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华莱士本来并不相信唯灵论，也认为那是一种幻觉或骗局。但1865年7月，他不幸参加了一个朋友招集的降神会，亲眼见到了“神灵”的工作。不久，他又在自己家中对一位著名的通灵人进行试验，据说是看到了身肉体离地悬空现象。这件事把他彻底击倒了，只好向唯灵论投降了，并通过推理而把这一理论运用到了进化论中来。
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华莱士相信，人类具有独立于身体的灵魂能力，如若不然，很多现象就无法解释。比如他认为人类光滑白嫩的皮肤就是一个不可思议的奇怪现象，而且看不出有什么特别的好处，在自然选择中应该不占有优势，说不定还是一种劣势。
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更严重的是，华莱士认为人类过剩的智力在竞争中也没有多大用处，比如音乐和数学。特别是在原始社会，他看不出具有这种才能的人有什么道理会活得更好，当其他猛男都出去抢食物茹毛饮血的时候，一个在那里自我陶醉的音乐天才或者数学神童不被饿死就已是天大的万幸了，除非真的有上帝罩着他。
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华莱士并没有种族歧视的意思，他与达尔文不同，达尔文认为黑人很笨，而华莱士则坚信黑人一点都不笨，其智力潜能与白种人不相上下。也就是说，黑人经过教育，也完全可以取得与白人相同的成就，只不过黑人们还不会使用他们大脑中早已具备了的高端智能罢了。
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现在第一个问题就出来了，黑人既然有同样的智能，可是他们却没有从中得到什么好处，仍然生活在水深火热之中，这是为什么呢？此时华莱士的分析仍然具有科学性，他认为，这是因为过剩的智能在自然选择中不起作用。
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那么接下来是第二个问题，既然过剩的智能没多大作用，那么白种人也应该和黑种人一样过着愚昧而落后的生活才对。可白种人却把潜在的智能给利用了起来，又是科学又是哲学又是文学又是数学的，天上地下研究了个遍，这又是怎么一回事呢？
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问题提到这个份上了，回答起来也就简单了：上帝的引导呗。
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也就是说，华莱士尽管坚信通过进化和自然选择，人类可以获得现在的形体结构，但难以获得现在的智力成就，无法只凭自然的力量而建起一座华美的精神家园。必然有一种超自然的力量赋予了人类思考和灵魂，并且，只有人类具备这种独特的能力。
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必须指出，华莱士绝非笨蛋，他和那些思想懒惰的家伙们不一样，他思考得很勤奋也很辛苦，他也很激进，尊重女权，对社会主义理论非常支持，因为想的事情太多，以至于被看成是一个怪人。在自然选择的威力方面，他曾与达尔文有过激烈的争吵，华莱士主张自然选择威力强大所向无敌，所有生物的一切特性、哪怕是汗毛的粗细和蜗牛的壳内螺纹这样的小事，无不在自然选择的严厉监控之下并予以取舍夺杀。华莱士强调，如果生物表现出不适应性，那肯定是我们认识上的不足造成的错觉；生物体也不存在无用的器官，我们之所以认为那些器官无用，是因为我们很无知！
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与华莱士这一观点相呼应的是，现在发现一直被当成废物切掉的阑尾，其实是一个很重要的免疫和激素分泌场所，并在人体发育过程中起到重要作用。
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华莱士的这一观点，被称为“超选择”，也就是所谓的“纯达尔文主义”。而达尔文本人的态度则温和得多，他在《物种起源》绪论结尾也一再反复强调自己的观点：“我还相信自然选择是变异的最重要的方式，但绝不是唯一的途径。”华莱士正是因此而批评达尔文不是坚定的“达尔文主义者”。达尔文没有办法，只好仰天长叹：“误解的力量太顽固太强大了！”
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而滑稽的是，后来进化论的发展似乎证明华莱士可能是更正确的，也就是说，更多的进化论者都在“误解”达尔文，可是这个理论的名字偏偏就叫“新达尔文主义”。
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那么，如此坚持自然选择的华莱士为什么会走向“唯灵论”这条死路呢？根据古尔德的分析，原因是令人啼笑皆非的：正因为华莱士太坚持自然选择，所以走向了“唯灵论”！
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这话是怎么说呢？
