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对大多数人来说，首先想到的是类似于弗洛伊德理论的想法：成长在一个有哥哥的家庭中，或许兄弟之间的互动会使一个人有了同性恋倾向。但是，像往常一样，弗洛伊德式的反应几乎肯定是错误的。旧式的弗洛伊德观念认为，同性恋是由母亲的过度保护和父亲的冷漠疏远所造成的，这种观念完全混淆了因果关系：是因为男孩表现出来的柔弱气质导致了父亲的疏远，而作为补偿，母亲则变得过度疼爱。答案可能还是在性别拮抗方面。
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一个重要的线索在于，女同性恋者不存在这样的出生顺序效应，她们在家庭中的分布是随机的。此外，姐姐数量的多少与男性是否发展为同性恋，也是毫不相干的。可能是已经生过男孩的子宫中存在某种特别的东西，它增加了后续生育的其他男性成为同性恋的可能。对此，有种最佳的解释，涉及了Y染色体上的一组被称为H-Y次要组织相容性抗原的三个活性基因。要知道，一个与之类似的基因编码了一种叫作抗苗勒氏管激素的蛋白质，这是一种对身体的男性化至关重要的物质，它引起男性胚胎中苗勒氏管的退化，而苗勒氏管其实是子宫和输卵管的前体。至于这三个H-Y基因的功能是什么，暂还不知。它们对于生殖器官的男性化也并非不可或缺，毕竟，有睾酮和抗苗勒氏管激素就已足够了。然而直到现在，H-Y基因的重要意义才开始显现出来。
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这些基因产物之所以被称为抗原，是因为我们已经知道它们会引发母体免疫系统的反应。因此，连续怀有男胎可能会使母体免疫反应更强（女婴不产生H-Y抗原，所以不会提高免疫反应）。研究出生顺序效应的雷·布兰查德（Ray Blanchard）认为，H-Y抗原的作用是开启某些特定组织，特别是大脑中的其他基因，而且已经有很好的证据表明小鼠中也是如此。如果是这样的话，来自母亲的这些蛋白质引发的强烈免疫反应，将在一定程度上阻止大脑的男性化，而不是生殖器的男性化。这反过来可能会导致它们被其他男性所吸引，或者至少不被女性所吸引。在一项实验中，对实验组幼鼠使用H-Y抗原以诱发免疫反应，与对照组相比，实验组幼鼠长大后基本无法成功交配。令人沮丧的是，该实验者没有报告原因。同样，也可以在发育的关键时刻通过启动一个叫作“转化器”的基因，诱导雄性果蝇只表现出雌性的性行为，并且不可逆转。[16]
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人不是老鼠，也非果蝇，有大量证据表明，人类大脑的性别分化在出生后仍在继续。除极少数情况外，男同性恋显然不是被禁锢在男性肉体里的女性。他们的大脑至少在一定程度上是由于激素的作用而雄性化的。不过，仍然有可能的是，他们在早期的某个关键敏感期缺乏了一些激素，从而永久地影响了一些功能，包括性取向。
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比尔·汉密尔顿是最早提出性别拮抗理论的人，他明白这一观念如何深刻地动摇了我们对基因的认识。他后来写道：“基因组并非人类之前所想象的那样，是一个庞大的数据库加上一个致力于某项目的执行团队（即生存及生育）。相反，它变得更像是一个公司内部的博弈场所，一个利己主义者、各派系之间权力斗争的舞台。”汉密尔顿对于基因的新认识开始影响他对自己头脑的理解：[17]
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我曾认为自己是个有独立意识的人，然而事实并非如此。故此，我也不必为自己优柔寡断的性格而感到羞愧。我只是一个由脆弱的帝国外派出使的代表而已，接受着来自分裂帝国里不安的统治者那前后矛盾的政令……为了写下这段文字，我其实也在假装自己是一个统一体，但我深知这样的统一体是不可能存在的。其实，我是一个混合体，男性和女性、父辈与子辈，而那些争斗不休的染色体片段，早在塞文河上出现霍斯曼诗歌《什罗普郡的少年》中的凯尔特人和撒克逊人之前的数百万年里，就已有了。
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无论是父与子的基因纷争，还是男女之间的基因拮抗，这种基因冲突的概念，除了演化生物学家这个小圈子，就鲜为人知了。可是，它却深刻动摇了整个生物学的哲学基础。
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基因组：生命之书23章 8号染色体 自利
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人是延续生命的机器，是被盲目编程以保护自私基因的机器人载体。这一事实至今仍令人深感震惊。
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——《自私的基因》（理查德·道金斯）
