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此外，这些发展与民族国家的演变密不可分。中央政府的壮大和巩固在很大程度上得益于城市的经济活动。正是那些经常受到皇室鼓励和指导的城市群体的智识活动深刻影响了世俗文化的发展，而文艺复兴正是以世俗文化为特点，而新科学是世俗文化中最显著的元素之一。战争的动力来自对财富的渴望，以及对利用技术获得权力的向往，无不促使统治者和政治家鼓励具有发明才能和技术知识的人。
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在为开辟现代道路做准备的过程中，中世纪的技术革命发挥了极其重要的作用。如果没有先前四个世纪所累积的技术进步，16世纪现代科学的缔造者很可能无法实现他们的目标。矿山、盐场、铸造厂、玻璃场和其他工业的发展，对于形成适合科学发展的新的思想氛围具有特殊意义。15世纪印刷术的发明，使这种实用知识从口述传统中解放出来，并得以扩张和改进。与此同时，受过学术训练的学者们开始对匠人们的技术活动产生兴趣。这一点在《矿冶全书》（1556）中表现得尤为明显，这是内科医生格奥尔格·阿格里科拉撰写的以采矿为主题的学术论文，强调了理论和应用的关系以及采矿的社会效用。这些趋势对教育的影响开始显现出来，实用知识在课程中得到了更多的重视。自然科学以这些发展为基础，再加以上述有利条件的推动，在16、17世纪取得了迅猛的进步。
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旧公共卫生和新科学 。想要理解以文艺复兴为起点的这段转型期内的公共卫生历史，就必须从它的理论和实践这两方面进行考量。虽然这一时期的特点是科学在各个领域飞速发展和传播，但公共卫生作为一种实践活动，从这些进步中获取的直接利益，不能说没有，却也是非常少的。但是，在这一时期人们逐步获得的基本知识为现代公共卫生的最终形成奠定了基础。
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在整个历史进程中，科学的发展从来不是统一的，亦不是同时的。它以不同的形式在不同的时间发生，涉及的是不同的具体知识领域。在一些情况下，需要的是基本数据的发现和定义；而在另一些已具备基本知识要素的情况下，则是通过创造、应用综合概念，或通过攻克一个更复杂的问题来促成其解决，从而获得丰硕的进展。在我们现在讨论的这段时期，所有这些方面都可能与公共卫生有关。
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通过简单但具批判性的观察，安德雷亚斯·维萨里及他的同代人与后继者为准确认识人体结构打下了基础。同样重要的是由威廉·哈维发现的血液循环原理，它为人体是一个具有功能的单元这个观点提供了坚实的理论依据。自然科学在这一时期不仅越来越多地运用到实验方法，而且更倾向于用数学方法解析自然现象。这种趋势表现在多个方面，特别是威廉·配第发明的政治算术，它孕育了公共卫生的未来。同样，16、17世纪在流行病学和临床观察学上的新发展也对公共卫生未来的发展至关重要。在临床观察的基础上，疾病实体日益个体化，并出现了许多第一次被记录在册的疾病，其中就包括百日咳、斑疹伤寒和猩红热。最终，吉罗拉摩·法兰卡斯特罗提出了第一套系统的传染病科学理论。
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与此同时，公共卫生的组织和管理几乎一成不变。我们应当记住，历史上的各个时期之间并没有绝对的差别。每一个时代都延续着上一个时代的制度以及思想和行动模式。因此，中世纪城市社区所创建的公共卫生模式在16世纪至18世纪得以沿用。随着民族国家的发展，中央政府偶尔采取行动，总体上公共卫生问题由当地社区负责处理。当新的问题浮出水面时，就会以某种方式整合到现有模式中加以解决。
