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卷首注释后秦僧肇《百论序》，提到鸠摩罗什在弘始四年（402）、六年（404）两次翻译此论，初译本之序是僧睿著，现注疏的是僧肇为重译本写的序。称《百论》“无邪不摧，无正不显”，梵本原有百偈，注释者为婆薮开士（无著菩萨），因鸠摩罗什认为后五十偈“于此土无益”故缺而未译，只译出前五十偈十品：一舍罪福、二破神、三破一、四破异、五破情、六破尘、七破因中有果、八破因中无果、九破常、十破空。
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全论着重破斥外道，同时“兼除小（按：小乘人）迷及大乘有所得见”。外道指印度九十六种外道，主要指僧佉（数论）、卫世师（胜论）、勒沙婆（苦行仙，耆那教开祖）、若提子（离系外道）；小乘人包括说一切有部的毗昙、《成实论》及其他部派（泛称五百部）。然而吉藏注疏内容已超出印度的范围，所破斥的大乘人，既有江南的涅槃、成实学者庄严（僧旻）、开善（智藏）等人，也有北方的唯识学者，特别第十“破空品”注疏中对长安盛行的摄论、地论、地持[140]学者所持的二无我、三无性思想也加以批评。全书以“初舍罪福”、“二破神”、“十破空”三品的注疏最有特色。吉藏谓此论以“破邪显正为其大宗”，破邪与显正相互为用，“正显则邪破”，“邪破便正显”，意为通过破斥外道及大小乘中的迷执神我、断常诸种见解来显扬中道实相的“正观”。
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（五）《二谛义》，三卷
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是吉藏集中阐释二谛的著作，认为在佛典中“四论”（《中论》、《十二门论》、《百论》和《大智度论》）最重要，谓“若通此四论，则佛法可明”，而“四论”皆借辨析二谛来显扬“不二之道”，如果通晓二谛便可读懂“四论”乃至众经。他依据《中论》所说“诸佛依二谛，为众生说法，一以世俗谛，二第一义谛”，并据自己认定的《中论》“以二谛为宗”的见解，便以“二谛”为题作集中论释。吉藏说，其师兴皇法朗临去世之际曾郑重嘱咐弟子“我出山以来，以二谛为正道，说二谛凡二十余种势（按：说法、方式）”，针对开善（智藏）法师曾从十重（十个层次）诠释二谛，他也从十重阐释二谛。
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对这十重二谛，吉藏在《大乘玄论》卷一有说明，即：第一标大意、第二释名、第三立名、第四有无、第五二谛体、第六中道、第七相即、第八摄法、第九辨教、第十同异。《二谛义》在中国久佚，现存通用本是源自日本江户时期宝永七年（1710）据两种古本的编校本。此本前面虽也申明“十重者，初则二谛大意，最后二谛同异”。然而实际只有七重：第一明二谛大意（上卷）；释二谛名者（中卷）；二谛相即义第三、二谛体第四、二谛绝名第五、二谛摄法义第六、二谛同异义第七（下卷）。何以如此，无从辨明。从文字看，尽管《大乘玄论》卷一所载“二谛义（十重）”与此书内容有相同处，然而篇幅较短。本书是吉藏在继承摄山僧朗（山中法师之师）、兴皇法朗（山中法师）二谛学说（书里提到“山中师手本《二谛疏》”）的基础上，并总结自己对“四论”中二谛的见解撰写的。
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（六）《大乘玄论》，五卷
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这是吉藏通过对二谛、八不、佛性、涅槃、二智（方便与般若或权智与实智）、教迹（大小乘教派）、论迹（四论名目与缘起、主旨、龙树略传）等名目的详细论释，表述他对以“三论”为代表著作的大乘中观理论的系统见解。其中特别对二谛、八不、二智、论迹的诠释，可以补充他在“三论”注疏和其他著述中相关论述。在关于“佛性义”的解释中，比较详细地介绍了东晋南朝十一家对“正因佛性”的解释，然后认为按照中道不二的观点，应以“非真非俗中道为正因佛性”。从此书可以了解三论宗基于中观理论对佛教、经论和诸种学说的总体见解。
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四 以弘扬中道不二思想为主旨的三论宗教义体系
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吉藏在所著《三论玄义》、《中观论疏》、《十二门论疏》、《百论疏》、《二谛义》、《大乘玄论》等著作中所阐释的判教学说、般若空义与中道实相论、二谛与“四重二谛”论、八不中道论、二智与“无所得”境界，构成了三论宗的理论体系。
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（一）三论宗的判教学说
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在隋代形成的佛教宗派天台宗、三论宗皆有自己的判教理论。三论宗的判教理论可用“二藏（或二教）三法轮”概括，内容虽然比较简单，然而也别具特色。
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吉藏在《三论玄义》中对南朝宋道场寺沙门慧观所提出的将全部佛法分为顿、渐二教，渐教又分五时的判教学说[141]表示不同意，认为佛教“但应立大小二教，不应制于五时”，“以经论验之，唯有二藏无五时”。所谓“大小二教”就是指大乘教与小乘教。“二藏”是声闻藏与菩萨藏，也指大小乘二教。吉藏在《法华游意》中对大小二乘与二藏的关系解释说：“佛灭度后，集法藏人摄佛一切时说小教名声闻藏，一切时说大乘者名菩萨藏，则大小义分，浅深教别也。”
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然后他又进一步解释说，佛根据众生的根机宣说过三种法，称之为三种法轮：
