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英诺森三世和日耳曼前皇帝奥托（败给了弗里德里希）在两年内先后去世。霍诺留斯三世继承了教皇一职，年轻的皇帝很快就和他闹僵了。熟悉阿拉伯文化的弗里德里希不同意进行十字军东征。另外，伦巴底也出现了麻烦，因为日耳曼文化在那里普遍不受欢迎，而教皇却得到了伦巴底各个城市的支持，这就进一步加剧了皇帝与教皇的冲突。1227年，霍诺留斯三世去世，格里高利九世继任后立刻开除了弗里德里希的教籍，理由是后者没有进行十字军东征。然而皇帝并没有对此感到惶恐不安，因为他已经娶了耶路撒冷诺曼王的女儿为妻。1228年，他前往巴勒斯坦。他虽然被逐出了教会，但却在那里通过协商，解决了与穆斯林之间的问题。耶路撒冷的战略价值虽然不大，但基督教徒却对它有着很深的宗教依恋感。于是圣城便按条约的规定交了出来，弗里德里希被加冕为耶路撒冷之王。
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按照教皇的想法，这种解决纠纷的方式实在太理性了，但是在成功面前，他又不得不于1230年同皇帝讲和。随后就进入了一改革时期，其间西西里王国有了一套现代管理模式和一部新法典。国内所有关税壁垒的取消刺激了商贸的发展，那不勒斯大学的建立推动了教育的进步。1237年，伦巴底再次出现了敌对情绪，于是弗里德里希又忙于和历任教皇进行持久战，直到1250年去世。斗争的残酷性掩盖了他早期开明时代的光辉。
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◎皇帝弗里德里希二世，西西里一个现代国家的缔造者。
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对异教的清除进行得很投入，尽管并不是完全成功。阿勒比占西斯派（法兰西南部的一个摩尼教派）的确在1209年被十字军全部清除了，但其他的异教运动仍然存在着。1233年创立的宗教裁判所从未彻底消灭过西班牙和葡萄牙的犹太教徒。12世纪后期，瓦勒都教派掀起了一场运动，这预示了宗教的改革。该派在彼得·瓦勒都的率领下，从里昂流亡到了阿尔卑斯山的丕德蒙特河谷，该河谷位于都灵的西面。他们在那里作为新教徒和讲法语的社团一直存在到了今天。从这类事件中，人们也许会认为后世的人已经懂得，采取政治迫害的手段是不可能轻易扼杀思想的，但是历史却似乎表明，这类教训并没有被人吸取。
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◎阿勒贝尔图斯·马革努斯，当时最重要的亚里士多德派哲学家，正给阿奎那授课。
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13世纪的宗教尽管处于极有影响的地位，但也不是高不可及的。即使在纯教会领域，如果现有的教会未能与其创立者的宗旨保持基本一致，那么它的内部就会产生两个修士会。刚开始，它们还起到了一些平衡作用，早期的多米尼克修士会和弗兰西斯修士会都遵循创立者圣·多米尼克（1170～1221）和圣·弗兰西斯（阿西西人，1181～1226）的戒律。这些修士会最初都坚持托钵化缘，但安于清贫的誓约却并没有束缚他们多久。多米尼克和弗兰西斯这两个修士会都以处理宗教裁判所的事务而著称，所幸的是，宗教裁判所从来没有传到英格兰和斯堪的纳维亚。也许曾经有人一度认为，尘世间的暂时苦痛能够拯救灵魂，使其免受永恒的诅咒，因此宗教裁判所施加的酷刑正是为受刑者的未来着想。然而毫无疑问，实用方面的考虑往往也增强了法官们的虚伪。于是英格兰人眼睁睁地看着圣女贞德被酷刑处死，却不敢提出任何反对意见。而多米尼克和弗兰西斯修士会却背离了其创立者的初衷，逐渐致力于追求学问。阿勒贝尔图斯·马革努斯及其学生阿奎那属于多米尼克修士会，而罗吉尔·培根、邓斯·司各脱和奥卡姆·威廉则是弗兰西斯修士会的成员。他们对当时的文化所作的真正有价值的贡献是在哲学方面。
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如果说教士们主要是从新柏拉图主义的源泉中找到了自己的哲学灵感，那么13世纪他们则目睹了亚里士多德思想的胜利。托马斯·阿奎那（1225～1274）试图在亚里士多德哲学的基础上建立天主教教义。运用纯粹的哲学方法，究竟能使这一事业取得多大程度的成功，这确实是令人怀疑的。首先，亚里士多德的神学与基督教认可的上帝概念是完全不同的。但毫无疑问，作为教会内部的一种哲学影响，托马斯的亚里士多德主义得到了完整而持久的坚持。托马斯主义成了罗马教会的官方教义，并按原样在教会所有的学校里讲授。除了辩证唯物主义（马克思主义的官方学说），今天已经没有任何其他哲学能够享有如此显赫的地位和强大的后盾了。诚然，托马斯的哲学也并不是在他的时代一下子就达到了这种特权地位的。但随着他的权威日益牢固，哲学的主流再一次走进了世俗道路，并恢复了独立精神，这种精神渗透了整个古代哲学。