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如前所述，从生物学角度来说，华莱士相信所有种族在生理和智力潜能上是平等的，黑人并不天生地比白人低劣，他并且利用大量解剖学的证据来论证自己的观点。一个有力的证据就是，黑人与白人的大脑差不多大小，结构也没什么悬殊。哪怕是史前人的大脑，其容量和复杂性也毫不比现代人逊色。更重要的是，野蛮人经过教育和培训，完全可以过上现代人的生活，好莱坞众多有才华的黑人电影明星对此有很好的理解。如果华莱士活到现在，肯定要把小马丁路德金（Martin King）和美国新任总统奥巴马（Barack Obama）列为他理论的见证人。
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也就是说，在身体结构主要是大脑结构方面，自然选择已经出色地完成了任务。剩下的事情，是自然选择所无能为力的。
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华莱士论证说：在满足自然选择的要求方面，大猩猩的脑已经足够用了。如果自然选择继续发挥作用，最多让人脑再大出那么一点点也就足够用了，可是人脑却比大猩猩的脑大了一倍半。纯靠自然选择的力量不可能弄出这么大的头脑来。如果只是为了活着，实在也是用不着这么大的头脑，浪费不说，自然选择也不可能满足这种无理的要求，它有能力为人类提供一个比大猩猩大点的头脑，但没有义务提供一个哲学家的头脑。
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华莱士理由是很清晰的：如果自然选择是正确的，人类就不该拥有如此大脑。即便拥有了如此大脑，也不该产生如此文明。因为三万年以前的克鲁马努人（cro-magnon）就已拥有了比现代人还大的大脑，但他们却一事无成。
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不单是在智力方面，华莱士认为白种人的很多东西，比如女人美妙的声音和娇好的面容，也是很难用“自然选择”来理解的。歌唱这种高雅的东西，比如花腔女高音，只有文明人可以欣赏，可是精致的歌唱器官却早已在野蛮人那里装备完毕，野蛮人自己却并不知道如何使用，最多偶尔吼几嗓子，远算不上是歌曲。唱歌的天赋似乎是专为文明人度身定做的。
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也就是说，大脑，或者优秀的声带，这些文明所必需的器官是在我们有这种需要之前就已制作完成的。因此，这不可能是自然选择而带来的产物，自然选择绝不生产无用的东西。
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到这里，华莱士的结论也就水到渠成了：“我们从这一组现象中得出了必然的结论，一个更优越的智慧在指导着人类，按一定的方向，向着一定的目标发展。”
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达尔文苦口婆心地劝华莱士“不要断送您自己和我的孩子”，后来又语气严厉地批评华莱士快要变成了一个蜕化了的博物学家。但华莱士仍然义无反顾地抛弃达尔文而奔向了上帝的怀抱。本来是达尔文最重要的支持者的华莱士，就这样成了达尔文难以解决的对手，最终蜕变成了一个彻底的自然神学主义者。
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古尔德对此有一个裁决意见，他认为超选择太夸张了，自然选择制造出来的一个器官可能会同时拥有很多功能，我们为了采集更多的食物而进化出来的大脑，同时也具备了欣赏音乐和思考天地哲理的能力，尽管这种能力在当时只是副作用。同样地，初装的喉咙可能只是为了偶尔吼几嗓子，但是不妨碍这个喉咙同时也可以唱出华美的高音。就好像是我们的牙齿，起初是为了撕咬猎物，但现在不应该被禁止用于轻轻叩击恋人的舌头。出于一种目的而出现的器官，完全可以顺带做点别的事情。这些顺带出现的功能，后来，有一部分喧宾夺主，反而变成了主要功能。大脑就经过了这样一个转变的过程。
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当然，这个问题不是华莱士一个人的困惑，这几乎是当时所有智者的共同困惑。面临着人类似乎很明显地在向着所谓文明的方向进步的趋势，纯自然的解释总是那么的苍白而软弱，不弄一个上帝来引着大家向前走路的话，心里总是不爽。
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另一批有头脑的学者们，比如斯宾塞和马尔萨斯等人，不好意思总拿上帝来蒙事，所以就费尽心力地去证明，人类的进步其实仍是一种自然属性，要想活得更好，就必须进步，要想进步，就必需发展伦理和道德。这种称为文化进化论的东西提出了一个明确的方向，单线的从低级向高级进步的方向。在进化论者听来，这要比华莱士的想法有道理得多。
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