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从某个角度看，先知穆罕默德所宣称的新宗教是对《旧约》中严格的一神论的回归。他摒弃了《新约》中添加的神秘内容，和犹太人一样禁止供奉偶像，所不同的是，他还禁止饮酒。后面这条禁令究竟保持了多大的有效性是值得怀疑的，而前一条则与奈斯脱流斯教徒反对崇拜圣像的态度一致。侵略扩张几乎成了一种宗教职责，尽管《圣经》里的人民不应该受到伤害。禁令也影响了基督教徒、犹太教徒和拜火教徒，他们各自遵守着自己神圣经文里的教义。
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一开始，阿拉伯人并没有制定系统的征服计划。他们生活在干旱贫瘠的土地上，习惯了越境掳掠。但由于没有遇到强有力的抵抗，袭击者就成了征服者。在很多情况下，这些新主人并没有触及和改变原有的管理模式。阿拉伯帝国的统治者是哈里发，他们是先知的继任者，也是其权力的继承人。虽然最初的哈里发们由选举产生，但没多久就变成了乌玛亚德统治下的王朝。这一统治家族遵循先知的教谕，反对狂热，这么做并非出于宗教原因，而是出于政治上的考虑。总之，阿拉伯人扩张的宗教因素并不是很多，他们的动机（正如最初一样）只是为了夺取物质。正是由于不狂热，所以他们尽管人数不占优势，却能够统治广大的地区，那里居住着信仰各异、更文明的人们。但是在波斯，先知的教谕却根植于昔日的宗教和思辨传统已有充分发展的土地上。公元661年，穆罕默德的女婿阿利死后，伊斯兰教分裂为逊尼派和什叶派。后者是少数派，忠于阿利，不允许来自乌玛亚德家族的人加入该派。波斯人就属于这个少数派，也许正是通过他们的影响，乌玛亚德王朝才被阿拔西人推翻并取代，首都也从大马士革迁到了巴格达。新王朝的政策给了伊斯兰狂热教派更多的自由。不过他们失去了西班牙，从家族覆没中幸存下来的一个乌玛亚德人在科尔多瓦建立了一个独立的哈里发政权。在阿拔西王朝统治期间，哈伦·阿尔·拉细德使帝国出现了辉煌的局面。拉细德是查理曼的同时代人，因其在《天方夜谭》中出现而闻名于世。由于大量使用土耳其雇佣军，他于公元809年去世后，帝国开始深受其害，就像当初罗马人招募蛮族兵士一样。阿拔西王朝的哈里发政权衰落了，并于1256年随着蒙古人对巴格达的洗劫而覆灭。
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穆斯林文化的源头在叙利亚，但不久其中心就转移到了波斯和西班牙。在叙利亚，阿拉伯人继承了奈斯脱流斯教派所推崇的亚里士多德传统，而当时的新柏拉图主义者则坚持正统的天主教，但是亚里士多德的理论与新柏拉图学说的糅和造成了许多混乱。在波斯，穆斯林逐渐掌握了印度的数学，并且引进了阿拉伯数字（实际上应该称之为印度数字）。尽管有13世纪的蒙古人入侵，波斯文明还是孕育了菲尔杜锡这样的诗人，并且保持了其艺术高水准。阿拉伯人是通过奈斯脱流斯传统，才开始接触希腊知识的。这些传统在更早的时期，公元即481年拜占廷皇帝芝诺关闭埃德撒学院之后，就已经传到脱流斯。穆斯林思想家们从这两个来源中学习了亚里士多德的逻辑学和哲学以及古代的科学遗产。
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◎穆斯林世界的扩张
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波斯最伟大的伊斯兰哲学家是阿维森纳（公元980～公元1037年）。他出生在波卡拉省，后来在伊斯巴罕讲授哲学和医学，最后定居于德黑兰。由于持非正统观点，他遭到了神学家们的敌视。他的著作被翻译成拉丁文，在西方世界产生了不小的影响。他主要关心的一个哲学问题就是长期争论不休的共相问题，这一问题后来还成了经院哲学的中心问题。阿维森纳的解决办法就是试图把柏拉图与亚里士多德调和起来。他最早提出“形式”的普遍性产生于思维，阿威罗伊及后来的阿勒贝尔图斯·马革努斯（阿奎那的老师）也提出过这一亚里士多德式的观点。但阿维森纳对其观点作了进一步限定。共相同时存在于万物之前、万物之中和万物之后。当上帝按某种模式创造万物时，它已存在于上帝心中，即万物之前；当万物属于外部世界时，它存在于万物之中；当人们通过经验来辨别模式时，它存在于人的思维之中，即万物之后。
