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大学教育不是一项孤军作战就可以完成的任务。它是一个潜移默化的过程，最终是为了获得一种意义深远的自由。它是在参与大学学术生活的过程中产生的，而这首先需要的是学术氛围。
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协和创办之初，对于学术活动就非常重视。1921—1922年的协和年报中，载有中国解剖学和人类学会在新校门前拍摄的第一张照片。1922年协和成立了实验生物学与医学会北京分会，总会在纽约。对于中华医学会及《中华医学杂志》来说，协和教师贡献颇多。1926年，在协和教授林可胜、吴宪的倡议下，成立了中国生理学会，第二年创办了《中国生理学报》。
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协和医院的学术空气，经过时间的冲刷虽已稀释不少，但到今天还在尽可能地保留。在这里，每周三下午的学术活动常常是安排得满满的。有成果报告、综述讲座、新进展学术交流、病例讨论、研讨班，还有国内外著名学者的专题报告。2006年，一位去协和就诊的病人在博客中写道：“在医院的楼群中，随处可见学术研讨会的海报、宣传材料和协和院报。”
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气氛和制度的保障
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除了大师以及修行环境之外，在《大学之理念》这本书中也提到不可忽视的第三点，即制度保障：“我们要珍惜作为一种制度安排而存在的大学……不管大学的制度有什么缺陷，它毕竟是理念得以实现的场所。它可以向我们确保一个学者共同体的存在。”
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虽然对大学来说，“最关键的是它要依靠人，而非制度，因为制度说到底不过就是一个物质前提而已。评判一所大学优劣的标准，就是要看它能不能吸引最优秀的人才”。“一旦理念消失，那剩下的只有干瘪的成规了。举足轻重的东西，不能通过制度性的指令被强行捏造出来。当一种制度试图把应该自然而然产生出来的东西勉强复制出来的时候，事情总是会变得危险起来。真正重要的贡献，只能由那些长年累月不间断地将自己的心力倾注于真理探索事业的人作出。”这段话，也许可以诠释协和制度与大师之间的关系。
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在一份美国军情报告中，曾如此描述北京协和医学院：“一个西方组织和效率的案例，可以令外来者充满骄傲……中国医生和护士出诊频繁、干练。显然是一个出色的管理系统。”
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在老协和时代，有一本著名的协和“绿皮书”，是一套严格的医院规章制度和各种技术操作规程，体现了当时医院标准化管理的高度。当时，每个病房都有一本厚厚的活页夹，封面上印着“Hospital Routine”（医院常规），这是一本医院工作运转大全。这套科学管理制度和规章条例，比之于当前国外最先进的现代化医院实不逊色。协和妇产科主任郎景和认为，使一个人成功的是天分加努力，使一群人成功的则是科学的系统，郎景和把它称作“协和标准”：
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老协和的不少规章制度一直被作为“样板”和标准被其他医院所效法，“文革”中曾以“繁琐哲学”“形式主义”遭到批判。其实，这些规矩是科学之法，有的甚至是用鲜血和生命换来的经验教训！这些年，医院健全和强化了制度建设，重新编撰了各种常规，并严格检查执行情况。一次导尿术，有20个步骤，虽然细碎，却不可有些微疏漏紊乱，为的是培养无菌观念，减少感染。看护士早晨铺床，可当作一种艺术表演；窗户是开成一条线的，水壶嘴是朝着一个方向的——培养素质，方便舒适于病人。人们是这样建设协和的，协和又是这样陶冶一代一代后来者的。
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按照现代人力资源的理论，一个机构成功的三个核心元素是：人、组织、文化。曾任协和医院副院长的1970届协和毕业生李学旺，这样阐述协和文化：“协和文化是什么？就是协和的医疗管理制度和程序，以及由对这种制度、程序严格遵守过程中，不知不觉养成的为人、为事、为学的态度。”
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协和医事（协和百年纪念版） [:1700792802]
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协和医事（协和百年纪念版） 协和的发散意义
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协和建校不久，迅速成为亚洲医学院的佼佼者，“它拥有最高的科学水平和研究方法，影响着从东京到孟买的所有高等教育机构”。协和医院成为最受信赖的医院：孙中山在协和医院度过了生命中最后的几个星期；蒋介石、宋美龄定期飞往北京到协和做体检；张学良在协和医院治疗过大烟瘾；梁启超从1926年到1929年去世止，前后近10次住进协和……
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从1924年第一届毕业生到1943年，协和共培养了310多人，平均下来每年16人。单用数量一种参数，无法估量出真正的协和育才内涵。这平均每年16人的精品产出，意义已经超越了狭义的“协和”，真正具备了“发散意义”。
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科学精神和科学方法的“西化标准”
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这发散意义之一，便是建立了科学精神和科学方法的“西化标准”。李泽厚曾说，新文化运动表现了“某种对自己民族文化、心理的追寻和鞭挞，表现为某种科学主义的追求，即要求或企图把西方的近代科学作为一种基本精神、基本态度、基本方法，来改造中国人，来注入中华民族的文化心理中”。
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五四时代知识分子所追求的“新文化”，与洛克菲勒的专家们希望影响中国的理念十分吻合，即通过介绍西方科学精神、科学方法来改变中国传统的思维方式，并以这样的精神和方法指导中国进入现代化。协和强调“高标准”及科学研究，正是为培养这样的西化知识分子领袖，给中国知识界树立一种以科学精神为指导、以“归纳法”为方法的教育模式。这得到了五四时代知识分子，特别是胡适、丁文江等的认可。
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来自中国最有影响力的知识分子的支持，加强了洛克菲勒基金会在中国工作的信心。1928年，国民党南京政府要求，所有外国控制的教育机构需要有中国人进入董事会。协和最早的中国董事成员包括：胡适、清华大学前校长周贻春、著名地质学家翁文灏、在美国受过教育并任北洋政府总理的颜惠庆、曾任民国政府驻国际联盟大使和驻美大使的伍朝枢，南开大学校长张伯苓……而先后担任董事会主席的4位中国人都具备很强的西方教育背景：施肇基是20世纪上半叶代表中国政府出使英、美的主要使节，金叔初曾任南洋公学校长等许多职务，周贻春和胡适自不必说。
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先后担任协和董事会主席的4位中国人，及其任职年限。
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协和第一届学生在20世纪20年代毕业，在30年代成长，在40年代进入壮年，到了50年代成为医学界管理和教育的领军人物。就是这些协和毕业生，成了日后医学科学界的精英，成了大中华地区引领医学进步、教育现代化的领袖。在协和之前，中国第一代现代医学科学家和医生都是“归国学生”，比如吴宪，从小接受儒家经典教育，最后获得世界顶级大学的学位。协和培养的是第二代医学科学家，无须再把儒家背景与现代教育叠加。他们接受的教育已经大多步入现代，而且不是在海外，就在中国。他们比前辈们更加西化，至少是更现代化，也更自然。尼古拉斯（Heinrich Necheles）是协和1924—1932年的生理学副教授，他如此描述学生们：
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他们绝大多数来自相对富裕的家庭，许多家庭思想西化。几乎所有学生都在现代化的中式或西式学校（还有一些教会学校）受到了现代影响；只有少数有过出国的经历。
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如下几例可以说明协和医学院的学生背景，他们都具有精英和西化的性质：
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