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《观心论》一卷。
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《四念处》一卷。
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《释禅波罗蜜次第法门》三十卷。
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智把禅法分为“渐次止观”、“不定止观”和“圆顿止观”。此为讲述“渐次止观”的，对佛教大小乘禅法按照浅深次序作了系统介绍。是智在南陈建康瓦官寺说，弟子法慎记，后由灌顶略为十卷。现存本将卷一、卷三各分为上下，共有十二卷。
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《六妙门》一卷。
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此是讲“不定止观”的。智在南陈应尚书令毛喜之请讲说。“六妙门”原为小乘五门禅之一的“数息观”，包括“数、随、止、观、还、净”六个禅定阶段，然而智作了新的发展，提出“但观心源，具足六妙门”，强调观心在达到解脱中的意义。
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《童蒙止观》，也称《小止观》、《修习止观坐禅法要》一卷。
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智为俗兄陈针而作，讲述如何坐禅，重点讲“三止”（体真止、方便随缘止、息二边分别止）及“三观”（空观、假观、中观），与《摩诃止观》的思想一致。宋代元照在序言中认为此书所述实是《摩诃止观》的“梗概”。
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《法华三昧忏仪》一卷。
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《方等三昧行法》一卷。灌顶记。
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《法界次第初门》三卷（分为六卷）。
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《释摩诃般若波罗蜜经觉意三昧》，简称《觉意三昧》，一卷。灌顶记。
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《金光明经玄义》一卷（分上下卷）。灌顶记。
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用释名、辨体、明宗、论用、教相五章论释南陈真谛所译《金光明经》，就经题作种种发挥，如以“金、光、明”三字与天台宗教理中的法身、般若、解脱“三德”；正因佛性、了因佛性、缘因佛性“三佛性”等等相比附，进行论证等。
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《金光明经文句》三卷（分为六卷）。灌顶记。
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对真谛译《金光明经》文句作解释。
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《观音玄义》二卷。灌顶记。
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论释《法华经·观世音菩萨普门品》。其中论“性具善恶”的心性论部分最具特色。
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《观音义疏》二卷。灌顶记。
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对《法华经·观世音菩萨普门品》字句所作的解释。
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《请观世音经疏》一卷。灌顶记。
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《金刚经疏》一卷。
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