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除了这些传统的习俗外，当时特别是嘉道以后，随着疫病的增多和环境污染的加剧，一些士人和医家通过观察和思考，提出了一些具体而有效的个人卫生思想和措施。时人虽然对水传播缺乏明确的认识，但朦胧的感觉早已存在，特别是嘉道以来，在一些中心城市以及人烟稠密的乡村，水源已受到相当程度的污染。同时，凶猛无比的真霍乱又在嘉道之际传入江南，并在这里不时流行，而真霍乱主要是通过水、食物和虫媒传播。这些新的因素也促发时人产生了一些新的认识。比如前面谈到的，汪期莲观察到了苍蝇能传播瘟疫，提出了驱蝇避疫的新思想。王士雄对居所环境和用水卫生提出了要求：
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当此流离播越之时，卜居最宜审慎，住房不论大小，必要开爽通气，扫除洁净。设不得已而居市廛湫隘之区，亦可以人工斡旋几分，稍留余地，以为活路，毋使略无退步，甘于霉时受湿，暑令受热，平日受秽，此人人可守之险也。
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……
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食井中每交夏令宜入白矾、雄黄之整块者，解水毒而辟蛇虺也。水缸内宜浸石菖蒲根、降香。[66]
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善人余治在道光二十一年（1841年）灾后安置难民的活动中，发现难民营“破衣败絮，蚤虱成堆，臭秽熏蒸，互相传染，以致病者日多，死者日甚”，便再四计议，另改章程，“添设草厂，不使群聚，更备棉衣、棉裤，令诸亡各剃发洗澡，重换棉衣、棉裤。其脱下衣裤，各令拆下洗涤，重加补缀。有疮痍疾病者，另住一厂。各厂均备溺器，就近排列，其稻草铺每日一晒，每月一浴，浴则重换衣裤。每日吃粥后，各令走动，或令做工，或授以纺车纺纱，或令樵草，或令作土砖，或令作纸锭，各令操作，稍给以钱”。经过这一番整顿，自后，竟无一人死之。为此，他将这一经验录下，“愿一告天下之留心作善者”[67]。虽然剃发洗澡、翻晒铺盖、驱除蚤虱、备溺器等都是在当时的现实生活中早已存在的行为，但他将这些直接与防疫联系起来，并一告天下，无疑是卫生发展史上值得重视的思想。这些认识的提出，虽然在时间上已是现代所谓的近代了，但就实际的情况看，它们与西学的影响并没有什么关系。此后，在19世纪末20世纪初，陈虬在治疗瘟疫的实践中提出的防疫法指出：
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沟衢宜打扫清洁，衣服宜浆洗干净，水泉宜早汲，用沙沥过，鱼蔬忌久顿，用冰更佳。房屋大者宜多开窗牖，小者须急放气孔。而尤要者，则厕桶积秽之处，日施细炭屑其上，以解秽恶。[68]
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在这里，值得注意的是陈氏提出了“鱼蔬忌久顿，用冰更佳”这一颇具现代观念的认识。当时西方的细菌学说已经发明和传入，而且陈还认为西方关于瘟疫病原为虫的说法理亦不谬，但一者这种思想当时还不可能贯彻于他的医疗实践中，二者他认为中西情形不同，故西方的法则并不适合中国，所以他的这一认识很可能是通过自己的观察得出的。
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到清末，虽然国人的卫生观念在西学的影响下产生了一定的变化，但传统认识仍是其中的主体。这从下面清末民初绍兴医学同人会根据上海医学研究所通告增删而成的疾病预防法中可见一斑：
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一、房屋务祈洒扫，勿被尘污。 四壁宜用石灰刷新，或兼用除秽药水浇洒，以杜湿毒之患。
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一、垃圾为秽气所乘，不宜任意倾倒，宜倒在桶内，候清道夫挑除。挑后勿再作践，大街小巷，时常清洁，可免一切疫疠。
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一、晨起须将窗户洞开，以出炭气而入养气，夜则不然。卧不息灯，与贪凉露宿，均宜切戒。
