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如果更仔细地观察这些“痕迹”，就会发现它与文本史料之间的相似性。斯梅尔称：“痕迹是任何编码了关于过去的某种信息的东西。”(74) 他接着说：
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今天所发出的音素是一个活化石，虽然在几千年后它的谱系已经被遗忘。DNA也是如此。尽管人口遗传学家偶尔会从古代遗骸中提取DNA，但他们更常用的做法是从唾液或血液中提取现代DNA。现代DNA与编辑文本有着惊人的相似。它由几行代码组成，用四个字母组成的字母表书写，可以忠实地再现原文。就像文本一样，它承载的信息可以被后代阅读且只有被阅读才会有意义。唯一的区别（对一些人来说很重要）是DNA不是任何人的意图的产物。(75)
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但是，斯梅尔认为，正是这种意图的缺失，才使得生物学与历史研究的某些分支更加接近。例如，20世纪六七十年代的社会史研究站在了匿名结构的一边，而忽视了意向性；社会史不关注个体的能动性。(76) 在其他方面，生物学与其他生命和地球科学离历史也并不遥远。历史和进化生物学对时间都有一个开放的概念：种系发生（即一个群体内部关系的进化发展，是相对于个体发生而言的，后者是指一个特定个体的起源和发展）理论假定开始和结束都是开放的。简而言之，是无穷无尽的。(77) 神经心理学将能动归于神经元事件，这样的观点并不奇怪。归根结底，“历史学家总是习惯性地用心理学来思考。我们常常会情不自禁地对史料中人物的心理状态做出假设”。(78)
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该书第四章“新神经史”讨论了情感。斯梅尔将情感定义为“相对自动的”，并且和勒杜与达马西奥一样，区分了无意识情感和生理情感，以及作为意识和生理情感产物的感情（正如我们在本书第三章中所见，大多数神经科学家将前者称为“affect”，【272】将后者称为“emotion”）。(79) 这种对情感的定义对斯梅尔的研究至关重要，因为他认为情感决定人类行为，但它们是无意识的、古老的，它们是可以追溯到很久以前的联系。如果没有一个反意向论的情感概念（这里再次运用露丝·雷斯的区别），斯梅尔就不可能为人类行为建立一个漫长的年表。他是这样说的：
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还有大脑的所有非认知特征。我们所做的许多事情都是由行为倾向、情绪、情感和感情决定的，而这些都有很悠久的进化史。这些身体状态并不是幽灵般的东西在意识中神秘地一闪而过。神经心理学和神经生理学方面的最新研究表明，它们是生理实体，位于大脑的特定区域，并且是自然选择的结果。其中一些（包括情感）是相对自动的，与所有类人动物的大脑所例行处理的生命治理的其他领域（基本的新陈代谢、反射、痛苦、愉悦、驱动力、动机）没有什么不同。大多数（也许全部）还与一系列激素和神经递质有关，例如睾酮、雄激素、雌激素、5-羟色胺、多巴胺、内啡肽、催产素、催乳素、加压素和肾上腺素等。这些化学物质产生于遍布全身的腺体和突触，它们促进或阻止信号通过神经通路。它们会诱发我们身体上和体内的躯体状态，帮助确定情感的实际感受。我们与其他动物共享几乎所有这些化学物质，尽管鬣蜥的神经系统不一定会像我们一样使用睾酮。从某种意义上说，这些化学物质都有自己的自然史。(80)
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结论就是：“大脑结构和身体化学物质的存在意味着倾向和行为模式有一个不容忽视的普遍的生物基础。”(81)
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斯梅尔反复强调，他已经把先天和后天的二分法抛诸脑后。那么，鉴于如此多的普遍主义，变异性在哪里呢？(82) 他把情感当作一种刺激和反应模式；可变性来自历史变化的刺激。对蛇的恐惧是源于数百万年来“蛇”对人的威胁刺激。如今，对蛇的恐惧这种“深层历史痕迹”已经不会再影响世界上大多数人的生存，因为大多数人都不会在野外遇到蛇。进化上有用的是对汽车的恐惧，而害怕汽车的人会更受自然选择的青睐。完全有这样一种可能：在几百万年后，又会有其他刺激因素决定进化上的有利行为，而对汽车的恐惧将会变成另一个深层的历史痕迹。(83) 【273】无论如何，这就是斯梅尔对动态影响之作用的设想。
