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瘟神疫鬼的信仰尽管由来已久，影响广泛，但毕竟虚无缥缈，难以证实。所以，人们又往往将瘟疫与一些难以理解的自然现象结合起来，将今天看来与瘟疫并无直接关系的某些自然现象视作瘟疫的病原。比如空中出现的黑虹、黑气，在干旱年代出现的月光折射现象等。在地方志的“祥异志”中，常常可以见到这样的记载：“有黑气一条如虹，其长如匹布，从东南至西北，良久方散，是年疫。”[15]通过这样记载，方志编纂者隐含地表明了瘟疫与黑气之间存在着某种密切联系。其实，这种联系，在其他文献中还有更明确的揭示。比如，一则笔记言，嘉兴的吴文溥尝馆于相家湖王氏，五月间，听闻“风偕黑气旋转而至，气中有物如狗直入猪圈，以印印猪，即瘟死，故曰猪瘟”[16]。这里黑气与瘟疫的关系已十分直接，只不过不是人瘟而是猪瘟而已。而萧山的王端履则借其兄之口，将黑气与瘟疫间的关系阐述得更为明白，他说：
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道光辛丑（二十一年）三月，邑东乡瘟疫甚盛，曾记族朴存兄淳言：凡鬼皆依附墙壁而行，不能破空，疫鬼亦然，每遇墙壁必如蚓却行而后能入。常鬼如一团黑气，不辨面目，其有面目而能破空者，则是厉鬼，须急避之。[17]
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根据以上说法，疫鬼往往是以黑气这样的形式来行疫的。当然，黑气不可能是每次瘟疫都有的现象，故也不是瘟疫疫鬼行疫的唯一形式。在另外一些记载中，又可以看到所谓的“阴兵”和“神灯”同瘟疫密切相关。比如：
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乾隆二十年十一月初三日，南湖等处，夜有盗船屯集，高悬号灯，闪烁水面，荡漾而来。诸凡殷实之家，纠集勇壮，击柝鸣金，火枪弓弩，各为守御，惊惶累月，至有迁匿城中者。但至日间，毫无踪迹。迨二十一年，自春迄夏，天行大作，民死者相枕藉。棺木无办，以盐包、芦席裹尸甚众。[18]
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从现代科学的角度来看，这一现象应是在干旱晴朗的夜晚由光的折射造成的。由于在湿润的江南，它只可能发生在大旱之年，而大旱之年，常常出现瘟疫，所以人们就自然地将这种当时无法理解的自然现象与瘟疫联系在一起。乾隆二十年（1755年），吴县出现了这种现象，父老俱云，这是“瘟部神放水灯”，“阴灯主疫”，明代万历年间曾有之。[19]光绪十六年（1890年），当吴江黎里发生这事后，父老又云：“乾隆间曾有之，乃阴祟也，后必有大疫。”“是年夏，疫疠大作，死者枕藉。”[20]故在有些文献中，就把这种灯火称作“疫火”。[21]由于同黑气一样，这种联系并非必然，所以，时人又对此做出更为严密的解释。乾隆五十年（1785年），当青浦的金泽出现“神灯”后，当地的父老就说：“神火也。色赤而无光若祛邪，则一方之福；为行疫而见，则一方之灾。”[22]
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尽管黑气和“阴兵”或“神灯”可能与瘟疫存在着某种间接的关联，但时人在病原意义上将二者同瘟疫联系在一起，主要还是因为，无论是黑气、“阴兵”或“神灯”还是瘟疫，都是令时人感到神秘和恐惧的现象。这种联系究其根本，不过是瘟神疫鬼为瘟疫病原的一种具体、可以观察的解释而已。
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二、疫气致疫
