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在200多年的时间里，语言学家们一直尝试重建人类社群相互接触的历史和他们的迁徙模式。他们把目光投向语言间的相似和不同，试图把它们归类，然后寻找其传承模式——就像生物学家试图将物种分类并寻找其进化关系那样。此类工作最好和考古研究结合起来，就像科林·伦弗鲁把印欧语系的传播同新石器时代农民在欧洲各地的迁徙联系起来那样。
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得益于语言种类的繁多，新世界语言史前史的研究潜力可观。自与欧洲人接触以来，已有1000多种语言被记录，其中600种至今仍在使用。将它们归类并追溯源头的尝试从300多年前就开始了。1794年，托马斯·杰斐逊（Thomas Jefferson）写道：“我试图尽我所能地收集美洲印第安人和亚洲人的词汇，我相信如果他们有过共同的祖先，这将体现在他们的语言中。”[2]
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20世纪60年代以来，此类尝试围绕斯坦福大学语言学家约瑟夫·格林伯格（Joseph Greenberg）提出的论点展开。50年代末，格林伯格将注意力从对非洲语言的分类（他以此成名）转向对土著美洲人语言的分类。到了80年代中期，他得出结论，这些语言可以被分为三大语系：爱斯基摩——阿留申语系（Eskimo-Aleut），包括10种语言，仅限北美极地区域使用；纳——德内语系（Na-Dene），包括38种语言，主要位于美洲西北角，包括特林吉特人（Tlingit）和海达人（Haida）等美洲土著民族；北美、中美和南美的所有其他语言则被有争议地统称为美洲印第安语（Amerind）。[3]
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格林伯格通过寻找他所研究的每种语言的基本词汇（比如表示身体部位的词汇）在发音和含义上的相似性得出了上述分类。他认为，每一个语系都是伴随着不同民族各自迁徙至美洲而来的。第一批到来的是说“原始美洲印第安语”（proto-Amerind，前缀proto-习惯上表示不复存在的源语言，从中分化出了现存的语言）的民族。格林伯格宣称，这次最早的移民事件发生在公元前11500年左右，以克洛维斯文化为考古学上的代表。这个民族的来源不明。原始美洲印第安语据称与分布在欧亚广大地区的诸多语言［语言学家称之为“欧亚语群”（Eurasiatic complex）］存在相似性，因此诞生于现有各语族确立前。
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下一批到来的（发生在公元前10000年左右）是说原始纳——德内语的民族，考古学上的代表是被称为迪纳利文化的新型石质工具，由桑——马尔斯于1978年在蓝鱼洞发现。格林伯格认为他们的起源是印度支那。最后一批移民在大约500年后到来。这些人说原始爱斯基摩——阿留申语，被认为来自亚洲北部。
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这种三段式殖民的观点在20世纪80年代末发表。一些学者对此热烈拥护，另一些则不抱希望。最重要的文章由格林伯格与特纳和他的一位同事斯蒂芬·泽古拉（Stephen Zegura）合作发表在1986年的《现代人类学》（Current Anthropology）期刊上[4]，泽古拉当时正在研究土著美洲人特定基因的分布模式。
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格林伯格与合作者们提出了有力的论点。他们表示，每个语族中的土著美洲人在基因和牙齿构造上也拥有同样的特定模式。换言之，3条独立的证据线合力支持发生过3次向美洲的迁徙的主张，其中第一次与克洛维斯文化的出现有关。所有希望确定美洲殖民真相的人都期待不同来源的证据能殊途同归。但许多人觉得这过于理想，令人难以置信。
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史密森尼学会的艾夫斯·戈达德（Ives Goddard）和路易斯安那大学的莱尔·坎贝尔（Lyle Campbell）是两位强烈的批评者。[5]他们声称所谓的解剖学——基因学——语言学的关联并不存在——对数据的仔细分析显示，它们在分布上不匹配，格林伯格与合作者们实际上也承认了这个事实。[6]
