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协和医事（协和百年纪念版） 备受争议的协和育人模式
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协和创建时实现的高标准，可以称为“Flexner模式”。协和的整套课程全部按照“Flexner模式”设置，具体元素包括：医学院与教学医院直接挂钩、全职的教学和临床工作人员、4年的住院医生体系、强调临床和生物医学研究、至少3年的医学本科预科，以及研究生培训。
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有学者曾做过这样的比较：相对于“Flexner模式”，北京协和医学院缺少的是一所大学；相对于“约翰·霍普金斯模式”，北京协和医学院缺少的是公共卫生学院[12]。
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除了以上缺憾，北京协和医学院可能是“世界上唯一的、建筑设计反映了Flexner核心元素的医学院、医院复合体”。尽管它模仿豫王府庭院，但花园长廊构成了医院、教学楼、基础研究建筑之间的物理连接。学生、教职员工的宿舍区，与毗邻医学院的校园区，构成了一个居住性的科学社区。
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“Flexner模式”在当时美国诞生的背景是：医学教育的精英主义与平民主义之争得以解决，严格的专业训练最终胜出。“一个国家、一种文明的教育之摆，正荡向另一个完全不同的国家和文明。”它从美国几乎原封不动地移植到了中国，便难免备受争议。
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入学标准？英语教学？
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对协和办学模式的争论，甚至早在1914年1月的“中国会议”就已经开始。为期两天的“中国会议”是关于中国项目的第一次重要会议，洛克菲勒基金会邀请了当时美国著名的医学家、教育家和传教士领袖。
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首先是关于入学标准的争论。中国当时医学院以下的教育，不要说是高中教育，就连大学本科的科学教育，都无法培养出协和要招收的合格学生。“上公立学校的学生，得到的是中国的经典式教育；上教会学校的学生，得到的是西方的古典式教育。无论在哪里，都很难看到学生在科学观察和运用归纳法方面得到彻底的培养。”那时，中国的高中没有系统的化学、物理和生物课程，只有对科学的一般性介绍。“这种介绍没有遵循现代科学精神，也不提倡对构成现代科学的组成内容进行敏锐观察，更不是建立在归纳法的基础之上。”
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在采用何种语言教学的问题上，也争议颇多。从19世纪最后20年到20世纪最初10年，中国的医学院主要用三种语言教学：德语、英语和中文。早期也有极少数用日语的。在“中国会议”上，针对这三种语言的利弊进行了讨论。当时，德国的医学教育体系对东方影响很大，德语是表述医学科学的两种语言之一，另一种是法语。当时的日本东京大学医学院主要用德语教学，去日本学医的中国人受的是德语教育。中国从清朝末期开始，医学教育的学制仿照日本。相比之下，英语在当时主要是商业用语。英语教学在当时的教会、政府高中及大学都很普遍。为了翻译中文里没有的医学文献，跟上科学进步，毕业生必须要受到英语教育。但掌握这样一种陌生的语言，达到能在科学工作中运用自如的水平，难度相当大。当时在中国用英语教学的医学院中，只有三所令人满意，而在生源方面，不及德语教学的医学院。
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支持用英语讲课的也有中国人。获得剑桥大学医学博士学位的伍连德强烈呼吁，讲授一门如此精确、发达的科学，一定要用英语。并不是说所有的教会医学院都要用英语，但协和医学院应为中国树立一个更高标准的医学教育榜样。
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赞成英语授课的专家认为：“受过英语训练的医生所占的比例，对于中国建立以彻底和完善的医学教育背景为基础的医学行业来说，至关重要。这些人在不远的未来，将是教师和领导，不论以后中国对医疗有什么规定，只有用英文培养出来的人，才能给中华民族传授医学的灵魂。”
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中文虽然是中国人的母语，但弊病在于，已翻译成中文的医学词汇非常有限，因此用中文讲授医学科学及其最新研究有难度。中文的医学教材和文献无法满足需求。而且中国没有医学杂志，缺少与外界的医学实践和最新进展保持联系的机制。在医学道德伦理方面的中文翻译，也相当不足。中国人到国外深造很难，很少有人受到这方面的教育。中国人有“极强的庸医倾向”，很容易采纳庸医的方法，也很难摆脱迷信观念，所以医学科学教育对中国人极其重要。
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韦尔奇在建校之初提到：“关键在于把中国人提高为一流的医学人才，每一个建议都必须以此为出发点。”提倡英语教学，与这一教育目标密切相关。在一个医学受到国际性关注的时代，英语对国际性科学交流来说不可或缺。但也有争议：接受英语教学的中国学生，可能会失去与大众的联系，也无法让中国医学进步。韦尔奇说：“我们最终的目标，是把中国人培养成医学教员和管理者，最后能够传承下去。”要等若干年后，才可能用中文进行全面而令人满意的“科学医学”教育。
