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第三节 形而上学
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科学以共相为对象，因而共相必定是真实的，否则就不可能存在真理。但是共相在脱离具体事物的意义上并不是真实的：它们并不是“实际存在”的事物，例如它们并不是作为实体而存在。共相存在于具体事物之中，是多中的一，是事物的本质，或者如圣托马斯所称，是事物的实质或者所是。同时，圣托马斯和阿尔伯特一样认同亚里士多德的观点，认为理念、形式或者共相内在于上帝的心灵中，也是人的心灵对事物的抽象。
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因此，形式或共相是形而上学必要的解释基质。但是仅靠它们还不能解释自然对象的世界。圣托马斯同亚里士多德一样引入了第二基质，即质料：自然是形式和质料的结合。有形物体的本性或实质是由形式和质料构成的：他用实质来指事物借以是其所是的性质，自然对象通过质料和形式而是其所是。在这两种基质的帮助下，圣托马斯不仅解释了自然中的秩序和目的性，而且解释了具体事物或事物的繁杂、多样。有些实在论者认为形式是具体的个别事物存在的原因，是个体化的基质。在圣托马斯看来，质料是个体化的基质。同一类的个体事物的多样性取决于物体构成的不同。特指质料（materia signata）或个体质料（materia individualis）或具体的自然事物所具有的一定量的质料，加上这一确定量的质料所具有的所有偶然性，就使得具体的个别对象成为其所是的样子。就人而言，这是因为灵魂与具体的有机体相联系，因而他才是这一个具体的人。苏格拉底是苏格拉底而不是其他人，是因为他所特有的个别质料。
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除了存在于质料中的形式（固有的或者物质的形式）外，还有能够独立存在的形式，它们不需要借质料成为真实（实际存在的形式）。在这些形式中，有纯粹精神的存在者，或天使和人的灵魂。它们借以是其所是的本质或本性并不是质料或形式，而只是形式：它们自身即具有个体性。
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第四节 神学
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上帝是纯粹的形式，是纯粹的现实性。我们根据信仰而拥有关于上帝的知识，但是也可以通过推理，以前面已经指出的方式来理解上帝。但是这样的知识是间接的或者有中介的知识。我们在所有推理中从已知到未知，从结果到原因，从有条件的到无条件的。我们从上帝的创造物中推知他的存在，只能通过后验的方法证明他的存在。圣托马斯拒绝了安瑟伦的本体论证明，而利用了亚里士多德、圣奥古斯丁以及阿拉伯哲学家使用的许多证明。（a）每一个被推动的事物都需要某物来推动它，每一个结果都包含了原因：因此必定存在着一个最初不动的运动的基质，否则我们将在因果系列上无休止地前进，而永远不能到达终点。必定存在着一个自身即存在的东西，它不需要通过其他任何事物而获得存在（亚里士多德）。（b）自然事物只是偶然的或者可能的，这个或者那个具体事物并不是必然存在；但是必定存在着某物，它不只是可能的，而是真实的或者必然的，是偶然或者可能事物的根据或者基础，是绝对的必然存在（阿尔法拉比）。这两个证明构成了康德后来所称的宇宙论证明。（c）事物形成了一个循序渐进的卓越性的等级，必定存在着一个完善的最高级的形式或者等级，使得这一存在不同完善程度的事物的系列得到完善。既然所有事物都是由第一因引起，这个第一因就必定是最完善的原因，是最完善的存在者，是宇宙中所有完善事物的原因（圣奥古斯丁）。（d）任何事物在本性上都要实现某个目的或意图。这样的行为暗含着有一个理智来引导它。一个有目的宇宙必然意味着有一个伟大的产生目的者，即有理智的上帝。最后这两个证明是目的论证明，为希腊人和经院哲学家所共同使用。
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因此，上帝就是宇宙的第一因、最终因或目的因。他是纯粹的现实性或创造力。如果他只是潜在的存在者，就需要其他某个事物来使得他成为现实的或真实的，那样他就不会是第一因。作为纯粹的现实性，上帝是绝对单纯和绝对完善的。他也是绝对的理智，包含了绝对意识和绝对意志。
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上帝从无中创造了包含质料在内的世界。如果上帝是所有事物的第一因，他必须既是质料的第一因，也是形式的第一因。因为他是纯粹的精神，没有与质料混合，质料就不可能发源于上帝，他必定是从无中创造了质料。但是从哲学上不可能证明世界在时间上有开端，也不可能证明世界在时间上没有开端，因此两种观点都是可能的。从无中创造只是意味着世界是由上帝创造的，上帝是其必然的原因；它并不意味着暂时的或者永恒的创造。因为，我们凭借启示而相信世界在时间上有开端。时间开始于创世。上帝不仅创造了世界，而且世界在每一时刻都依赖上帝而存在：他的创造是一个持续的创造。上帝选择这个世界作为所有可能世界中最好的世界，因为他的意志为善决定，所以只可能希望最好的世界。上帝创造世界的目的就是要以所有可能的方式来显示他自己，因此他创造了所有可能等级的事物。