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新款机器所附带的产品使用指南总是无法令人感到满意，说明书里面似乎老是缺少你所需要的那部分信息，还丢三落四的，搞得人晕头转向，陷入困境。不过好在它不会胡乱添加内容，不会在你读到关键部分的时候，突然插入5段席勒的《欢乐颂》，或是1套关于如何骑马的操作指南。通常情况下，指导机器安装的指南不会出现5份，也不会把你要找的安装指南拆分为27段并在各段落之间穿插进大量不相关的文字，如果是这样的话，要想从中翻找出真正的指南内容，可谓是一项艰巨的任务。人类视网膜母细胞瘤基因就是这样的，并且据我们所知，这样的人类基因很具代表性：27个简短的有义段落中间充斥着26页的冗余内容。
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大自然母亲在基因组中隐藏了一个小秘密。每个基因原本不需要这么复杂，基因被打断为许多不同的“段落”（称为外显子），在这些“段落”之间存在着一些随机且无意义的长片段（称为内含子），以及一些完全不相关的重复序列，抑或是另外一个完全不同的（或有害的）基因。
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之所以出现段落内容的混乱，是因为基因组这本浩瀚巨著的作者就是基因组自己，在过去的40亿年间，这本浩瀚巨著一直都在增减和修改。基因组这份自我编写的文本有着非同寻常的特性，尤其是会有一些其他内容寄生其中。虽然这个比喻不太恰当，但试想一下，一位写使用手册的作者，每天早上一坐到电脑前，就发现文本的每个段落都在试图引起他的注意，那些最喜欢大声吵吵的段落逼他把自己复制5遍，并放到下一面里。最后，使用手册中实质内容还是有的，否则机器就永远没法组装起来了，但由于作者的妥协，手册中充斥着那些被要求复制的段落，如同寄生一般。
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实际上，随着电子邮件的出现，这个类比不再像以前那般牵强了。假设我给你发了一封电子邮件，上面写着：“当心，出现了一种讨厌的计算机病毒。如果你打开一个标题包含‘果酱’的邮件，它就会把你硬盘中的内容删个精光！请把这封警告邮件转发给所有你能想到的人。”关于病毒的那部分是我编的，据我所知，目前还没有主题为“果酱”的邮件在传播。但是我非常有效地霸占了你整整一个早晨，让你转发我的警告。我所发送的电子邮件就是病毒。[1]
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至此，这本书里的每一章都集中讲述了一个或多个基因，并默认它就是基因组中最为重要的。别忘了，基因是指导蛋白质合成的DNA片段，但是我们基因组里97%都不是真正的基因，而是一系列奇奇怪怪的东西：假基因、逆转录假基因、卫星序列、小卫星序列、微卫星序列、转座子，以及反转录转座子。所有这些被统称为“垃圾DNA”，或者更准确地说，是“自私DNA”。其中有些是特殊的基因，但大多数只是一些永远无法被转录成蛋白质的DNA。由于这些故事顺承了上一章性别冲突的主题，因而，我们就在这一章里专门讨论垃圾DNA。
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在此探讨垃圾DNA倒是很应景，因为除此之外，关于8号染色体我可没什么好说的了。这可不是说它是一条没什么意思的染色体，也不是说它上面没有几个基因，只不过8号染色体上没有特别能引起我注意的基因。就其大小而言，8号染色体应该不至于这么乏善可陈，然而它可能是基因图谱中绘制得最为粗略的一条染色体。每条染色体上都有垃圾DNA，有趣的是，垃圾DNA竟是人类基因组中最早被发现和利用起来的，是人们在日常生活中就能够用到的。正是在此基础之上，才发展出的DNA指纹技术。
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基因可以编码蛋白质，但并不是所有的编码基因都是人体所必需的。在整个人类基因组中，编码蛋白质的最常见成分是一种叫作逆转录酶的基因，逆转录酶基因是一种对人体没有任何作用的基因。如果在受孕时能将所有逆转录酶基因全部小心翼翼地移除，那么这个人不但不会受到损伤，反而更有可能健康长寿且开心快乐。逆转录酶基因对某些寄生者而言是至关重要的，比如它对艾滋病病毒基因组非常有用，虽不是必不可少的，但却对病毒感染和杀死受害者起到了关键作用。相反，对于人类来说，逆转录酶基因是一种麻烦，甚至是威胁。然而，它却是整个基因组中最常见的基因之一，它有成百上千个拷贝散布在人类染色体上。着实让人感到吃惊，就好比发现汽车最常见的用途是逃离犯罪现场。为什么会存在着这么一个基因呢？
