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2．近世医学流派与中医的关系
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因地理之便，日本首先是通过朝鲜半岛获得源自大陆的医药知识，即日本医学史著作所谓的“韩医方”。5世纪前后，日本皇室有病，多是向当时朝鲜半岛的新罗、百济等国求医，如414年，新罗的金波镇汉纪武被请到日本为允恭天皇治病；此后又有百济的德来、王有棱陀、潘量丰、丁有陀等人先后到日本行医〔51〕。“韩医方”的传入，使日本列岛的居民得以用一种全新的眼光看待疾病与治疗行为——认识到疾病可由住居饮食、喜怒哀乐等内因和基于四气变化的外因引起；其疗法亦变为食饵、药物等，迈出了从巫术走向科学之医的第一步。
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中国医学直接传到日本，一般认为始于吴人知聪于562年携中国古代医方、本草和针灸书160卷赴日。日本医学史著作多以此作为外国医书、特别是针灸典籍传入日本之嚆矢。实际上，此前梁文帝曾于552年赠给日本天皇《针经》一套。此书后赐予纪河边多兔麿，并派遣他到新罗专门学习针术，于皇极天皇元年（642年）学成归国，成为日本最早的“针博士”〔52〕。隋唐时期，日本官人、僧侣不避辛苦，冒生命之险渡海来学习先进的政治国策与科技文化。608年，日人小野妹子使隋，随行有药师惠日和倭汉直福因。惠日在中国学医15年，始返回日本；倭汉直福因滞留中国学医的时间更是长达31年〔53〕。此后，惠日于630年和654年又曾两次来华。同时，也有以鉴真为代表的中国赴日僧侣兼传医药知识。宇多天皇天平年间，藤原佐世奉勅编撰的《日本国见在书目录》中，著录当时宫廷所存中国医书达1309卷〔54〕。医学博士丹波康赖，正是根据这些医书于984年编辑成当时最重要的医学著作《医心方》30卷〔55〕。
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此外，医事制度的建立也是效法中国。701年颁行的《大宝令》，是日本仿照中国制定的第一部律令制度；元正天皇养老二年（718年）在此基础上予以修订，谓之《养老令》。其中的“医疾令”一篇，计27条，对于医师选用，特别是医学教育与考试等都有明确的规定；所习教材皆系中国医书。
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到了日本历史分期的所谓“近世”，日本医学逐渐走上本土化的阶段，也是汉方医学最为辉煌的历史阶段——伴随知识的庶民化，在选择性吸收中国医学的基础上出现了三个著名的医学流派。
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1）后世派
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这一医学流派派的产生，最能体现日本文化“后进性”特点。即某一事情、制度，或某种思想、学说，往往会晚于其原发生地一段时间在日本出现；但却不需要经历自身积累、孕育成长的过程。以田代三喜于长享元年（1487年）入明留学，十二年后携种种明代医学著作归国为嚆矢，代表着当时中国医学最新水准的“宋明医学”思想与治疗技术首先为日本医界普遍接受；经三喜弟子曲直濑道三的推广而蔚然成风。同时，以道三为首的脱离僧籍的医家也逐渐增多，从而在社会中形成了谓之“儒医”的新的医家群体。但日本学术界对后世派的评价并不高，认为是“沿袭中国医学的产物”。
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2）古方派
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“古方派”，是指一些彻底否定阴阳五行、脏腑经脉等所有中医基础理论，反对宋明医学，独尊汉代张仲景《伤寒杂病论》为特征的医家。这一流派的兴起，固然与儒学复古思潮具有密切关系，但自古以来，许多革新运动都是以复古为名进行的——日本的古方派也是以回归实证性的张仲景医学精神为名，然而实际上却是以建立未必拘泥于张仲景的新医学为目标〔56〕。由于古方派具备的两个最基本特点：所谓注重实证经验的“科学性”和日本医学的“独创性”，所以备受日本史家的赞誉。
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其创始人后藤艮山所创“一气留滞”说，与《吕氏春秋》中的有关论说具有直接关系；而头号代表人物吉益东洞的“万病一毒”说，也与中国金元四大家中张从正的“攻邪论”如出一辙。
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3）折中派
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生活于江户时代后期的中川修亭（1771～1850年），在其著作中记述了当时之人对于“古方”、“后世”两家的评说：
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夫人之有疾，如宅中有盗贼。古医方唯谋驱贼，而敢于不顾家之存亡；新医方唯主保守其家，不敢问贼之去否。〔57〕