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第五节 心理学
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上帝创造了自然、人的灵魂和天使。天使是纯粹的非物质的精神，有多少个别的天使，就有多少种类的天使。自然物是有形的，其形式存在于质料中。还存在着植物灵魂和动物灵魂，但是它们并不是离开质料而存在的。人既是纯粹精神，也是质料；他是单个人，包含了存在的两种基质，将其结合在一个完善的实体中。人的灵魂是非物质的“实存”形式，是肉体的生命原则。灵魂是有机的、有感觉的和有理智的。灵魂作为对肉体有影响的或者重要的原则，具有三种不同的能力或者功能：运动功能、感觉功能和理解功能。人的胚胎仅仅具有有机的和感觉的灵魂；理智灵魂在人出生时才加到人身上—一旦肉体有接受灵魂的倾向或者准备接受灵魂，上帝就创造灵魂。理智和意志构成了人的灵魂的本质，并将其与其他灵魂区分开来。虽然灵魂同有机体紧密结合在一起，它的理智部分仍然是超有机体的，完全不受肉体束缚。换句话说，人是心灵和肉体的结合体，心灵和肉体紧密结合，但是显然不是像自然中一般的形式和质料那样不可分割。灵魂是有理智的、有感觉的、为生命所必需的基质，这种三位一体感觉、思考、意欲，并形成和推动肉体倾向于接受这样的作用。
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因此，有理智的灵魂没有肉体也能够运用它的功能，所以是不朽的：“在肉体死亡后，它仍然是活跃的。”并不存在像阿拉伯人所坚持认为的唯一的普遍理智；如果存在这样的理智，那么人将既不是理性的存在者，也不是道德存在者，他的思考和意志将会是和他不同的事物造成的。个体的灵魂在个体死后，其各个部分仍然作为理智、感觉和有机灵魂而存在—这些部分又构成一个单一的灵魂—形成一个像原来的躯体一样的新躯体。
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圣托马斯所使用的这些灵魂不死的证明是以前的柏拉图主义的证明，后者已经成为基督教和阿拉伯世界的共有财产。人的灵魂知道共相，因此是非物质的，灵魂与肉体的分离也就不可能破坏灵魂。既然灵魂是现实的形式（一个活生生的基质），它就不可能死亡，因为现实性（生命）意味着持续存在。而且，灵魂希望不朽的意愿是它永恒存在的另外一个理由；每一个自然欲求都必定得到满足。
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与感觉知识和超感觉的或者理性的知识相一致，人还具有感官欲求和理性欲求或意志。人并不像兽类一样，其欲求和行动绝对由感觉印象所决定，人还拥有自我决定的能力，通过这一能力他可以行动或不行动。但是为了让意志来作决定，意志必须首先具有善的概念。因此，理智推动意志而不是强迫意志。理智将意志的对象（目的或者意图）置于意志面前，以此来推动意志。另一方面，就意志促使理智和感性发挥作用而言，意志是“灵魂王国的第一推动者”，但是超越于有机体之上的生活，意志就无法控制。因此在圣托马斯看来，理智和意志彼此相互决定，但是理智优先于意志。意志为理智根据理性目的认为是善的东西所决定。但是这并不是强迫；强迫只有在存在者被外在原因所决定的情况下才存在。人是自由的，因为他是理性的，不为他所不认同的外在原因驱动，并且可以在实现他的理性所认为的善或目的方法上进行选择。
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第六节 伦理学
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圣托马斯的伦理学是亚里士多德思想和基督教思想的融合。其基本假设是：上帝基于一个目的而创造万物—是为了在创造中显示他的善—万物的本性都朝向这一目的，都通过实现其真正存在而实现这一真正理念，并且显示上帝的善。从客观方面考虑，至善就是上帝；从主观方面考虑，对创造物来说，至善就是他们最为重要的可能的完善，或者与上帝的类似。圣托马斯认同亚里士多德，认为对人来说的至善（亚里士多德称为幸福）就在于实现他的真正自我。非理性的存在者为上帝赋予它们的自然或者感官冲动所决定，以实现它们的目标，而理性存在者则试图有意识地和自愿地实现他们的目标。行动的最高级形式是思辨或者沉思，而思辨的最高级对象就是上帝。因此，人通过认识上帝来实现他的真正自我—他的完善和最高级的幸福。生活中存在着许多种认识上帝的方式。我们拥有的是一种自然、直接的、未经反思的关于上帝的知识。但是这不能给我们完善的幸福，因为这一认识不是完善的活动。我们可以通过推理获得关于上帝的知识，但是并不是所有人能够由此而获得这一知识，而且这一知识并不十分确定。我们可以通过信仰来理解上帝，但是信仰依赖于意志，缺乏自明性。关于上帝的最高级知识是直觉性的：这一知识只有通过来世获得，而且永远存在；它产生了至上的幸福，是人类努力追求的最终目标。那些像上帝认识他自己一样去认识上帝的人，与上帝最为相似。
