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（4）奇经八脉：在《黄帝内经》将十二正经比作江河的基础上，《难经》复将此前文献中提到的其他一些“脉”比作自然界中蓄积江河之水的湖泊，谓之“奇经八脉”。但后世对其属性的描述有根本性的改变，无论是医家还是习练武术气功者，都对其中位于人体正中线的任、督二脉赋予了比十二正经更为重要的意义解释。
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（5）经筋、皮部：在《黄帝内经》中，将人体的筋、肉、关节等组织分别隶属于十二正经，谓之“十二经筋”；又将体表按十二正经的循行部位分为“十二皮部”。二者虽非经络，但却是十二正经气血结、聚、散、络之处。
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（6）腧穴：是气血出入、经脉交会之点。但也有与经络无关的“经外奇穴”，或以痛为腧（有痛感之处便是穴位）的“阿是穴”。这显然是源于针刺疗法与经脉学说的一体化。“腧”字或写作“俞”、“输”，义同。
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中医的经络学说，无疑是最具神秘色彩、最能体现自身特色，并受到当代科学家最多关注的古代医学知识。尽管目前尚无法弄清经络现象的本质是什么，但也并非完全不能对其有较为深刻的认识。
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首先，应该知道经络学说的体系化也是经历了一定的过程，在马王堆出土医书中，不仅经脉的数量只有11条，循行的路线也比较短；不仅没有形成首尾相连的循环圈，没有与脏腑发生直接的联系，而且没有明确的穴位记载。而在四川绵阳出土的木质人体模型上，所见被称为经脉的标线，又与马王堆出土医书的记述完全不同。自汉代以后所使用的经脉学说，主要是依据《灵枢·经脉篇》中对其循行路径、相互关联、脏腑配属的记载，以及《黄帝内经》中“经筋”、“皮部”等相关章节的论说归纳而成。到了宋代，因制作标有腧穴模型——“针灸铜人”而闻名的王惟一，才使得原本隐藏体内的气血通道，变成了明确的“体表腧穴连线”。
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其二，虽然一般认为只有中医讲经络，但实际情况却是在各种传统医学中，对于人体气血运行的“通道”，都有一定的描述。例如印度医学描述心脏像个大萝卜，与10条脉管相连；又有24条发源于“脐”的脉管。藏医称人体有黑白二脉，壮医谓治疗的关键是疏通“龙路”与“火路”等等。其共性在于，作为古代的人体知识，都既包含基于实际观察的内容，也必然有类比与想像的建构成分。
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其三，在近代西方医学传入以前，人们并不知道经脉与脉管系（包括动脉、经脉、淋巴管）以及神经系统的本质区别。所以在《黄帝内经》中将体表可见的小血管称为“孙络”；解释大的经脉之所以看不见，不过是因为其“伏行于体内深处”；刺络放血时，色青为寒（刺中小静脉）、色赤为热（刺中毛细血管或小动脉）；将淋巴结核等导致的破溃，称为“经脉败漏”等。不弄清这一点，便无法理解何以中医经典中对经络体系描述，既有明显是指血管，但又无法与其完全吻合的问题。
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其四，一定要知道经络学说是一个综合体，因而即便是有朝一日现代科学弄清了经络现象的实质，也绝不可能完全解释这个学说体系的全部。例如，《黄帝内经》时代的医家便认识到脊柱两侧的压痛点与水平位置的脏器疾患间存在着某种特定联系，并确定了自上而下的肺腧、心腧、肝腧、胆腧、肾腧等“背腧穴”，用于诊断与治疗相关脏器的疾患。但在经络学说体系中，这些特定腧穴全部属于沿脊柱两侧上行的足太阳膀胱经。不知道这一点，自然无法解释何以膀胱经与所有的内脏器官有关。又如中医坚持用经络学说解释耳朵何以会是“一个倒立的人体缩影”，便纯属牵强附会。因为“耳穴”及由此产生的“耳针疗法”并非古代中医的发现与发明，而是国外医生在20世纪中叶才发现的生命现象。而且这种“局部是全局缩影”的现象，并非仅仅表现在耳部。所以当经验形成新知识时，必须有新的理论才能解释。又如十二正经所构成之“气血循环圈”的起点并非在心脏，而是在“胃”，这是因为在当时的生理学水平上，只能考虑气血的产生及运行动力的来源都在于饮食被消化吸收。
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其五，经络学说与药物学知识体系间具有一个值得注意的明显不同：在药物学体系的发展脉络中可以看出知识不断积累与更新——品种不断增多，对每一种药物功能、主治的认识逐渐丰富，同时在各方面呈现出扬弃的过程。但经络学说在经历了相对较短的发展期后，一旦定型，便趋于稳定——近两千年来，历代名医并不乏人，但基本上不过都是使用与证实这一知识。或许有朝一日现代科学能够证实在神经、体液之外，人体上确实存在一些符合经络学说的“信息传导方式”，那么这个体系的知识来源就会变得更加费解。因为无论是医家的“主体感觉”还是患者的“客体陈述”，都仍无法说明动物体上的经络与穴位知识是如何获得的。