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不过，两位批评者主要关心的是一个根本得多的问题：格林伯格对土著美洲人语言的分类完全错了。他所用的方法不过是对类似的单词和语法成分进行肤浅的比较，而没有注意到对语言整体的研究，以及语言如何随时间而改变——这个研究领域被称为历史语言学。语言的传播、改变和死亡完全独立于基因和齿型。土著美洲人历史上已知发生过大量跨族通婚、奴役、内部迁徙和战争（更不用说在与欧洲人接触之前了），不考虑这些就去寻找上述关联是无稽之谈。
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1994年撰写此文时，戈达德和坎贝尔不知道有哪个土著美洲人历史语言学的专家认为美洲印第安语系有任何正当性。当他们证明，按照格林伯格的方法，芬兰语也必须被包括在美洲印第安语中时，这种分类的矛盾之处清楚地显露了出来。在他们看来，格林伯格所做的一切只是整理语言上的巧合，然后将其错误地解读成史前的起源。
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上述并非关于土著美洲人起源的语言学研究仅有的争论。1990年，加州大学伯克利分校的语言学家约翰娜·尼科尔斯（Johanna Nichols）宣称，新世界语言的庞大数量（她称之为“语言学事实”）“确定无疑”地表明，新世界在好几万年前就有人居住，至少是3.5万年以前——这个结论会让1990年正在佩德拉富拉达发掘的尼埃德·吉东感到高兴。[7]
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尼科尔斯认为，任何地区的语言数量都会以相当稳定的速率随时间逐渐增加。她喜欢用“树干”（stock）一词表示作为现存诸语族源头的那种语言。比如，在欧亚大陆，印欧语是日耳曼、凯尔特和波罗的海——斯拉夫等语族的干语言，然后它们又成了新语族的干语言。她表示，每过5000—8000年，每门干语言可以发展出1.6门子语言（语族）。尼科尔斯指出，她在美洲印第安语系中识别出的140种主要语言需要5万年时间才能从最早美洲人所用的源语言发展而来。考虑到可能有不止一次殖民事件（因此有多种最早的干语言）的情况，她把数字下调为3.5万年。
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牛津大学的语言学家丹尼尔·内特尔（Daniel Nettle）分析了与尼科尔斯同样的数据，但得出完全不同的结论。在他看来，土著美洲语言的庞大数量无疑是殖民活动相对晚近发生的标志，不可能早于公元前11500年。[8]内特尔指出，尼科尔斯提出的新语言出现的速率毫无根据，他还质疑了语言以这种方式分化的整个前提假设。他认为，新语言的出现归根到底是由某个特殊事件引起的，经常是一群人迁徙到新的地区，特别是需要他们根据新的资源状况调整自己的生活方式时。
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内特尔认为，随着社群四处扩散，分成新的“群区”——即拥有自己特定资源范围的区域——对新大陆的殖民将很快引发语言的分化。在每个“群区”中，定居者将开始作为猎人、渔民、农民或牧民的不同生活方式，发展自己的词汇，最终确立自己的语言。所有可用的群区最后将住满人，于是新语言的出现将会减缓乃至最终停止。内特尔表示，语言的数量随后会开始下降，一些群体将变得强大，并抑制其他群体，而贸易的发展也需要共享词汇和一定程度上的语言相通。
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随着人口的进一步扩张，人们的居住环境变得十分拥挤，现有语言的数量将不断减少。这一过程在今天的世界非常明显，作为全球化的结果，现存大约6500种语言可能将在未来100年间减少一半。因此，内特尔得出结论，新世界语言很高的多样性反映了殖民活动的晚近，这种观点与克洛维斯第一的假设相吻合[9]，与尼科尔斯的结论恰好相反。
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约翰娜·尼科尔斯和丹尼尔·内特尔为何会得出如此大相径庭的结论？原因之一在于他们从截然不同的角度看待语言研究。与约翰娜·尼科尔斯不同，丹尼尔·内特尔本职是人类学家，他主要关心人们如何利用语言建立和维持社会关系，以及经济和生态因素如何影响某个大陆上的语言分布与数量。尼克尔斯那样的语言学家则对上述问题兴趣不大，而是将语言看作发展的实体，拥有完全独立于社会、经济和环境背景的机制。
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鉴于关于美洲殖民的这些矛盾观点，语言学家似乎和考古学家同病相怜——即使在最基本的事实上也无法彼此达成一致。我们中没有语言学专业知识的人左右为难，不知应该相信谁。我本人倾向于认同内特尔的人类学方法，以及戈达德和坎贝尔相当令人沮丧的结论：关于美洲印第安人语言学史的可靠知识过于不完整，以至于和人类在美洲繁衍的众多假设都不冲突。语言学家就说到这里。基因学家会表现得好些吗？
