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对一个大学来说，获得NIH的研究拨款不仅仅是财政上得到补贴，这还显示着这个大学的研究实力和名誉。反过来，学校的名誉上升就更有助于学校招生、寻求捐款、吸引最好的研究人才，形成一个良性循环。因此如何更多地获得NIH的研究拨款是所有有实力的研究型大学和医科院校的工作重点之一。
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美国的医科学院有一个特点，就是很多临床专科教授既提供医疗服务，又主持和参与生物医学研究，很多人既有医学博士学位又有理学博士学位。这使得他们既熟悉某些疾病研究的最新进展，又有丰富的临床经验，使治疗和研究相互促进，走在学科发展的最前沿。一旦在治疗或研究上有任何进展，他们就会申请专利，然后努力进行商业转化和推广。
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就单个项目来看，2008年拨款最多的项目是杜克大学的艾滋病疫苗研究，达到4900万美元。其次是麻省理工的基因组排序和分析项目，拨款4800万美元。第三位是社会和科学系统公司（Social and Scientific Systems，Inc.）的艾滋病临床试验网络项目，拨款近3700万美元。第四位是位于圣路易斯的华盛顿大学的大规模基因组排序和分析项目，拨款3400多万美元。在接下来拨款比较大的项目中，与艾滋病和基因研究有关的项目不断出现。从这里我们可以看出美国目前在生物医学方面的重点在哪里。
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要获得NIH的研究拨款，主要研究者（Principal Investigator）必须在研究开始前一年进行申请。这是一项非常重要的工作，由于近年拨款额停滞不前，申请逐年上升，拨款竞争非常激烈。1999—2008年，新研究项目申请成功率从26.1％下降到18.8％(7)，也就是说每5个申请只有不到1个获得批准。现在正在进行，需要续约继续拨款的申请批准率从1999年的53.2％下降到2008年的36.7％，也就是说10年前超过一半的研究项目可以续约，但是现在只有1/3稍多。
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申请NIH研究拨款的程序通常是这样的。NIH发出拨款机会通告（Funding Opportunity Announcements），研究人员根据通告里提出的各种要求，构思研究计划。有时研究人员对某一领域已经形成了初步的研究想法，这时就必须按照通告的大致要求修改自己的想法。然后按照具体的研究构想和拨款类型的特点，在规定的时间范围内填写申请表格和其他所有辅助材料，提交申请。在提交申请之前，申请人可以积极同NIH具体的研究所和研究中心该项目的负责人沟通，了解关于这个研究的具体要求。申请递交之后，NIH会把申请转到下属研究所和中心，并指定一个科学评审团（Scientific Review Group）开始同行评议过程（Peer Review Process）。这个同行评议过程必须遵循联邦政府关于公共医疗服务法案和相关法规，分两个部分，由两个不同的评审团。一个由NIH研究所和研究中心的咨询委员会（Advisory Council）组成，另一个由NIH院外的本学科专家组成。
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首先进行评议的是院外专家评审团，他们根据统一的评审标准对申请进行打分。这些标准主要有五个方面：研究的重要性；研究方法；主要研究人员、革新和突破、研究环境。评议团专家对这五个方面打分，从1～9分，1分为最高，9分为最低。所有评议团打分后的平均分乘10即为最后得分。这五个方面的评议最好的得分为100分，最低为50分。由于申请众多，评议团成员独自给每一份申请评分，只有得分高的申请，评议团才开会进行讨论。最后的得分和评议都要反馈给申请人。通过这道评议程序之后，再由某一个特定研究所的咨询委员会审议，然后提出建议。最后的拨款决策权在研究所的主任手中，但研究所的主任只能从院外专家评审团和本所咨询委员会都通过的申请中做最后选择。
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对于研究型综合性大学和医科院校基础科学系科的教师来说，获得研究资助，特别是NIH的研究资助对他们的学术生涯是非常重要的。有了经费才能搞科研，才可能出成果；出成果才能评教授，评终身教授，才能在同行里立足，建立自己的名声。同时研究资助中的一部分又能支付自己的一部分工资。所以研究资助是在美国科技学术界立足的必不可少的关键。
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除了NIH的国家资助，很多民间的非盈利性机构也是一个非常重要的资金渠道。这包括私营的基金会、私人捐款和某些以疾病为中心而建立的组织。这种组织通常资助针对某些特定的疾病研究，给予资助的方式非常灵活，没有那么多限制。
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除政府研究所和大学研究机构之外，美国还有为数众多的生物技术公司，利用风险投资和资本市场融资对生物医学研究投入大量研究资金。2007年，生物科技企业共投资260亿美元(8)，接近于NIH的投资额293亿美元。从2003年到2007年短短的4、5年间，生物科技行业在研究上的投资增加了45％。而同一时期，政府在生物医学研究上的投资只增加了11％。制药公司在研发上的投资从2004年的476亿美元增加到2008年的652亿美元，增加了37％(9)。从涨幅上来看，生物技术公司是最多的。生物技术公司分布在农业、能源、医疗、环境等很多领域，其共同点是利用最新的生物技术和研究服务于他们各自的领域。但这些公司的投资具有很强的盈利性目的，与国家拨款支持的着眼于基础性、具有长远意义的研究有很大的区别。我将在下一节更具体地介绍这些公司。
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揭秘美国医疗制度及其相关行业 第三节 生物医学研究机构和人员
