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历届生态奖的主题都有所不同，2005年第一届“SEE生态奖”的主题是“责任”，2007年第二届“SEE·TNC生态奖”的主题是：“共同行动，创造和谐”，2009年“SEE·TNC生态奖”的主题是“合作共赢”。之所以强调“合作共赢”，是希望社会公益组织、政府、企业及各环保相关方以建设性的态度合作起来实现环境保护的目标，这与SEE对自身的“建设性与合作性”的定位有关，SEE避开了“揭黑、批判和对抗性”的环保方式。
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SEE这样解释第三届生态奖“合作共赢”的主题：
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环境问题是人类共同面临的最复杂的问题之一，它与经济发展、人民生活、政策制定和执行都有着密切的关系，因此环境问题的解决无法依靠环保机构自身的力量来完成，并且环境的改善本身也是多方受益的过程，需要多方的妥协与合作。为了提倡这种合作精神，奖励合作成果，提升合作能力，本届SEE·TNC生态奖将侧重“合作共赢”这个因素来进行奖项评审。
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奖项设置
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2009年第三届“SEE·TNC生态奖”奖金总额为人民币110万元，奖项设置如下：（1）环保项目奖60万元：一等奖1名，奖金8万元；二等奖3名，奖金为每名6万元；三等奖6名，奖金为每名4万元；入围奖20名，奖金为每名5000元。（2）环境报道奖项20万元：环境报道奖20名，奖金1万元。（3）奖学金30万元：“绿色领导力”培训奖学金20名，奖学金为每名1.5万元。
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与往届不同的奖项设置，主要是增加了“环境报道奖”和“绿色领导力”奖学金。“环境报道奖”是吴敬琏提出的建议。吴敬琏在2007年第二届“SEE·TNC生态奖”颁奖仪式的发言中提到，环境报道记者在揭露环境污染和破坏，以及提高全民环保意识方面起了重要作用，建议今后的“SEE·TNC生态奖”要设立“环境报道奖”。2008年12月23日，吴敬琏成为SEE基金会理事长（北京企业家环保基金会）时，他再次提到“环境报道奖”对促进媒体关注生态环境保护的意义，认为给记者颁发“SEE·TNC生态奖”会对环境报道记者有宣传和保护作用。在本届生态奖颁奖仪式上，吴敬琏对此再次进行解释说：
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关于保护生态，保护环境的问题，是我们全民的事情，一定要让我们的媒体朋友担负起这么一个使命来，把全民动员起来。为什么提出这个建议呢？就是因为上一届颁奖的时候，我就想到了，这件事情靠我们这么100位企业家来做，到底力量很微薄。我们能够把阿拉善这块地方弄好已经很不容易了，所以我们在上一届颁发这个奖项时我就在想这么个奖，我们用我们这个奖项来使得更多的环境工作者，不管是专业的，还是业余的，都来做这件事，那么，影响就要大得多。可是这还不够，这是个全民的事业，而且在朝的和在野的要共同努力才能把这件事办好。要能够动员全民来做好这个事，就是要树立两个关键，两个意识。一个就是人民的公民意识，就是说我们是这个家园的主人，我们每一个人都要来关心，都要来参与这个事业。另外一个意识就是环保意识，环保意识不是那么容易树立起来的，因为直接的生产结果是马上能看得见的。但是这种生产行为对这个环境的影响，要很多年以后才有可能见到结果，如果这个时候你再来处理已经来不及了。而树立这个意识，这点是完全没有办法做到的。而我们的传媒工作者，如果大家都有了这种理念，也有这种知识，大家来做才好。
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“绿色领导力”奖学金，是通过“SEE·TNC生态奖”的影响力，将优秀的民间草根环保行动负责人吸入“绿色领导力培训班”来接受规范的培训。
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评审程序
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评审程序中，设定了4个参与群体：SEE秘书处评审工作人员—评审专家—投票的网民—SEE与大自然保护协会会员理事投票。具体内容如下：
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1．预审工作组从申报项目／报道中选出60个环保项目和40个环境报道进入网络投票和专家评委会；