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虽然有关鬼神致疫的观念很早就有，并长期存在，但这种认识显然难以有效地指导临床医疗，古人很早就认识到疾病乃某种病邪所致，据《左传》昭公元年（公元前541年）记载，在周景王四年（公元前541年），秦国名医医和就提出了“六气致病说”，他说：“天有六气，降生五味，发为五色，征为五声，淫生六疾。六气曰：阴、阳、风、雨、晦、明也。”[23]此后，这种由气致疾的认识不断发展，逐渐总结出了六淫病因学说，即将六淫：风、寒、暑、湿、燥、火视为外感病的主因。[24]具体到瘟疫，在吴有性发明“戾气说”以前，古人对传染病病原的学说主要有时气说和瘴气说两种。所谓时气，即非其时而有其气，古人谓之四时不正之气，也就是王叔和所说的“春时应暖反大寒，夏时应大暖反大凉，秋时应凉反大热，冬时应寒反大温”（《注解伤寒论》卷2）。瘴气说，即认为尸体腐烂或其他一些山岚瘴气等，弥漫在空气中，人在吸入这些恶毒之气后，便会导致疫病发生。[25]
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在这些认识的基础上，明末清初的吴有性结合自己的临床观察，提出了著名的“戾气学说”。对吴的这一学说，现有的医史著作均给予了高度的评价。
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根据已有的研究和笔者的理解，吴有性的“戾气学说”在病原上的创造性贡献主要在以下三个方面：
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第一，瘟疫的病原并非传统认为的四时不正之气，他认为，“夫寒热温凉，乃四时之常，因风雨阴晴，稍为损益”，亦为天地之常事，仍不过是“常气”[26]，“夫瘟疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”[27]。这种异气，吴在《温疫论》中有时又称之为杂气、戾气、疠气、疫气等。同时，这种杂气或戾气等，亦非“山岚瘴气，岭南毒物”，它们“咸得天地之浊气，犹或可察”，“而唯天地之杂气，种种不一……是知杂气之毒亦然，然气无形可求，无象可见，况无声复无臭”[28]。
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第二，戾气虽不可睹闻，但它并非虚无缥缈，而是物质的，可以药物制服。他说：“夫物者气之化也，气者物之变也，气即是物，物即是气，知气可以制物，则知物之可以制气矣。夫物之可以制气者，药物也。”[29]
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第三，痘疹和丁疮等外科感染疾患也由戾气所致。他指出：“如丁疮、发背、痈疽、流注、流火、丹毒，与夫发斑、痘疹之类，以为诸痛痒疮皆属心火……实非火也，亦杂气之所为耳。”[30]
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由此可见，虽然吴有性还没有认识到致病微生物，但“戾气”的提出，确实使传统由气致疾的学说获得了突破性的发展。尽管仍不离气，但所揭示的特征已较传统认识更接近于致病微生物。不过，吴虽然通过自己的临床实践和思考，敏锐地抓住了瘟疫病原一些今天看来已非常接近真实的特征，但从他的论述中，却很难知晓他所谓的戾气由何而来，如何生成。遗憾的是，目前医史学界众多与此相关的研究，对这一疑点几无提及，对清人对这一学说的继承发展情况也很少予以关注，至于当时一般人关于“戾气”的认识，就更不在医史研究者的视野之中了。
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首先可以肯定，吴有性的“戾气说”对清代医家论疫有着非常重要的影响，在清代，很少有人在论述瘟疫时不提及吴有性之《温疫论》。比如晚清的雷丰，在《时病论》中指出：
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是书专为时病而设。时病者，乃感四时六气为病之证也，非时疫之证也。故书中专论四时之病，一切温疫概不载入。倘遇瘟疫之年，有吴又可先生书在，兹不复赘。[31]
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从这一论述，不仅可以看到吴有性论著在当时的影响，而且还透露出四时六气之常气与致疫之杂气有别已成为当时普遍的认识。不过应该指出，吴之《温疫论》在清初的影响远不如后来这样大，对此，马伯英认为：“这一方面可能与他《温疫论》诸方治疫的实际疗效不高有关；另一方面，大疫渐平，传染性不强的温热病见多，吴又可过于强调‘疫’的特点，与普通温热病产生距离；而一般医家又多附和于‘伤寒’。”[32]此不失为中肯之论。吴突出“戾气”为六气之外天地间之另一种异气，显然与他特别强调“疫”的特点有关。这一认识后来招致不少批评，比如林之翰虽然同意吴所指出的常气所感与“戾气”所感存在着传染、不传染之异，但两者并不宜截然分开，他说：
