愿独自走下洞穴，和敌人士兵面对面说话——他们中许多人的父母、兄弟姐妹、妻子和孩子都被关在美国本土的营地里。有些被俘日军甚至愿意返回山洞和地堡帮助劝说自己的前战友投降，他们知道这些人藏在哪里。冲绳战役中总共有约1.1万名日军成为俘虏，包括超过7 000名日本正规军士兵。为了容纳这源源不断的人流，美军的战俘营也越修越大。一名美军中尉惊叹道：“你需要一辆吉普车才能从战俘营的一侧来到另一侧”。[70]
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数万名冲绳平民因害怕据说如同魔鬼一般的敌人而跟随日本军队南撤。岛屿南部交战区域附近可能有多达10万平民——平均算来，战场上每有1名日本兵，就会有超过3名平民。太平洋战争中还从来没有哪个主要战场上有如此之多的老百姓，或许只有马尼拉除外。日军常常把老百姓赶出山洞，赶到开阔地上，暴露在轰炸之下。日军抢走他们的食物，逼迫当妈妈的冲绳人带着哭闹的婴儿离开洞穴，要么就让她把自己的孩子杀死，否则他们就会直接下手杀害婴儿。数不清的成人和孩子死在地炮和舰炮的炮击以及空中轰炸之下，或者死在机枪、火焰喷射器和其他步兵武器的交叉火力之中。日军已经下令，只要逮到没有说日语的平民，就要将其当作间谍处死。许多当地老人不会说日语，因此而遭受戕害。一名冲绳人说日本军队把老百姓当成随时可以牺牲掉的炮灰，“就像象棋里的小卒子”。[71]
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美军部队向南前进时，遇到了道路另一边迎面而来的难民长龙——悲惨的人潮，他们绝望、饥饿、肮脏，女人背着孩子，打成捆的衣服或其他财产挑在肩上。不少人嚼着甜菜根。有些人受了伤，手脚并用向前爬。当时16岁的冲绳学生宫城喜久子回忆了那一幕惨剧：“数万人像蚂蚁那样向前爬。他们都是老百姓。老爷爷，老奶奶，背着孩子的妈妈，浑身泥土，迈着碎步向前跑。孩子若是受了伤，就会被丢在路边，扔掉不要了。那些小孩认出我们是学生，就会喊着‘Nei，nei ！’——那是冲绳话‘姐姐’的意思，想要我们抱起他们。太可怜了。我至今都时常想起他们的哭声。”[72]
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许多冲绳老百姓在接近美军防御阵地时被打死。美军哨兵们都接到命令要向他们开枪，尤其是在夜间，这种时候人很难分清来者是军人还是平民。火光和照明弹照亮了朝北走向美军防线的人群。有些时候日本军队甚至会驱赶着冲绳老百姓在自己前面走，拿他们当肉盾。为了避免不必要的杀戮，美军向全岛各处投放了传单，传单上用图画和简单的日语、冲绳语写道：“远离飞机！远离道路！不要靠近弹药库！远离军队阵地！哪怕你只是偶然忽略了上述某个警告，下场都可能会很惨。”[73]第6陆战师的诺里斯·布彻尔回忆说，许多日军士兵穿成平民的样子，甚至化装成女人，混在成群的平民中溜过防线。“很不幸，这样一来我们就不得不打死他们。许多可怜的冲绳人就这样被打死了。他们是战争的牺牲品。不得不这么做，我们也很难受，但我们也要保自己的命。”[74]第7步兵师的二等兵约翰·加西亚在夜间看到一个黑影穿过一片田地走来，于是开了枪。天亮后，他走过去，发现“那里躺着一个女人，背上绑着婴儿。子弹打穿了她，从婴儿背后穿了出来。这至今仍然困扰着我，阴魂不散。我仍然觉得自己是个杀人犯。你在黑暗中只能看见一个人影弯着腰。你也不知道那到底是个士兵还是老百姓”。[75]但是第6陆战师的查尔斯·米勒却说他的许多陆战队战友会多少有些随意地射杀冲绳老百姓。“这些人会说：‘来了个斜眼睛的，砰砰……又来了个斜眼睛的猪，砰砰！’我们并不是世界上最善良的人。”[76]
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而与此同时，许多美军士兵也会冒着很大的风险去救援平民。路易斯·托马斯中尉是美国海军医疗队的一名军官，他驻扎在冲绳北部的名户镇附近。他的医院有一个连的海军陆战队防守。道路上拉起了警戒线。一天夜里，火光中有一大群平民沿着道路走过来。这时一名陆战队哨兵在步话机中呼叫：“不要开火。那是平民。”随后他爬出沙包掩体，跑进了黑暗中。几分钟后他回来了，护卫着一群老人、女人和儿童。“我想不会有人记录了他的举动，但是如果我们有权授予他金质奖章的话，我们会这么做的，”托马斯中尉回忆道，“那时候，我们都鼓起了掌，欢呼起来，我们对他说他是个伟大的陆战队员。”[77]