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我们已经看到，考古学家在研究农业在整个欧洲的传播是由祖籍西亚的农民迁徙引起的，还是因为原住民接受了新石器时代文化时，他们使用了活人的基因。同样的技术（寻找基因变化的特定模式，特别是线粒体DNA中的基因）也被用来确定人类可能最早于何时来到美洲，以及他们来自何方。
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人们研究了3种来源的线粒体DNA：来自活土著美洲人的；来自生活在亚洲北部和东部活人的，以便与美洲人的数据进行比较；以及来自史前土著美洲人骸骨的。[10]具体采用的分析类型以及得出的结论相差很大。但一项重大发现是，土著美洲人的线粒体DNA序列可以分为4个大类，被称为A、B、C和D组。[11]
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来自纳——德内语系和爱斯基摩——阿留申语系的土著美洲人的线粒体DNA序列主要属于A组，而庞大的美洲印第安语系拥有来自所有4个组的代表（也许并不令人意外）。这种基因的多样性（意味着有来自多个移民群体的贡献）支持了那些怀疑美洲印第安语系真实性的语言学家。但就像考古学家和语言学家一样，基因学家们无法就殖民何时以及如何发生给出一致的答案。
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1993年，日本国立遗传学研究所（National Institute of Genetics in Japan）宝来聪（Satoshi Horai）带领的基因学家团队指出，每组序列都是2.1万——1.4万年前某次向美洲移民的产物。[12]一年后，美国亚特兰大埃默里大学（Emory University）的安东尼奥·托罗尼（Antonio Torroni）带领团队以略有不同的方式分析了数据，结论是美洲印第安语系的始祖分两波迁徙到美洲：第一波携带A、C和D组基因，时间是2.9万——2.2万年前；第二波携带B组基因，时间要晚得多。[13]1997年，巴西南里奥格兰德联邦大学（Federal University of Rio Grande do Sul）的桑德罗·博纳托（Sandro Bonatto）和弗朗西斯科·萨尔扎诺（Francisco Salzano）提出，所有4组基因都源于2.5万多年前的一次迁徙。[14]
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基因学家为何如此难以达成一致？原因之一在于他们面临着和语言学家同样的问题。[15]正如人们对语言分化的速率了解有限，对基因变异的速率同样难有共识。基因学家实际上是在尽其所能地猜测变异频率，但这些猜测可能完全错误。此外，不同基因的变异速率也不相同，而有的变异可能会掩盖此前出现过的变异。[16]
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另一个原因是，即便我们对美洲历史和史前史所知有限，但显然不同时间分批迁入美洲的人发生过大量基因混合。经过这样的混杂，从现代土著美洲人的基因中确定此类迁徙的数目和时间将变得几乎不可能。
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从今天的牙齿、语言和基因重建美洲史前史的尝试也可能尖锐地遇到另一个潜在问题：最早和早期美洲人骸骨的数量过于稀少。截至公元2000年，公元前9000年以前的所有骸骨收藏来自不超过37名个体。其中许多个体只留有几块碎骨。[17]
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美国得克萨斯A&M大学的人类学家金特里·斯蒂尔（D. Gentry Steele）和约瑟夫·鲍威尔（Joseph Powell）在研究这些藏品后有了一个惊人的发现：最早的土著美洲人看上去与后来史前或历史记录中的土著美洲人截然不同。[18]更晚近的人被描绘成拥有蒙古人种的外貌——相对宽而平的脸庞和高颧骨，清楚表明他们的先人来自亚洲北部。但来自公元前9000年之前的骨骼样本显示那些人的脸又短又窄，在齿型上与克里斯蒂·特纳对土著美洲人的描绘也大相径庭。事实上，最早的美洲人与其说看上去像是近代美洲人和亚洲北部人，不如说他们与最早的澳大利亚人（测定为6万年前）和现代非洲人要相似得多。
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