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逆转录酶的功能或许可以提供线索：它把一个基因的RNA拷贝逆转录成DNA，再把DNA插入基因组，这是基因拷贝的一张回程票。通过这种方式，艾滋病病毒可以将自己基因组的一部分整合到人体中，以便更好地隐蔽、保存和有准备地复制自己。在人类基因组中之所以有很多逆转录酶基因的拷贝，是因为在很久以前，或是在不远的过去，人体能够识别出来的逆转录病毒便把它们放在了那里。有上千种几乎完整的病毒基因组被整合到了人类基因组中，其中大多数现已失去活性或丢失了关键基因。这些“人体内源性逆转录病毒”占整个基因组的1.3%，这听起来似乎不算多，但人类基因组中真正有功能的基因也不过只占了3%而已。如果觉得身为猿猴后代这一事实令人难以接受，那么就请习惯于其实人类也是病毒后裔这一说法。
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但是为什么需要借助逆转录酶呢？病毒的基因组完全可以去掉大部分基因，只保留逆转录酶基因。这样，轻装上阵的病毒就大可不必通过唾液或趁人交合之际进行人传人传播，而只须进入宿主的基因组就可以实现世代传递，从而成为一个真正的遗传寄生者。这种“反转录转座子”比逆转录病毒更为常见，其中最常见的“序列”是LINE-1。这是一段DNA序列，长度在1000到6000个字母之间，在这段序列的中间位置有一个完整的逆转录酶编码基因。LINE-1不仅非常常见——在每个人类基因组里就可能有10万份拷贝，而且还总集中在一起出现，所以这个序列可能会在染色体上连续重复多次，它们占了整个基因组的14.6%，也就是说，将近5倍于那些真正具有功能的基因，令人咂舌。LINE-1有着自己的回程票，它可以主导自身的转录并制造逆转录酶，然后利用逆转录酶复制自身DNA并插入到基因的任何位置中，这大概就是基因组中LINE-1拷贝数那么多的原因所在。换句话说，基因组中这种重复序列之所以有那么多，没有其他原因，就在于它们善于自我复制。
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“跳蚤身上有小跳蚤寄生，小跳蚤身上有更小的跳蚤寄生，依此类推，无穷尽也。”同理，LINE-1序列中也包含了寄生序列，这些寄生序列丢弃了自身的逆转录酶基因，转而借用LINE-1的。比LINE-1更常见的更短序列称为Alu，每个Alu有180到280个字母长，看上去似乎特别善于利用别人的逆转录酶来复制自己。Alu序列在人类基因组中可能被重复了100万次，加起来大约占整个基因组的10%。[2]
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典型的Alu序列和一个编码参与蛋白质合成的核糖体基因序列非常相似，至于为何相似，其原因尚不清楚。不同寻常的是，这个基因有一个叫作内部启动子的元件，这意味着其编码“读我”信息的序列位于基因中间。这样，在需要转录时，它启动自身的转录信号即可，而无须依赖外界启动子，从而大大提高了增殖效率。结果就是每个Alu基因都可能是一个“假基因”。打个通俗的比方，假基因就是生锈的残骸，因严重的突变而沉入了水中。如今它们沉没在基因的海洋里，铁锈越积越多（也就是说，积累了更多的突变），直到它们不再与以前的基因序列相像了。例如，在9号染色体上有一个相当难以描述的基因，如果取出一个它的拷贝，然后在基因组中寻找类似于这个基因的序列，你会发现有14个拷贝与之相似，分布在11条染色体上，好似14艘沉船的幽魂。这些拷贝是多余的，一个接一个地发生突变，不再发挥作用。对于大多数基因来说，可能都是如此。对于每一个正常的基因，在基因组里的其他地方都有一批损坏的拷贝。有趣的是，不仅能在人类基因组里找到这14个拷贝，在猴子身上同样也能找到。在旧世界猴和新世界猴成为两个分支以后，其中的3个伪基因便消失不见了，科学家们激动地说，这意味着它们是在大约3500万年前才失去的编码功能。[3]
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Alu进行大量增殖的历史也并没有太过久远。人们只在灵长类动物里发现了Alu，并将其分为5个不同的家族，其中一些是在黑猩猩和人类分化成两个不同的物种之后才出现的，说起来也就不过500万年。其他动物则有另外一些大量重复的短“段落”，比如在小鼠体内的B1。
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将所有这些关于LINE-1和Alu的信息汇总起来，会得到一个意料之外的重大发现。基因组被像电脑病毒一样杂乱的、自私的寄生序列所充斥着，它们存在的原因很简单，不过只是善于自我复制罢了。人类基因组随处都是这种数字化的连环信（chain letters）及类似的果酱病毒警告邮件。人类有大约35%的DNA是由形式各异的自私DNA所组成，这意味着复制我们自身的基因需要多花费35%的能量。我们的基因组太需要进行垃圾清理了。
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