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其二，虽然一般认为只有中医讲经络，但实际情况却是在各种传统医学中，对于人体气血运行的“通道”，都有一定的描述。例如印度医学描述心脏像个大萝卜，与10条脉管相连；又有24条发源于“脐”的脉管。藏医称人体有黑白二脉，壮医谓治疗的关键是疏通“龙路”与“火路”等等。其共性在于，作为古代的人体知识，都既包含基于实际观察的内容，也必然有类比与想像的建构成分。
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其三，在近代西方医学传入以前，人们并不知道经脉与脉管系（包括动脉、经脉、淋巴管）以及神经系统的本质区别。所以在《黄帝内经》中将体表可见的小血管称为“孙络”；解释大的经脉之所以看不见，不过是因为其“伏行于体内深处”；刺络放血时，色青为寒（刺中小静脉）、色赤为热（刺中毛细血管或小动脉）；将淋巴结核等导致的破溃，称为“经脉败漏”等。不弄清这一点，便无法理解何以中医经典中对经络体系描述，既有明显是指血管，但又无法与其完全吻合的问题。
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其四，一定要知道经络学说是一个综合体，因而即便是有朝一日现代科学弄清了经络现象的实质，也绝不可能完全解释这个学说体系的全部。例如，《黄帝内经》时代的医家便认识到脊柱两侧的压痛点与水平位置的脏器疾患间存在着某种特定联系，并确定了自上而下的肺腧、心腧、肝腧、胆腧、肾腧等“背腧穴”，用于诊断与治疗相关脏器的疾患。但在经络学说体系中，这些特定腧穴全部属于沿脊柱两侧上行的足太阳膀胱经。不知道这一点，自然无法解释何以膀胱经与所有的内脏器官有关。又如中医坚持用经络学说解释耳朵何以会是“一个倒立的人体缩影”，便纯属牵强附会。因为“耳穴”及由此产生的“耳针疗法”并非古代中医的发现与发明，而是国外医生在20世纪中叶才发现的生命现象。而且这种“局部是全局缩影”的现象，并非仅仅表现在耳部。所以当经验形成新知识时，必须有新的理论才能解释。又如十二正经所构成之“气血循环圈”的起点并非在心脏，而是在“胃”，这是因为在当时的生理学水平上，只能考虑气血的产生及运行动力的来源都在于饮食被消化吸收。
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其五，经络学说与药物学知识体系间具有一个值得注意的明显不同：在药物学体系的发展脉络中可以看出知识不断积累与更新——品种不断增多，对每一种药物功能、主治的认识逐渐丰富，同时在各方面呈现出扬弃的过程。但经络学说在经历了相对较短的发展期后，一旦定型，便趋于稳定——近两千年来，历代名医并不乏人，但基本上不过都是使用与证实这一知识。或许有朝一日现代科学能够证实在神经、体液之外，人体上确实存在一些符合经络学说的“信息传导方式”，那么这个体系的知识来源就会变得更加费解。因为无论是医家的“主体感觉”还是患者的“客体陈述”，都仍无法说明动物体上的经络与穴位知识是如何获得的。
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4．病因学说
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中医的病因学说非常简单，可以概括为“三因说”：内因、外因、不内外因。所谓外因，即认为天地之间存在风、寒、暑、湿、燥、火“六气”，当某种“气”太过，或出现在不应出现之时，便是“淫”（不正之邪）。这些邪气侵犯人体，造成的即是“外感”之疾。如果在天气炎热之际，出现感冒恶寒等冬季感受“寒邪”才会有的症状；或冬季出现高烧等应该是感受“热邪”才会有的症状，则称为“伏邪”——冬季感寒、夏季受热，潜伏体内，过时而发。
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又如，自然规律是水湿之气在地下，所以认为“脚气”（维生素B1缺乏症，以两脚疲软为主要症状）是因脚受水湿之气所致，故称“脚气”；当维生素B1缺乏引起心肌炎时，则名之曰“脚气冲心”。由于病因是地下的水湿之气入侵人体，所以不应该吃生长在水中的稻米，而应改吃旱地生长的小麦，这便“暗合”了精制白米缺乏维生素B1，面食富含这种成分的近代自然科学知识。又由于古代根本无法区分究竟哪种脚软、行动障碍的疾患是由维生素B1缺乏所引起，所以关节疾患、小儿麻痹等等经常混同其中。其原因即在于从外表看，古代的许多病名带有“病因诊断”的味道，但实际上是“症状诊断”——根据症状推测原因、确定病名。加上病因认识原本就古今不同，所以要想界定古代的某种疾患相当于现代某个病名，与其说是十分困难，毋宁说是根本不可能。
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正是因为病因学上内外两大类型的区分，以及类似上述“脚气”的大量错误病因判断，所以“外感”疾患的范围自然很大。这便是代表外感之疾总称的“伤寒”，在历代医学分科中经常作为一个独立分科存在，在许多大型综合性医学著作中位居其首的内在原因。
