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第二天清晨，暴风雨袭来。上午8点刚过，一队日本兵闯入北京协和医院，关闭了所有的门，包围整个协和建筑群，设立了警戒线，禁止所有人出入。与此同时，日本兵进入了校长住宅，胡恒德正在那里与协和医生们一起用早餐。日军将正在吃早餐的胡恒德拘留。当在上海的娄克斯教授打电话给胡恒德，想告诉他关于太平洋战争的消息时，已经太晚了。接听电话的职员告诉娄克斯：“我们已经听到这个消息，千真万确，日本兵现在已走进大门了。胡恒德先生被捕了！”
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在1941—1945年，胡恒德（左）、司徒雷登（中）、鲍文（右）三人在被日军关押期间的合影。
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胡恒德、协和董事会的财务官员鲍文被日军关押，一个月后，所有其他人未加审问即被释放，而胡恒德、鲍文、协和内科教授斯乃博，以及燕京大学校长司徒雷登，没有得到任何解释就被软禁到了胡恒德的住所，不久，被移到外交部街一所原英国商人的房子。小屋里的温度，冬天时零下13摄氏度，夏天时达40多摄氏度，不允许外人探视，只能看日本人的英文报纸，偶尔可以送出经过检查的家书。在那里，他们与世隔绝，一直被关押到抗日战争胜利。胡恒德在日记中形容，那些日子是“无尽的、惨淡的沉寂”。在“珍珠港事件”后的两个多月，洛克菲勒基金会才打听到胡恒德等人的下落。
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日本官员命令，协和病房不得接收新病人，协和门诊部也被关闭了。一个月后，协和医学院被命令停课，所有学生必须离校。学医疗和护理的毕业班学生，提前得到了通常在6月才颁发的毕业证书。在协和医学院的历史档案中，至今还保存着一页发黄的历史记载：“1941年因太平洋战争爆发，本医院遂于12月8日停业。1942年1月18日，医学院和护校的教学工作完全停止，各住院病人亦被日军强迫迁出。至此时，本院即完全停办，所有设备及建筑则由日方改作军医及血清研究所用。”
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在此期间，协和的医生和护士被位于北京西直门的中央医院（今北京大学人民医院）接收。协和名医如谢元甫、钟惠澜、关颂韬、孟继懋、林巧稚相继到此，院长钟惠澜高标准严要求，健全了管理，彻底改造了这座过去由法国修女控制的中央医院。在后来的一年时间里，他们又重新构成了一个真正的北京协和医学院团体，在那里创造了“小协和”的奇迹。没有留在北京的一些协和人，则越过战线，陆续进入中国西部。另外一些人则去了天津、上海、广州。第一卫生事务所在日本占领期间一直开业，给协和医学院毕业的医生和护士提供了一些就业机会。1927届的诸福棠和1933届的邓家栋则建立了自己的医疗机构，该机构是北京儿童医院的前身。
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对可能发生的变局，学校并非没有准备。早在1941年11月，考虑到日军占领后的时局，协和存在停止运作的可能，当时学校就曾仔细讨论过一旦学校被关后，对中国员工的合约补偿。日军占领后，基金会给予1 200多名中国职工解除合同的补偿，共付了23万美元。
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协和护校决定迁徙
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就在林可胜中断出国休假回到中国、成立“中国红十字会救护总队”的第二年，即1938年，一位叫费孝通的年轻人在伦敦政治经济学院完成了他的博士论文《江村经济》。他的导师说：“我敢预言，费孝通博士的这本书将是人类学实地调查和理论发展上的一个里程碑。它让我们注意的并不是一个小小的微不足道的部落，而是世界上一个最伟大的国家。”获得博士学位的费孝通回到中国，先后在云南大学与西南联大工作。他认定：自己这一生的目标是了解中国的社会，依靠自己观察的最可靠资料进行科学研究，去治疗来自社会的病痛。炮火声中，几千名年轻人与老师徒步从北京穿越大半个中国，来到大后方，创造了学术空前繁荣的景象。后来，费孝通回忆：“这一段时间的生活，是我一生里最值得留恋的。时隔愈久愈觉得可贵的是，当时和几个年轻朋友一起工作时不计困苦追求理想的那一片真情。”
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同样的故事也发生在协和护校。那个关于协和的“激动人心的故事——人与命运搏斗、失败摧不毁的理想”，其中就有一篇，由协和护校的第四任校长聂毓禅带领大家完成。
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在费孝通回国的同一年，从协和护校毕业的聂毓禅，在美国的密歇根大学获得了理科硕士学位。她没有按原计划继续攻读博士，而是决定提前回国。她本打算探望一下住在北平的母亲，即去参加抗日战争。协和校长胡恒德劝她留在北平接替协和护校校长一职，他说：“在这里，你可以为中国培养更多的高级护士人才，这不也是中国所需要的吗？”他对聂毓禅描述了未来协和的图景：“我们的想法，就是希望今后逐步地将医学院各个部门的领导位置，全部交给中国人担任。”被这番话所触动的聂毓禅，1940年接任协和护校的第四任校长。协和护校第一次由一位中国女性任校长，也是最后一任。
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担任护校校长一年多之后，协和被日军占领。聂毓禅面临着护校存亡的选择，最紧迫的问题是如何安排学生。在征求学生们的意见后，对愿回家的，协助她们回家；愿继续求学的，则尽量帮助联系其他学校，聂毓禅将每个学生所缺的理论课和实习时数记录下来，分别寄往所联系的学校，请那里的老师补课。这样，三班护校学生和进修生不但完成了学业，而且都参加了毕业会考。在和学生分离前，在协和的地窖里，聂毓禅和全体学生偷偷地照了一张临别合影以纪念。