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西班牙也孕育出一位杰出的伊斯兰哲学家，他就是阿威罗伊（1126～1198）。他出身于科尔多瓦一个民事法官家庭。除了其他知识，他还学过法律，曾任塞维利亚的民事法官，后来又在科尔多瓦任职。1184年，他当了一名宫廷医生，但最终由于坚持哲学观点、不满足于自己的信仰而被流放到摩洛哥。他的主要贡献就是把亚里士多德研究从新柏拉图主义的扭曲中解放了出来。就像后来的阿奎那一样，他认为只能在理性的基础上去证明上帝的存在。关于灵魂，他坚持亚里士多德的观点，认为灵魂并非不朽，尽管“奴斯（即理性、智慧）”是不朽的。由于这种抽象的理性和智力是一元的，其存在并不意味着个人的不朽，基督教哲学家们自然不肯接受这些观点。通过拉丁文译本，阿威罗伊不仅影响了经院哲学，而且也受到了后来被称为“阿威罗伊派”的自由思想家们的普遍推崇，这些人也反对灵魂不朽的说法。
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在格里高利七世去世的时候（1085年），他的政策似乎已经从教廷手中夺回了他在帝国事务中的权力和影响。但结果说明，世俗势力与宗教势力之间的斗争远没有结束。事实上，教廷还没有达到其政治生涯的巅峰。同时，由于有了伦巴底各个新兴城市的支持，教皇在宗教事务方面的权威得到了提高，十字军则最先增强了他的威信。
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教皇乌尔班二世（1088～1099）重新挑起了授职问题的争端，因为他再次夺取了这项权力。1093年，康拉德起来反对其父皇亨利四世，他寻求并得到了乌尔班的支持。北方各城倾向于支持教皇，于是整个伦巴底被轻易地征服了。法兰西国王腓力普也于1094年被招了安。这样一来，乌尔班就可以作一次穿越伦巴底和法兰西的胜利巡游了。在第二年的克雷尔蒙会议上，他煽动了第一次十字军东征。乌尔班的继任者巴沙尔二世成功地延续了由教廷授职的政策，一直到亨利四世去世（1106年）。而新皇帝亨利五世至少在日耳曼土地上占有优势。教皇建议皇帝不要干预授职，并以教士们放弃世俗财产权作为交换条件。但是教士们对世俗世界的感情要比这个虚伪提议所设想的坚定得多。因此，建议的条款一公布，日耳曼的教士们便惊呼大祸难临头了。当时亨利五世正在罗马，他威逼教皇屈服，并为自己举行了皇帝加冕大典。但他的胜利是暂时的，11年后，也就是1122年，教皇喀列克斯图斯二世根据沃尔姆斯宗教协定，重新取得了授职权。
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◎阿威罗伊
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在皇帝弗里德里希·巴巴罗撒统治期间，斗争进入了新的阶段。1154年，英格兰人哈德里安四世当选为教皇。最初，教皇和皇帝联合起来对付公然藐视他们的罗马城。罗马人在布累斯齐亚的阿诺德的领导下，开展了独立运动。阿诺德是一位勇敢的异端分子，他激烈地抨击了教士们世俗的荣华富贵。他坚持认为，教会人士如果拥有世俗财富，就不能进天堂。教会的“王侯们”自然不会接受这一观点，阿诺德也因其“异端邪说”而受到了激烈的攻击。其实早在前任教皇时期，这些麻烦就已经开始了，只不过在哈德里安当选教皇后才达到了白热化地步。哈德里安以内乱为由惩罚了罗马人，他下令剥夺了他们的教权。结果，罗马人的独立精神瓦解了，同意流放他们的异端领袖。阿诺德躲了起来，但后来落到了巴巴罗撒军队手中，并被立即烧死。1155年，皇帝加冕登基，自然又对在现场示威的群众进行了一番血腥镇压。但是，两年之后，教皇与皇帝决裂了，接下来就是两股势力长达20年的战争。与其说伦巴底联盟是为教皇而战，不如说是为了反对皇帝。战争局面变化莫测。1162年，米兰被彻底摧毁。同一年晚些时候，巴巴罗撒和他的伪教皇遇到了一场灾难，在他们向罗马进军的途中，军队由于瘟疫而严重减员。1176年，巴巴罗撒在雷格纳诺战役中被打败，他瓦解教皇权力的最后一次企图终于落空了。双方达成了一个并不可靠的和约。皇帝参加了第三次十字军东征，1190年死于安那托利亚。
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◎哈德里安四世，惟一的英格兰人教皇。
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教会与帝国之间的频繁斗争，最终导致两败俱伤。北部意大利的一些城邦开始发展成新的势力。只要他们的独立受到皇帝的威胁，他们就转而支持教皇；当这种威胁消失了的时候，他们就根据自身的利益发展出一种有别于教会的世俗文化。虽然在名义上还是信仰基督教，但他们却提出了一种十分自由的观点，这一点很像17世纪以后新教组织的倾向。在十字军东征期间，北部意大利的沿海城市作为舰船和给养的供给地，重要性日益明显。宗教狂热也许曾是十字军运动的原动力之一，但在当时起作用的还有强烈的经济动机。东方提供了掠夺财富的希望，而且这种希望还能以道德与神圣的名义去实现。而近在眼前的欧洲犹太人则成了他们发泄宗教义愤的最方便的对象。起初，基督教骑士们并没有明显意识到，自己是在穆斯林世界里，与一种比自身文化更优越的文化发生对抗。