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对于外感病的认识，在明末清初之际获得了一次突破性的进展。生长在太湖之滨的医家吴有性，认真观察瘟疫流行，总结出这样一条规律：外感之疾未必都是“六淫”之邪侵犯肌肤所致，天地间当别有一种“疠气”自口鼻而入；疠气之“质”必当有所不同，所以才会鸡病畜不病，人病鸡不病；如果能弄清各种“疠气”的本质，则必有一物能克之，不用君臣佐使、辨证施治之劳。如果吴有性能够活到近代，对于致病微生物有所认识，并能通过抗生素等进行针对性治疗，一定会说“中西医学并无本质区别”。然而问题并不在于叫“疠气”还是“致病微生物”，关键是吴有性的认识源于格物穷理式的逻辑思辨，而不是实证科学。其后，伴随着江南人口密度增大、传染病必然增多的自然趋势，在江苏一带出现了叶天士等一批有所建树的“温病学家”，以“卫、气、营、血”、“上、中、下三焦”取代“六经辨证”；用桑叶、菊花、银花、连翘等辛凉之药取代麻黄、桂枝等辛热之药。然而尽管温病学派在理论与治疗方面均突破了《伤寒论》的制约，但其本质上却是一脉相承，与享誉温病（瘟病）学派的先驱吴有性没有不同之处。这便是“传统”的力量。
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内因包括：七情六欲、饮食劳倦、房事不节等。在这方面有两点值得注意：一是中国传统医学在五行学说的统摄下，人的精神情感与五脏形成了密切的配属关系。这种精神与肉体一元化的观念，使得精神疾患亦被视为躯体疾患的一部分，或者说是躯体疾患的某种症状表现——例如心气有余则“笑不休”，心气不足则悲伤好哭；治疗方法自然同样是针灸与药物，甚至包括心理疗法。而在西方，直到18世纪末出现“解放精神病患者”的英勇行为之前，精神病患者一直被视为罪犯或“受魔鬼支配的人”，锁在笼子中并时时拿来展览；治疗方法是鞭笞驱魔、每天冷水沐浴三百次。二是中庸之道、阴阳平衡观念指导下的健康生活标准，中医强调运动与节欲有利健康长寿，但绝不提倡苦行与禁欲。鳏寡孤独，被认为是造成某些身心疾患的重要原因。
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将饮食劳倦提高到理论层面，予以特别重视的是金元四大家之一的李东垣。他曾写过《内外伤辨惑论》，专门讨论某些形似外感的疾患，实际上并非外感，而是内伤，需要通过调理脾胃加以治疗；又撰写《脾胃论》，申明胃气即是“元气”，创制了升阳益胃汤、补中益气汤等一系列至今仍被广泛应用的著名方剂。
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不内外因不是理论研究的重点对象，通常是指创伤、虫兽、中毒、遗传等因素造成的疾病。
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5．诊断学说
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中医的诊断方法谓之“四诊”，即通过望、闻、问、切四种方法收集疾病的信息，在此基础上作出疾病属性、部位的判断。《黄帝内经》等经典中讨论最多的是“望”与“切”两种技术含量高、且与理论密切相关的方法。
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望，主要是观察患者的形与色。而就察外以知内而言，“色”的观察临床意义显然要比形体胖瘦、运动状态等重要得多。望色之学，从总体上讲离不开五行配属。例如五行中的“火”与红色、“金”与白色相配，所以色赤为热、色白多寒；具体到脏腑，则黄与脾相系、黑与肾相关；涉及方位时，中央属“土”，左、东方属肝、木，右、西方属肺、金，所以“酒糟鼻”为脾湿胃热，左颧的色泽变化主肝，右颧的色泽变化主肺。另外在望色中还有一条重要原则，即“泽”比“色”重要——无论什么颜色，只要有光泽就好；没有光泽，多为病态。
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对于舌的观察，在中医诊法中逐渐发展成一个相对独立的专门。概括地讲，对于舌体的观察，主要目的是了解肌体气血盛衰，如色淡血虚，胖大气虚。对于舌苔的观察，主要是了解邪气的属性，如白苔为湿，黄苔为热；苔越厚重，邪气自然也就越重；越靠根部，邪气所居的部位也就越深等等。
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望诊的运用，又与经脉学说相关。例如位于人体前正中线的任脉穿过“人中”（鼻唇沟），所以人中无胡须或平坦无沟，皆为任脉经气不足，在生殖功能方面常常会有问题。又如百姓基于生活经验知道眉毛长、耳朵大的人多长寿，故有“眉寿”、“寿眉”之词，“两耳垂肩”之誉；而在医学知识体系中，以“眉为髓之花”、“耳为肾之窍”，据此观察骨髓是否饱满、先天之本（肾气）是否充实，同样与寿命判断有关。如此，医学的诊断知识又与“相面之学”发生了相互交融的关系。在此不必讨论“相学”的是非，也无法判断孰先孰后的关系，只需知道古代的知识往往是没有明确领域边界的就够了。