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吴氏所论是矣。据理而论，亦有所未尽然者，盖伏气发为温热，与感受风热而成风温，与沿门合境传染之疫，同一证也，但感受不同耳。以其感受之不同，故有传染不传染之异，至于治法则一也。[33]
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而章楠、莫枚士等人干脆就不承认六气之外还别有他气：“天地间止有六气，其厚者即为厉气。”[34]疫气不过是六气错杂所致，“而与温病不同者，在‘厉’之一字，岂可谓温病即瘟疫乎”[35]。莫、章均为遵经派，他们的批评未必一定在理，但吴将寻常温病混同于瘟疫，人为制造“戾气”和时气的鸿沟，也确实为后人的批评留下了口实。
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尽管如此，吴之杂气论在清初还是得到了继承和发展。比如在后来的温病学著作中广为征引的喻嘉言的《温疫论》和林北海题喻嘉言的《温疫论》的序（即医籍中常见的《林起龙论疫》）明显都吸收了吴的观点，比如喻指出：“夫四时不正之气，感之者因而致病，初不名疫也；因病致死，病气、尸气混合不正之气，斯为疫也。”[36]林云：“时至春和，地气转动，浮土塌陷，白骨暴露，血水汪洋，死气尸气，浊气秽气，随地气上升，混入苍天清净之气。而天地生物之气，变为杀物之气，无形无影，无声无臭，从口鼻而入，直犯脏腑。正气闭塞，邪气充斥，顷刻云亡，莫可救药。”[37]周扬俊则论述得更为详细，他说：
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若疫，则古今来虽有是证，而天地间实无是气，或因天之风雨不时，地之湿浊蒸动，又因胔骼掩埋不厚，遂使大陵积尸之气，随天地之升降者，飘泊远近。人在气交中，无可逃避，感之而病、而死，于是更增一种病气、尸气，流行其间，复相渐染，至久弥甚矣。[38]
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也就是说，所谓疫气乃是由四时不正之气蓄积并混合尸气、病气及地之秽浊之气而形成。这一认识，不仅继承了吴的“戾气说”，并且还将传统的时气说和瘴气说融入吴的“戾气说”中，有效地消解了《温疫论》中那种时气与杂气的截然对立。
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综上所述，可知清代医家在吴有性杂气论的基础上，进一步丰富和发展了瘟疫的病原学说，认为瘟疫的病原乃是四时不正之气即风、暑、湿、燥诸气，混入尸气、病气以及地上其他秽浊之气而形成的疫气，虽然常常以天地之气称之，但真正致疫的其实是重浊的地气。
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除了暑湿病尸秽恶等气外，有少数医家还将人气视为致疫之原。比如，王士雄之祖王学权指出：
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因热气、病气、尸气互相轇轕，即成毒疠之气而为疫，岂真天地之间另有一种异气哉？故疫之流行，必在都会人烟繁萃之区。若山乡僻壤，地广人稀之处，从无大疫。如果另是一种不正之气，何必择地而行哉？其盛行于兵荒之后者，兵荒之死亡，亦在人烟繁萃之区也。盖人气最热，纪晓岚先生诗云：万家烟火暖云蒸，销尽天山太古冰。 自注：乌鲁木齐自设郡县以来，婴儿出痘与内地同，盖彼处气候极寒，数载以来，渐同内地，人气盛也。……夫上古无痘，至汉始有，今则罕有不出痘者矣，何也？生齿日繁也。地气日热……[39]
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