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圣托马斯用基督教的内容填充了亚里士多德的伦理学。对亚里士多德来说，至善是思辨知识、哲学和对上帝的纯粹沉思。毕竟哲学家或者有智慧的人才是他的理想。对圣托马斯来说，关于上帝的知识是至善，人们通过直觉获得这一知识：但那是极其幸福的梦想，唯有在来世才有可能实现。在此意义上，那是超自然的善；在它是超自然的恩赐礼物的意义上，此善是超自然的。既然幸福就是获得至善，那么没有快乐伴随就不会有幸福。爱是幸福另外的伴随者：人们不爱上帝就不会沉思上帝。
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圣托马斯在他的伦理学中并没有局限于至善的讨论，而是着手仔细分析道德行为，并且充分讨论了美德。当行为是慎思和选择的结果时，也就是自由的理性存在者的行为时，它们才被称为合乎道德的。一个行为的善或恶取决于它所要实现的目标、行为者的目的或者意图以及行为的环境。这些因素必须符合理性的规则，而理性的规则是人类行为的原则。道德行为的最高标准是上帝的理性、永恒或者神圣的法则、《旧约》和《新约》中的法则。《旧约》中的法则具有世俗的目标，它要求公正地工作，以恐惧为动机；而《新约》中的法则具有天国的目标，它要求意志的神圣性，其动机是爱。而上帝的法则并不是任意的法则，上帝只可能希望善。除了永恒法，还存在着自然的或者人类的法则，这些法则写在我们心中。因此，为了成为好人，人们应当遵守由神圣法和自然法所激发并作为指导和灌输结果的理性。
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圣托马斯以中世纪的方式解释良知。理智是思辨的，也是实践的；理性被赋予理论和道德两种原则。作为道德原则的能力，理性被称为具有普遍意义的良知（synteresis）。具有普遍意义的良知提供三段论的大前提：所有恶都应当避免；较低级的理性提供小前提：通奸是恶；良知（syneidesis）得出结论：通奸应当避免。
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必须记住，一个外在行为的不道德的品格完全取决于意志；某个行为可能本身是好的，但是可能因为朝向一个不道德的目的而成为坏的。但一个自身是恶的外在行为永远也不可能因为通过意志使其朝向一个好的目的，从而成为好的行为。这样，圣托马斯明显拒绝通过目的来为手段进行辩护的观点。至于所谓的“灵魂的激情”和感觉的嗜欲在道德上并不总是坏的，只有在不服从理性原则的情况下，它们才是坏的。
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圣托马斯遵从亚里士多德关于美德的论述和对美德的划分，但是用基督教的概念对其进行补充。没有美德是天生的，所有的美德都是通过践行有美德的行为而获得的。这些后天习得的美德能够实现不完善或不完全的幸福，这一幸福在此世就可获得。为了实现永恒的幸福，就必须由上帝将超自然的恩赐的基质加入到灵魂中，这一更高的形式使一种更高的完善的存在成为可能。上帝将某些超自然的美德灌注或者输入到人身上，即信仰、希望和仁慈等三种神学美德。没有这些美德，人就不可能实现超自然的目标。伦理美德也是上帝为了帮助人们实现幸福生活因而必须由其灌输给人；仅仅是后天习得的美德无助于实现这一目标。爱是灌输到人身上的最高美德，是所有美德的完善形式。
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如我们所看到的，沉思的生活是最高级、最神圣、最愉悦的生活。沉思状态甚至在此世就可以达到。在上帝的启发性影响下，人可以产生一种极度狂喜的状态，在这一状态中，灵魂不受感觉和器官的束缚，并沉醉于纯思中（神秘主义）。这种沉思生活不仅高于实践生活，而且更值得赞赏。它基于对上帝的爱，而实践生活则是基于对人的爱。就积极的生活致力于外在追求而言，它是沉思生活的阻碍；如果它致力于控制感官追求，就会促进沉思的生活。
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获得幸福的最安全、最快速的方式是完全抛弃尘世的善，去追求永恒生活。不能强迫而只能建议人们采纳这一做法：存在着某些福音的劝勉，比如清贫、独身和服从，通过遵循这些劝勉就可以获得较高的完善。对圣托马斯来说，理想的生活是修道院生活或者禁欲的生活。实际上，这对奥古斯丁和所有的教会神父来说也是如此。但这仅适于少数人，对大多数生活在尘世的人来说，他们适宜过一种目标不太严苛的生活。
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由此，圣托马斯·阿奎那的道德哲学包含了古希腊和中世纪两种不同特征的伦理学，但中世纪的理想占据了优势地位。对于希腊道德哲学家来说，最高的善总是我们尘世生活的某一方面或者成绩，无论那是美德还是幸福，而且最高的善可以通过运用美德，在人类理性的帮助下以一种完善的自然方式实现。而根据中世纪神学，最高的善并不是此世中的生活—我们的尘世生活不过是对上帝的朝圣之旅—而是来世的永恒幸福。这一目标并不是靠践行有美德的行为就可以自然和必然实现的，而是要依赖于上帝自己的超自然的恩赐。最完善的好人并不是有才智的人，而是虔诚的人，后者为对上帝的爱和尊敬所鼓舞，完全服从上帝的意志。在修道院中远离尘世的诱惑和纷乱，最能达到这一虔诚状态。
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