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新世界的新疾病 。1849年，病理学家鲁道夫·魏尔啸提出流行病是社会和文化失调的表现这一理论。他称，随着历史新时期的到来，“流行病呈现出一个前所未有的特征，即忽隐忽现，往往不留任何痕迹。例如，麻风病和英格兰汗症”。魏尔啸选择了两种恰当的病症来说明他的理论，但他也可能选择了其他病症，因为当现代的历史帷幕拉开之际，欧洲的疾病图景发生了巨大变化。迄今为止，大肆流行的疾病，例如麻风病，其重要性有所下降，取而代之的是新的或至少是之前未被注意的瘟疫祸患。这些流行病中或是在16、17世纪被第一次观测到，或是第一次得到更为精准的研究，包括英格兰汗症、斑疹伤寒、坏血病，一些急性皮疹病（如猩红热和水痘），以及从文艺复兴延续至我们当今的健康大敌——梅毒。
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英格兰汗症 。1485年8月初，里士满伯爵亨利·都铎从法国登陆米尔福德港，并在博斯沃思战役中推翻了理查三世的统治。获胜者，也就是亨利七世，刚进驻伦敦登上王位，这座首都城市就笼罩在了恐惧的阴影下。一种迄今不为人知的传染病在凯旋的军队中暴发，并迅速蔓延到周围的人群中。这种病的主要特征是高热寒战，四肢抽搐，身体多处疼痛，情绪焦躁不安，呼吸困难，脉相不稳。严重者还出现谵妄、幻觉和昏迷的症状。病症持续时间从几小时到24小时不等。患者在大量出汗后得到恢复，由此此病被称为“英格兰汗症”。
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这种汗病迅速蔓延到英格兰的其他地区，但没有侵入苏格兰、爱尔兰或欧洲大陆。汗病来势凶猛，造成数以千计的人死亡。在伦敦，一周内就连续有两位市长、六名议员因感染而死。然而，在几周内，这股疫情的力量就耗尽了，随后约二十年里都不见它的踪影。直到1508年，它又在英格兰卷土重来，然后是1517年、1528年、1551年。其中最严重的一次是1528年，汗病传播迅速，疫情很快蔓延至欧洲大陆，德国、奥地利、低地国家、丹麦、瑞典、波兰和俄罗斯都受到侵袭。在斯特拉斯堡，有数百人死亡，在汉堡，报告称在数日内有一千人死亡。1551年后，英格兰汗症再也没有出现在英格兰或欧洲。1552年，以汗症为主题，约翰·凯厄斯出版了名为《关于一种通常被称为出汗或汗病的书或讨论》的经典著作。汗病的属性一直没有得到圆满的解释。根据凯厄斯的说法，它可能是一种流感；而其他人认为，它可能是一种变异的斑疹伤寒；还有一些人提出，它可能是某种病毒感染造成的。
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斑疹伤寒与黑暗法庭 。虽然汗病在疾病史上仍是个谜，但在这个时期，那些首次见于报端的其他疾病因其对人口造成的巨大伤害而显得更为重要。其中之一就是斑疹伤寒，在法兰卡斯特罗于1546年撰写的关于传染的经典论文中，第一次对它进行了明确且精准的描述。虽然斑疹伤寒被认为是文艺复兴时期的一种新型疾病，但欧洲人对它并不陌生。然而，尽管有迹象表明，这一流行病的暴发是在中世纪晚期，但毫无疑问，它是在16世纪中后期的欧洲变得非常普遍。斑疹伤寒一直与战争、饥荒和贫穷有着密切关联。在过度拥挤的地方，人们难以保持清洁，从而接触了传播疾病的蚊虫，这些地方成为一种威胁。因此，斑疹伤寒常常出现在军营中，特别是在战争期间的监狱、船只和医院里。
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贯穿16、17世纪，斑疹伤寒都是军事活动中一种令人恐惧的频发病，它几乎不间断地连续暴发。在围困格拉纳达期间（1489—1490），费迪南和伊莎贝拉的军队遭遇一场瘟疫，一万七千名士兵丧失生命。斑疹伤寒在现代西班牙语中的写法“tabardillo”早在那时就已开始使用了。斑疹伤寒也叫作斑点热或瘀点热，有时也被冠以国名，例如“匈牙利病”。1529年，围攻那不勒斯皇军的法国军队遭到了斑疹伤寒的侵袭，几乎全军覆没。在三十年战争中，这种流行病给无助的人民带来了巨大的伤害和毫无价值的痛苦。