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4．病因学说
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中医的病因学说非常简单，可以概括为“三因说”：内因、外因、不内外因。所谓外因，即认为天地之间存在风、寒、暑、湿、燥、火“六气”，当某种“气”太过，或出现在不应出现之时，便是“淫”（不正之邪）。这些邪气侵犯人体，造成的即是“外感”之疾。如果在天气炎热之际，出现感冒恶寒等冬季感受“寒邪”才会有的症状；或冬季出现高烧等应该是感受“热邪”才会有的症状，则称为“伏邪”——冬季感寒、夏季受热，潜伏体内，过时而发。
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又如，自然规律是水湿之气在地下，所以认为“脚气”（维生素B1缺乏症，以两脚疲软为主要症状）是因脚受水湿之气所致，故称“脚气”；当维生素B1缺乏引起心肌炎时，则名之曰“脚气冲心”。由于病因是地下的水湿之气入侵人体，所以不应该吃生长在水中的稻米，而应改吃旱地生长的小麦，这便“暗合”了精制白米缺乏维生素B1，面食富含这种成分的近代自然科学知识。又由于古代根本无法区分究竟哪种脚软、行动障碍的疾患是由维生素B1缺乏所引起，所以关节疾患、小儿麻痹等等经常混同其中。其原因即在于从外表看，古代的许多病名带有“病因诊断”的味道，但实际上是“症状诊断”——根据症状推测原因、确定病名。加上病因认识原本就古今不同，所以要想界定古代的某种疾患相当于现代某个病名，与其说是十分困难，毋宁说是根本不可能。
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正是因为病因学上内外两大类型的区分，以及类似上述“脚气”的大量错误病因判断，所以“外感”疾患的范围自然很大。这便是代表外感之疾总称的“伤寒”，在历代医学分科中经常作为一个独立分科存在，在许多大型综合性医学著作中位居其首的内在原因。
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对于外感病的认识，在明末清初之际获得了一次突破性的进展。生长在太湖之滨的医家吴有性，认真观察瘟疫流行，总结出这样一条规律：外感之疾未必都是“六淫”之邪侵犯肌肤所致，天地间当别有一种“疠气”自口鼻而入；疠气之“质”必当有所不同，所以才会鸡病畜不病，人病鸡不病；如果能弄清各种“疠气”的本质，则必有一物能克之，不用君臣佐使、辨证施治之劳。如果吴有性能够活到近代，对于致病微生物有所认识，并能通过抗生素等进行针对性治疗，一定会说“中西医学并无本质区别”。然而问题并不在于叫“疠气”还是“致病微生物”，关键是吴有性的认识源于格物穷理式的逻辑思辨，而不是实证科学。其后，伴随着江南人口密度增大、传染病必然增多的自然趋势，在江苏一带出现了叶天士等一批有所建树的“温病学家”，以“卫、气、营、血”、“上、中、下三焦”取代“六经辨证”；用桑叶、菊花、银花、连翘等辛凉之药取代麻黄、桂枝等辛热之药。然而尽管温病学派在理论与治疗方面均突破了《伤寒论》的制约，但其本质上却是一脉相承，与享誉温病（瘟病）学派的先驱吴有性没有不同之处。这便是“传统”的力量。
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内因包括：七情六欲、饮食劳倦、房事不节等。在这方面有两点值得注意：一是中国传统医学在五行学说的统摄下，人的精神情感与五脏形成了密切的配属关系。这种精神与肉体一元化的观念，使得精神疾患亦被视为躯体疾患的一部分，或者说是躯体疾患的某种症状表现——例如心气有余则“笑不休”，心气不足则悲伤好哭；治疗方法自然同样是针灸与药物，甚至包括心理疗法。而在西方，直到18世纪末出现“解放精神病患者”的英勇行为之前，精神病患者一直被视为罪犯或“受魔鬼支配的人”，锁在笼子中并时时拿来展览；治疗方法是鞭笞驱魔、每天冷水沐浴三百次。二是中庸之道、阴阳平衡观念指导下的健康生活标准，中医强调运动与节欲有利健康长寿，但绝不提倡苦行与禁欲。鳏寡孤独，被认为是造成某些身心疾患的重要原因。
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将饮食劳倦提高到理论层面，予以特别重视的是金元四大家之一的李东垣。他曾写过《内外伤辨惑论》，专门讨论某些形似外感的疾患，实际上并非外感，而是内伤，需要通过调理脾胃加以治疗；又撰写《脾胃论》，申明胃气即是“元气”，创制了升阳益胃汤、补中益气汤等一系列至今仍被广泛应用的著名方剂。
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不内外因不是理论研究的重点对象，通常是指创伤、虫兽、中毒、遗传等因素造成的疾病。
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5．诊断学说
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中医的诊断方法谓之“四诊”，即通过望、闻、问、切四种方法收集疾病的信息，在此基础上作出疾病属性、部位的判断。《黄帝内经》等经典中讨论最多的是“望”与“切”两种技术含量高、且与理论密切相关的方法。