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到了1945年夏天，看到美国飞机掠过北平上空，身陷囹圄的医生们深受鼓舞。这一年，胡恒德被释放出狱，他迅速视察了协和：医学院的结构尚未破坏，但校舍已脏乱不堪，许多可移动的设备已难觅踪影，发电厂设备需要彻底更换。胡恒德向董事会提交了报告，这成了规划协和复校的第一步。
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在日军管制的这段纷乱时期，幸运的是，协和图书馆、病案室完好无损。当时的协和图书馆中，除了西医课本外还有一批传统的中医藏书。这些书籍被复制在微型胶片上，至今仍珍藏在美国国会图书馆里。基金会继续为学校图书馆订购科学及医学杂志，保证了后来协和复校时图书馆的期刊数量和水平。当时的日本少佐松桥堡，战前曾到过协和这家亚洲最大的医学图书馆，知道它对于科学有多么重要，所以未让日军加以破坏。当他奉命到协和病案室销毁病历时，在病案室主任王贤星的坚决反对下，也居然同意保留。
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在曾经的冲突和混乱之下，一切被连根拔起。但协和的生命力，仍在尽力延续。
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1945年年中，一群协和同事及中国医学界领袖在协和董事周贻春的重庆家中相聚，商议协和重建后的教学问题。林可胜、杨崇瑞、朱章赓、袁贻谨……大多提倡：永葆协和为一流医学院。连最积极于“泛医学培训”的人，如陈志潜、杨崇瑞、朱章赓，也都一直把协和视为“国家医疗体系的尖端”。甚至有几位，依然认为应该用英语教学，同时重拾建设中文医学词库的努力。
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这一年，洛克菲勒基金会第三次评估介入中国的理由。回顾之前，第一次是在20世纪初，那时的基金会钟情于科学医学，也具备将科学理念及高水准的西方文明引入中国的潜能；第二次是在20世纪30年代，基金会开始转向对中国核心社会问题的关注。这两次，他们都曾寄望西方文化培养出来的中国知识分子，能想出一些针对中国问题的解决方案。20世纪30年代中期实施的“中国计划”，曾暂时将洛克菲勒基金会的注意力偏离了协和。但即使在战争时期，洛克菲勒二世仍在考虑：是否存在“有一天把协和迁到内地，在更简单、更便宜的基础上重建”的可能。战争结束后，基金会又把注意力重新转向协和。1945年的第三次评估，基金会关于“到底想在中国做什么”的话题，大部分围绕着“北京协和医学院怎么办”进行。在解决与协和有关的未来问题之前，基金会暂且很难规划一个全新的中国项目。
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当时任政府行政院院长的宋子文写信给基金会，请求恢复协和医学院。协和的同行及竞争机构——北京大学医学院院长马文昭，也希望基金会继续支持协和医学院，以作为中国现代医学和公共卫生的“辐射中心”。
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“北京协和医学院是我们皇冠上最璀璨的一颗明珠。我认为我们有强烈的责任感，继续支持中国的现代医学事业。”这是基金会的负责人在1945年年底写给洛克菲勒二世的信。
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1946年1月至1947年5月，设在协和医学院内的军事调处执行部。左起：中共代表叶剑英、美方代表马歇尔、国民党代表郑介民。
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第四次考察团
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第二次世界大战结束带来的复校希望，很快就被解放战争的爆发所阻断。重建协和医学院的计划，就是在这样的情形下制订的。
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1946年春，洛克菲勒基金会决定：派考察团去战后的中国，了解一下这个经历过8年战争的国家，医疗卫生是什么情形。他们审视的远东局势是：战后中国经济萧条，农田荒芜，铁路中断，城市破烂……但这也许是在中国继续开展医学教育的机会。因为抗日战争使得大批百姓背井离乡，冲淡了穷家难舍的乡土观念；国语和英语教学的推广，打破了封锁的地方主义；科学逐渐占上风，西方文明开始渗透。从1936年到1946年，中国的物价水平上涨了四五倍，但中国以农业为主的国家性质，将有助于其经济的恢复和巩固，从长远看前景还算乐观。