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心胸外科的名医吴英恺读的是沈阳的医学院，毕业后到协和，先实习，后当住院医生。他这样描写一个外省青年眼中的协和：“这里绿瓦顶白栏杆，找人打灯号，见面说英语，行路带小跑，办事死规矩。”初来乍到，每次查房前他都要一个人在厕所里对着镜子背诵病历，改正自己的英语发音。
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在20世纪30年代以前，中国没有统一的医学名词和医学教材。最初的协和教师队伍中外国人占多数，不可能用中文教学。在当时的背景下，掌握好英语，才有可能学到最前沿的医学知识，进行国际交流。当时协和所用的教材、参考书，全是英文。图书馆中的绝大部分书籍和杂志，也是英文。当时的协和课堂、实验室、病人病历、病房巡诊教学和学术讨论……全用英语。即使是中国师生间的日常交谈，也用英语。
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对于“完全用英语教学”，不断有人提出异议，认为中国人应该用自己的语言表达和交流，不应让学生轻视自己国家的文化。在20世纪30年代，中国政府曾指示协和要纠正“忽视中文”的倾向。后来学校也决定要中、英文并重，但直至协和被日军关闭，这个想法也未能实现。
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虽然今日的医学生不必连病历书写、师生交谈也用英语，但也许他们能更深切地理解“英语”对于跟上世界医学的进展有多重要。一位协和医生这样描述了林巧稚在协和面对新一代医生查房时的情景：
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最能让林大夫高兴的是，查房时陪伴她的高级医生必须有如下两个本领：第一，因为林大夫英语太好了，查房时会经常不自主地说出一些英语来，你必须能准确、简要地帮助她老人家向病人解释一下；第二，林大夫有时会找不出一个合适的汉语词汇来表述自己的意思，而她又要求你非常准确地找出这个词，你必须善于捕捉林大夫的思想脉络和表达方式。
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2006年一位协和的年轻大夫参加国际会议回来，他说，最大的感触是中国的英语教育，“语言是工具，如果我们因为语言影响了和世界的沟通，那是非常遗憾的事情”。本来他觉得自己的英语水平比中国大多数医生要好，但在参加国际会议时接触36个国家的医生后，却发现与他们的英语相比，自己相去甚远。“且不说那些以英文为母语的国家的医生，菲律宾、南非、尼日利亚，这些国家的医生讲英文是非常的自然，其他一些国家的医生讲英文也比我要流利得多。表达的自然程度让我自愧不如。在马来西亚，从首相到医生，乃至到一个乡村分娩中心的医生，都可以用英文非常流利地表达。而那些来自英文非母语的国家，譬如埃及、伊朗、泰国的医生，也可以讲流利的英文，让我吃惊。”
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他非常感谢在协和接受的八年制医学教育，“我们在医学院上解剖、生化、生理、组胚、药理使用了大量的英文原版教材，虽说当时是一个痛苦的过程，却使得我们在两年内习惯了阅读英文，这也为我们后来的医学英语奠定了些基础。但是不利的是，我们学习的都是哑巴英语”。他曾看过协和1952年之前的病历，全是英文的。那时的老协和是完全用英语教学的，“但是到了解放以后，我们否定了一切，全改为中文的了”。
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漫长的八年制、残酷的淘汰制
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对于协和的“长学制”，也一直存在争议。
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虽然在今天的中国，八年制医学教育已不仅限于协和，但此前对八年制一直有反对意见，甚至1932届协和毕业生严镜清也说：“这八年制真是太长，比起别的学科和别的大学是加倍长，对于一个像我这样的穷学生，这八年更是一个大的负担。”
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一位日后进协和学习的医学生，他的学习生涯总共是20年：小学6年，中学6年，再加上大学8年。严镜清分解了他在协和读书时的八年制具体安排，“头三年是预科，后五年是医本科。三年预科主要是学数理化和生物学；还有人文科学，包括文史、社会学、心理学等。医本科的头两年是基础科，后三年是临床科，末了一年是住院实习。如果去掉预科三年（这三年学的从表面看来都与医学无关），再去掉住院实习一年，只剩下四年，学习时间实际上跟专科制一样或相差很少”。
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他建议中国“必须增设各类各级别的医学院校，有较长学制的，也有较短学制的，这样，才能满足我国各种类各层次医务工作的需要。至于将来是否有可能酌量缩短学制，而仍能保持教学质量不下降呢？我想，如果能大力充实设备，积极培训师资，用真正懂教育的人员来负责主持教育行政工作，缩短学制而又保证教育质量是可以做到的”。
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