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在英国，法庭里分发香草这一传统习俗是由流行病学历史遗留下来的，它无声地证明了斑疹伤寒的存在，这种病曾经也被称为监狱热，因为它几乎就是进监狱的必然结果。这其中的关联，在一系列英国历史中称为“黑暗法庭”的疫情中得到了充分说明。第一次是在1522年的剑桥，接着是在1577年的牛津，以及1586年的埃克塞特。最后两次暴发是在1730年的陶顿和1750年的伦敦。在每一个案例中，那种致命的传染病（很可能是斑疹伤寒）都是由被带至法院的囚犯传播给了在场的法官和其他人员。
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红病 。这一时期的特点是基于临床及流行病学的观察疾病实体的日益个体化。这种趋势不仅在一些疾病（如汗病和斑疹伤寒）中表现突出，还体现在猩红热和其他急性皮疹病上。16世纪之前，没有一例疾病的描述可以被认为是猩红热。然而，在1553年，关注公共卫生和法律医学问题的乔瓦尼·菲利普·英格拉西亚（1510—1580）发现了一种儿童疾病，并将其与麻疹区别开来。他形容道，这种疾病通常被称为红疹，症状表现为覆盖整个身体的皮疹，有许多大大小小的火红色斑点，因此，身体看上去像是在燃烧一般。虽然英格拉西亚没有提到病人还有喉咙疼痛的情况，但这显然就是猩红热。
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尽管如此，直到17世纪，猩红热才被确立为一个单独的临床症状。在这一时期的早些时候，由于瘟疫的暴发，德国似乎注意到了这个疾病。在他们的通俗作品中，偶尔会提到“红病”（Rotsucht）这个词；1624年，G.霍斯特出版了一本书，书中将红病与天花、麻疹和“röteln”（可能是风疹）进行了区分。1627年，丹尼尔·塞内特（1572—1637）与迈克尔·多林（逝于1644年）记录了在维滕贝格和布雷斯劳发生的瘟疫，在他们笔下，猩红热的所有特征第一次有了明确的描述。塞内特不仅第一个注意到皮疹发病后伴有脱皮现象，他还首次宣告猩红热具有严重并发症，尤其是因肾炎引发的水肿。
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17世纪后半叶，猩红热似乎在欧洲各地和不列颠群岛上流行开来。事实上，正是在英国，猩红热才最终有了今天人们所熟知的这个名字。1676年，托马斯·西德纳姆（1624—1689）在其《医学观察》第三版中加入了一篇题为《发烧猩红热》的短文。显然，他所用的这个词只是将当时这个疾病的常用名字翻译成拉丁文而已。这在塞缪尔·佩皮斯写于1664年11月10日的日记中也很明显：“我的小女儿苏珊恐怕是得了麻疹，或者至少是得了猩红热。”西德纳姆将猩红热表述为一种非常轻微的疾病，用他的话说，猩红热徒有其名，尽管偶尔会致人死亡。总而言之，他对猩红热的形容和我们今天所见的相一致。从西德纳姆时代到18世纪中期，这种流行病看上去似乎并不厉害。即便有这些描述，直到18世纪末，它仍然被误认为是麻疹。
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佝偻病或英格兰病 。17世纪早期，出现了一种威胁儿童健康的新疾病。富勒博士在1649年写道：“有一种婴儿疾病（这种婴儿疾病目前还没有合适的拉丁语名称），叫作佝偻病。临床表现为头过大，腿和下半身严重萎缩。”那么佝偻病真的是一种新出现的疾病吗？有证据表明，早在古典时期，它就以这样或那样的名字为人所知。在16世纪，关于腿部外翻和内翻畸形的描述就出现在安布鲁瓦兹·巴累的文章里，因此，在当时的法国，佝偻病可能很普遍。不过，在英格兰，到1664年才在死亡报告上首次出现了佝偻病的名字，并且，直到17世纪中叶，它才作为健康问题引起了公众的注意。关于我们今天所知道的佝偻病的描述首次发表于1645年，是一篇由丹尼尔·惠斯勒在莱顿大学所写的博士论文。在文中，他写道，“大约在26年前，我国首次观察到这种疾病……”这一观点与德拉蒙德、威尔布里厄姆合著的《英国人的饮食》中提到的看法不谋而合，他们二人认为，在早期物产匮乏的时代，佝偻病就已经存在，而到17世纪的前二十年，由于严重的经济萧条及可怕的贫穷，它的发病率明显增加，特别是在英格兰的南部。失业和物价上涨无疑导致了牛奶和奶制品消费的减少，随之而来的是钙、磷、维生素D每日摄取量的减少。此后，在两个多世纪的时间里，佝偻病的发病率大大增加，以至于成为一个严重的公共卫生问题。这种激增也可能与城市生活的发展有关，在城市里，“白肉”，特别是牛奶，还有阳光，都不容易获得。