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1946年的“第四次考察团”由洛克菲勒基金会医学科学部主任葛莱格（Alan Gregg，左上）、原协和医学院外科主任娄克斯（右上）以及哈佛大学医学院院长伯威尔（Sydney Burwell，右下）等组成。这次的行程有两个多月，他们访问了北平、上海、南京等地，以审视远东局势，了解在经历8年战争后的中国医疗卫生状况。
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当时的中国大学存在着普遍的管理问题：对中央政府的权威有很强的依赖，一些学校的领导缺乏管理经验，财政上缺乏稳定的来源……医学院也一样，全国每37 500个人只能配1名医生。战争破坏了医学院的校舍和仪器设备，学校经费不足。中国医学教育发展的最大障碍是缺乏合格的教师，在当时的28所医学院校中，只有不到1 000名教师。
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董事会对中国的情况再次进行了评估，认为当时中国所需的医学援助过于庞大，这会耗尽任何一个私人基金会的全部资金。4.5亿人的医疗需求和恶性通货膨胀、硬性规定的汇兑率，会使在中国的资金投入效率大打折扣，必须用有限资金投入，换来相对更大、更持久的效果。基金会希望在中国扶持医学教育、预防医学，这个目标已通过协和医学院实现了一部分。
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截至那时，协和医学院虽仅培养了约170多名护士，300多名医生和2 000多名进修生，但以“小、精、尖”闻名于世。协和已成为中国医学专业教育高质量的象征，“协和人”也成为医术、医德双重高峰的典范。当时中国迫切需要的是医学教育，而基金会能对中国作出的最大贡献是，集中力量重振“协和医学院”的威名，将资源集中于协和这样一个高标准的机构，来推动中国的医学教育。这是一个明智和经济之举。基金会对充当桥梁与试验田的协和医学院寄予厚望，期待它能产生新的历史意义。
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一个意外的决定，一笔1 000万美元的捐赠
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基金会的第二个重要决定是，解决协和医学院的“老大难”资金问题，以便终止对协和的财务责任。当初洛氏驻华医社独立出去时，基金会就拨款1 200万美元作为它的本金，但它的收入不足以维持协和的开销，多年来，洛克菲勒基金会一直在补贴。
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1947年，基金会召开了一个有关中国问题的董事会特别会议。为说服对此项拨款将信将疑的董事们，70多岁的洛克菲勒二世出席了这次会议，相当引人注目。虽然此时的洛克菲勒二世在法律上已不是基金会的董事，但他“不动声色、巧妙地，一次又一次把议题拉回到这件事上”。最终，一次性捐赠1 000万美元的提议获得通过。当天，洛克菲勒基金会的档案中如此记载：
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洛克菲勒基金会今天捐赠了1 000万美元给洛氏驻华医社，用以支持北京协和医学院。这一数目使得基金会自1915年以来对洛氏驻华医社的捐赠总数达到44 652 490美元。其中，9 804 999美元用来支付土地、建筑及设备费用；12 849 491美元用于维持学校每年的开支；2 200万美元给中华医学基金会作为本金。这总计4 500万美元，是洛克菲勒基金会历史上给一个单独项目的最大一笔捐赠。
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今天对此表决时，基金会希望记录在案，这将是它对中华医学基金会最后的捐赠。在基金会看来，它已经完成了1915年在中国创办一个医学院的任务。未来协和医学院开办新科系或支持现有项目的经费，将有赖于协和的其他朋友们了。洛克菲勒基金会（的资助）到此为止。
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这最后一笔的1 000万美元捐赠，是一个意外决定，它几乎是洛克菲勒基金会1947年所有预算的一半，也是其历史上最大的一笔支出，超过了许多美国的医学院。从1939年起，洛克菲勒二世就不再担任基金会的董事，但在与中国相关的事情上，他的观点总是占上风。在这次会议上，他表示支持拨款，并将数额增加到1 000万美元，以保留并扩大北京协和医学院。
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当时持反对态度的基金会领导雷蒙德·福斯迪克在基金会的年度报告中写：“这真是一个奇怪的时刻……在一个不幸的国家，为现代医学的发展进行新的投资。”不过，他还是肯定了基金会创建协和的历史缘由：不仅在中国推进了现代医学的发展，而且在远东地区建立起科学医学和归纳推理的价值观，这是美国能给中国的最好礼物。