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生物医疗研究机构有以下几类：大学和附属于大学医学院的系科和研究所、NIH研究机构、产业界研发部门、独立研究机构、美国陆军医学研究和物资司令部（United States Army Medical Research and Material Command）。
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大学和医科学院研究机构基本有两种组织形式。一种是分系科进行，基本上由系里的教授个人申请资助、招收人员、购买设备和管理研究的方方面面和所有流程，被研究生和博士后们称为“老板”。这些教授一般站在学科的前沿，比较熟悉本专业的发展方向，也比较了解学科的发展重点和申请资助的程序。有些甚至在某一学科内有一定的名声和威望，熟悉学科内的同行。这样的教授比较容易申请到资助，也可能有几个研究项目同时在进行。在这样的研究项目中工作的人员有博士后研究人员、博士生、职业的研究人员和技术员。小的项目几个人，大的项目几十人、几百人都有可能。不过大的项目会分成若干个小项目，分散在不同的大学和机构中，由不同的教授负责。
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2006年，美国所有的医科院校基础科学系科内共有2.1万名全职教师(10)，其中有助理教授5526名，副教授4002名，教授6589名。加上他们所领导的研究项目内所有的辅助人员，美国大学和医科院校内从事基础生物医学研究的人员大约有20万。所有临床科系的教师有100629人，其中有相当一部分不同程度地从事临床和基础研究。
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在大学和医科院校及其附属医院内还有很多以一种疾病或某一个专科为主要研究对象成立的研究所，如糖尿病研究所、艾滋病研究所、基因研究所、干细胞研究所等等。这样的研究所可能有多种渠道的资金支持，也经常以研究所的名义，而不是以单个教授的名义申请资助。研究所里的研究人员对所里的教授也不像学院系科里那样依附程度大。
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NIH由27个研究所和研究中心组成，到2007年，一共有18442名雇员(11)，其中有多少是研究人员，多少是管理人员，多少是辅助人员，并没有公开的资料说明。不过，NIH下属27个机构中最大的一个国家癌症研究所（National Cancer Institute）就有研究项目负责人（Principal Investigator）5000多人(12)，如果算上其他研究人员可能就更多。所以，整个NIH内部的研究人员应该在1万～1.5万。
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2007年，美国制药企业在国内的研发人员总雇用人数约为8.6万人(13)。2006美国所有的生物科技公司共有雇员约18万名(14)，如果其中一半人员为研究人员的话，那么就是大约9万名。这样，在2006—2007年间，加上大学研究机构、政府研究机构，美国全国在生物医学研究和制药研发行业总共雇佣研究人员估计在40万以上，投入资金在1200亿美元左右。
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20世纪70年代中期，赫伯特·博尔（Herbert Boyer）发现细菌的基因和真核细胞的基因可以组合起来合成蛋白质，并在此基础上人工合成了胰岛素和生长激素。他随之创建了生物科技公司Genentech，这就是现代生物科技公司的源头之一。到2006年底，美国共有1452个生物科技公司，其中336个为上市公司(15)。2008年4月，所有上市的生物科技公司市值为3600亿美元。所有的生物科技公司营销收入从1992年的80亿美元上升到2006年的588亿美元(16)。2009年3月，瑞士罗氏制药公司以468亿美元的总价收购了Genentech公司。
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大部分生物科技公司是新兴公司，需要风险投资和其他渠道资金的支持。根据生物科技行业组织（Biotechnology Industry Organization，BIO）的统计，在其1200个会员机构中，90％年销售额在2500万美元以下，只有5％左右的公司年销售额在10亿美元以上(17)。2007年，生物科技公司融资248亿美元，而2003—2007年一共融资约1000亿美元。
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生物科技公司在食品、农业、工业生产、环境保护、制药领域都很活跃。许多这类公司由掌握某一技术的研究人员，在风险资金的帮助下成立。其中很多公司把最新的基因改造技术、克隆技术、干细胞培养和移植技术运用到相关的领域中去。生物科技公司在医药方面的运用目前主要集中在基因和干细胞技术这两方面，包括基因排序和个性化药物的研制。由于生物科技公司的研究牵涉非常复杂的生物伦理和法律问题，很多研究和应用有非常大的争议。主要争议有转基因食品和克隆动物作为食品的安全性问题和人类胚胎干细胞研究的伦理问题。关于生物伦理这个问题我在下面生物医疗研究监管和标准一节会展开讨论。
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美国陆军医学研究和物资司令部（United States Army Medical Research and Material Command）也有进行生物医学研究的机构，开展传染病和生化武器方面的研究。这个司令部共有5200名军事和非军事人员，其研究机构也与民用研究机构进行合作研究，或拨款委托研究。
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美国著名的生物医学研究机构除了各大学和医科学院及其附属医院之外，还有一些独立研究机构。其中包括斯圭普研究所（Scripps Research Institute），斯罗恩—凯特瑞恩癌症研究所（Sloan-Kettering Institute for Cancer Research），波恩翰姆医学研究所（Burnham Institute for Medical Research）和杰克逊实验室（Jackson Laboratory）等。
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