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当然，这种动态没有抛弃先天和后天的二分法，而是与以往一样与其紧密相连。因为根据斯梅尔的观点，情感——这里要重复一遍，勒杜和达马西奥将其定义为无意识的生理现象，与有意识的情感相对——是不变的：“情感……成为我们要做和已经做的许多事情的一个结构背景。”(84) 斯梅尔再现了我们在汤姆金斯和埃克曼那里遇到过的旧的情感程序。只有情感对象（蛇、汽车）是可以改变的。斯梅尔写道：“一位中世纪的女圣人吃虱子，舔舐受感染的伤口和麻风病人溃疡的脓液，在某种程度上，她知道这样做会对旁观者产生什么样的影响。”也就是说改变的只是对厌恶刺激的文化反应，而不是这些刺激的普遍性。(85) 因此，斯梅尔没有考虑情感本身是否可以改变，也没有考虑大脑的“硬件”本身是可以改变的。
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这里出现了一个贯穿全书的矛盾。一方面，从远古时代开始，动物和人类就用“精神药物机制”来影响大脑的状态，这种机制被定义为“由人类文化产生的改变心情的实践、行为和制度”。(86) 此外，不仅人类有这种精神药物机制，因为：
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很多动物在某种程度上都会这样做。在围场中感到无聊或孤独的马，有时会以惊吓自己为乐。不断呼出的鼻息会引起化学反应，引发惊吓反射和兴奋的神经化学反应。鸟儿们聚集在结着熟透了的果子的树上，享用着含酒精的果实，它们找到了一种方法去摄取改变心情的物质，而不是去制造它。猫会被猫薄荷所吸引。(87)
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人们会跳舞、喝酒，会让自己沉溺于宗教的狂欢，会进行怡情之性。因此，就像情感一样，使用精神类药物来自我刺激的倾向似乎是普遍的（尽管尚不清楚斯梅尔会在哪一种机体上划定界限）。
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另一方面，根据斯梅尔的说法，公元前5000年左右的农业革命带来了影响深远的变化，因为它产生了一系列新的精神药物机制。总是有加速发展的时期，如18世纪的欧洲“有咖啡因文化、感伤小说和色情作品，以及越来越多的消费品”。(88) 如今，在我们的全球消费文化中，精神药物机制越来越多，作用越来越强，因此斯梅尔迅速做了相应的转变，以便引入我们变得越来越迟钝这一历史变化。(89) 为什么会这样呢？为什么越使用精神药物机制，我们反而变得更麻木呢？这种彻底的转变提供了唯一的可能，【274】让斯梅尔把历史的可变性带入了他的模式，并且做了历史学家通常做的事情：把变化进行分类。毕竟他是一位历史学家，提出新的分期的确是他的主张。当然，他的方法并没有解释为什么有些人使用某些精神药物机制，而有些人不使用。(90) 如果我们在这里遵循斯梅尔的观点，就不能再把一些精神药物机制称为“轻度上瘾”。因为，根据斯梅尔的说法，所有的精神药物机制最终都会导致依赖性的下降和迟钝感。
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斯梅尔坚持认为情感本身是不变的，对他来说，这成为一个真正的难题。情感与认知的分界线不断被打破，以他列举的非洲猎物追踪者为例，他能够发现远处狮子的踪迹，这表明他比那些不生活在稀树草原的人更能适应自己的环境：
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非洲追踪者只要扫一眼平淡无奇的平原，就可以定位到远处的狮群，而车上其他人都没有看到，这让人意识到自己视觉皮层的突触是多么不发达。(91)
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为什么对环境的认知适应会铭刻在大脑皮层中，而在情感主义时代阅读小说时却不会呢（按照斯梅尔的说法，阅读小说纯粹是一种情感—精神药物实践）？(92)
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关键的问题是，这又怎么增加了历史的解释力呢？我们来看一下斯梅尔对恐怖主义政治体制的解释：