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坏血病——海上的黑死病 。15、16世纪的地理大发现是一个大家所熟悉的主题。然而，随着世界变得越来越宽广，出现了一些意想不到的新问题。在通往远东和新世界的航海线上，航程比以往任何时候都长，这使人们注意到了一些新的健康问题。因此，在16世纪出现了关于海员职业健康需求的文献，这并非偶然。在英国，最早致力于海军医学研究的著作是1598年出版于伦敦的《英格兰民族的疾病治疗》。这似乎是乔治·惠特斯通的作品，他是一名士兵，同时也是一位诗人，在书中，他介绍了坏血病、斑疹伤寒，可能还涉及黄热病、中暑、痱子和痢疾，包含了在热带的海员可能会遇到的所有情况。
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但是，在长途航行中，海员面临的最大敌人是坏血病，这主要是由于饮食匮乏或缺少维生素C摄入。坏血病从任何意义上讲都不是一种新的疾病。在中世纪，那些受到围剿的城镇中，当新鲜食物的供给被切断或陷入短缺，坏血病就会出现。然而，当西欧的海员们冒险驶入大西洋时，这种疾病成为一个严重的问题。葡萄牙人是最早遭遇坏血病灾祸的人之一。在1498年的航行中，巴斯克·达·伽马因为这种可怕的疾病失去了55名海员。1535年，当雅克·卡蒂亚远征加拿大时，他的士兵也被一种致命的坏血病袭击。在开始于16世纪中期的开往非洲的早期航行中，英国人就已经历过了这种针对航海者的悲剧。两百多年以来，坏血病一直是海员中广泛流行的疾病。然而，荷兰人早在16世纪中叶就认识到新鲜蔬菜和果汁在预防坏血病方面所起的作用。珀切斯（1601）、兰开斯特（1605）、伍德尔（1617）、科伯恩（1696）、米德（1749）、都相继证明了柠檬汁及橙汁有抗坏血病的作用。到18世纪中期，关于坏血病有八十多部论著出版，其中许多都推荐使用酸性水果或果汁治疗坏血病。然而，直到1795年，英国海军部才发布了那条著名的命令，要求所有士兵都配备有柠檬汁。
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工人的疾病 。对海员的疾病表现出兴趣并不是一种孤立的现象。人们还关注其他行业的健康问题。事实上，正是在这段时间，职业医学的基础建立了起来，使得拉马齐尼能够在1700年出版第一本关于工人疾病的综合论著。
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由于经济和技术的发展，矿工和金属工人是最早被研究的职业群体。15世纪，随着商业企业的成长，贸易量不断增加，形成了对扩张货币和资本的需求。这种需求只能依赖大量黄金白银的供应才能满足，于是中欧的金矿在15、16世纪开始了开采。为了满足这种需求，矿井挖得越来越深，而由于必须在更深的地下作业，矿工的健康受到了影响。矿井越深，职业病造成的危害越大。就在这个时候，出现了第一批有关矿工疾病及事故的著作，正是对这些情况的反映。
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然而，第一本关于职业危害的著作描述的对象却是金匠，而非矿工。这是一本仅八页的小册子，由奥格斯堡的医生乌尔里希·埃伦博格在1472年所著，于1523年或1524年印刷发行。此即《有毒有害的金属蒸汽及烟雾，例如银、汞、铅和其他那些高额交易中金匠和其他金属工匠被迫使用的金属：他们应如何行动，以及如何消除毒物》，其目的是预防疾病。