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切，即触诊，以手检查关节运动、骨折错位、腹内癓瘕积聚、皮肤干湿等，都是切诊的内容，但最为常用与重要的是诊察患者的脉象。诊脉之法源于医家了解到人体上存在着跳动的“脉”。所以在经典产生的时代，已经是指一条长长的“经脉”——“手太阴之脉”、“足阳明之脉”等；而在早期往往是指某一处跳动的脉搏，是诊脉的具体部位。因此最原始的诊脉方法是多处诊脉，当经络的概念形成后则表现为“分经候脉”。为将脉搏跳动的状态与人体健康、疾病的诊断结合起来，医家构建了种种具体的理论——如从轻到重分为若干层次，以诊各脏之疾，谓之“轻重脉法”；以浮脉为春天（肝、木）之象，洪脉为夏天（心、火）之象，名为“四时脉法”；在头、足、手（天、地、人）三处，各取三处动脉，以诊察上、中、下的气血，叫做“三部九候”之法。但与现今所见诊脉方法最为密切的是取人迎（颈动脉）以候“阳”，寸口（腕部桡动脉）以候“阴”，比较两处脉搏大小变化诊察阴阳是否均衡的所谓“人迎一寸口”脉法。后来，这种方法简化为以寸口一处分为阴、阳两部分，即以中指作分界（所以称为“关”），前至腕横纹一寸（所以称为“寸”）候阳，后至肘一尺（所以称为“尺”）察阴。由于《难经》开篇的第一个问题（“一难”）便是：十二条经脉经中都有动脉，为何只在手腕部位隶属手太阴脉的“寸口”处诊视？所以根据现存的资料，诊脉方法的这一重要变化，只能追溯到《难经》成书的时代。而在《黄帝内经》中，虽然也有“诊尺”之说，但其含义却是“诊察前臂的肌肤状况”。从“人迎—寸口”到“独取寸口”，诊脉方法虽有变化，但所依据的理论都是阴阳学说；而阴阳学说在医学中的运用，也正是伴随着这些变化，逐渐淡化了其“循环说”的本质、突显出“对立”的特征。
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其后，在西晋太医令王叔和编撰的《脉经》中，可以见到脉诊方法又发生了一次重要的变化，即作为分界的中指之“关”也成为诊脉的部位——“寸口”脉分为寸、关、尺三部，并与五脏六腑相对应。这时，尺、寸之分不再与阴、阳相配，而是对应于人体的上、下。而从“左手寸、关、尺分属心、肝、肾，右手分属肺、脾、命门”的对应关系中可以看出，阴阳的配属转由左（阴、血）和右（阳、气）来承担。同时“脉象”也增加到24种之多，而在《黄帝内经》中，“脉象”尚不足10种。这种诊脉之法，一直沿用至今。
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由于两者均能达到“病家不必开口，便知病源何在”的效果，所以既是医家博取患者信任的重要手段，也是患者判断医生水平高低的重要标准。然而务实求是的医生，还是应该全面运用四诊之法，尽可能多地全面收集信息，力求作出准确的诊断，没有必要贾人居奇卖弄手段。从另一方面讲，现代医学所有先进诊断技术与手段，无不可以视为感官功能的延伸，古今中外在诊断方法上可以说并无本质的区别。作为当代的中医，不仅需要了解现代诊断方法、所获信息的意义，还应做到能将这些感官功能延伸所得信息与中医理论、治疗方法有机结合，才可谓是真正的中医。例如在儿科肾病病房中住院的，大多不外“肾炎”与“肾病综合症”两类小患者，前者的尿检报告中主要是红、白血球；后者主要是有一定量的蛋白。前者多属咽喉部链球菌感染造成的过敏反应，属于中医所言“湿热”病，当用清热利湿的药物治疗；后者多属先天不足，所以本该留在体内的精华之物——蛋白才会“漏”出，当用“补虚”之法治疗。实际上，根据尿检结果做出的这种判断，与通过传统的四诊之法做出的判断基本上是一致的。更有意思的是，我曾做过一个简单的实证检验：根据中医“肾开窍于耳”的理论，摸摸这些患儿的耳朵，特别软的，病历中的诊断基本上都是“肾病综合症”；相对较硬的，病历中的诊断基本都是“肾炎”。说明中西医学间并无不可逾越的鸿沟。
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此外将四诊所获种种信息加以综合判断，才可称为“诊断”。这也就是“辨证施治”法则中的“辨证”过程。其要点是辨别疾病的阴、阳、表、里、寒、热、虚、实，谓之“八纲”，而八纲之“纲”，不过是阴阳二字。只要疾病的这一基本属性判断正确，据此施治，便不会有大错。然而面对错综复杂的疾病表现，要想真正做到这一点，绝非易事。例如面对一位右心衰竭造成肺循环障碍，导致液体渗出、继发肺部炎症，而发热的患者，用治疗感冒、肺炎的清热解毒之法是断然无效的，只有在认识到“真寒假热”的本质后，大胆使用强心药，才能看到循环改善、渗出吸收、炎消烧退的结果。实际上西医在处理这样的病人时，除用抗菌素外，也会配合强心、利尿、补钾的药物。中西两道殊途同归，还是没有不可逾越的鸿沟。