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（二）体格检查
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1．注意有无口腔黏膜出现散在疱疹，手、足和臀部出现斑丘疹、疱疹，疱疹周围有炎性红晕，疱内液体较少。
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2．注意有无脑膜刺激征等神经系统异常体征。注意有无呼呼吸浅促、困难，呼吸节律改变，口唇紫绀，口吐白色、粉红色或血性泡沫液体或痰；肺部有无痰鸣音或湿啰音。注意有无面色苍白，心率增快或缓慢，脉搏浅速、减弱甚至消失，四肢发凉，指（趾）发绀，血压升高或下降。
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（三）辅助检查
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1．实验室检查 表现为手足口病、疱疹性咽峡炎时，血白细胞正常。重症病人白细胞升高，（15～20）×109/L。血生化检查ALT、AST、CK-MB升高，重症病人血糖升高。脑脊液外观清亮，压力升高，细胞增多，重症病人以多型核白细胞为主，蛋白正常或升高，糖和氯化物正常。病原学检查中，可从血液、疱疹液、咽拭子、脑脊液、肛门拭子、粪便、肺组织、肾组织、脾脏中可分离出EV71病毒或病毒RNA。粪便检查阳性率高。血液EV71-IgM阳性，或EV71-IgG在恢复期比急性期升高4倍以上。
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2．特殊检查 X线胸片可表现双肺纹理增多，网格状、点片状、大片状阴影；部分病例以单侧为著，快速进展为双侧大片阴影。心电图无特异性改变，可见窦性心动过速或过缓，ST-T改变。脑电图可见部分病人有弥漫性慢波，少数有棘尖波。局灶持续的delta波。头颅MRI检测以脑干、脊髓灰质损害为主，局灶性皮层实质高密度。
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（四）诊断要点
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1．临床诊断病例（卫生部2008年手足口病预防控制指南）
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（1）手足口病 急性起病，发热，手掌或脚掌部出现斑丘疹和疱疹，臀部或膝盖也可出现皮疹。皮疹周围有炎性红晕，疱内液体较少；口腔黏膜出现散在的疱疹，疼痛明显。部分患儿可伴有咳嗽、流涕、食欲不振、恶心、呕吐和头疼等症状。
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（2）重症病例 ①有手足口病的临床表现的患者，同时伴有肌阵挛，或脑炎、急性迟缓性麻痹、心肺衰竭、肺水肿等。②手足口病流行地区的婴幼儿虽无手足口病典型表现，但有发热伴肌阵挛或脑炎、急性迟缓性麻痹、心肺衰竭、肺水肿等。
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2．实验室诊断病例 临床诊断病例符合下列条件之一，即为实验室诊断病例。
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（1）病毒分离 自咽拭子或咽喉洗液、粪便或肛拭子、脑脊液或疱疹液以及脑、肺、脾、淋巴结等组织标本中分离到肠道病毒71型。
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（2）血清学检验 病人血清中特异性EV71-IgM抗体阳性，或急性期与恢复期血清IgG抗体有4倍以上的升高。
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（3）核酸检验 自病人血清、脑脊液、咽拭子或咽喉洗液、粪便或肛拭子、脑脊液或疱疹液以及脑、肺、脾、淋巴结等组织标本等标本中检测到EV71病毒核酸。
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3．分期诊断
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（1）初期 1～3天。表现为手足口病、疱疹性咽峡炎。重症病人皮疹不典型或无皮疹，以重症肺炎或脑炎或呼吸循环衰竭起病。
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（2）脑炎期 2～5天。表现为无菌性脑膜炎、脑炎、脑干脑炎。有抽搐、呕吐、行走不稳、意识障碍、脑膜刺激征等。
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（3）呼吸循环衰竭期 3～5天。出现神经源性肺水肿，呼吸、心率增快，呼吸困难，有肺部湿啰音、粉红色或血性泡沫样痰，可出现肺出血，低氧血症显著。有心肌损害。中枢性循环衰竭表现为口唇紫绀、皮肤苍白湿冷、四肢凉、大理石花纹，血压升高或降低，高热。出现脑水肿、脑疝、四肢弛缓性瘫痪。
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（五）鉴别诊断
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1．疱疹性口腔炎 由单纯疱疹病毒引起。以散发为主；一般无皮疹，偶尔在下腹部可出现疱疹。
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2．疱疹性咽喉炎 由柯萨奇A组病毒引起；病变在口腔后部，如扁桃体、软腭、悬雍垂，很少累及颊黏膜、舌、龈。
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3．风疹 该病全身症状轻，有皮肤斑丘疹及枕后、耳后、颈后淋巴结肿大伴触痛，发热半日至1日出疹。
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4．水痘 躯干部多见，呈向心性分布。水痘皮疹常是分批陆续出现。发疹的第2～3日后，同一部位常见有斑丘疹、水疱、结痂各阶段的皮疹，伴有瘙痒。
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5．中枢神经系统感染 重症EV71感染常有脑干脑炎的表现，且皮疹不典型，根据脑脊液检测和病原学检查与其他中枢神经系统感染区别。
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6．重症肺炎 重症EV71感染常有神经源性肺水肿，呼吸困难，血氧饱和度低，X线片肺部有浸润阴影易与重症肺炎混淆，须结合流行病学、病史、全面体检综合判断。
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