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本书的内容是论述修习大乘止观的理论与方法。“止”就是“定”、“禅定”；“观”也称为“慧”，实际是观想，指在禅定中观悟佛教义理。然而不同的人对此有不同的见解。
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慧思提出，修习大乘止观应“依止心”。“依止”意为依据，这里所指是观想的中心内容。此书卷称：
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此心即是自性清净心，又名真如，亦名佛性，复名法身，又称如来藏，亦号法界，复名法性。[33]
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此一心既是世界万有的本体，也是众生觉悟解脱的内在依据。慧思在对心性的论证中受《大乘起信论》思想的影响最大，也多次引用，但也有新的发挥。这主要表现在他提出的心具染、净二性的论述中。
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为什么“心性是一”，而“能生种种果报”？慧思的解释是：心体“并具染净二性”。《大乘止观法门》说：
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心体若唯具染性者，不可得转凡成圣，既并具染净二性，何为不得转凡成圣耶！……一一众生心体，一一诸佛心体，本具二性而无差别之相，一味平等，古今不坏，但以染业熏染性故，即生死之相显矣。净业熏净性故，即涅槃之用现矣。然此一一众生心体依熏作生死时，而不妨体有净性之能；一一诸佛心体依熏作涅槃时，而不妨体有染性之用。以是义故，一一众生，一一诸佛，悉具染净二性。（卷一）
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如来之藏，从本以来俱时具有染净二性。以具染性故，能现一切众生等染事，故以此藏为在障本性法身，亦名佛性。复具净性故，能现一切诸佛等净德，故以此藏为出障法身，亦名性净法身，亦名性净涅槃也。（卷二）[34]
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书中类似论述还有一些。
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按照《胜鬘经》和《大涅槃经》等大乘经典，“如来藏”是在烦恼隐覆中的法身、佛性。慧思将它作为众生的心性，即先天内在所具有的本性。慧思的话不外是说，众生之所以或轮回生死，或觉悟成佛，是在不同条件下由自心所具有的染（恶）、“净”（善）两种不同的本性显现的结果。从事读经、坐禅修行等净善之业，可促使心体具有的净善之性显现，即可转凡成佛；如果从事违背佛教的一切染恶之业，就会促使心体本有的染恶之性显现，那就要轮回生死，不得超脱。然而在任何场合，无论是众生还是佛，所具有的染净二性是不可改变的。
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慧思受《大乘起信论》中的“一心二门”思想的影响，称“真如平等心”为“体”（《起信论》的“心真如门”），称“阿梨耶识”（“心生灭门”）为“相”，但又用唯识学说的“三性”（分别性、依他性、真实性）的说法，对所谓第八识的阿梨耶识（心的另一种说法）所具有的染净二性进行独特的分析，说阿梨耶识中有“清净分依他性”（相当于“清净种子”），此为“圣人体”，还有“染浊分依他性”（“染污种子”），此为“众生体”。（卷二）在论述中运用的唯识种子说和“三性”、“三无性”（无相性、无生性、无性性）的理论，显然是受《摄大乘论》等经典的影响。
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慧思论述心性染净的目的，是教人用这种观点指导坐禅，在禅观过程中净化心体，做到去染显净，达到觉悟。此书还用很大篇幅对止观境界、止观程序、止观效果和作用进行详细说明。
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慧思的性具染净的心性理论，无论是在中国佛教史上还是在中国哲学史上都有重大意义。智后来提出的“性具善恶”的心性论，应当说是在继承慧思的思想基础上发展起来的。当然，智接受这种观点未必是在看到《大乘止观法门》之后，当是他在正式成书之前直接听慧思讲授的。
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（3）“定慧双开”
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从慧思的著作来看，他是以注重禅法著称的。他在继承汉译佛经所介绍的大小乘禅法的基础上，特别依据大乘经典《般若经》、《法华经》及宣传如来藏、佛性理论的《胜鬘经》、《楞伽经》、《大涅槃经》和《大乘起信论》等，提出了自己的禅法理论。
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慧思的禅法理论对天台宗正式创立者智有直接的影响，如《摩诃止观》卷一所说：
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天台（按：智）传南岳（按：慧思）三种止观：一、渐次；二、不定；三、圆顿，皆是大乘。[35]
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所说三种禅法是：渐次止观是按照前后次第，从浅入深，从易到难，然后观想中道实相；不定止观是前后次第不定，浅深、难易、顿渐互相交错；圆顿止观是依据不二法门直接观悟中道实相，所观一切无非实相，“一色一香，无非中道”。当然，智对于三种止观的理论有很大发展。
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慧思提倡坐禅观想，继承自东晋以来北方重视宗教修习实践的做法。他到南方以后，对长期以来特别注重理论，比较轻视坐禅修行的南朝佛教界有很大影响。唐朝道宣曾评论说：
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自江东佛法弘重义门，至于禅法，盖蔑如也。而思慨斯南服，定慧双开，尽谈理义，夜则思择（按：坐禅）。故所发言，无非致远，便验因定发慧，此旨不虚。南北禅宗，罕不承绪。[36]
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其中的“定慧双开”，即传法既重禅定，又重所观之智慧（实指佛教义理，是观想的内容）。是说慧思到达南方之后，有慨于南方重义理，轻坐禅的风气，有意提倡定慧双修，白天向弟子讲说佛法理论，夜晚引导弟子一起坐禅观想，因而说法含义深远，证明“因定发慧”的道理是正确的。道宣生活在唐初，认为直到唐初南北很多修习禅法者都受到慧思的影响。从时代来看，所谓“南北禅宗”不是弘忍（602—675）死后的禅宗南北宗，而是南北方禅法宗旨的意思。
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综上所述，慧文、慧思作为天台宗的史前期的代表人物对后来智正式成立天台宗是有直接影响的，慧文的空、假、中三谛和“一心三智”思想，慧思提倡的观心、法华安乐行和“性具善恶”的心性论，都为智直接继承，经过他的发展成为天台宗庞大教理体系的重要组成部分。慧文和慧思被天台宗尊为教祖是有道理的。
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