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5．金元四大家
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《四库全书总目提要》有“儒之门户分于宋，医之门户分于金元”之说，盖因此期医林中涌现出以刘完素、张从正、李杲、朱震亨为代表的四大流派。四人皆秉承《黄帝内经》旨意，但理解与运用却各有不同，因而形成源同而流异的不同的学术主张。他们以各自的学术思想、医疗活动、理论著作影响后学之辈，成为中国医学史上颇为人知的风云人物。
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刘完素生活于12世纪，自20多岁开始研究《黄帝内经》，一心参悟其中的“玄机”、思考疾病现象的本质，历经四十余载后著成《素问玄机原病式》。其最主要的观点是认为所有疾病的本质皆可归之于“火热”，治疗用药偏于寒凉，故后人称其为“火热论”或“寒凉派”。在外感病的治疗中，突破《伤寒论》以来“先解表寒，后清里热”的原则，主张从一开始就可以“表里兼治”、“内外双解”。至今仍在销售的“防风通圣散（丸）”，便是他所创立的这种疗法的代表方剂。
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幼承庭训的张从正，同样是因为深究医学经典而大有所得。他认为疾病既然不是人身固有之物，治疗便无非是将其逐出体外；既然是外来邪气，则只能用汗、吐、下三法，而温补之法无异于关门留寇，因而后人称其为“邪气论”或“攻邪派”。其代表作为经弟子加工整理的《儒门事亲》15卷，从中可以看出张从正在实际治疗中非常灵活，如对精神疾患广泛采用心理疗法，以秤钩取死胎等等。并因此而与众医格格不入，只能自叹“高技常孤”。
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出身豪门，通《春秋》、《书》、《易》的李杲，因母病不治而学医。他与刘、张二人虽同为金代名医，均取法于《黄帝内经》，但在医学理论上却各执一端相去甚远，这与各人所处的特定历史环境极有关系。刘完素年龄最长，虽称生于乱世，但究为金世宗当政的兴盛之时，所行政令存抚为先，遇灾免赋；金银坑冶，任民开采；流民老病，官与养济。张从正稍晚，居身中州，金元战线远在西北；南与宋修好为主，故他才能四处游逛，并无兵燹之苦。李杲则不然，逢哀宗渐落之世，值金朝将灭之期，烽烟四起。故其论疾病为“内伤脾胃”而非“外感”时，每每言及城池被困、粮尽食人的背景。在后人看来，李杲强调“扶助脾胃之气”在理论上属于对“后天之本”的格外重视，故称其为“补土派”，但毋宁说是“就一时之变而论”更为准确。
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生于元代的朱震亨，先从朱熹四传弟子许谦习儒于东阳八华山中，只因算命先生谓其仕途不利，便从此弃儒学医。他渡浙江，走吴中，出宛陵，抵南徐，达建业，却没有找到理想的老师；后又到北方，始得见刘完素和李杲之著作；最终在杭州，立于名医罗知悌门外三月，才被接纳。一年之后学成归里，从此名声大振。朱震亨医学思想的核心是“阳常有余，阴恒不足”，因此治疗必须以“补养阴血”为主，后人以此称其为“滋阴派”。其代表作《局方发挥》对宋代以来流行的《和剂局方》好用香燥之药的特点大加批判，因而《四库全书总目提要》评价说：“《局方发挥》出，医学始一变。”
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纵观四大家之论，刘、张二人的“火热”、“攻邪”说，是医疗方法中的“霸道”；李、朱二人的“补土”、“滋阴”说，有“王道”风范。如果将人体喻为一个包含阴阳两仪的“太极”，将疾病视为阴阳失衡的话，所谓“霸道”要做的是去掉多余的部分；“王道”所想的是增大不足的部分，但最终目的都是追求阴阳的平衡。
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6．张景岳与李时珍
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承金元时期门户分立、新说续出之风，医学理论的研究在明代达到了一个新的高峰。较之于金元四大家分别将疾病归结为一个终极之因，明代医家张景岳（1563～1640年）以《易》统释医学，则更显示出“太极—阴阳”为宇宙生成、发展之根本道理的味道。
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早于张景岳的明代医家薛己（1487～1559年），在继承李杲脾胃论的基础上，更重视脾肾双补，六味地黄丸、八味地黄丸皆为常用之品，尤其是“补中益气”与“地黄丸”合用，更充分体现了对于先、后天的同等重视。而究心于《易》、对命门格外重视的赵献可，则常以六味、八味地黄丸通治各病，在其所著《医贯·水火论》中谈到：“医家不能领悟先天太极之真体，不穷通无形水火之妙用，而不会使用六味、八味之神方者，在理论方面，尚欠大半。”他虽然推重薛己，但在医理上已发展到只谈先天之本“肾”，而不谈后天之本“脾胃”了。张景岳在理论上主张“医易同源”，珍视元阴、元阳，据此创制“左归丸”（补左肾之真阴）、“右归丸”（补右肾之元阳）。从这些医家所言理论学说的共性，即可略知以探讨“道体”为核心的宋明理学对明代医学具有如何重要的影响了。