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托马斯来自离蒙特卡西诺不远的阿奎那村的一个伯爵家庭，并在那里开始了他的探索。他在那不勒斯大学呆了六年之后，于1244年加入了多米尼克修士会，并在科隆的阿勒贝尔图斯·马革努斯门下继续研究，马革努斯是当时一流的多米尼克教士会教师和亚里士多德派学者。在科隆和巴黎住了一段时间之后，托马斯于1259年回到了意大利，并在其后的五年里埋头撰写《异教徒驳议辑要》，这是他最重要的著作。
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1266年，他开始写作他的另一部主要著作《神学纲要》。在这期间，他还为亚里士多德的许多作品撰写了评注，他的朋友威廉为他提供了直接来自希腊原著的译本。1269年，他再次动身去了巴黎，并在那里住了三年。当时的巴黎大学对多米尼克教士会的亚里士多德学说怀有敌意，因为后者含有与当地阿威罗伊派的某种联系。关于灵魂的不朽，前面说过，阿威罗伊派的观点更接近于亚里士多德派，而不是基督教义。这对亚里士多德派来说是十分危险的，于是托马斯绞尽脑汁把阿威罗伊的观点逐出了自己的领域。他在这一方向上的努力是十分成功的，这一胜利也为基督教神学拯救了亚里士多德，尽管这意味着托马斯要舍弃自己的部分原文。1272年，托马斯回到了意大利，两年后在前往里昂出席会议的途中去世。
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◎托马斯·阿奎那，教会官方哲学的创始人。
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托马斯的哲学体系很快就获得了承认。1309年，它被宣布为多米尼克修士会的官方教义，1323年又被确定为经典。也许托马斯体系的哲学意义并不像其历史影响那么重要，基督教义事先就毫不客气地把结论强加给了这一体系，这一事实损害了它的哲学意义。苏格拉底和柏拉图允许论证不受约束地进行，但是在这里，我们却看不到这种公正和超然了。但在另一方面，伟大的《神学纲要》体系却是脑力劳动的丰碑，对立的观点被阐述得清晰而完整。在对亚里士多德著作的评注中，托马斯表现得仿佛是这位斯塔基拉人聪明的学生。这一点是他所有的前辈，包括他的老师，都不可能做到的。他那个时代的人们称他为“天使博士”。对罗马教会而言，他是一位真正的使者和导师。
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早期新柏拉图主义神学家把理性与启示的二元论排斥在了体系之外。而托马斯主义则提出了与之对立的学说。在存在领域，新柏拉图主义有一种二元论，如共相与个别。更确切地说，他们可能有一种表示存在级别的等级，这种等级开始于“太一”，并通过理念下达到个别，即最低的存在级别。而逻各斯就是共相与个别之间鸿沟的桥梁。用更现实的话来说，逻各斯完全是一种可以感知的观点，因为语词虽然具有普遍含义，但也可以用来特指个别事物。除了这种存在二元论，我们还有一种认识一元论，即智力或理性具有一种本质上属于辩证的认识方式。托马斯的立场正好相反。在此，按照亚里士多德的方式，存在只有在个体中才能看到，并由此推导出上帝的存在。在个体被看成原材料的限度上，这一观点是经验主义的，它与试图演绎出个体的理性主义形成了对比。另一方面，托马斯主义者虽然坚持存在一元论，却又发明了一种认识领域的二元论。它假设了两种知识来源。首先，正如前面所说，我们有理性，理性从感知经验中，为我们的思维提供食粮。经院哲学有一个著名的原则，就是如果理性在感知经验里不是第一位的，那么这种理性里就一无所有。此外，启示也是知识的一个独立来源。在理性产生理性知识的地方，启示则赋予人信仰。有些东西看上去完全超出了理性的范围，如果它们还能够被掌握的话，那么就必须借助于启示。宗教教义的一些具体观点，如超出理解范围的信仰条款，就属于这一类。比如上帝“三位一体”的本质，复活以及基督教研究死亡、末日审判、天堂、地狱等的“末世学”。上帝的存在虽然可以通过启示为人所接受，但也可以建立在辩证的理性基础之上。为了达到这一目的，人们做出了种种努力，以求证明这一命题。因此，在宗教准则经得起理性论证的范围内，我们就能与非信仰者进行辩论。至于其他方面，启示则是通向大彻大悟的惟一途径。总之，实际上托马斯主义并没有完全站在同一立足点上来论述这两种认识来源。似乎在能够探询理性知识之前，人们就必须先有信仰，也就是说，人们必须先相信，再推理。因为虽然理性真理都是自主的，但要探求它们，则全靠启示（启示赋予人们信仰）。这种说法还是具有某种危险性的，因为通过启示获得的真理具有很大的随意性。尽管托马斯认为理性与启示之间、哲学与神学之间都没有任何对立，但在事实上，其中一方总是在暗中损害和削弱另一方。在理性能够应付的地方，启示就是多余的，反之亦然。