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一、罐坛瓶钵，一切器皿，积储宿水，最易生蚊，如内地已设自来水，宜将此项屏弃勿用。天井阴沟，须时常冲洗，勿任闭塞，若将火油灌入阴沟以免秽湿，斯为更妙。
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一、停棺于家，最能遗患，设死者系患传染之症，其害更不堪设想。故丧家宜将棺柩速葬为要。
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一、蚊蝇最能传病，故食物必须遮盖，以免蚊蝇散毒。碗盏用时，须先洗净。卧宿须垂帐子，勿使蚊虫吮血，致生传染之病。
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一、各种生冷之物，俱有微生物含其中，故食物必须煮透煮熟，各物亦勿越宿再食，且勿与未煮之物置在一室，庶微生物不致侵入。水未煮过，慎勿入口，荷兰水、冰冻水，皆与人有害，瓜果亦易致病，均宜少食。
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一、吐痰于地，最为秽德，且易传病，宜向磁盂或阴沟吐之，方可无患。
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一、有汗之衣，亟宜洗涤，慎勿于汗干之后再穿身上，致滋疾病。
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一、登山凭眺，涉野环观，用深呼吸法吸收新鲜之空气，最为预防时疫之要法。（新增）
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一、时疫盛行之际，室中宜焚点辟瘟集祥香以辟除其秽恶不正之气。入病人室，宜啖囫囵皮蛋一枚。能饮者，佐以高粱酒少许。男妇老幼俱宜佩太乙辟瘟丹一颗，以绛帛囊之当心悬挂，不可近亵。（新增）
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一、无论老少强弱之人，虚实寒热之症，常以炒香枇杷叶泡汤代茗，肃清肺气，可杜一切痧秽时邪。尤必慎起居，节饮食，薄滋味，谨嗜欲。 夏令当茹素三五人士旬，其一切腥膻发物，俱宜远戒，房劳亦宜撙节。（新增）
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一、食井中每交夏令，宜入白矾雄精之整块者，解水毒而辟蛇虺也。水缸内宜浸鲜石菖蒲及降香。[69]
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这些有关个人卫生的条款有着相当的全面性和科学性，不仅对于当时，就是对于现在，一般日常个人卫生也基本包括在内了。其中，除有关吐痰、蚊蝇[70]、食物要煮透等款条文外，多为传统的内容。
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由此可见，在个人卫生方面，国人缺乏的主要不是卫生的观念和行为，而是官方与社会对此的重视，对这些零散的观念、行为的系统整理和宣传。这种情况在嘉道以后出现了一定的改观，并在西学的影响下取得了进一步的发展。另外，应该指出，这些个人卫生观念和行为，有不少是以习俗的形式表现出来，所以，它们应该具有一定的普及性，这些行为的实施，在正常年代，对预防疫病必然会有一定作用，不过仅仅依靠这些个人的行为，显然远不足以阻止和控制瘟疫的爆发和流行，甚至基本是无能为力的。
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2.公共卫生
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相对于个人卫生，对瘟疫的预防来说，公共卫生更为重要。根据范行准的说法，中国传统的公共卫生思想是非常贫乏的，“比较可以当得上公共卫生历史条件的，似乎只有二点：一为饮料，一为死人的安置；此外则为垃圾粪便等的清洁而已”[71]。其实，就从范氏自己揭示的内容来看，在当时的历史条件下，也很难说国人的公共卫生思想贫乏，实际上，他自己也接着说：“大体说来，这几件事对于预防医学是很重要的，即在今日公共卫生方面而言，依然归于要政之列。”范氏揭示的这两点（其实是三点）在清代江南也是存在的，尽管具体内容不尽一致。而且，内容似乎要更丰富一些。
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