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在本草学方面，明代出现了最后一部沿袭博采众书之路、追求完备的著作《本草纲目》。与此前的本草著作相较，《本草纲目》的作者李时珍更加注重走出书斋，遍访有实践经验者。此后，药物学的研究走上注重理论研究之路，体现了由博返约的时代共性。
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7．叶天士
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随着江南地区人口密度不断增加，交通日渐发达等因素的影响，传染病的流行也自然呈现上升趋势。继明末清初居住太湖之滨的吴有性著《瘟疫论》阐发疫病流行之特点、治疗之法当与《伤寒论》有所不同后，江浙地区又相继出现了一些相关的新理论与治疗方法。其共同特点是认为“温热病及瘟疫非伤寒”，故后人称其为“温病学派”，叶天士（1667～1746年）乃其中的代表人物之一。对于以发热为主要临床表现的流行病，叶天士将其进程分为“卫、气、营、血”四个阶段，不再沿袭《伤寒论》六经辨证的体系。对于没有中医临床经验者来说，要想弄清这个被后人称为“卫气营血辨证”的体系与《伤寒论》的“六经辨证”有何不同，的确十分困难，也没有必要。概言之，其特点在于用药偏于寒凉；针对高热惊厥等临床实际，采用了犀角、羚羊角等一些《伤寒论》治疗体系中未曾使用过的新药。正如叶天士所言：“辨卫气营血，虽与伤寒同，若论治法，则于伤寒大异。”
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明清笔记小说对叶天士的学医经历、不拘一格的用药特点等，多有描述。其代表作《温证论治》，乃叶天士“游于洞庭山，门人顾景随之舟中，以当时所语，信笔记录”而成。由此亦可略窥叶天士的潇洒性格。
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其后又有在学术上毫无门派之见的吴鞠通（1758～1836年），在全面研究上迄《素问》、张仲景，下至吴有性、叶天士的相关学说后，提出将温病分为上、中、下三个阶段，即所谓“三焦辨证”的理论体系。
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叶天士的“卫气营血辨证”与吴鞠通的“三焦辨证”，既是温病学派的学术主旨，也是中国传统医学理论体系发展长河的最后一站。
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8．王清任
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卒于鸦片战争前夕的王清任（1768～1831年），因见古人对脏器的描述多有不实之处，遂萌改正之心；又思古人所以不实，必因未曾亲见，于是多次亲赴刑场义冢，观察尸体内脏实情。因此，他在注重科学实证的当代中国受到极高的评价，并被视为传统医学在封建社会末期出现的最后一道风景线。
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然王清任在亲见之前，何以能知古人描述有错？因而对其研究动机，又有分析说：由于当时已能见到西方传入的解剖学著作，故其观察的动机当是为了汇通中西医学。但细读其所著《医林改错》，又丝毫看不到西方医学的影响，所以又有分析认为：毋宁看作是“格物穷理”在医学领域中的表现——自发型的革新家。时过境迁，王清任每日清晨赶赴义冢，不避臭秽，观察野犬食余的弃儿之尸；几度观看“剐刑”以进一步弄清大人、小儿的心肝脾肺是否相同，“访验四十二年，方得的确，绘成全图”的最初动机究竟为何，已经无法详知，而且完全有理由认为是多种因素综合作用的结果。王清任之所以能够在未曾“亲见”的时候便知道古人对脏腑的描述有误，亦极有可能是在西方解剖知识已经传入的时代，“听说”中国传统医学在这方面存在着与事实不符的问题，由此开始走上实证观察之路的。
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王清任的实证研究，还体现在他为了验证水液代谢的途径，设计了一个动物实验：他将两只家畜作为实验动物，一只正常喂养，一只不给饮食，数日后剖腹比较。因见不给饮食者大网膜干皱，即认为这是“出水道。出水无疑”。由于只有了解中医基础理论和现代生理学，才能理解这个动物实验的意思，所以需要作些解释：在对肾循环、尿生成生理没有正确认识的时代，人们一直以为尿是从胃肠道通过“三焦”（水道，即腹腔内的“不实之肉”）渗入膀胱的。所以王清任的实验，不过是“印证”了《黄帝内经》奠定的这一错误的生理解释。又如，他虽然相当仔细地观察到了胆总管在十二指肠开口处的括约肌：“胃内津门之左有疙瘩如枣名遮食”，但却如同《黄帝内经》时代一样将胆总管视为“胃出精汁水液之道路”。因而从某种意义上讲，王清任的解剖性实证观察，不过是重演了《黄帝内经》时代医家建立这些生理学解释的过程，从知识层面上讲并无创新与“改错”之实。
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