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2．网络投票和专家委员会评审同时进行。网络投票占总权重的40％，专家委员会打分占总权重的60％，两个权重相加取前30名入围项目（其中包括前10名环保项目大奖）和20名环境报道奖；
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3．公示与实地考察。入围结果将在网上进行公示，同时考察组对入围前十名项目进行实地考察，递交项目真实性考察报告；如果发现作假或虚报现象，将取消该项目评奖资格，缺少名额不再增补；
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4．SEE和大自然保护协会的理事代表对前十名环保项目进行研讨与评分，最终确定一、二、三等奖排序。
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评审程序的第四条，是希望企业家们能参与到评奖过程中来。企业家们要听项目负责人介绍项目，回答大家的提问，企业家们根据项目负责人的现场回答表现，对一、二、三等奖进行评比打分。每个项目的得分汇总后，根据多少进行排序，汇总分数统计公布前，谁也不可能预先知道结果。
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评分汇总后，宣布“绿色昆明”的“滇池地下河调查及保护项目获一等奖。参加投票的不少企业家理事没有想到这个结果，获奖人“绿色昆明”负责人梅念蜀自己更是没有想到，她说原来自己猜想可能得三等奖。会长王石说他希望的第一名是“野性中国工作室”的“中国野生动物摄影训练营”项目，但这个项目只得了三等奖。监事长任志强说他希望的第一名是“淮河卫士”的“合作共建催生莲花环保模式”项目，但这个项目只得了二等奖。在严格公正的评选规则下，SEE会长和监事长的想法并没有影响投票的结果。虽然有一些人在投票时没有支持梅念蜀，但梅念蜀在颁奖仪式上的发言让王石等人转变了看法。主持人与梅念蜀对话如下：
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主持人：你是如何选择做民间环保的？
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梅念蜀：我学的是环保专业，就做环保，这是我的生活方式。
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主持人：在中国做民间环保，会遇到许多难以克服的困难，你以什么样的态度去面对这些困难呢？
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梅念蜀：努力去改变那些可以改变的。
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这样质朴、理性和韧性的回答，给全体参会人留下了深刻的印象。
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王石在2009年4月23日接受记者冯永锋采访时说：
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10个项目都挺精彩的，349个项目中筛选出10个项目，再从这10个项目评出一、二、三等奖，我想小梅这个项目应该是三等奖，我是有什么说什么。她评一等奖我感到很意外，但是她作为一等奖接受记者问答的时候，让我感到很佩服，评她为一等奖是理所当然的。
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社会公益组织的喜与忧
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第三届“SEE·TNC生态奖”颁奖的项目申报数量超过了前两届，共有349个项目申报，由于设定了网络投票所占的评分权重，共有45万网民参与评选投票。在网民投票环节中，出现了“刷票风波”。一位浙江网友在网络投票评论中称，“发现有些项目在短短5分钟内有几百票的收入”，怀疑有人刷票，呼吁生态奖应当拒绝“刷票现象”。这则评论引起了SEE秘书处的注意，请网络合作方新浪予以协助，清查网络投票中的异动现象。新浪予以积极配合，后台数据出来后，发现有个别项目用投票软件刷票的嫌疑很大，在很短的时间内投出大量的票，而且每次投票的间隔时间是一样的，如2秒钟投一票。问题是，难以确定这是否一定是项目申报人所为，也可能是想帮他投票的人在他不知情的情况下使用了投票软件。网络投票占评分权重的40％，专家评审组评分占权重的60％，如果专家评审组评分很低，网络上的最高得分项目也可能落选。SEE秘书处将相关数据交给了评委，作为评委评分时的参考，评委们看了相关数据资料，对少数网络投票过程中有异动情况的项目打了低分，这少数项目因此落选。2009年4月10日，针对网络投票中出现的刷票嫌疑事件，杨鹏秘书长在网上发表了《非政府组织的喜与忧一文》如下：
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