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笛卡尔指出，从感觉经验得出的只可能是一种意见（opinion）而不是科学的真知。科学真知只能经理性取得。于是，他从“怀疑一切”开始。《第一哲学沉思》（Meditations on First Philosophy，1641）是他最成熟的作品，其中可以看见他的思路。下面节录一下他的“第一沉思：何事可疑？”（On what can be called into doubt）。
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我发觉我若要在科学上建立任何巩固和恒久的东西，我要——在我的生命中只需一次——完全拆除所有的东西，并重新由基础开始。
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直到现今，所有我接受为最真实的东西都是通过我的官能而来的。但有时我发觉它们蒙骗了我。对蒙骗你——就算只是一次——的东西完全信赖是不智的。
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我发觉没有任何可靠的方法去分辨是醒还是睡。……如果我想发现任何确定的东西，我必须谨慎地拒绝我从前的信念，如同我拒绝明显虚假的信念。
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于此，笛卡尔把怀疑推到极限：
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我会假设有个恶意的、强大的、狡狯的邪魔尽其所能去欺骗我……我会想象天空、空气、地球、颜色、形象、声音和所有外在的东西都只是邪魔设计来欺骗我的判断的陷阱。我会认为我本身没有手或眼睛、或肉躯、或血液、或官能，但又错误地相信我拥有这些东西……
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虽然无事不可置疑，但“就算我怀疑所有的东西，我不是怀疑我在怀疑”，因此，“我不能怀疑我存在”。看来，人类存在的本质是“我是个思想的东西”（I am a thinking thing）：去思想就是存在——“我意识到（conscious of）我自己的思想就是我意识到我自己的存在”（第二沉思）。
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这关系到人类如何通过他的思想来认识到他的存在，以至认识到其他所有东西的存在。笛卡尔认为我们认识的东西，也就是“理念”（ideas），可以来自三处。
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1.由感官而取得的有关外部事物的感觉理念。如看见太阳，感觉到热，因而判断这些感觉都是从存在于我之外的某东西发出的。这些感觉理念往往不可靠。
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2.用主观的想象把已有的感觉理念组合，虚构出某些从未有过或从未见过的事物的理念，如美人鱼、人头马这类的怪物，这些都是虚构出来的。
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3.直觉到的理念，如几何学的公理、传统逻辑的定律、无限完美的神、事物的本质等都不是靠官能从外面感知，是发自自己内心的直觉。看来，人有一种能够直觉领会“一个真理”“一个东西”“一个思想”等理念的能力。这些理念不可能来自空白，因此只可以是与生俱来、天赋、靠直觉发现的。这类知识最可靠。
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直觉求真
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直觉是什么？笛卡尔如是说：我理解的直觉不是来自感官的、不稳定的证据，也不是来自想象的、虚假的判断，而是来自一个清晰和留心的思想给予我的迅雷般的清楚理念，使我们对这理念绝不用怀疑。为此，直觉是一个人纯净的、留心的思想所察觉的、无可置疑的理念，来自理性之光。
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直觉的可靠性（必然性）靠什么来保证？早于笛卡尔的培根认为，归纳经验可取得有关所有事物的本质和规律的普遍必然知识。笛卡尔则不以为然，因为从例证归纳出的知识永远不能穷尽事物，所以不可能得出普遍必然的知识。普遍必然的知识只可来自理性的直觉和逻辑的演绎。他认为“天赋理念”，也就是存于理智中的普遍必然知识，是神（这里有“天道”的意味）赋予我们的。神以规律和法则创造万物，又同时把这些规律和法则的知识印入我们的思想（灵魂）。因此，如果我们做充分的自省就会发现一切事物的存在与变化都是这样。也就是说，天赋理念的普遍性与必然性是因为它们与万物的规律和法则是相符合的，而两者之间的相符合是因为神把两者创造得相符合。这是普遍必然的知识的最后保障。
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笛卡尔要凭直觉去找到最简单、无可置疑、无须辩护的人类知识元素（这是直接的认识），然后从这些最简单和可靠的理念或原理，以逻辑推理去找出全部确定可靠的人类知识（这是间接的认识）。笛卡尔在“第五沉思”讨论物质东西的本质（the essence of material things）时，是这样说的：“当我留心的时候我察觉有数不清的特殊事物都是牵涉它们的[1]。这些事物的真相是如此坦然，与我的本性是如此和谐，使我在首次发现它们任何一个的时候我都好像不是拿到什么新的知识，而好像是记忆起某些我从前已经认识的东西，或好像是头一次察觉到早存于我思想中而我从来未注意的东西。”
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直觉是怎样去寻真的？笛卡尔的形容是，在一个清晰而留心的思想中呈现出的清楚和分明的理念。这里有四个元素：清晰的思想、留心的思想、清楚的理念、分明的理念。先看看什么是清晰和留心的思想。
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《指导思想的守则》[2]是笛卡尔最早的著作，约在1628年甚至较早就开始构思（那时他是30岁左右），但要在死后多年才出版（1684）。在治学方法上，这比他更有名的作品如《谈谈方法》（Discourse on the Method of Rightly Conducting One’s Reason and of Seeking Truth in the Sciences，1637）和《第一哲学沉思》更纯朴。当初笛卡尔计划写36条守则，但只写了21条，前面的12条是最基础的，在下文做最简单的介绍。其中第三条（以及部分的第四条与第八条）与本文关系较密切，所以做较详细的阐述。
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第一守则：我们的思想应用来作“正确的和合理的判断”（true and sound judgement），各种各样的科学（知识）不是独立的，是人类智慧（human wisdom）的分支。
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第二守则：我们只应研究可以取得“确定和显明认识”（certain and evident cognition）的事物。如果我们的研究不能分辨对错、真伪，就不如不去研究。可以经理性去证明无可置疑的东西才可称知识（或称真知）。
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第三守则：我们只应研究由直觉发现或可以清楚演绎出来的东西。要避开假想或依赖别人。
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第四守则：这方法有一套简单和可靠的守则。经此方法可获得所有事物的真知。人的思想当初是清纯的（pure），但一开始求知，思想就变得浑浊。这方法把思想恢复清纯，好使我们可以确定我们所得的知识。
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第五守则：把复杂的问题简化到最简单的细部，然后凭直觉从最简单的细部回返到原初的问题。
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第六守则：“最简单”（Te simplest）的或“绝对”（absolute）的东西是普世的，而且是不能再分化成更简单的细部。任何问题的“晦涩”（obscure）或“相对”（relative）之处都会包含着这些“绝对”细部的某些成分，并且可以经由这些“绝对”细部演绎出来。
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第七守则：当研究简单到复杂的关系链条时，不容漏失一步。走遍多次这条关系链条后，我们无须通过演绎就可以看遍每一步是如何连接起来的。
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第八守则：尽量避开复杂，以免混乱。方法只是工具，不是戏法。任何人掌握方法就可以达到真知，或证实他想得的知识不是人类理解力能达的。
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