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在灵长类动物的社会中，可以找到一种能够灌输服从意识的实践。例如，对母系狒狒社会的研究表明，地位高的雌性狒狒经常恐吓地位低的雌性。与黑猩猩社会一样，这种恐怖主义的一个关键特征是，它往往是随机的、不可预测的。由于它们无法预测虐待，地位低的雌性就承受着非常高的压力，这会导致它们的生育能力下降，而这为占支配地位的雌性提供了明显的优势。在后石器时代社会，地位低的人体内产生应激激素的装置和机制的范围或密度都有所增加。政治精英们不可能意识到他们的所作所为引起的确切生理后果。相反，政治行为之所以会集中在这些解决方案上，因为这是最有效的维护权力的方式。(93)
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斯梅尔还描绘了珍妮·古道尔（Jane Goodall）在贡贝国家森林遇到的一只幼年雌性黑猩猩的行为：【275】
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有好几次，帕西恩（Passion）在女儿波姆（Pom）的怂恿下，抢走并吃掉了其他母亲的孩子。吃完这一顿可怕的饭后，帕西恩会用拥抱和轻拍去安慰那些伤心的母亲。这种行为看起来很变态。然而，作为一种政治行为，这是很有道理的：如何更好地建立或维护权力，而不是制造压力，并提供缓解压力的手段？(94)
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斯梅尔在这里明确提到“20世纪的法西斯政权”。(95) 这些解释显然达不到复杂性的标准，甚至达不到法西斯主义和极权主义宏观社会学理论的标准，更不要说各种详细的微观研究的标准了。正如丹尼尔·格罗斯所说，它们是“真实得很琐碎”。(96) 在处理特定的案例时斯梅尔的还原主义变得最为突出，因此，他没有像雷迪在《感情研究指南》一书中所做的那样，将自己的思想应用于历史“数据”的分析研究，这也许并非偶然。
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在评价斯梅尔时，威廉·雷迪指责他犯了功能主义的错误。雷迪表明，尽管斯梅尔声称已放弃进化心理学，转而支持非功能主义的神经科学，但由于缺乏神经科学知识，导致他一次又一次地陷入功能主义的经典陷阱。例如，
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根据斯梅尔的观点，人们在社会上级面前通常会无意识地“用更高的声音说话，脸上带着顺从的笑容，对上级开的蹩脚玩笑也会开怀大笑”。斯梅尔猜测，在农业革命之前，这种行为编码模块在小规模社会中“可能已经濒临灭亡”。但是，一旦大规模的农业社会出现，父母会根据这个模块的指令，塑造他们孩子的突触结构。斯梅尔认为，灵长类动物的研究证实了这一推测。通过这种方式，文化和基因编程相互作用，增强了先前被抑制的行为……当然，有充分的证据表明早期的农业社会高度等级化。几千年来人类就知道，训练至关重要，习惯和习俗的作用十分强大。神经科学研究表明，不断重复的行为可以改变突触结构。实际上，神经结构在某种程度上是学习和文化的产物。但是，要是说高声说话和顺从的微笑是对官僚君主制的“自适应”，可以通过学习来传递，这就远远超出神经科学目前所能证实或反驳的范围。如果把这种推测当真，就如同打开了一个装满功能性想象的潘多拉盒子。(97)
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非洲追踪者也可以作为这方面的例子。除了斯梅尔所强调的人类的根源在非洲之外，这个例子很可能被一位白人、自由主义者、男性美国学者用来反对种族主义。(98) 【276】但是，如果你把追踪者的例子翻转过来，那么反种族主义中隐藏的危险逻辑就显而易见：以斯梅尔的观点来看，你可以说，非洲人的大脑中缺乏文化技巧的铭刻，无法演奏古典音乐，也无法欣赏莫扎特或贝多芬的钢琴协奏曲，更不用说肖斯塔科维奇或施尼特克的交响曲了。
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因此，单纯的情感史不是正确的方法，正如《论深度历史与大脑》的一位评论者所说：
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一个更严重的障碍是历史学家缺乏评估生物和医学发现的关键工具。例如，我本人就无法判断我在这里所写的关于神经生理学研究的发现是不是正确的、有争议的还是毫无意义的。可能对斯梅尔来说也是如此。很难想象，许多人文学科的学者会不断拓展他们所需要的科学专业知识，以便能参与到这场讨论中，而不是毫不怀疑地接受它。(99)
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