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作为一种运动，经院哲学以“结论先于事件”而区别于古典哲学。它必须在正统轨道内发挥作用。经院哲学最高的古代典范是亚里士多德，他的影响逐渐取代了柏拉图。在方法上，经院哲学遵循亚里士多德的分类法，运用了辩证的论证，却忽视了事实。其中最重要的问题之一就是共相问题，这个问题将哲学世界分成了两个对立的阵营。实在论者从柏拉图的观点及其理念论出发，主张共相就是万物；唯名论者正相反，他们借助亚里士多德的权威，坚持认为共相只不过是一些名称。
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通常，经院哲学从罗瑟林算起，他是一位法兰西教士，还是阿伯拉尔的老师，其生平不详。他的哲学思想主要记载于安瑟伦和阿伯拉尔的著作中。罗瑟林是一位唯名论者，按照安瑟伦的说法，罗瑟林认为共相仅仅是声音的轻微流动。他不仅否定了共相的实在性，而且还进一步否定了“共相高于个别”的观点，这一观点必然导致一种呆板的逻辑性原子论。该理论与三位一体观点一联系，很自然地产生了异端的观点，1092年，他被迫在莱姆斯宣布放弃这些观点。
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阿伯拉尔生于1079年，是一位更重要的思想家。他在巴黎求学和讲学，曾一度研究过神学，但在1113年又重返教坛。在这一时期，他和厄罗伊斯谈起了恋爱，没想到却激怒了女友的叔父坎农·福勒伯特。坎农阉割了这位莽撞的情人，并把两个人分别送进了教士收容所。阿伯拉尔活到了1142年，并继续以教书而获得了巨大的声誉。他是一位唯名论者，但比罗瑟林更为明确地指出，我们判断某个词的属性时，所根据的并不是它的存在，而是它是否具有意义。共相的确产生了事物间的类似性，而类似性本身并不像唯实论者错误设想的那样，也是某一事物。
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13世纪，经院哲学运动达到了顶峰，教皇与皇帝之间的斗争也同样达到了顶峰。在很多方面，这一时期都可以算欧洲中世纪的高潮。在后来的世纪里，即从15世纪意大利的文艺复兴到17世纪科学与哲学的再次兴起，各种新势力纷纷登台。
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从政治上说，最伟大的教皇是英诺森三世（1198～1216），在他的治理下，教廷的权威达到了后无来者的高度。巴巴罗撒的儿子亨利六世已经征服了西西里，并娶了该岛罗曼王室的后裔康斯坦斯女王为妻。亨利死于1197年，其子弗里德里希继位时才两岁。教皇英诺森三世就职后，小皇帝被母后置于教皇的监护之下。教皇表示尊重弗里德里希的权力。作为回报，皇帝也承认教皇的地位至高无上。教皇获得了大多数欧洲统治者类似的承认。但是在第四次十字军东征中，教皇的计划却毁在了威尼斯人手里，威尼斯人为了实现自己的目的而强迫教皇攻取君士坦丁堡。不过，他对阿勒比占西斯派采取的冒险行动却大获全胜。在这次行动中，法兰西南部的异教被彻底摧毁和清除。在德意志，皇帝奥托被废黜，弗里德里希二世此时已经完全长大成人，于是被选中继位。这样一来，英诺森三世就真正地控制了皇帝和各地王侯。在教会内部，罗马教廷获得了更大的权力。然而从另一个角度看，教廷在世俗方面的成功恰恰预示了它的没落。因为教廷对现世的控制越牢固，它在来世问题上的权威就越小，正是这种情形后来导致了宗教改革。
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◎教皇英诺森三世，教皇至上的倡导者。
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弗里德里希二世虽然在教廷的支持下被选中继位，但也付出了承认教皇地位至高无上的代价。除非迫不得已，年轻的皇帝是不愿意信守这些承诺的。这位年轻的西西里人有着日耳曼及诺曼血统，在他成长的社会里，正在形成一种新的文化。穆斯林、拜占廷、日耳曼和意大利的影响在此汇聚，并产生了一种现代文明，这一文明为意大利文艺复兴注入了原动力。由于深受这些传统的影响，弗里德里希才能够赢得东西方同样的推崇。他的观点远远超越了他所处的时代，他的政治改革也颇具现代色彩。同时，他还喜欢独立思考，做事雷厉风行。其强有力的建设性政策使他获得了“人间奇才”的盛名。
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