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1943届的李懿秀清晰地记得在日军勒令协和停办时，儿科病房中的情形：一个恶性贫血患儿，医生正想方设法把他的血红蛋白保持在一定高度；一个患过黑热病走马疳的患儿，半边脸烂成一个大窟窿，医生已为他做了几次修补手术；一个患了严重糖尿病、每顿饭前都要注射大量胰岛素的患儿。他们小的只有四五岁，大的十来岁，已在医院里住了一两年，和医护人员亲如家人，甚至在父母来探视时躲起来，怕被带回家。当知道日军要关闭医院，自己不能留下来时，这些孩子们都哭了！医生们为了救治他们，只好大胆地采取了最后的办法：为贫血的孩子做了脾脏切除手术，以减少血红细胞的破坏；为脸上有窟窿的孩子做了最后一次面颊修补；“那个患严重糖尿病的孩子，真不敢想象他被赶出医院后能活多久”“在那动荡不安的岁月里，担子最重的是聂毓禅校长，她在极端困难的条件下历经艰辛，以惊人的魄力和毅力，和教师们一起”，最终决定进行迁徙，将协和护校延续下来。
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漫长、艰难、危险的迁徙行程
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聂毓禅开始寻找机会，准备把协和的高级护校迁到重庆。在那时，从沦陷区出发，一路险象环生，既不能在光天化日之下走在大路上，又没有方便的交通工具，沿途的行骗、偷盗、敲诈……比比皆是。正好聂毓禅的三弟也准备去重庆工作，于是他们一行众人在1943年春启程，从北平出发，乘火车到商丘，后改坐人力车到沦陷区与国统区分界的界首，再换乘火车到西安。每到一处，都要为联系交通工具和寻找食宿而奔波。为躲避日军，她们的路线蜿蜒曲折，她们骑骡子、乘马车或卡车——所有凭运气能找到的任何交通工具，但大部分时间都是徒步。
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聂毓禅一行凭意志完成了从北平到重庆的长达两个月的艰险旅途，也就是先前在纽约的协和董事会成员认为“漫长、艰难、危险”，只有男人才能“偷偷”完成的行程。
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在这“漫长、艰难、危险”的迁徙行程中，发生了一件让聂毓禅最为痛心的事情：她的三弟在抵达西安的前一站时，因与国民党军人发生争吵而被枪杀了！她与同行的协和护校毕业的王琇瑛，在铁道旁的土坑内找到了三弟的尸体。因为人生地不熟，不宜久留，她们赶紧买了一身新装和棺椁，将灵枢运到西安，忍着巨大悲痛将他安葬后，又匆匆奔赴兰州，由兰州乘飞机抵达重庆，在重庆的中央卫生署暂时安下身来。协和的女人们，共走了两个月之久。
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到重庆后，聂毓禅开始准备协和护校的恢复。考虑到成都当时大学集中，师资力量强，学生来源多，特别是华西大学又新建了一所医院，于是决定在成都复校，聂毓禅担任校长，华西大学则聘请她兼任新建医院的护理部主任。
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所谓复校，实际是白手起家，重新办学。两个月的迁徙完毕，面临着更大的挑战是办学。摆在聂毓禅面前的问题很多，最紧迫的是教室、设备和食宿，最费神的是师资。当时的中央卫生署曾向聂毓禅提出警告，不能抽调他们的骨干，拆他们的台。这使得她无法聘请当时在中央卫生署工作的不少协和护校校友，只能另想出路。她四处游说，费尽唇舌，终于请到了几位专职教师，教各科的临床护理理论、实习课。其他基础课、临床课，则请华西大学医学院的教授讲。各课程的实验室和实习基地，向华西医学院借用。
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接着就是招生。成都有不少从沦陷区迁来的著名大学，聂毓禅与其中的燕京大学、齐鲁大学、金陵女子文理学院等联系，招收了20名预科学生。
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有了教室、宿舍、师资和学生，协和高级护士学校终于在1943年9月的成都正式开学，在这里总共招收了三年学生，约50名，另外还举办了一届两年制的进修班。虽然条件艰苦，聂毓禅仍然坚持教育办学要维持北京时的高标准。在这里，一年级不及格的学生就要被淘汰。学生们住在华西医学院内的“八角楼”。由于放宽了招生范围，同学中最大的近30岁，最小的才19岁。
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一位在这里接受护理教育的学生日后回忆说：在“八角楼”的生活，自成天地。宿舍家具少而粗糙，没有电力供应，只能在昏暗的烛光下配药。唯一的水源是一口露天的井，水必须要烧开。当时纸张奇缺，经济困难的学生就用四川特产的“竹纸”裁成笔记本大小，自己装订成册。为了在实习中和当地的病人接触，学生们还学说四川话。
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随着难民、军人、伤员、病人纷纷涌入，对护理服务的需求更急迫。协和护校的师生夜以继日地每周工作7天。护校的其他女生在经历了漫长艰险的旅程后，也来到成都找聂毓禅。其中就有1929年毕业的包艾靖，她曾在南京中央医院做护理，日军轰炸南京后，留下来接替护理负责人的职位。之后，她带领150多名护士和学生从南京撤退到杭州，又转移到长沙、贵阳，后来到了成都，与聂毓禅共事了6个月，担任学校护理系负责人。
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