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◎设计论证：秩序隐含着设计者，因此上帝便存在着。
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我们必须记住，神学实际上可分为两类。一是所谓的自然神学，它通过分析造物主、第一推动力之类的话题来论述上帝。这也就是亚里士多德所说的神学，它可以归于形而上学。但作为基督徒，托马斯还提出了教条神学，它所涉及的问题只能通过启示来把握。在这个问题上，托马斯求助于早期的基督教作家们，主要是奥古斯丁。总的看来，他似乎认同奥古斯丁的“感恩祷告”及“灵魂获救”观点，这些问题的确是不能以理性的方式来理解的。教条神学与古代哲学精神自然是完全不相容的，在亚里士多德那里，我们看不到一点这样的因素。
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托马斯的形而上学正是因为其神学因素，才在某个重要方面超越了亚里士多德。我们可以回顾一下，亚里士多德的上帝是一位超然的建筑师，他并不认为必须把存在赋予个别事物，有些个别事物本来就存在着，其构成原料也是如此，而另一方面，对托马斯来说，上帝是一切存在的根源，他认为一个有限事物只有存在的可能性，并没有逻辑上的必然性，其存在与否直接或间接取决于某个必然存在物，也就是上帝。在经院哲学的语言里，这是用本质和存在的术语来表达的。某物的本质大体上是指它的一种性质，或者说该物是什么；而存在术语则用来表示某物存在的事实，该物正是借助于它而存在的，从两者都不是独立的这个意义上看，本质和存在这两个术语确实都是抽象的。一个具体事物总是同时兼有本质和存在的。但一些语言事实却使人觉得这里面还有某种差异。当弗雷格对含义和所指对象进行区分时，准确地暗示了这一点。一个词的含义是一回事，是否真的有与之适应的对象则是另一回事。因此有限物就具有可以区分的存在和本质，尽管不是什么可以分割的特征。只有在上帝的本质和存在之间才没有客观上的区别，在这里，关于有限存在的存在依赖性的形而上学理论，产生了《神学纲要》中论证上帝存在的五项证明中的第三项。从日常经验的事实中入手，万物的自生自灭说明它们的存在并不是必要的（单就这一意义而言），于是我们就可以进而论证说，这类事物实际上在某个时刻并不存在。但这样一来，又会出现一个不存在任何事物的时间，那么现在就可能什么也没有，因为有限物是不可能把自己的存在授予自己的。所以必须有一些必然存在的东西，即上帝。
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也许有必要对这一论证稍加评注。首先，它理所当然地认为，任何事物的存在都必须得到证明或解释。这是托马斯主义者形而上学的一个基点。如果不坚持这一观点（亚里士多德实际上就没有这样做），那么论证就无法进行下去。但如果为了讨论而事先承认前提，那么论证就会由于这一内在缺陷而失去说服力。从有限物有时并不存在的事实中，我们并不能推导出有一个不存在任何事物的时间。
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托马斯借助亚里士多德的潜在性及现实性理论，巩固了本质和存在术语。本质完全是潜在的，而存在则是现实的，因此有限物中总是包含了本质和存在的一种混合物。要存在，就必须参与某种活动，对任何有限物来说，这种活动必须来自别的什么东西。
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实际上，关于上帝存在的前两项证明是与亚里士多德派相符的。托马斯的论点是，有一种本身不被推动的推动力和一个没有起因的原因。在任何情况下他都认为，推动力和原因的无限循环是不可接受的。但这简直就等于推翻了论证的前提。以第二项论证为例，假如每个原因本身还有一个更深的原因，那我们就不能同时说，有一个没有起因的原因。这完全是矛盾的。然而应该提到的是，托马斯论述的并不是时间上的因果链，而是一个有关原因序列的问题。这里所说的原因序列是指一个原因取决于另一个原因，这很像悬挂在天花板钩子上的一根由链条组成的链环。天花板就是最初的原因，或者说是没有起因的原因，因为它并不是挂在任何别的东西上的一个链环扣。只要循环不导致矛盾，我们就没有充分的理由来否定循环。大于0而小于且等于1的有理数序列是无限的，它没有初始数字。拿运动来说，循环问题甚至都不必产生。相互围绕旋转的两团有重力的粒子，如太阳和行星，将继续这样无限地运动下去。