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第一次关于矿工疾病与意外事故的记录出现于1556年一篇以采矿为主题的简短论述中，作者是格奥尔格·阿格里柯拉（1494—1555）。他将矿工的疾病分为四类：一类是关节病，一类是肺病，一类是眼病，最后一类是绝症。他还对这四类疾病进行了预防和治疗方面的讨论。然而，这些不过是他对采矿所作的大篇描述中的一点附带内容。1567年，在阿格里柯拉的论文发表十一年后，在德国的迪林根出现了第一部专门研究矿山和冶炼厂工人职业病的专著。作者是德奥弗拉斯特·冯·霍恩海姆，通常也被称为帕拉塞尔苏斯；这部专著被命名为《矿工病和其他矿工的疾病》。它由三册组成。第一册是关于矿工病，主要是肺部疾病；第二册是关于冶炼工人和冶金学家的疾病；第三册是关于汞引发的疾病。帕拉塞尔苏斯就此展开了对病因、发病机制、预防、诊断和治疗的讨论。这部专著对职业医学产生了一定的影响。
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阿格里柯拉和帕拉塞尔苏斯为矿工职业病的研究奠定了坚实的基础。越来越多关于这一主题的文献的出现反映出他们所做的贡献是多么重要；虽然17、18世纪并没有带来什么伟大的发现，但不同作者的观察的汇编本身就很有价值。同一时期的其他医生也就不同职业带来的危害发表过一些文章。从马尔西利奥·费奇诺（1497）到G.霍斯特（1615）再到格拉托利（1652），他们都写过以学者的健康为题的内容。再略举几例，17世纪，J.R.格劳伯（1657）写了有关海员健康的文章，L.安东尼奥·波尔齐奥（1685）与海因里希·斯克塔（1687）研究关于士兵的健康，G.兰卓尼研究盐田工人的健康，而F.普莱普则关注律师的健康。
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这种趋势对未来意义重大，摩德纳的贝纳迪诺·拉马齐尼所著的《工人疾病的讨论》便是首部呈现这一趋势的经典之作。拉马齐尼是一位医术精湛、学识丰富又极富个人魅力的医生。他迷人的个性在这本书的序言诗中尽显无遗。诗中，他形容这部作品是如此心痒难耐、烈火灼心般地渴望出版，但也警告说，等待它的将是可怕的命运。在1700年，这本书面世了，它之于职业健康发展的重要性，等同于维萨里之于解剖学、莫尔加尼之于病理学。拉马齐尼意识到职业健康是一个重大的社会问题，因此，他不仅着手研究职业病，还对这一研究的实际应用表示关注。在这本书的第一版中，他共讨论了42个工人群体，其中包括矿工、挑夫、药剂师、助产士、面包师、磨坊工、油漆工、陶艺师、歌手和士兵。在1713年的第二版中，他增加了12个群体，其中有印刷工、纺织工、研磨工、掘井工。拉马齐尼的著作具有双重意义。一方面，它综合了从最早期到18世纪以来所有关于职业病的相关知识；另一方面，它为更进一步的研究打下了基础。因此，它既是一种对过往的回顾，也是一种对未来发展的预示。拉马齐尼的作品被翻译成法语、德语和英语，直到19世纪工业革命带来新的问题时，它也仍然是预防医学这个分支的基础文本。
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梅毒 。在16、17世纪出现的新疾病中，赫然耸现的当属梅毒。关于它起源何处，这里我们不做讨论，但毫无疑问的是，这种疾病在15世纪末就以流行病的形式在欧洲出没，它首先登陆那不勒斯，随后传播到欧洲大陆的其他地方。梅毒于1495年出现在德国、法国和瑞士，1496年出现在荷兰和希腊，1497年出现在英格兰和苏格兰，1499年出现在匈牙利和俄罗斯。由于医生们认为它是一种全新的疾病，便以各种名字称呼它。法国人称它为那不勒斯病，而意大利人则以法国病，即“高卢病”回敬之，这个名字后来成为整个欧洲最常用的叫法。在其他国家，人们也用本地语言命名，在英语中称它为“大斑疹”或“法国斑疹”，在法语中则是“大皮疹”，而德语中是“水疱”。到1530年，法兰卡斯特罗出版了他的长诗《西佛里斯：高卢病》（Syphilis sive morbus Gallicus ），这首诗很快风行起来，被翻译成众多语言版本。它讲述了年轻英俊的牧羊人西佛里斯（Syphilis）的故事，因为亵渎了太阳神阿波罗，他受到惩罚，染上了一种可怕的疾病——法国病。法兰卡斯特罗参照弗吉尔的《田园诗》，以优美的拉丁诗句描述了这种疾病的症状、过程和治疗方法。这首诗的流行，最终使得“梅毒”（Syphilis）这个名称受到广泛采用。
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