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一者根本法轮、二者枝末之教、三者摄末归本。根本法轮者，谓佛初成道花严（按：即“华严”）之会，纯为菩萨开一因一果法门，谓根本之教也。但薄福钝根之流，不堪于闻一因一果，故于一佛乘分别说三，谓枝末之教也。四十余年说三乘之教，陶练其心。至今法花（按：即“法华”），始得会彼三乘归于一道，即摄末归本教也。[142]
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此外，在《中观论疏》卷一，吉藏在论“摄小归大，故重明大”（摄小乘归大乘，重阐明大乘）时说：
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如法华经总序，十方诸佛及释迦一化，凡有三轮：一、根本法轮，谓一乘教也。二、枝末法轮之教，众生不堪闻一故，于一佛乘分别说三，三从一起，故称枝末也。三、摄末归本，会彼三乘同归一极。此之三门无教不收，无理不摄，如空之含万像，若海之纳百川。[143]
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这里所说的三种法轮，说的也是大小乘。第一法轮是大乘经《华严经》，谓是佛在成道后首先为根机高的菩萨说的经，宣述一因一果（佛性为因，成佛或涅槃为果），称此为根本法轮。因为当时“薄福钝根”的众生对此经不理解，佛便适应不同素质的众生，将成佛之道分为由浅至深的“三乘”（声闻、缘觉、菩萨）教法来说，逐渐陶冶净化他们的心。在这个阶段讲的便是三乘之教，称之为枝末之教或枝末法轮。最后，佛将三乘教法加以汇总和会通，宣说一切众生皆可成佛的《法华经》。这又回归到一乘——一因一果的“佛乘”，故称之为摄末归本教或摄末归本法轮。
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吉藏将这一判教理论直接用到“三论”中最重要的《中论》的注疏中。他说，在《中论》二十七品中，前初二十五品的内容就是阐明一乘根本之教（一乘、佛乘）的，与《华严经》相应；第二十六、第二十七两品阐明枝末之教（包括大小乘教法的三乘），第二十七品中倒数第二偈[144]，又重明大乘之教，阐明摄末归本之法轮，与《法华经》相应。这样，上述《中论》中三段文字便可破斥对“大乘人法”、“小乘人法”（人我、法我）的迷惑，断除“大小乘诸见之根”。[145]因此宣称“三轮之经，既无教不摄，申三轮之论，亦无教不收，是故斯论（按：中论）穷深极广也”。[146]
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《法华经》是中国最流行的大乘经典之一，历来特别受到佛教学者和信众看重的内容有两点：一是主张一切众生皆能成佛的一乘——佛乘的教法；二是提出具有法、报二身意义的“久远实成”的释迦佛的观念，认为历史上的释迦牟尼佛只不过是此佛的无量应化身之一。隋代智创立的天台宗以《法华经》为基本经典，称之为“圆教”，在判教论中置之最高地位。
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这里应当指出的是，吉藏在判教论中将《法华经》置于最高地位虽与天台宗判教论一致，然而他们的理解和阐释却不同。智《法华玄义》中不同意以往如同庐山慧远“以一乘”、梁光宅寺法云以“一乘因果”为《法华经》之宗等说法；对《法华经》之体与宗作出新的解释，认为“经体”虽须借“经宗”表现，然而二者不一不异。他将全经分为“迹门”、“本门”，说经的前半（迹门）讲述废三乘方便之教，开显一乘成佛真实之教，引导小乘弟子接受佛乘，也讲应身释迦修因成佛事迹，实际是以讲弟子接受法华正法（因）为主，最后达到成佛之果为辅；说经的后半（本门）是“发迹显本”，主要宣示人们以往见闻的释迦佛只是久已成佛的释迦佛（本）的显化之身（迹），以讲佛的真实之果为主。因此智以经的本门迹门“因果为宗”，即以经前半“迹因迹果”与后半“本因本果”共为“经宗”。[147]
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然而吉藏在阐释《法华经》的内容时，有意突出经中讲“诸法实相”、“空”的语句，谓《中论》集中体现了《法华经》的思想。吉藏在《法华玄论》卷二对以往论《法华经》以何为宗的十三家作了评述，然后明确表示：“此经以实相正法为宗”。[148]《大乘玄论》卷三说《法华经》主张的“会三归一”，就是会通声闻、缘觉、菩萨三乘而回归“佛乘”、“一乘”，而一乘之体是“正法中道”，“以正法中道为经宗，为一乘正体”。[149]很显然，上述所谓“实相正法”或“正法中道”正是吉藏在阐释“三论”当中反复宣扬的基于空义的中道不二之理。
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不仅如此，吉藏甚至还认为“三论通申大小二教，则大乘之义悉在其中，岂不明一乘佛性”，而“一乘佛性”正是《华严经》、《法华经》所宣说的宗旨；说《中论·四谛品》中的“世尊知是法，甚深微妙相，非钝根所及，是故不欲说”，正是《法华经》中的语句；在《法华经·序品》中还载有相当《华严经》所描述的佛成道时的情景；此外《中论·四谛品》还有“若先非佛性，终不得成佛”及“观如来品”有“明法身绝四句，超百非”的语句，既然讲空、佛性、法身等一乘之教，故“明知华严、法华，显在中论之内”。[150]
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从这些方面，可知吉藏虽在形式上将《法华经》置于三论宗判教体系中的最高地位，然而实际是在他心目中占据最高地位是“三论”，特别是《中论》，所谓“一乘”、“佛乘”的“正体”不过是他反复论证的中道不二的“正法”或“正道”。
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