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元代持续的时间较短，除《竹谱详录》、《饮膳正要》等著作有一定的生物学价值外，值得称道的成就较少。明清时期是我国传统生物学发展的高峰时期，学科指导思想的逐渐明晰和学术发展主观能动性的形成。开发生物资源的思想有很大的发展，不但记述各种有用生物资源的著作，如《岭南方物志》、《滇海虞衡志》、《闽产录异》等继续涌现。一些有识之士还开始记述各地区潜在的动植物资源，明初成书的《救荒本草》是非常出色的代表性著作。类似的动物学著作则有《闽中海错疏》。记述园林动植物的著作也很多，以《花镜》最具代表性。传统本草学作品则有《本草纲目》那样篇幅空前的巨著。解释经典中生物的著名作品也有一些成就很高的著作。这一时期特别突出是出现了汇集各种生物学资料的卷帙浩繁的集大成著作，如《华夷草木鸟兽珍玩考》、《群芳谱》等也在那期间涌现，更重要的是《谭子雕虫》、《见物》、《植物名实图考》等体现古代生物学水平高峰的科学著作的出现。
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一、植物学著作
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在明代，这类著作比较突出的是一批记述可以食用的野生植物作品。主要《救荒本草》，《野菜谱》、《茹草编》和《野菜博录》等。这些著作相当于应用植物学著作，它们中带有从本草著作分化出来的痕迹，也带有地方植物资源调查的性质。这些著作大多有图和相关的文字说明，颇为方便实用。在这些著作之中，《救荒本草》（如图1.12所示）是其中的佼佼者。
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《救荒本草·序》写道：“植物之生于天地间，莫不各有所用。苟不见诸载籍，虽老农老圃亦不能尽识。而可亨（烹）可芼皆躏籍于牛羊鹿豕而已。”因此，作者非常注意新植物的调查，不但记载的新种比较多，达270多种（全书记载植物400多种），而且插图比较准确，解说文字详明。就著作风格而言，只用简洁通俗的语言将植物形态特征等表述出来。书中每页附一插图，描绘一种植物，图文配合相当紧凑，就形式而言很像是一部区域的被子植物志。在古代生物学史上占有重要地位。
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从今天的角度看，朱橚〔9〕编写《救荒本草》的时候，采用更加先进的方法。他首先派人调查了开封周围可供食用的植物，然后选了400余种可食用的植物种在一个园子里。然后根据园子里的植物进行观察，并让专门画工将其形状绘下来。另外，书中还记载了详细的食用制备方法。这种利用专门的植物园、专业的画家和集中使用试验方法对植物进行直观的描绘和辨别其性质的方式，比前人主要依据随意性较大和前人经验的描述无疑是很大的进步。
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朱橚的园子（圃）纯粹为认识形态和性质服务，这在植物学发展史上显然是很有意义的。在同一时代的欧洲，还没有这样的植物园，无怪乎美国著名科学史家萨顿（G.Sarton）在谈到中世纪的植物园时不无感慨地说，“杰出的成就产生在中国”。朱橚的工作开了实验生物学的先河。
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在野生食用植物的制备方面，《救荒本草》提出了一些消除毒性的方法。有人认为近代植物化学领域中吸附分离法的应用，可能即始于《救荒本草》。只用简洁通俗的语言将植物形态特征等表述出来。书中每页附一插图，描绘一种植物，图文配合相当紧凑，就形式而言很像是一部区域的被子植物志。
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对于这本杰出的植物学著作，国内外学者都曾给予高度的评价。美国著名科学史家萨顿称之为“中世纪最优秀的本草著作”。
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清代最出色的植物学著作是著名学者吴其濬（公元1789～1847年）撰写的《植物名实图考》（如图1.13所示）。吴其濬是河南固始人，1817年被钦点为状元，任过兵部侍郎等京官，也在许多地方当过总督和巡抚。为官一生，宦迹半天下。学识超群，又留心经世致用。该书收录了1700多种植物，是历史上收录植物最多的植物学著作。此书的最大特点是作者见多识广，具有很强的求实精神，书中的插图准确。此书是我国古代生物学著作中插图最准确的作品，大部分的图都很逼真。文字说明也相当详细。代表着古代植物学的最高峰。时人陆应谷在为《植物名实图考》写的序中，指出该书的“包孕万有，独出冠时”，可谓中肯。吴其濬之所以能完成这个著作，是因为他“具希世才，宦迹半天下，独有见于兹，而思以愈民之瘼”，通过不断阅读文献资料和根据考察询问实证所得的结果。
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《植物名实图考》的最大特点是它的纯学术性，开始摆脱为某一实用目的编写本草著作的窠臼。是一本比较纯正的植物学著作。书中对收载的每一种植物都记载了它的文献渊源；它的别名、形状、颜色、用途、产地和分布等。本书记载的植物从类群来看，低等高等都有，孢子种子俱全。从地理分布而言，它包括了我国十几个省的植物种类。从生态学的观点着眼，其中水生、陆生植物皆有，阳生、阴生植物一应俱全。堪称为集大成的著作。承《救荒本草》的应用植物学基础，进而朝普通植物学方面迈进，是我国历史上里程碑式的巨著。加上插图大多根据实物绘制，因此大部分都很准确逼真，有些甚至堪与现代植物志书的插图相媲美。具有极高的科学价值。
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除上面这些突出的作品之外，明清期间还有一些非常出色的园林植物的专著，著称的有《亳州牡丹述》、《学圃杂疏》、《花镜》、《北墅抱翁录》、《花史左编》、《植品》、《茶花谱》、《荔枝谱》、《菊谱》、《菊说》、《凤仙花谱》等。其中《学圃杂疏》记载了大量的花卉园艺植物，详细地提到了它们的配置。《北墅抱翁录》则对很多园林观赏植物的形态特征作了详细的描述。特别是各种花卉的观赏价值、特点都有很深刻的阐述，颇具我国古代学术的入世特点。
