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复校之后的协和
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李宗恩被任命为协和复校后的校长，此前他曾在协和医学院任教14年，1937年越过多道军事防线来到中国西南部，筹建了贵阳医学院并担任院长。他一回到北京，便着手筹办这一耗时费力的复校任务。
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当时，管理协和财务的最大困难是外汇汇率不稳定。协和建立之初，不到一个银圆可换1美元，到了40年代，要用2 480银圆兑换1美元。对这段时期的协和来说，计划和预算是每个月的必做工作，这是美国医学教育中从未碰到过的开支状况。“世界上没有任何一家医学院的预算，像协和医学院的预算那么复杂。”
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胡适在给洛氏驻华医社的信中，希望协和立即复课：
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现在建筑物都已腾空。我们怎能任其闲置？……以前人们批评协和医学院过于富有，员工和学生都过于舒适，离中国的现实生活太远。假如我们推迟复校直到可以重建战前的工作条件，而其他人却在同一时间正在不利的条件下进行教学和救治，那么协和医学院不能面对逆境的责难，就真的有了事实基础。
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北京协和医学院正式复校开课时，人体解剖学是靠从北京大学“借来”的两具尸体开课的，显微解剖学幻灯片则是从散落在楼内各处的杂物堆中找回的。复校后的协和，像一块磁石吸引了散落在各地的协和人重新回家，他们的归来使得协和迎来了历史上的“白银时代”。之前的1917年到1942年，是协和历史上的第一个“黄金时代”。
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聂毓禅带着50名学生和教师，离开成都经过1 900公里的跋涉，回到北平，开始为秋季重开协和的护理课做准备。林巧稚则于1948年5月回到协和妇产科。
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1948年秋，张孝骞从湘雅重返协和，担任协和医院的内科主任。展现在他眼前的协和，除了绿色琉璃瓦下的建筑群依旧，人员设备都已残缺不齐。内科只有15张病床，各实验室的仪器设备空空如也。他和内科副主任一起到各个库房仔细查找可用的设备，把已经拆散的仪器拼凑起来继续使用。
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像第一个“黄金时代”一样，复校之后的协和不希望降格为“通用标准”的牺牲品。基金会坚持教学质量高于一切，这比扩大招生或者增加短期培训班都重要。医学生能否走完8年的求学道路，很大程度上由学生的品格和能力决定。医学院的教员应当全职教学，从制度上保证他们全身心投入教学和临床工作，不得在院外开业，不允许从院内病人身上接受好处。此外，继续邀请国外医学教育家担任客座教授。
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1946年9月6日，协和护校学生回到北平。前排中间是聂毓禅和胡适。
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1949年10月9日是返校日，应、往届毕业生及老师在协和医学院第一次复校后团圆，他们热情充溢心中，期盼重铸协和辉煌。前排中间为李宗恩。
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值得一提的是，协和这次复校时，除3人外其他教员均为华人，大多曾受教于协和医学院，其中16名是以前协和的毕业生。在协和办学之初，主要是外籍教师，并招聘一些留学回国的、高素质的中国第一代医学科学家和医生。这次复校，教师团队已逐渐由协和自己培养的第二代人才组成。他们经过多年的住院学习、海外留学、回校担任初级教员，已经成为各系领导：内科的张孝骞、妇产科的林巧稚、儿科的诸福棠、病理学的胡正祥、生理学的张锡钧、外科的吴英恺……那曾经挑战、磨炼也滋养了他们的协和文化，即便在严酷坎坷的环境中，也在学生身上继续传承着。那时的学生在半个世纪后回忆，协和仍尽可能提供苏格拉底教学法、导师制、严格的实验室培训，“教我如何学习、如何思考、如何想象”。
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1949年北平解放，协和医学院因情况特殊，没有立即被新政府接管。学校的美国高级职员回国述职。
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从1949年到1950年，李宗恩仍然在管理着协和医学院。他甚至作为科学协会的代表之一，出席了中国人民政治协商会议。李宗恩在给纽约的一份报告中说，新政府，包括高层官员充满困惑并犹豫不决，缺乏处理城市问题的经验。在他看来，新政府尚未对管理协和这样的机构做好准备，有意推迟对协和作出政策性的决定。
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1950年，协和医学院和护校均招收了25名新生。校舍外部重新刷漆，签订了全年的购煤合同，购买并安装两台新锅炉的计划已提交至董事会。下一年度60万美元的拨款已获认可，包括官方要求的，将工资总额的2%拨给新成立的医学院工会。但中美关系变化和破裂的速度，远超想象。
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1950年11月，朝鲜战争爆发。当时，正在美国述职的4位协和美国职员，取消了回北京的船票，辞去了在协和的职务。娄克斯在给李宗恩的信中说：“美国人从你们中间销声匿迹，或许正是塞翁失马焉知非福。”
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1950年12月18日，美国财政部正式冻结了所有与中国有关的金融业务以及与中国有关的银行账户。娄克斯在美国寻找着给协和汇款特别许可证的可能。
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1951年1月23日，李宗恩给洛克菲勒基金会发去电报：“1月20日本院收归国有。”这是来自协和的最后的直接沟通。合作自此戛然而止。
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1951年1月20日，协和医学院、协和医院由中央人民政府教育部和卫生部全部接管，仍由李宗恩担任校长，学校的组织结构和规章制度不变。经费由教育部拨，教职工原职原薪，学生可领人民助学金，校名改为“中国协和医学院”，协和医院定名“北京协和医院”。
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这一天距离洛克菲勒二世第一次来中国参加协和的开幕典礼，差不多是30年的时间。年近八旬的洛克菲勒二世给长期任职协和董事会秘书的福梅龄（Mary E. Ferguson）去信：
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我与你一起深感遗憾，北京协和医学院应该已经脱离了洛氏驻华医社的怀抱，被北京政府接管……我们不应该认为，这所学校的用武之地提前终止了，不如说这只是换了一种管理，很可能会对其理念和标准带来某些限制。但我们又如何能说这不是上帝的安排，以实现缔造者们的意愿呢，虽然这与我们萦绕在心的方式完全不同。让我们盼望、祈祷，并相信所有的一切都将臻于至善。
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之后，模仿苏联隶属于各工业部的、仅关注研究和技术的专门院校教育，开始在中国风行。曾在中国扎根的美国“文理科学院与综合大学模式”被取而代之。中国的“约翰·霍普金斯”，也面临同样的命运。20世纪50年代初期，在采取了苏联的教育模式后，公共卫生教育竟从协和的医学课程中消失了，因为在苏联公共卫生只是一个技术工种，层次较低，公共卫生学校在创建时就与医学院校没有关联。