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这一时期主要以资料汇编为主的植物学类书有《群芳谱》、《广群芳谱》。比起宋代的《全芳备祖》来，这两部书不但收录的植物种类要多很多，而且内容丰富得多。《群芳谱》共收载植物275种，分为“谷谱”、“蔬谱”、“果谱”、“药谱”、“木谱”等若干部类。书中的内容除录自前人的著作外，也有部分是作者自身经验的总结。书中收录了植物的栽培、育种、嫁接等方面的丰富资料。《广群芳谱》全书100卷，收录植物约1400种。仅从这种数量的比较中就能从一个侧面看出人们积累的园艺生物学知识比以前丰富得多。
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二、动物学著作
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这一时期产生了不少很有特色的动物学著作如《闽中海错疏》、《谭子雕虫》、《记海错》、《朱砂鱼谱》、《白蜡虫谱》、《虫天志》、《鸽经》、《鸡谱》等，其中比较出色的是《闽中海错疏》和《谭子雕虫》。前者是专门记述鱼类等水产动物的专著，首次记述了250多种的福建水产动物，涉及形态、生存环境、产地等，有些记载非常清楚、准确。后者记述了62种“虫”，连同附录的近百种。它们不像此前的一些谱录性质的著作，如《蟹谱》或《促织经》，仅涉及范围很窄的动物类型；篇幅也比《禽经》等动物学著作大得多。更为突出的是，作者对描述对象有很细致的考察。特别是《闽中海错疏》一书，与此前的植物学著作《救荒本草》相似，很少引经据典，主要根据自己的考察，简明地将有关动物加以描述。这清楚地反映出人们已经深化到某些比较大的专门领域开展有成效的研究。
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这一时期类似于动物学的著作也不少。如《兽经》、《蠕范》、《虫荟》等等。王世懋的《兽经》记载收录各种兽类约50种。《蠕范》全书分为8卷，记载了“禽属”101种，“兽类”106种，“鳞类”（包括鱼、蛇、两栖类）105种、“介类”（包括两栖、节肢动物和软体动物）19种、“虫类”87种。总共记载动物400多种。《虫荟》记载虫类更达1000多种。这说明，人们对动物学的知识给予了更多的重视，并且有了相当的积累。虽然，这些著作类似于工具书，其学术价值也远不能和同一时期的《植物名实图考》等植物学著作相提并论。但应该看到此前很少有这类大量记述动物的专门作品出现，充分显示了这一时期动物学的进步。
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三、一般生物学著作
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明清期间解释经典中所及生物的著作也出现了一些有功力的作品，比较出色的是《毛诗名物图说》。此书充分利用了前人相关的研究资料，并加入一些自己对《诗》中动植物的见解。所附的图也有一定的学术价值。全书共记载动植物计255种，堪称是对前人对《诗》中动植物研究的一项有意义的总结。另外，由各种花卉专谱、专录发展而来的综合性作品也颇有值得称道的著作。其中作为观赏园林动植物的专门著作，《花镜》是出类拔萃的。
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《花镜》全书共六卷，分别为花历新裁、课花十八法、花木类考、藤蔓类考、附禽兽鳞鱼考。记述了观赏植物的花事月令、形态特征、生态环境等等。此外还涉及一些庭园设计、植物配置、插花技艺等方面的内容。书中记载了观赏植物352种、观赏动物40种。书中还有不少植物和动物的插图，这些插图艺术价值较高，有些也比较准确。顺便指出，中国被西方人称为“园林之母”，不是浪得虚名，确实是由于花卉种类繁多、栽培驯化品种丰富的缘故。
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作为地域性的一般生物学著作，《海错百一疏》也是一本很有特色的生物学著作。它的作者郭柏苍似乎是一个颇为留心福建生物资源的人，除本书外，他还写过《闽产录异》，其中记述了大量的各种福建产的生物。《海错百一疏》的全书5卷中，记载的主要是动物，其中包括福建水生动物200多种，以及不少水鸟，也记载了不少水生植物；尽管记载的水生动物不是很多，只有数十种，但仍是很值得注意的，因为这类动物在古代很少见于古人记述。
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除上述类型的生物学著作外，明代还出现类似博物学著作的《华夷草木鸟兽珍玩考》等等。
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《华夷花木鸟兽珍玩考》也是以前比较少见的博物学类型的著作，此种著作比较接近于资源调查性质。作者也大力表白这一点。但可以看出，其求实方面远无法与《救荒本草》、《植物名实图考》，抑或《闽中海错疏》等相提并论。更多的是靠撮集前人的资料拼凑成书，尽管如此，该书还是颇值得注意的，主要是其内容还是相当丰富的，全书12卷，近20万字，收有动植物记述1400多条。清代也有更为典型的生物学类书，如吴宝芝的《花木鸟兽集类》等等。
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上述生物学著作中除记述了大量的植物种类之外，还包含着大量其他生物学知识。如明代夏之臣的《亳州牡丹述》中提到，“牡丹其种类异者，其种子忽变者也”，注意到植物的突变。《朱砂鱼谱》，书中记述了金鱼的形态、品种、遗传变异和人工选择和生活习性等等。另外，《鸡谱》中也包含着丰富的生物遗传知识的实际应用。在遗传学史上有重大的意义。
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